Реконструкция филогенетического дерева NO по 76 STR-локусам

[Dimitri]

Экспериментируя с построением филогенетических деревьей гаплогруппы N по гаплотипам, собранных из разных источников, я пришел к следующим выводам:

• Ни открытые проекты FTDNA, ни база SMGF по отдельности не являются достаточно репрезентативными, чтобы построенные на их основе деревья претендовали на полноценную филогенетическую реконструкцию гаплогруппы N
• Лучше строить совместное дерево NO - так предковые гаплотипы определяются точнее
• TNT находит более оптимальные деревья, чем Network (результаты в смысле длины дерева могут оличаться до 20%!), к тому же может работать с неполными наборами данных

Все это привело меня к мысли построения с помощью TNT общего дерева гаплогруппы NO по 76 маркерам (объединенному набору стандартов FTDNA-67 и SMGF-43). Критерием для включения гаплотипа в набор служило наличие у него всех 34 общих маркеров для указанных стандартов, а также близость (в смысле числа мутаций) к известным гаплотипам N и O, которые прошли SNP-тестирование. Дополнительно все найденные гаплотипы проверялись с помощью YPredictor v.1.0.5 Вадима Урасина. Все дубликаты (включая случаи вложения короткого гаплотипа в длинный) были удалены.
В результате удалось собрать 1071 уникальных гаплотипов, из которых:

• 9 штук (1%) имеют все 76 маркеров
• 14 штук (1%) имеют от 68 до 75 маркеров
• 706 штук (66%) имеют 67 маркеров
• 4 штуки (0%) имеют от 44 до 66 маркеров
• 325 штук (30%) имеют 43 маркера
• 13 штук (1%) имеют от 39 до 42 маркеров

Что касается их национального происхождения, то ситуация такая:

• 477 человек (45%) указали финское происхождение
• 80 (7%) - монгольское
• 71 (7%) – российское (включая татарское, коми, якутское и т.п.)
• 49 (5%) - китайское
• 41 (4%) - литовское
• 39 (4%) - шведское
• 29 (3%) - польское
• 24 (2%) - британское
• 23 (2%) - немецкое
• 23 (2%) - филиппинское
• 16 (1%) - норвежское
• 10 (1%) - украинское
• 10 (1%) - японское
• 9 (1%) - казахское
• 8 (1%) - латышское
• 7 (1%) - белорусское
• 6 (1%) - датское
• 6 (1%) - чешское
• от 1 до 5 представителей у Барбадоса, Венгрии, Вьетнама, Гонконга, Греции, Ирана, Ирландии, Испании, Италии, Комбоджи, Канады, Киргизии, Кореи, Малайзии, Мексики, Нидерландов, Португалии, Румынии, Сербии, Сингапура, Словакии, Таиланда, Эстонии, Швейцарии
• 96 (9%) не знают свое происхождение вообще или до прибытия предков в США

Наконец, вот на какие субклады распадаются эти гаплотипы согласно YPredictor:

• N1c-Tat – 906 штук (85%)
• N1b-P43 – 32 (3%)
• N1*-LLY22g*(xP43,Tat) – 8 (1%)
• O1-MSY2.2 – 37 (3%)
• O2-P31 – 12 (1%)
• O3-M122 – 65 (6%)
• O-M175 – 5
• K*-M9*  - 3
• I2*-M438*(xP37.2,S23)  - 2
• G2a-P15 - 1

Последние три случая – явная ошибка, о чем я отметил в ветке обсуждения YPredictor.

Ну и наконец само дерево. В результате долгих экспериментов с TNT я понял, что использовать веса маркеров в этой системе (в отличие от Network) смысла нет – они практически не влияют не результат. Поэтому представляю дерево, построенное на маркерах одинакового веса (=1). После нескольких запусков с разными наборами опций удалось найти 6 деревьев оптимальной длины (5604) и построить на их основе консенсусное дерево, которое и изображено ниже в текстовом виде.

Каждый гаплотип идентифицируется двумя символами (кодом страны, совпадающим с национальным Интернет-доменом: fi – Финляндия, mn – Монголия, ru – Россия и т.д.), затем четырехзначным номером в моей выборке (от 0001 до 1071), а затем – через подчерк – индентификатором в ySearch (если он есть), номером тестового набора в FTDNA или указанием на то, что гаплотип извлечен из базы SMGF.

В правой части дерева я отметил известные субклады и ветви.

К сожалению, ограничения форума не позволяют делать посты, содержащие больше 50 тыс.символов, поэтому мое дерево (а я хочу привести его в текстовом виде) будет разбито на несколько частей. Сначала самая древняя – азиатская часть NO:

Код: [Выделить]

