Раскрыта тайна голубых глаз

[Anode]

Я к тому, что если есть корреляция, и рыжие были более сколонны к карциномам, чуствительны к солнцу, к термической боли итд - то они уходили на север. Т.е. голубые глаза скорее могли быть тоже результатом чисто отрицательной (как и рыжина) селекции. Ведь говорят же что рыжина была и у неандертальцев (если это конечно не ошибка) но на уже другом гене. Так и мутация голубизны глаз могла прийти 2мя разными источниками и необязательно межродственных браков. Затем одна (или все) из линий просто вымерла(и) по другим причинам и наблюдаем потомков только одной семьи.
Там же и повышенная чуствительность к боли, и прочие "недостатки" особенно в палеолите.
К тому - что белые были "изгоями", уходящими из Африк - на дикий холодный север, туда где мало солнца и трудно жить человеку палеолита. И там встречали себе подобных.

[I2a1a]

Я статьи не читал. Интересно, какую роль (какие веса в вычисление суммарной вероятности) имеют другие снипы (не OCA2 и не HERC2)?

OCA2 и HERC2 (HECT DOMAIN AND RCC1-LIKE DOMAIN 2)-это не снипы, а гены.

Из перечисленных снипов к OCA2 GENE имеют отношение (ассоциацию) снипы rs4778241, к HERC2 -rs12913832 (также промоутер гена OCA2), rs1129038, rs916977. 

И как они определяют - что вероятность голубого цвета глаз у тестируемого именно 97% (что они мне показывают в traits)?
23андме, насколько я понял, - только по rs12913832(?).

Возможно, там речь идет только о снипах, ассоциированных с OCA2.

Но ведь если говорится о 13ти снипах предкового "h-1" гаплотипа, и только для него (согласно
"The "h-1" haplotype found in homozygous state in 97% of individuals with blue eye color is composed as follows...") вероятность была бы 97%.
[/quote]

Короче говоря, в интроне 86 гена HERC2 находится регулятор усиливающий экспрессию (фенотипа голубоглазия) в соседнем гене OC2. У голубоглазых в этом регуляторе выявлена мутация, связанная с "эффектом основателя".

Haplotypes using 13 SNPs in the OCA2-HERC2 locus were
associated with brown and blue eye color in 200 parents
from 100 trios. Ten diVerent haplotypes were found where
the haplotypes h-1 to h-4 represented the blue eye color and
the haplotypes h-5 to h-10 represented the brown eye color
phenotypes BEY1 and BEY2 (

Гаплотип H-1 из снипедии именно из этой статьи. Похоже, что я ошибся с предковым значением. Несколько раз перечитал статью, и не понял в каком отношении к друг другу находятся снипы rs12913832 и rs12923832. Похоже, что один из них является консервируeтся сайленсером (это последовательность ДНК, с которой связываются белки-репрессоры (факторы транскрипции).

[I2a1a]

Я к тому, что если есть корреляция, и рыжие были более сколонны к карциномам, чуствительны к солнцу, к термической боли итд - то они уходили на север. Т.е. голубые глаза скорее могли быть чисто результатом селекции. Ведь говорят же что рыжина была и у неандертальцев (если это конечно не ошибка) но на уже другом гене. Так и мутация голубизны глаз могла прийти 2мя разными источниками и необязательно межродственных браков. Затем одна (или все) из линий просто вымерла(и) по другим причинам и наблюдаем потомков только одной семьи.

Вопрос о возможном горизонтальном трансфере генов рыжеволости от неандертальца к человеку обсуждался в статье группы Сванте Паабо (реконструкция генома неандертальца). Там же