            ??? cn0148_G8WJ6 ????????????????? O2-P31
         ????  ??? kr0035_8G6ER              ?
         ?  ????  ??? jp0060_4KRHK           ?
         ?     ?????? jp0057_136111          ?
      ????     ??? ph1003_N70832             ?
      ?  ?  ?????? un0981_N89735             ?
      ?  ?  ?  ??? kh1070_SMGF               ?
      ?  ????  ?  ??? cn0999_SMGF            ?
      ?     ????  ?     ??? th1006_SMGF      ?
      ?        ????  ????  ??? my1028_SMGF   ?
      ?           ?  ?  ?????? ph1007_SMGF   ?
      ?           ????     ??? th1001_SMGF   ?
      ?              ?  ?????? cn0194_SMGF   ?
      ?              ????  ??? cn1000_133044 ?
      ?                 ?????? th0998_SMGF ??? O2-P31
      ?
      ?  ??? jp0002_KGZZX
      ?  ?
      ?  ?     ??? bb0606_8Z2MS ????????????????????????????? O1-MSY2.2
      ?  ?     ?  ??? mn0034_SMGF                           ?
   ????  ?     ?  ?  ??? ph0170_SMGF                        ?
   ?  ?  ?     ?  ?  ??? us0150_SMGF                        ?
   ?  ?  ?     ?  ?  ??? cn0145_SMGF                        ?
   ?  ?  ?  ????  ?  ??? cn0134_SMGF                        ?
   ?  ?  ?  ?  ?  ?  ??? us0026_SMGF                        ?
   ?  ?  ?  ?  ?  ?  ?  ??? cn0152_SMGF                     ?
   ?  ?  ?  ?  ?  ?  ?????? cn0151_87YQE                    ?
   ?  ?  ?  ?  ????  ?  ??? jp0980_SMGF                     ?
   ?  ?  ?  ?     ?  ????  ??? jp0997_SMGF                  ?
   ?  ?  ?  ?     ?  ?  ?????? jp0169_SMGF                  ?
   ?  ?  ?  ?     ?  ?  ??? cn0118_SMGF                     ?
   ?  ?  ?  ?     ?  ????  ??? cn0142_SMGF                  ?
   ?  ?  ?  ?     ?  ?  ?????? cn0117_SMGF                  ?
   ?  ????  ?     ?  ?  ??? cn0136_SMGF                     ?
   ?     ?  ?     ????  ?     ??? jp0144_SMGF               ?
   ?     ?  ?        ????  ?????? cn0059_B4T5U_EPRG6_P4GCN  ?
   ?     ?  ?        ?  ?  ?  ??? cn0149_SMGF               ? O1-MSY2.2
   ?     ?  ?        ?  ????  ?  ??? cn0126_SMGF            ?
   ?     ?  ?        ?     ????  ??? cn0125_SMGF            ?
   ?     ?  ?        ?        ?????? cn0124_SMGF            ?
   ?     ?  ?        ?           ?  ??? cn0127_SMGF         ?
   ?     ?  ?        ?           ?????? cn0123_SMGF         ?
   ?     ?  ?        ?  ??? cn0154_SMGF                     ?
   ?     ?  ?        ?  ??? mn0153_SMGF                     ?
   ?     ?  ?        ?  ??? mn0147_SMGF                     ?
   ?     ?  ?        ?  ??? uk0146_SMGF                     ?
   ?     ?  ?        ?  ??? cn0143_SMGF                     ?
   ?     ?  ?        ?  ??? cn0137_94451                    ?
   ?     ?  ?        ?????? cn0133_SMGF                     ?
   ?     ????           ??? us0132_SMGF                     ?
   ?        ?           ??? cn0129_7YJS5                    ?
   ?        ?           ?  ??? my0135_JGCEY                 ?
   ?        ?           ?????? ph0099_SMGF                  ?
   ?        ?           ?  ??? cn0131_SMGF                  ?
   ?        ?           ?????? sg0130_rutj6 ????????????????? O1-MSY2.2
   ?        ?
   ?        ?  ??? kz0191_39YQU ????????????????????????????? O3-M122
   ?        ?  ??? cn0047_U1891                             ?
   ?        ?  ??? cn0044_F3RTA                             ?
   ?        ?  ?  ??? cn0193_SMGF                           ?
   ?        ?  ????  ??? cn0196_SMGF                        ?
   ?        ?  ?  ?????? cn0195_SMGF                        ?
   ?        ?  ?  ??? cn0049_5PEEE                          ?
   ?        ?  ????  ??? cn0050_F6K2C                       ?
   ?        ?  ?  ????  ??? cn0052_RHP92                    ?
   ?        ?  ?     ?????? cn0051_tqyrg                    ?
   ?        ?  ?     ??? ph0188_SMGF                        ?
   ?        ?  ?  ????  ??? jp0180_SMGF                     ?
   ?        ?  ?  ?  ?????? ph0174_SMGF                     ?
   ?        ?  ?  ?  ??? ph0183_SMGF                        ?
   ?        ?  ?  ????  ??? th0182_SMGF                     ? O3-M122
   ?        ?  ?  ?  ????  ??? ph0179_SMGF                  ?
   ?        ?  ?  ?     ?????? ph0178_SMGF                  ?
   ?        ?  ?  ?  ??? ph0171_SMGF                        ?
   ?        ?  ????  ?     ??? us0173_SMGF                  ?
   ?        ?  ?  ????  ?????? ph0172_SMGF                  ?
   ?        ????  ?  ????  ??? ph0187_SMGF                  ?
   ?           ?  ?     ????  ??? ph0192_SMGF               ?
   ?           ?  ?        ?????? ph0190_SMGF               ?
   ?           ?  ?  ??? ph0181_SMGF                        ?
????           ?  ?  ?     ??? un0046_YNSMB                 ?
   ?           ?  ????  ????  ??? ph0048_SMGF               ?
   ?           ?     ?  ?  ?????? ph0045_SMGF               ?
   ?           ?     ????  ??? ph0189_SMGF                  ?
   ?           ?        ?  ??? ph0184_SMGF                  ? O3-M122
   ?           ?        ?????? ph0175_SMGF                  ?
   ?           ?           ?  ??? ph0177_SMGF               ?
   ?           ?           ?????? ph0176_SMGF               ?
   ?           ?        ??? cn0042_SMGF                     ?
   ?           ?     ?????? mn0041_SMGF                     ?
   ?           ?     ?     ??? cn0043_27280                 ?
   ?           ?  ????  ?????? hk0001_K9AYS                 ?
   ?           ?  ?  ????  ??? un0161_M6131                 ?
   ?           ?  ?     ????  ??? kz0160_S6BUC              ?
   ?           ?  ?        ?????? cn0010_CZG2Z              ?
   ?           ?  ?  ??? mn0022_SMGF                        ?
   ?           ????  ?     ??? ph0012_SMGF                  ?
   ?              ?  ?  ????  ??? kz0030_4V9MV              ?
   ?              ?  ?  ?  ????  ??? mn0028_SMGF            ? O3-M122
   ?              ?  ?  ?     ????  ??? kz0029_QDUG4        ?
   ?              ????  ?        ?????? kz0027_GC7PT        ?
   ?                 ?  ?        ??? vn0021_106389          ?
   ?                 ?  ?     ????  ??? mn0120_SMGF         ?
   ?                 ?  ?     ?  ????  ??? us0155_9WG2Q     ?
   ?                 ?  ?     ?     ????  ??? hk0040_SMGF   ?
   ?                 ????     ?        ?????? cn0039_CJM6A  ?
   ?                    ?  ????           ??? ca0038_SMGF   ?
   ?                    ?  ?  ?     ??? cn0036_SMGF         ?
   ?                    ?  ?  ?  ?????? mn0018_SMGF         ?
   ?                    ?  ?  ?  ?  ??? mn0013_SMGF         ?
   ?                    ?  ?  ????  ??? us0017_SMGF         ?
   ?                    ?  ?     ????  ??? mn0014_64EF4     ?
   ?                    ????        ????  ??? mn0016_SMGF   ? O3-M122
   ?                       ?           ?????? mn0015_SMGF   ?
   ?                       ?     ??? cn0020_SMGF            ?
   ?                       ?  ?????? jp0019_SMGF            ?
   ?                       ?  ?  ??? kg0025_SMGF            ?
   ?                       ?  ?  ??? mn0024_SMGF            ?
   ?                       ????  ??? cn0023_SMGF            ?
   ?                          ?  ?  ??? cn0122_ETJGF        ?
   ?                          ???????  ??? kr0138_SMGF      ?
   ?                             ?  ?????? mn0121_SMGF      ?
   ?                             ?     ??? cn0037_SMGF      ?
   ?                             ?  ?????? cn0011_SMGF      ?
   ?                             ????  ??? mx0033_SMGF      ?
   ?                                ????  ??? cn0032_SMGF   ?
   ?                                   ?????? kg0031_SMGF ??? O3-M122
   ?
   ?        ??? rs1010_N84884 ???? N1* (xTat,P43)
   ?     ?????? sk1009_UX7PM     ?
   ?  ????  ??? it1027_N14100    ?
   ?  ?  ????  ??? us1026_VQE8J  ?
   ?  ?     ?????? us1025_AJ7QP  ?
   ?  ?     ??? pl0053_PVVT8     ?
   ?  ?  ????  ??? cn0058_SMGF   ?
   ?  ?  ?  ?????? cn0054_SMGF ???
   ?  ?  ?
   ?  ?  ?        ??? ru0093_93467 ???????????????????????? N1b-P43
   ?  ?  ?     ????  ??? ru0092_MBPWB                     ?
   ?  ?  ?     ?  ????  ??? jp0095_SMGF                   ?
   ?  ?  ?     ?     ?????? mn0094_SMGF                   ?
   ????  ?     ?  ??? ru0090_XA5JB                        ?
      ?  ?     ?  ?  ??? mn0079_SMGF                      ?
      ?  ?  ????  ?  ?  ??? mn0081_SMGF                   ?
      ?  ?  ?  ?  ????  ??? mn0078_SMGF                   ?
      ?  ?  ?  ?  ?  ?????? mn0076_SMGF                   ?
      ?  ?  ?  ?  ?     ?  ??? mn0096_SMGF                ?
      ?  ?  ?  ?  ?     ?????? mn0080_SMGF                ?
      ?  ?  ?  ????        ??? mn0077_SMGF                ?
      ?  ?  ?     ?  ??? mn0091_SMGF                      ?
      ????  ?     ?  ??? kg0056_SMGF                      ?
         ?  ?     ?  ?  ??? mn0086_SMGF                   ?
         ?  ?     ?  ?  ?  ??? mn0085_SMGF                ?
         ?  ?     ?  ????  ??? mn0084_SMGF                ?
         ?  ?     ?  ?  ?  ?  ??? mn0158_SMGF             ? N1b-P43
         ?  ?     ????  ????????? mn0157_SMGF             ?
         ?  ?        ?     ?  ??? mn0088_SMGF             ?
         ?  ?        ?     ?????? mn0087_SMGF             ?
         ?  ?        ?  ??? pl0128_RCQJT                  ?
         ?  ?        ?  ?  ??? ru0083_121620              ?
         ?  ?        ????  ?  ??? mn0159_SMGF             ?
         ?  ?           ?  ?  ??? mn0089_SMGF             ?
         ?  ?           ????  ??? ru0082_SMGF             ?
         ?  ?              ?  ??? cz0075_SMGF             ?
         ????              ?  ?  ??? mn0098_SMGF          ?
            ?              ????????? mn0097_SMGF          ?
            ?                 ?     ??? fi0003_172247     ?
            ?                 ?  ????  ??? ru0009_104256  ?
            ?                 ?  ?  ?????? ru0008_JGR55   ?
            ?                 ????  ??? fi0007_160881     ?
            ?                    ?  ??? fi0006_SMGF       ?
            ?                    ?????? fi0005_V8ZUS      ?
            ?                       ??? fi0004_134409 ????? N1b-P43
            ?
            ?  ??? mn0070_SMGF ????????????????????????????????????????????????????????????????? N1c-Tat
            ?  ?  ??? ru0055_SMGF                                                              ?
            ?  ?  ?                                                                            ?
            ?  ?  ?  ??? ru0119_2JUVS ???????????? N1c-Volga                                   ?
            ?  ?  ????  ??? un0072_152820        ?                                             ?
            ?  ?  ?  ????  ??? ru0068_PTAXF      ?                                             ?
            ?  ?  ?     ????  ??? ru0074_TECXZ   ?                                             ?
            ?  ?  ?        ?????? ru0073_WWRET ???                                             ?
            ?  ?  ?                                                                            ?
            ?  ?  ?     ??? ee0109_GX848 ????????? N1c-Yakut                                   ?
            ?  ?  ?     ?  ??? ru0106_69ZKR      ?                                             ?
            ?  ?  ?  ????  ?  ??? mn0321_SMGF    ?                                             ?
            ?  ?  ?  ?  ????  ??? mn0320_SMGF    ?                                             ?
            ?  ?  ?  ?     ?????? mn0319_SMGF    ?                                             ?
            ????  ?  ?        ??? mn0318_SMGF ????                                             ?
               ?  ?  ?                                                                         ?
               ?  ?  ?     ??? mn0399_SMGF                                                     ?
               ?  ?  ?  ????  ??? ru0407_89M3G_EYHYE                                           ?
               ?  ?  ?  ?  ?????? ru0406_152846                                                ?
               ?  ?  ?  ?                                                                      ?
               ?  ?  ?  ?     ??? ua0425_FH3XK ??????????????????????????????????? N1c-Mongol  ? N1c-Tat
               ?  ?  ?  ?     ?  ??? mn0322_SMGF                                 ?             ?
               ?  ?  ?  ?     ?  ?  ??? mn0329_SMGF                              ?             ?
               ?  ?  ?  ?     ?  ?  ??? mn0328_SMGF                              ?             ?
               ?  ?  ?  ?     ????  ??? mn0327_SMGF                              ?             ?
               ?  ?  ?  ?     ?  ?  ??? mn0326_SMGF                              ?             ?
               ?  ?  ?  ?     ?  ?????? mn0324_SMGF                              ?             ?
               ?  ?  ?  ?  ????     ??? mn0323_SMGF                              ?             ?
               ????  ?  ?  ?  ?     ??? mn0223_SMGF                              ?             ?
                  ?  ?  ?  ?  ?     ?  ??? mn0325_SMGF                           ?             ?
                  ?  ?  ?  ?  ?     ?????? mn0100_SMGF                           ?             ?
                  ?  ?  ?  ?  ?  ??? fi0402_129598                               ?             ?
                  ?  ?  ?  ?  ?  ?  ??? fi0356_173859                            ?             ?
                  ?  ?  ?  ?  ????  ?  ??? kz0412_63CDM                          ?             ?
                  ?  ?  ?  ?     ?  ?  ?  ??? mn0300_SMGF                        ?             ?
                  ?  ?  ?  ?     ????  ?  ?  ??? kz0278_CTT96                    ? N1c-Mongol  ? N1c-Tat
                  ?  ?  ?  ?        ?  ?  ?  ?  ??? mn0311_SMGF                  ?             ?
                  ?  ?  ?  ?        ????  ?  ?  ?  ??? ir0266_SMGF               ?             ?
                  ?  ?  ?  ?           ?  ?  ????  ?  ??? mn0269_SMGF            ?             ?
                  ?  ?  ?  ?           ?  ?  ?  ????  ?  ??? mn0388_SMGF         ?             ?
                  ?  ?  ?  ?           ????  ?     ????  ??? mn0342_SMGF         ?             ?
                  ?  ?  ?  ?              ?  ?        ????  ??? mn0442_SMGF      ?             ?
                  ?  ?  ?  ?              ?  ?           ????  ??? pl0428_BE222  ?             ?
                  ?  ?  ?  ?              ?  ?              ?????? ru0387_PC7AG  ?             ?
                  ?  ?  ?  ?              ?  ?  ??? mn0273_SMGF                  ?             ?
                  ?  ?  ?  ?              ????  ??? mn0272_SMGF                  ?             ?
                  ?  ?  ?  ?                 ?  ?  ??? mn0271_SMGF               ?             ?
                  ?  ?  ?  ?                 ?  ?????? mn0270_SMGF               ?             ?
                  ?  ?  ?  ?                 ?  ?  ??? cn0224_SMGF               ?             ?
                  ?  ?  ?  ?                 ?  ?????? mn0221_SMGF               ?             ?
                  ????  ?  ?                 ?  ?  ??? mn0283_SMGF               ? N1c-Mongol  ? N1c-Tat
                     ?  ?  ?                 ?  ????  ??? kg0668_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                 ?  ?  ?????? kz0282_26SXQ           ?             ?
                     ?  ?  ?                 ?  ?  ??? mn0281_SMGF               ?             ?
                     ?  ?  ?                 ?  ?  ??? ua0268_SMGF               ?             ?
                     ?  ?  ?                 ???????  ??? mn0277_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ?  ??? mn0276_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ????  ??? mn0298_SMGF         ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?     ?????? mn0275_SMGF         ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?        ??? mn0274_SMGF         ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ??? mn0287_SMGF               ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ??? mn0263_SMGF               ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ?  ??? mn0288_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ?????? mn0286_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ?  ??? mn0308_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                    ?  ?  ??? mn0296_SMGF            ? N1c-Mongol  ? N1c-Tat
                     ?  ?  ?                    ????  ??? ru0295_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                       ?  ??? ru0294_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                       ?  ??? mn0293_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                       ?  ??? ru0292_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                       ?  ??? ru0291_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                       ?  ??? ru0290_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                       ?????? mn0285_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                          ??? ru0284_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                          ??? mn0225_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                          ??? mn0220_SMGF            ?             ?
                     ?  ?  ?                          ?  ??? mn1033_SMGF         ?             ?
                     ?  ?  ?                          ?????? ru1032_SMGF         ?             ?
                     ?  ?  ?                          ?  ??? ru0313_SMGF         ?             ?
                     ?  ?  ?                          ?????? mn0303_SMGF ????????? N1c-Mongol  ?
                     ????  ?                                                                   ?
                        ????                                                                   ?
                           ??? N1c-European ???????????????????????????????????????????????????? N1c-Tat


[Dimitri]

Продолжение: европейские N1c. Они тоже не входят целиком, поэтому балтов с мутацией DYS459 (10,10)->(9,9) и молодую финскую ветвь (DYS576 17->18) я дам отдельно ниже.

Код: [Выделить]

     ??? fi0390_133479
     ?     ??? pt0062_80133
     ?  ????  ??? uk0393_655V6
  ????  ?  ?????? uk0392_VVG5G
  ?  ?  ?  ??? se0228_SMGF
  ?  ????  ?  ??? dk0555_SMGF
  ?     ?  ?????? dk0373_SMGF
  ?     ????     ??? pl1071_6R4TK
  ?        ?  ?????? un1044_HXW4A
  ?        ????  ??? fi0448_M2GY2
  ?           ?????? fi0432_HMW69
  ?  ??? fi0353_CA6KA
  ?  ?  ??? fi0372_108817
  ?  ?  ??? no0354_SMGF
  ?  ?  ??? fi0351_U3Q69
  ?  ?  ??? fi0350_E5Y64
  ?  ?  ??? fi0348_SMGF
  ?  ?  ??? fi0262_159671
  ?  ?????? fi0255_S5HUP
  ?  ?  ?  ??? fi0349_102719
  ?  ?  ?????? fi0341_124337
  ?  ?  ?  ??? fi0361_114287
  ?  ?  ?  ??? fi0360_145227
  ?  ?  ????  ??? fi0375_SMGF
  ?  ?     ?????? fi0217_aarqw
  ?  ?  ??? fi0363_Z4JPM
  ?  ?  ?  ??? fi0244_117591
  ?  ?  ?  ?  ??? ru0346_GPU3D
  ?  ?  ?  ????  ??? fi1046_TFBWJ
  ?  ?  ?  ?  ?????? un0069_3W64B
  ?  ?  ?  ?  ??? fi0104_131535
  ?  ?  ?  ????  ??? fi0140_JDTHE
  ?  ?  ?  ?  ?????? fi0108_V6SSX
  ?  ????  ?     ??? fi0105_SMGF
  ?  ?  ?  ?  ?????? fi0102_137026
  ?  ?  ?  ?  ?     ??? un0365_113325
  ?  ?  ?  ????  ?????? fi0364_128149
  ?  ?  ?  ?  ?  ?  ??? fi0362_176093
  ?  ?  ?  ?  ????  ?  ??? fi0463_188557
  ?  ?  ?  ?     ????????? fi0439_7YMMM
  ?  ?  ????        ?  ??? fi0359_109272
  ?  ?     ?        ????  ??? un0261_109271
  ?  ?     ?           ????  ??? cn0264_SMGF
  ?  ?     ?              ?????? de0257_SMGF
  ?  ?     ?        ??? fi1048_101266
  ?  ?     ?     ????  ??? uk1036_SMGF
  ?  ?     ?     ?  ?????? fi1035_N10231
  ?  ?     ?  ????  ??? fi0103_WJWPR
  ?  ?     ?  ?  ????  ??? fi0438_179012
  ?  ?     ?  ?     ????  ??? un0462_152823
  ?  ?     ?  ?        ?????? ee0440_EBH44
  ????     ?  ?        ??? fi0374_120897
  ?  ?     ?  ?     ?????? un0316_122906
  ?  ?     ????     ?  ??? fi0111_M7D53
  ?  ?        ?  ????  ??? fi1037_9YAJT
  ?  ?        ?  ?  ?  ?  ??? un0699_190930
  ?  ?        ?  ?  ????????? fi0101_146742
  ?  ?        ?  ?     ?  ??? ru0340_150179
  ?  ?        ????     ????  ??? ru0381_SMGF
  ?  ?           ?        ?????? ru0380_THT9X
  ?  ?           ?  ??? kz0450_SMGF
  ?  ?           ?  ?  ??? uk1045_MR765
  ?  ?           ????  ??? us1043_SMGF
  ?  ?              ?  ??? uk1029_R88V6
  ?  ?              ?????? uk0434_SMGF
  ?  ?                 ?  ??? fi0461_131527
  ?  ?                 ????  ??? ru0456_FMFM2
  ?  ?                    ????  ??? fi1041_157409
  ?  ?                       ????  ??? fi1040_MAV77
  ?  ?                          ????  ??? fi1047_170137
  ?  ?                             ?????? fi1039_102786
  ?  ?     ??? fi0246_8RPBV
  ?  ?     ?  ??? ru0227_JG852
  ?  ?  ????  ?  ??? ru0383_88YQW
  ?  ?  ?  ????  ?  ??? ru0299_SMGF
  ?  ?  ?     ????  ?  ??? ru0071_SMGF
  ?  ?  ?        ????  ?     ??? fi0306_165554
  ?  ?  ?           ????  ?????? fi0305_TWG8J
  ?  ?  ?              ????  ??? fi0289_160041
  ?  ?  ?                 ?????? fi0258_171927
  ?  ?  ?           ??? fi0371_104703
  ?  ?  ?        ????  ??? un0370_189204
  ?  ?  ?        ?  ?????? fi0216_AGRAF_MJVUS
  ?  ?  ?     ????     ??? fi0355_161354
  ?  ?  ?     ?  ?  ?????? us0113_SMGF
  ?  ?  ?     ?  ????  ??? fi0436_174023
  ?  ?  ?     ?     ????  ??? no0339_DSB5X
  ?  ?  ?     ?        ????  ??? fi0242_SMGF
  ?  ?  ?  ????           ?????? lt0198_SMGF
  ?  ?  ?  ?  ?     ??? fi0686_N61541
  ?  ?  ?  ?  ?  ????  ??? fi1011_188439
  ?  ????  ?  ?  ?  ?????? fi0687_131542
  ?     ?  ?  ?  ?     ??? fi0357_173734
  ?     ?  ?  ????  ????  ??? fi0358_SRTF3
  ?     ?  ?     ?  ?  ????  ??? fi1038_191181
  ?     ?  ?     ?  ?     ?????? se0403_SMGF
  ?     ?  ?     ????     ??? fi0519_173091
  ?     ?  ?        ?  ?????? se0347_183039
  ?     ?  ?        ?  ?  ??? lv0569_97399
  ?     ?  ?        ????  ?  ??? ru0309_VBEKN
  ?     ?  ?           ????  ?     ??? fi0252_N55552
  ?     ?  ?              ?  ?  ?????? fi0243_124715
  ?     ?  ?              ????  ?     ??? fi0260_124114_131520
  ?     ?  ?                 ?  ?  ?????? fi0256_VM5PD
  ?     ?  ?                 ????  ?  ??? fi0304_WXNAB
  ?     ?  ?                    ?  ?  ??? fi0245_XK8CX
  ?     ?  ?                    ?  ?  ?     ??? fi0616_147217
  ?     ?  ?                    ????  ?  ?????? uk0254_QP285_BHDT6
  ?     ????                       ?  ????  ??? fi0488_173919
  ?        ?                       ?  ?  ????  ??? fi0617_9F3HD
  ?        ?                       ????     ?????? fi0251_SMGF
  ?        ?                          ?     ??? fi0618_168508
  ?        ?                          ?  ?????? un0481_101840
  ?        ?                          ?  ?  ??? fi0253_PST6J
  ?        ?                          ?  ?  ??? fi0279_8DXV6
  ?        ?                          ????  ??? fi0265_SMGF
  ?        ?                             ?  ??? fi0250_SMGF
  ?        ?                             ?  ??? fi0249_WT6UP
  ?        ?                             ?????? fi0248_PEYEF
  ?        ?                                ??? fi0247_2ZY3S
  ?        ?                                ?  ??? fi0480_SMGF
  ?        ?                                ?????? fi0310_5594V
  ?        ?     ??? fi0482_171390
  ?        ?  ????  ??? fi0352_TPA8R
  ?        ?  ?  ????  ??? fi0259_159536
  ?        ?  ?     ?????? ee0107_72454
  ?        ?  ?  ??? fi0454_174008
  ?        ????  ?  ??? fi0378_151936
  ?           ?  ?  ?     ??? hu0677_2F3DU
  ?           ?  ?  ?  ????  ??? gr0398_SMGF
  ?           ????  ?  ?  ?????? ru0207_FGRAF
  ?              ?  ????  ??? fi0218_MKBC3
  ?              ?  ?  ????  ??? fi0409_5223A
  ?              ????     ?????? fi0408_176931
  ?                 ?
  ?                 ??? N1c-Baltic
  ?
  ??? N1c-Finnish


[Dimitri]

Балты (отдельно выделил ветви Рюриковичей и Гедиминовичей):

Код: [Выделить]

  ??? un0590_MS3S9
  ?     ??? fi0345_U6PMJ
  ?  ????  ??? nl1034_GRP6J
  ?  ?  ????  ??? us0507_2PY3M
  ?  ?     ????  ??? se0437_FAGM9
???  ?        ????  ??? se0197_DCPXP
  ?  ?           ????  ??? no0472_Z9GMS
  ?  ?              ?????? uk0418_GUV6Z
  ?  ?  ??? uk0344_SMGF
  ?  ?  ?     ??? ua0556_RGK56
  ????  ?     ??? uk0513_SMGF
     ?  ?     ?  ??? fi0338_SMGF
     ?  ?     ?  ??? fi0337_165702
     ?  ?     ?  ??? fi0241_173962
     ?  ?  ????  ??? fi0238_2M9TN
     ?  ?  ?  ?  ??? fi0237_SMGF
     ?  ?  ?  ?  ??? fi0236_SMGF
     ?  ?  ?  ?  ??? fi0235_8D9WZ
     ????  ?  ?  ??? fi0234_121499
        ?  ?  ?????? fi0233_Y96MN
        ?  ?     ??? fi0232_K7VT7
        ?  ?     ??? fi0231_62E9Z
        ?  ?     ??? fi0230_2S9ZM
        ?  ?     ?  ??? un1031_140006
        ?  ?     ?????? fi0229_SMGF
        ?  ?     ?  ??? fi0240_136290
        ?  ?     ?????? fi0239_9DYQJ
        ????     ??? us0515_YPGFN
           ?  ????  ??? fi0317_3VKBU
           ?  ?  ????  ??? pl0479_SAAFK
           ?  ?     ????  ??? fi0222_118999
           ?  ?        ????  ??? ru0476_SMGF
           ?  ?           ?????? ua0475_SMGF
           ?  ?  ??? de0577_DH5MS
           ?  ?  ?  ??? cz0573_J7MRS
           ?  ?  ?  ?  ??? cz0568_PZ9PW
           ?  ?  ?  ?  ?  ??? pl0603_SMGF
           ?  ?  ?  ????  ?  ??? pl0582_SMGF
           ?  ?  ?  ?  ????  ??? pl0572_8RPZP
           ????  ????     ?????? de0510_6N2HM
              ?  ?  ?        ??? hu0496_SMGF
              ?  ?  ?  ??? lt0586_178887
              ?  ?  ?  ?  ??? fi0459_NATGH
              ?  ?  ????  ?  ??? fi0417_4BDXB
              ?  ?     ????  ?  ??? uk0394_SMGF
              ?  ?        ????  ?  ??? un0391_WFQMF
              ?  ?           ?  ?????? fi0110_SMGF
              ?  ?           ????     ??? uk0447_B4NP4
              ?  ?              ?  ????  ??? lt0604_SMGF
              ????              ?  ?  ?????? ro0546_B4T3Y_JTGKX
                 ?              ????     ??? pl0431_NE65F
                 ?                 ?  ?????? uk0297_SMGF
                 ?                 ????  ??? se0312_SMGF
                 ?                    ????  ??? se0315_SMGF
                 ?                       ?????? se0314_2DKVC
                 ?  ??? de0578_762
                 ?  ?        ??? sk0583_ZU5FW
                 ?  ?     ?????? hu0575_SMGF
                 ?  ?  ????  ??? de0576_168147
                 ?  ?  ?  ?????? de0571_UB63T
                 ?  ?  ?  ??? lt0499_DKEV3
                 ?  ?  ?  ?     ??? de0610_35002
                 ?  ?  ????  ????  ??? lt0512_193088
                 ?  ?  ?  ?  ?  ?????? us0307_SMGF
                 ????  ?  ????  ??? ru0589_161549
                    ?  ?     ?  ?     ??? lt0212_R3Z8J
                    ?  ?     ????  ?????? ru0211_22PPT
                    ?  ?        ?  ?     ??? pl0996_QDQ5B
                    ?  ?        ????  ?????? lt0574_KX7GR
                    ?  ?           ????  ??? pl0609_SXNRP
                    ?  ?              ?????? un0584_189221
                    ?  ?  ??? cz1005_KWT38
                    ?  ?  ?  ??? ee0581_E8186
                    ????  ?  ?  ??? lv0580_N8472
                       ?  ????  ?  ??? lv0570_N16530
                       ?  ?  ?  ?????? lv0495_N56813
                       ?  ?  ????  ??? ua0579_HUD33
                       ?  ?     ?  ??? un0516_93471
                       ?  ?     ?  ?     ??? fi0508_SMGF
                       ?  ?     ????  ????  ??? ie0588_N6050
                       ?  ?        ?  ?  ?????? cz0587_SMGF
                       ?  ?        ?  ?     ??? pl0506_SMGF
                       ?  ?        ????  ????  ??? us0591_76778
                       ?  ?           ?  ?  ????  ??? lt0592_TTBSZ
                       ?  ?           ?  ?     ????  ??? ru1069_UYYYH
                       ?  ?           ????        ?????? de0525_CG2HT
                       ?  ?              ?  ??? ee0501_SMGF
                       ????              ????  ??? cz0497_18567
                          ?                 ????  ??? fi0490_SMGF
                          ?                    ????  ??? ro0498_J5CV2_YPS4Z
                          ?                       ????  ??? ru0503_SMGF
                          ?                          ?????? ru0502_SMGF
                          ?     ??? lv0611_N32653
                          ?  ?????? lv0601_181633
                          ?  ?     ??? fi1049_7TS7R
                          ?  ?  ?????? us0478_SMGF
                          ?  ?  ?  ??? de0514_A968Z
                          ?  ?  ????  ??? pl0139_M7DYY
                          ?  ?  ?  ????  ??? pl0585_KM2AB
                          ?  ?  ?     ?????? de0505_MEAPN
                          ?  ?  ?        ??? ua0533_66117
                          ?  ?  ?     ????  ??? pl0535_UF62D
                          ????  ?     ?  ?????? pl0530_KSC65_VGD82
                             ?  ?     ?  ??? de0540_145128
                             ?  ?  ????  ?     ??? lt0608_SMGF
                             ?  ?  ?  ?  ?     ??? lt0542_7AWVG
                             ?  ?  ?  ?  ?  ?????? lt0538_3PRH5
                             ?  ?  ?  ????  ?  ?  ??? pl0595_149454
                             ?  ?  ?     ?  ?  ?????? pl0509_SMGF
                             ?  ?  ?     ?  ?     ??? lt0539_9CSEY
                             ?  ?  ?     ????  ?????? ua0537_A5ZCV
                             ????  ?        ?  ?  ??? lt0536_164888
                                ?  ?        ?  ????  ??? ua0541_7AKUZ
                                ?  ?        ?  ?  ????  ??? de0531_SMGF
                                ?  ?        ????     ?????? un0486_144626
                                ?  ?           ?     ??? lt0598_SMGF
                                ?  ?           ?  ?????? lt0597_JNEVB
                                ?  ?           ?  ?  ??? lt0522_FPY93
                                ?  ?           ????  ?  ??? un0607_RFWAX
                                ?  ?              ????  ??? lt0511_VAHNF
                                ?  ?                 ????  ??? lt0596_183659
                                ?  ?                    ?????? pl0560_JA2BG
                                ?  ?     ??? ua0199_9TAZ2
                                ?  ?  ????  ??? us0936_SMGF
                                ?  ?  ?  ????  ??? by0474_SMGF
                                ?  ?  ?     ?????? by0473_H9JHR
                                ????  ?     ??? dk0204_7UXV6
                                   ?  ?  ?????? no0201_M5WKN
                                   ?  ?  ?  ??? un0379_144085
                                   ?  ?  ?  ?  ??? fi0280_N40469
                                   ?  ?  ?  ????  ??? us0395_SMGF
                                   ?  ?  ?  ?  ????  ??? no0446_6637S
                                   ?  ?  ?  ?     ?????? no0445_SMGF
                                   ?  ?  ?  ?  ??? sp0065_178286
                                   ?  ?  ?  ?  ?  ??? un0067_SMGF
                                   ?  ?  ?  ????  ??? mx0066_66255
                                   ?  ?  ?  ?  ?????? sp0064_2UCCD
                                   ?  ?  ?  ?     ??? sp0063_XFF6R
                                   ?  ?  ????     ??? pt0061_YECZH
                                   ?  ?  ?  ?     ??? fi0213_M9JFZ
                                   ?  ?  ?  ?  ?????? fi0208_GG979_TKFUH_ZKVKH
                                   ?  ?  ?  ?  ?     ??? ru0549_EC93Y
                                   ?  ?  ?  ?  ?     ?
                                   ?  ?  ?  ?  ?     ?     ??? ru0565_7FWBE ???????????????
                                   ?  ?  ?  ?  ?     ?  ?????? ru0564_Z9MZT               ?
                                   ?  ?  ?  ?  ?  ????  ?  ??? by0554_98JKC               ?
                                   ?  ?  ?  ?  ?  ?  ?  ?????? ru0553_HP2VB               ?
                                   ?  ?  ?  ?  ?  ?  ?  ?  ??? ie0548_46751               ?
                                   ????  ?  ????  ?  ????????? ru0521_KWFY3               ?
                                      ?  ?     ?  ?     ?     ??? lt0605_JD2BP            ? N1c-Gediminid
                                      ?  ?     ?  ?     ?  ?????? ru0494_GMEY2            ?
                                      ?  ?     ?  ?     ????  ??? lt0550_N85456           ?
                                      ?  ?     ?  ?        ????  ??? lt0551_XFXF7         ?
                                      ?  ?     ?  ?           ????  ??? ua0552_CVRYX      ?
                                      ?  ?     ?  ?              ????  ??? lt0520_28S93   ?
                                      ?  ?     ????                 ?????? lt0114_4NN6W ???
                                      ?  ?        ?
                                      ?  ?        ?  ??? de0529_KH2TW
                                      ?  ?        ?  ?        ??? pl0544_RT2DY
                                      ?  ?        ?  ?     ?????? de0534_SMGF
                                      ?  ?        ?  ?     ?        ??? lt0983_3J8KH
                                      ?  ?        ?  ?     ?     ?????? lt0141_FG52V
                                      ?  ?        ?  ?     ?  ????  ??? pl0599_45A3B
                                      ?  ?        ?  ?  ????  ?  ????  ??? lt0543_ZKQZN
                                      ?  ?        ?  ?  ?  ?  ?     ????  ??? ru1052_177317
                                      ?  ?        ????  ?  ?  ?        ????  ??? de1051_KV3P2
                                      ?  ?           ?  ?  ????           ?????? pl1050_N20613
                                      ?  ?           ?  ?     ?  ??? un0524_E8070
                                      ?  ?           ?  ?     ?  ?     ??? lt0493_EUFK9
                                      ?  ?           ?  ?     ????  ?????? un0209_N61024
                                      ?  ?           ?  ?        ?  ?     ??? lt0518_SMGF
                                      ?  ?           ?  ?        ????  ?????? lt0115_QRB5Z
                                      ????           ????           ????  ??? de0491_VFWCC
                                         ?              ?              ????  ??? pl0489_110892
                                         ?              ?                 ?????? lt0484_PKRK7
                                         ?              ?     ??? un1004_AYXNK
                                         ?              ?     ??? pl0721_55A7G
                                         ?              ?  ????  ??? lt0982_130910
                                         ?              ?  ?  ?????? lt0186_F5S5X
                                         ?              ?  ?     ??? lt0559_Q2R3D
                                         ?              ????  ?????? un0558_183617
                                         ?                 ?  ?  ??? by0985_CN72Y
                                         ?                 ?  ?  ?        ??? un0593_VR5HE
                                         ?                 ????  ?     ????  ??? lt0594_QHTGR
                                         ?                    ?  ?     ?  ?????? de0517_3F9B9
                                         ?                    ????  ????  ??? lt0526_NP62S
                                         ?                       ?  ?  ????  ??? by0527_N60861
                                         ?                       ?  ?     ????  ??? lt0532_CGK4R
                                         ?                       ?  ?        ????  ??? by0602_NVQZ9
                                         ?                       ????           ?????? lt0500_UCQDW
                                         ?                          ?  ??? lt0116_E3AAN
                                         ?                          ?  ?     ??? by0528_d8mb7
                                         ?                          ????  ?????? un0523_SMGF
                                         ?                             ?  ?  ??? ca0547_SMGF
                                         ?                             ????  ??? ru0545_CM82J
                                         ?                                ????     ??? lt0563_183396
                                         ?                                   ?  ?????? lt0562_QQD97
                                         ?                                   ????  ??? ru0561_JVYBB
                                         ?                                      ?????? lt0557_99R9A
                                         ?     ??? uk0421_SMGF
                                         ?     ?  ??? se0206_XB58Z
                                         ?  ????  ?  ??? fi0468_107590
                                         ?  ?  ????  ?  ??? fi0471_128155
                                         ?  ?     ????  ??? se0467_SMGF
                                         ?  ?        ?????? se0466_SMGF
                                         ?  ?           ??? fi0112_SMGF
                                         ?  ?        ??? un0567_97451
                                         ?  ?     ?????? de0566_SMGF
                                         ?  ?     ?  ??? no0331_SMGF
                                         ?  ?     ????  ??? de0332_SMGF
                                         ?  ?  ????  ????  ??? us0334_SMGF
                                         ?  ?  ?  ?     ?????? un0333_70472
                                         ?  ?  ?  ?  ??? fi0655_SMGF
                                         ?  ?  ?  ????  ??? fi0367_SMGF
                                         ?  ?  ?     ????  ??? un0336_SMGF
                                         ????  ?        ????  ??? se0678_J6MN2
                                            ?  ?           ????  ??? se0215_SMGF
                                            ?  ?              ????  ??? se1030_SMGF
                                            ?  ?                 ?????? se0214_9PNYK
                                            ?  ?     ??? se0457_TDCEN
                                            ?  ?     ?  ??? us0470_YEV28
                                            ?  ?  ????????? de0469_79197
                                            ?  ?  ?  ?  ??? uk0465_HR6BF
                                            ?  ?  ?  ?????? uk0464_SMGF
                                            ?  ?  ?
                                            ?  ?  ?  ??? se1042_SMGF ????????????
                                            ?  ?  ?  ??? uk0974_SMGF            ?
                                            ?  ????  ??? ru0430_HKZTD           ?
                                            ?  ?  ?  ??? un0429_133692          ?
                                            ?  ?  ?  ??? ru0423_6DFWN           ?
                                            ????  ?  ??? fi0420_NJY5C           ?
                                               ?  ?  ??? ru0419_8G7J8           ?
                                               ?  ?????? ru0416_32DHP           ?
                                               ?     ??? se0330_SMGF            ? N1c-Rurikid
                                               ?     ??? ru0301_EAKVQ           ?
                                               ?     ?  ??? uk0460_PQAZ6        ?
                                               ?     ?????? fi0455_X7N7V        ?
                                               ?     ?  ??? se0389_SMGF         ?
                                               ?     ?  ??? ru0424_WYAK3        ?
                                               ?     ????  ??? un0368_S9NZK     ?
                                               ?        ????  ??? se0369_187619 ?
                                               ?           ?????? se0366_SMGF ???
                                               ?
                                               ?     ??? fi0422_SMGF
                                               ?     ??? no0376_SMGF
                                               ?  ????  ??? se0600_SMGF
                                               ?  ?  ????  ??? ru0449_158597
                                               ?  ?     ????  ??? pl0441_WT7FC
                                               ?  ?        ????  ??? dk0444_SMGF
                                               ????           ?????? fi0335_165730
                                                  ?  ??? pl0485_YXUBA
                                                  ?  ?     ??? fi0384_5N8PK
                                                  ?  ?  ????  ??? fi0267_SMGF
                                                  ????  ?  ?????? un0200_165365
                                                     ?  ?  ??? us0458_SMGF
                                                     ?  ?  ?     ??? no0710_SMGF
                                                     ????  ?  ?????? no0709_sw7s9
                                                        ?  ????  ??? de0386_100187
                                                        ?  ?  ????  ??? uk0385_97963
                                                        ????     ?????? us0226_SMGF
                                                           ?     ??? se0382_PHHDS
                                                           ?  ????  ??? fi0685_N72949
                                                           ?  ?  ????  ??? dk0343_SMGF
                                                           ?  ?     ????  ??? pl0504_SMGF
                                                           ????        ?????? pl0483_KABEC
                                                              ?  ??? dk0426_SMGF
                                                              ????  ??? lv0427_Z6FR9
                                                                 ????  ??? uk0205_83582
                                                                    ????  ??? fi0202_130908
                                                                       ????  ??? us0210_SMGF
                                                                          ????  ??? de0492_SMGF
                                                                             ?????? ru0487_KRZBS


[Dimitri]

Младофинны тоже целиком не вошли. Их самую молодую ветвь (похоже, карельскую) пришлось вырезать:

Код: [Выделить]

     ??? pl0401_2EC67
  ?????? fi0400_N29425
  ?  ??? ru0396_7Y4QF
???  ?     ??? ch0433_4DW8W
  ?  ?  ?????? ru0377_171894
  ????  ?  ??? se0219_GAB94
     ?  ?  ?  ??? fi0625_125442
     ????  ?  ?  ??? fi0780_D4G5C
        ?  ?  ?  ?     ??? fi0929_136286
        ?  ?  ?  ?     ??? un0923_178845
        ????  ?  ?     ?     ??? fi0933_103016
           ?  ?  ?  ????  ?????? fi0924_UHGPT
           ?  ?  ?  ?  ?  ?     ??? se0916_SMGF
           ?  ?  ?  ?  ?  ?  ????  ??? fi0720_170437
           ????  ?  ?  ????  ?  ????  ??? fi0948_SMGF
              ?  ?  ?     ?  ?     ?????? fi0414_164746
              ?  ?  ?     ????     ??? se0888_SMGF
              ?  ?  ?        ?  ?????? fi0887_98
              ?  ?  ?        ?  ?  ??? fi0927_SMGF
              ?  ?  ?        ????  ??? fi0926_SMGF
              ?  ?  ?           ?????? fi0925_167993
              ?  ?  ?              ??? fi0156_SMGF
              ????  ?     ??? fi0886_NZC4H
                 ?  ?     ??? fi0842_129251
                 ?  ?     ?  ??? fi0837_107166
                 ?  ?     ?  ?  ??? un0697_176424
                 ?  ?     ????  ?  ??? fi0857_147212
                 ?  ?     ?  ?  ?????? fi0651_SMGF
                 ?  ?  ????  ????  ??? fi0615_182459
                 ?  ?  ?  ?     ?  ??? fi0836_YAWRZ
                 ?  ?  ?  ?     ????  ??? fi0167_SMGF
                 ?  ?  ?  ?        ?????? fi0162_SMGF
                 ?  ?  ?  ?  ??? fi0701_SBCYW
                 ?  ?  ?  ?  ?  ??? fi0839_N25997
                 ?  ?  ?  ????  ??? fi0707_RKZRH
                 ?  ?  ?     ?  ?  ??? fi0928_S4MHM
                 ????  ?     ????  ??? fi0871_115620
                    ?  ?        ?  ??? fi0870_148831
                    ?  ?        ?????? fi0840_SMGF
                    ?  ?           ??? fi0732_63KTH
                    ?  ?           ??? fi0435_173823
                    ?  ?  ??? fi0970_152501
                    ?  ?  ??? fi0845_166588
                    ?  ?  ??? un0829_147210
                    ?  ?  ?  ??? fi0937_2KGZU
                    ?  ?  ?  ??? fi0832_FZ9D2
                    ?  ?  ?  ??? fi0703_R2UTH
                    ?  ????  ?  ??? fi1018_101845
                    ?  ?  ?  ?????? no0841_8RVZU
                    ?  ?  ?  ?  ??? fi0990_109267
                    ?  ?  ?  ?????? un0827_92724
                    ?  ?  ?  ?  ??? fi0730_186337
                    ?  ?  ?  ?  ??? fi0828_99533
                    ?  ?  ????  ?  ??? fi0975_6MXQ5
                    ?  ?     ????????? fi0963_SMGF
                    ?  ?     ?  ?  ??? fi0856_SMGF
                    ?  ?     ?  ?????? fi0838_147222
                    ?  ?     ?     ??? fi0731_N74893
                    ?  ?     ?  ??? us0831_SMGF
                    ?  ?     ?  ??? un0830_164898
                    ?  ?     ?  ?  ??? fi0966_SMGF
                    ????     ?  ?????? fi0965_SE5GP
                       ?     ????  ??? un0659_117563
                       ?        ?????? fi0649_165725
                       ?        ?  ??? fi0855_482VV
                       ?        ?  ?  ??? un0861_169004
                       ?        ????  ??? fi0680_190947
                       ?           ????  ??? fi0854_N41599
                       ?              ?????? fi0853_6XARN
                       ?     ??? fi0826_QXAXV
                       ?  ?????? fi0413_168585
                       ?  ?     ??? fi0753_175973
                       ?  ?     ??? fi0749_cmca3
                       ?  ?  ?????? fi0748_175648_175825_177053
                       ?  ?  ?  ??? fi0734_175827
                       ?  ?  ?     ??? un0884_158604
                       ?  ?  ?  ?????? fi0660_147208
                       ?  ?  ????  ??? se0477_N23704
                       ?  ?  ?  ????  ??? fi0991_123654
                       ?  ?  ?     ????  ??? fi0994_AATPU
                       ?  ?  ?        ?????? fi0993_188298
                       ?  ?  ?           ??? fi0992_165696
                       ?  ?  ?  ??? fi1061_9JPVD
                       ?  ?  ?  ??? fi0875_X59AG
                       ?  ?  ?  ??? fi0737_SMGF
                       ?  ?  ?  ??? ru0633_KAMU6
                       ?  ?  ????  ??? fi0746_9MJ97_XG5TQ
                       ?  ?  ?  ?????? fi0163_2V2V7
                       ?  ?  ?  ?  ??? un0968_131537
                       ?  ?  ?  ?  ??? fi0869_96238
                       ?  ?  ?  ????  ??? fi0834_169150
                       ?  ?  ?     ?  ??? fi0833_N25907
                       ?  ?  ?     ????  ??? fi0973_SMGF
                       ????  ?        ?  ??? fi0971_170711
                          ?  ?        ????  ??? fi0964_VR5JC
                          ?  ?           ????  ??? fi0972_109519
                          ?  ?              ????  ??? se0961_SMGF
                          ?  ?                 ?????? ru0653_B7FJ8
                          ?  ?  ??? fi0745_171387
                          ?  ?  ?     ??? fi1014_102979
                          ?  ?  ?  ?????? fi1012_7YZZY
                          ?  ?  ?  ?  ??? fi0941_174001
                          ?  ?  ????  ??? fi0165_178754
                          ?  ?  ?  ????  ??? fi0719_136546
                          ?  ?  ?     ?  ??? fi0715_SMGF
                          ?  ?  ?     ????  ??? fi0714_145305
                          ?  ????        ?  ??? fi0713_186801
                          ?  ?  ?        ????  ??? fi0962_190937
                          ?  ?  ?           ?????? fi0716_173786
                          ?  ?  ?     ??? fi0977_183223
                          ?  ?  ?  ?????? fi0634_B66AH
                          ?  ?  ?  ?  ??? fi0623_SMGF
                          ?  ?  ?  ?        ??? de0672_102785
                          ?  ?  ?  ?     ?????? fi0670_SMGF
                          ?  ?  ????  ????  ??? un0453_8P4ZR
                          ????     ?  ?  ?????? uk0452_SPF7H
                             ?     ?  ?     ??? uk0451_93830
                             ?     ????  ??? un0950_N54096
                             ?        ?  ?  ??? un0949_153925
                             ?        ????  ?  ??? fi0955_SMGF
                             ?           ????  ??? fi0954_SMGF
                             ?              ?????? fi0953_TQMUQ
                             ?                 ??? fi0952_146777
                             ?     ??? fi0740_N42934
                             ?     ?  ??? fi0683_PDMZX
                             ?     ?  ?  ??? fi0689_N81867
                             ?     ?  ????  ??? fi0620_158364
                             ?  ????  ?  ?????? fi0619_N50724
                             ?  ?  ?  ?  ??? fi0415_SMGF
                             ?  ?  ?  ????  ??? fi0676_B5KCH
                             ?  ?  ????  ????  ??? fi0613_877Z4
                             ?  ?     ?     ?????? fi0612_SMGF
                             ?  ?     ?  ??? fi0959_JQYX4
                             ?  ?     ?  ??? fi0882_SMGF
                             ?  ?     ?  ??? fi0878_104348
                             ?  ?     ?????? fi0877_ZU554
                             ?  ?        ??? fi0876_E473K
                             ?  ?        ?  ??? fi0880_165323
                             ?  ?        ?????? fi0879_N70099
                             ?  ?  ??? fi0866_RHFHN
                             ?  ?  ??? un0835_SMGF
                             ?  ?  ??? fi0795_5G942
                             ?  ?  ?  ??? fi0939_6R9VK
                             ?  ?  ?????? fi0817_ZKS6Z
                             ?  ?  ?  ??? se0852_138761
                             ?  ?  ?????? fi0849_WNJYW
                             ?  ?  ?  ??? fi0783_176538
                             ?  ?  ?????? fi0706_166468
                             ?  ?  ?  ??? us0695_SMGF
                             ?  ?  ?????? se0694_8VFM5
                             ?  ?  ?  ??? fi0851_N69524
                             ?  ?  ?  ??? fi0791_183409
                             ?  ?  ?  ??? fi0789_9UWZM
                             ?  ?  ?  ??? un0784_123491
                             ?  ?  ?  ?  ??? fi0792_X96R7
                             ?  ?  ?  ?  ??? fi0691_166101
                             ????  ?  ????  ??? fi0629_174003
                                ?  ?  ?  ????  ??? fi0727_174002
                                ?  ?  ?     ?????? fi0722_N18038
                                ?  ?  ?  ??? fi0956_145606
                                ?  ?  ?  ??? fi0850_S93DR
                                ?  ?  ?  ??? fi0799_190935
                                ?  ?  ?  ??? fi0645_SMGF
                                ?  ?  ?????? fi0644_94fas
                                ?  ?  ?  ??? fi0641_BTE7B
                                ?  ?  ?  ?  ??? fi1015_156713
                                ?  ?  ?  ?????? fi0819_SMGF
                                ?  ?  ?  ??? se1020_N88152
                                ?  ????  ?  ??? fi0704_42065
                                ?  ?  ????  ?  ??? fi0756_171551
                                ?  ?  ?  ?  ?????? un0405_170317
                                ?  ?  ?  ????  ??? fi0986_131543
                                ?  ?  ?     ?  ??? fi0754_165761
                                ?  ?  ?     ?  ??? fi0751_177063
                                ?  ?  ?     ?????? un0750_192503
                                ?  ?  ?        ?  ??? fi0864_167825
                                ?  ?  ?        ????  ??? fi0889_175299
                                ?  ?  ?           ?????? no0865_SMGF
                                ?  ?  ?  ??? ru0815_182945
                                ?  ?  ?  ??? fi0785_175574
                                ?  ?  ?  ?  ??? fi0892_4UDQ7
                                ?  ?  ?  ?????? fi0684_144073
                                ?  ?  ?  ?  ??? fi0755_SMGF
                                ?  ?  ?  ?????? fi0752_ZC95J
                                ????  ?  ?  ??? fi0717_174009
                                   ?  ?  ?????? fi0712_7DEY2
                                   ?  ????     ??? fi0938_N24394
                                   ?     ?  ?????? un0729_130738
                                   ?     ????  ??? fi0726_102558_170926
                                   ?     ?  ?????? fi0725_J4QZQ
                                   ?     ?  ??? fi0801_165695
                                   ?     ?  ?  ??? fi0951_131531
                                   ?     ?  ?  ??? un0848_158145
                                   ?     ?  ?  ??? fi0800_159537
                                   ?     ????  ??? fi0798_UMXQ6
                                   ?        ?  ??? fi0797_174007
                                   ?        ?  ??? fi0796_174011
                                   ?        ?????? un0794_166100
                                   ?           ??? fi0793_166099_166104
                                   ?           ??? fi0790_102503
                                   ?           ??? fi0788_166102
                                   ?           ??? fi0747_133747
                                   ?           ??? fi0739_170997
                                   ?        ??? fi0890_165714
                                   ?     ????  ??? fi0958_N17355
                                   ?     ?  ?????? fi0957_127164
                                   ?  ????     ??? no0820_XX4PS
                                   ?  ?  ?  ?????? fi0705_121501
                                   ?  ?  ????  ??? fi0404_183833
                                   ?  ?     ????  ??? fi0786_G5HSD
                                   ?  ?        ????  ??? se0681_SMGF
                                   ?  ?           ?????? fi0679_SMGF
                                   ????
                                      ??? N1c-Karelian


[Dimitri]

Наконец, последняя - карельская (?) ветка, самая молодая во всем дереве:

Код: [Выделить]

     ??? se0868_N11620
  ?????? fi0661_131519
  ?  ??? fi0711_M7KAX
  ????  ??? fi1022_184573
  ?  ?????? fi1013_109269
  ?  ??? un0168_130517
  ?  ?     ??? fi0728_N81632
  ????  ????  ??? un0858_157569
  ?  ?  ?  ?????? fi0843_179876
  ?  ????     ??? un1024_185414
  ?     ?  ?????? no0185_SMGF
  ?     ????  ??? fi0979_7UMKJ
  ?        ?????? fi0978_N8612
  ?  ??? fi0818_170717
  ?  ?  ??? fi0931_N31632
  ?  ?????? fi0782_FBZ83
  ?  ?  ??? fi0823_SMGF
  ????  ??? fi0822_N29238
  ?  ?  ??? fi0821_72CKB
  ?  ?  ??? fi0675_Q4B9R
  ?  ????  ??? fi1017_130654
  ?     ?????? fi1016_122762_122863
  ?     ?  ??? fi0909_N53179
  ?     ????  ??? fi0302_ASWKH
  ?        ????  ??? fi0666_131525
  ?           ?????? fi0665_151450
  ?     ??? fi0693_GBSER
  ?  ????  ??? fi0696_N7957
  ?  ?  ????  ??? fi0700_182658
  ?  ?     ?????? fi0692_157959
  ?  ?     ??? fi0846_N29056
  ?  ?  ?????? un0735_169033
  ?  ????  ??? fi0942_101222
  ?  ?  ?????? se0940_SMGF
  ????     ??? ru0164_97X5T
  ?  ?  ??? fi0921_Z3NMR
  ?  ?  ?  ??? fi0960_AJ5EM
  ?  ?  ?  ??? fi0905_32H69
  ?  ?  ?  ??? se0901_N10130
???  ?  ?  ??? fi0899_184237
  ?  ????  ??? fi0898_HRH7S
  ?     ?  ??? fi0667_DF5RE
  ?     ?  ?  ??? fi0946_N37051
  ?     ?  ?????? fi0910_92404
  ?     ????  ??? fi0935_F3P6R
  ?        ?????? fi0934_174005
  ?        ?  ??? fi0896_165833
  ?        ?????? fi0443_N69253
  ?        ?  ??? un1021_180436
  ?        ?  ??? fi0906_102561
  ?        ?  ??? fi0891_118852
  ?        ?  ?  ??? fi0932_183151
  ?        ????????? fi0911_SMGF
  ?           ?  ??? fi0914_N3577
  ?           ?  ??? fi0913_SK335
  ?           ????  ??? fi0917_N20875
  ?              ?  ??? fi0915_2P6RK
  ?              ?????? un0664_108481
  ?                 ?  ??? fi0918_100148
  ?                 ?????? un0912_109104
  ?  ??? fi0969_SMGF
  ?  ??? ru0806_9HQAA
  ?  ?  ??? fi0757_WTAQT
  ?  ?  ??? fi0626_144713
  ?  ?????? fi0410_157012
  ?  ?  ??? un0166_102172
  ?  ?  ??? ru0718_RRZ9B
  ?  ?  ?  ??? ru0811_BJCYQ
  ?  ????  ??? fi0803_113850
  ?  ?  ?  ?  ??? fi0824_110561
  ?  ?  ????????? fi0411_7CAYT
  ?  ?     ?  ??? fi0809_121715
  ?  ?     ?????? fi0807_113848
  ?  ?  ??? fi0922_5DPRT
  ?  ?  ?  ??? un0930_91633
  ?  ?  ?  ??? fi0897_116962
  ?  ????  ?  ??? fi1023_112093
  ????  ?  ?????? fi0908_N32164
     ?  ????  ??? fi0907_SMGF
     ?     ?  ??? se0904_VMNFC
     ?     ?  ??? fi0903_174006
     ?     ????  ??? fi0902_28FFH_3VJ9F
     ?        ?????? fi0900_185540
     ?        ?  ??? fi0895_9DQ2W
     ?        ?????? fi0894_SMGF
     ?  ??? no0844_N14587
     ?  ??? un0621_117997
     ?  ?  ??? fi0872_N25247
     ?  ?  ?  ??? fi0698_132919
     ?  ?  ?????? un0682_136429
     ?  ?  ?  ??? fi0860_129980
     ?  ?  ????  ??? fi0873_FEERY
     ?  ?  ?  ????  ??? fi0663_URMNA
     ????  ?     ?????? fi0662_101480
        ?  ?  ??? no0203_RHBCV
        ?  ?  ?     ??? fi0881_VGTTK
        ?  ????  ?????? fi0397_174729
        ?  ?  ?  ?  ??? fi0772_122095
        ?  ?  ????  ??? fi0743_136291
        ?  ?     ????  ??? se0945_FU9W4
        ?  ?        ?  ??? fi0943_160176
        ????        ?????? fi0883_155964
           ?           ?  ??? fi0947_D4HWH
           ?           ?????? fi0779_125338
           ?  ??? ru0847_100727
           ?  ?        ??? fi0967_SMGF
           ?  ?     ?????? fi0805_109270
           ?  ?     ?  ??? fi0776_184956
           ?  ?     ????  ??? fi0825_4DWYR
           ?  ?     ?  ?????? fi0787_170718
           ?  ?     ?     ??? fi0987_166175
           ?  ?  ????  ????  ??? fi0995_N29312
           ?  ?  ?  ?  ?  ?????? fi0988_167356
           ?  ?  ?  ?  ?     ??? fi0674_N64579
           ?  ?  ?  ?  ?     ?  ??? fi1008_R4TCS
           ????  ?  ?  ?     ?????? fi0648_172038
              ?  ?  ????     ?  ??? fi0658_N29829
              ?  ?     ?  ????????? un0657_107237
              ?  ?     ?  ?  ?  ??? fi0656_105759_114293_130904
              ?  ?     ?  ?  ?????? fi0654_114294
              ?  ?     ?  ?  ?  ??? lv0647_143230_143475
              ?  ?     ????  ?????? fi0646_170442
              ?  ?        ?     ??? fi0976_146503
              ?  ?        ?  ?????? fi0632_5ENCX
              ?  ?        ?  ?     ??? fi0627_XNVUV
              ?  ?        ????  ?????? fi0622_QS6XR
              ????           ?  ?  ??? fi0769_2RP96
                 ?           ????  ?  ??? fi0640_134761
                 ?              ?  ?????? fi0635_N22174
                 ?              ????  ??? fi0639_154614
                 ?                 ?  ??? fi0638_W7TEE
                 ?                 ?????? fi0637_UVDW9
                 ?                    ??? fi0630_8CCQ5
                 ?  ??? fi0766_KMESB
                 ?  ?        ??? ru0702_YX2AM
                 ?  ?     ?????? ru0673_R466E
                 ?  ?     ?  ??? fi0816_CSCXE
                 ?  ?     ????  ??? ru1002_163129
                 ?  ?     ?  ?????? fi0984_AF7KB
                 ?  ?  ????     ??? fi0813_SMGF
                 ????  ?  ?  ?????? fi0808_119197
                    ?  ?  ?  ?  ??? fi0802_178355
                    ?  ?  ????     ??? fi0650_SMGF
                    ?  ?     ?  ?????? fi0643_146787
                    ?  ?     ????  ??? fi0812_SMGF
                    ?  ?        ????  ??? se0874_KKDBE
                    ?  ?           ????  ??? fi0863_165183
                    ????              ?????? fi0862_RUKTS
                       ?  ??? un0767_176996
                       ?  ?  ??? fi0778_143873
                       ?  ????  ??? fi0814_149733
                       ?  ?  ?????? fi0642_HVMH7
                       ?  ?  ??? fi0760_N31407
                       ?  ?  ?  ??? fi0742_177430
                       ?  ?  ????  ??? fi1019_162567
                       ????  ?  ?????? fi0628_SMGF
                          ?  ?  ??? fi0773_SMGF
                          ?  ?  ??? fi0761_165729
                          ?  ?  ?  ??? fi0733_55660
                          ?  ?  ????  ??? fi0724_N9459
                          ?  ?  ?  ?????? fi0723_127598
                          ?  ?  ?     ??? fi0708_NZT6K
                          ????  ?  ??? fi0636_161831
                             ?  ?  ?  ??? us1053_SMGF
                             ?  ????????? se0652_5Y4G3
                             ?  ?  ?  ??? uk0671_N71094
                             ?  ?  ????  ??? fi0920_155857
                             ?  ?     ?????? fi0669_SMGF
                             ?  ?  ??? fi0768_164233
                             ?  ?  ??? fi0762_N29358
                             ?  ?  ??? fi0759_6QFUM
                             ????  ??? fi0738_136285
                                ?  ?  ??? fi0989_2AMTD
                                ?  ?????? fi0804_ANKWM
                                ?  ?  ??? fi0944_188005
                                ?  ?????? fi0859_162645
                                ?  ?  ??? fi0781_161665
                                ?  ?  ??? un0765_111650
                                ?  ?  ??? fi0764_N65153
                                ?  ????  ??? fi0867_165728
                                ?  ?  ?????? fi0763_159173
                                ?  ?  ?  ??? fi0741_U6ZD8
                                ?  ?  ?????? fi0690_E9UNC
                                ?  ?  ??? fi0758_117437
                                ?  ?  ?  ??? fi1068_N29573
                                ????  ?????? fi1067_SMGF
                                   ????  ??? fi0919_168206
                                   ?  ?????? un0893_178233
                                   ?  ?  ??? fi0770_92692
                                   ?  ?????? fi0736_175145
                                   ?     ??? fi0631_103768
                                   ?  ??? fi0810_WTD9K
                                   ?  ??? fi0624_160430
                                   ?  ?  ??? un0777_161335
                                   ????????? fi0771_140393
                                   ?  ?  ??? fi0885_181817
                                   ?  ????  ??? fi0744_SMGF
                                   ?     ????  ??? fi0775_2FSHV
                                   ?        ?????? fi0774_165372
                                   ?  ??? fi1066_175081
                                   ?  ?     ??? fi1065_N49535
                                   ?  ?  ????  ??? fi1064_176135
                                   ????  ?  ?????? fi1063_170044
                                      ?  ?  ??? fi1062_188473
                                      ?  ?  ??? fi1060_SMGF
                                      ????  ??? fi1059_190950
                                         ?  ??? fi1058_24620
                                         ?  ??? fi1057_GVN8H
                                         ?????? fi1056_N50225
                                            ??? us1055_SMGF
                                            ??? un1054_171429
                                            ??? fi0688_SMGF
                                            ??? fi0614_SMGF


[Dimitri]

Если кто-то захочет повторить мой эксперимент, прилагаю исходный файл для TNT (76x1071, 16 states). Буду рад увидеть дерево с весом меньшим 5604.

[mouglley]

В каком месте на Вашем дереве произошла мутация в N1c DYS459=9=>10?
В месте расхождения N1b и N1c? Позже,

Имеется ли на монгольских ветвях  N1c (если вышеназванная мутация произошла до их выделения) мутация DYS459=10=>9?

[mouglley]

Пока не нравится последовательнось выделения кластеров N1c1:
Сначала - Волга,
Потом яЯкуты,
Потом монголы.

Логичнее прямо противоположный порядок.

[Dimitri]

В каком месте на Вашем дереве произошла мутация в N1c DYS459=9=>10?
В месте расхождения N1b и N1c?

Чуть позже - сразу после того, как от основного ствола N1c отделился mn0070_SMGF - это, выходит, самый древний N1c (строго говоря, 100% уверенность в его N1c имеет только YPredictor).

Имеется ли на монгольских ветвях  N1c (если вышеназванная мутация произошла до их выделения) мутация DYS459=10=>9?

У большинства монголов (в том числе тех, кто сидит на выделенной ветке) DYS459 = (10,10).

[Dimitri]

Пока не нравится последовательнось выделения кластеров N1c1:
Сначала - Волга,
Потом яЯкуты,
Потом монголы.

Логичнее прямо противоположный порядок.

Согласен. Однако есть mn0070_SMGF, намекающий (с его DYS459=9) на существование еще более предковых гаплотипов в Монголии. Просто та монгольская ветка, что показана на дереве (с DYS459=10), видимо, молодая - следствие какого-то бутылочного горлышка.

Ну и потом та ветвь, что я назвал якутской (из уважения к Nimissin), по большей части тоже состоит из монгольских гаплотипов. Возможно, настоящая якутская ветвь будет ее подветвью.

[I2a1a]

Ув. Дмитрий,

Как всегда, отличный анализ.
Я хотел бы поинтересоваться, какие параметры поиска MP-деревьева Вы используете в TNT? И каким образом Вы кодируете  DYS-маркерные аллели - как аддитивные или как дискретные признаки?

Лично я использую утилиту, написанную ув. Игорем (Ovod). Она кодирует аллели, и записывает кодированные признаки в виде массива аддитивных признаков. Но если я верно помню,  в этой утилите есть ограничение по количеству маркеров =< 67 маркеров.


Далее, я бы порекомендовал использовать входящий в стандартный пакет TNT скрипт aquickie.run. Этот скрипт позволяет
a) производить отсеивание наиболее вероятных филогенетических деревьев-графов
встречающихся минимум 20 раз в параллельных независимых запусках алгоритма поиска MP дерева (finding optimal score 20 times independently, using default  of &34xmult&34  plus 10 cycles of tree-drifting (Goloboff  1999).
b) проводить оценку надежности (вероятности) топологии ребер филогенетического дерева-графа с помощью методов Bremer-support (вычисление количества дополнительных мутаций, необходимых для филогенетического коллапса имеющейся ветви)
с)  быстро определять дерево консенсуса (Goloboff &Farris 2001)
d) записывать на ребра графа синапоморфные признаки (потенциальные гомоплазии-мутации)
e)  определять групповую поддержку "клада" ветви с (гаплотипами)   с помощью алгоритма рандомизированного добавления произвольных гаплотипов в эту ветвь (TBR-swapping the trees found, keeping note of the number of steps needed to loose each group -labels on branches show absolute and relative bremer supports).
f) производить симметрический ресэмплинг выборки (resampling is done with 100 replications of symmetric   resampling (see Goloboff et al. 2003), analyzing each data
set with a single random addition sequence plus TBR (collapsing the resulting tree with TBR, see Goloboff &38  Farris, 2001).  The labels on branches show frequency and frequency differences (see Goloboff et al. 2003).)

[I2a1a]

Далее.

Я бы порекомендовал "реконструировать" укоренное дерево (rooted tree). Для этого необходимо в качестве первого таксона задавать парафилетический гаплотип (гаплотип, заведомо не входящий в массив всех остальных  и образующий паралелльную ветвь). В данном случае строится дерево NO, поэтому в качестве гаплотипа-outgroup лучше всего брать  любой 76 маркерный гаплотип из M-P256, S-    M230,P202, P204    или P-M230. Я не знаю, имеется ли 76 маркерный гаплотип в первых двух группах, но в наиболее протестированной группе P-M230 таковые точно имеются.

[mouglley]

Большое спасибо. за разъяснения.

Остальное погляжу чуть позже.

[I2a1a]

И последняя, но важная рекомендация.
Оценку возраста ветвей по ро-статистике мутаций можно производить с помощью скрипта Овода (rho.run).

[mouglley]

Далее, я бы порекомендовал использовать входящий в стандартный пакет TNT скрипт aquickie.run. Этот скрипт позволяет ...

Ух ты!
Вот за это, Вадим я и люблю Мурку.
Результат нагляден и достижим простым действием - безграничным доверием профессионализму уважаемого Valery.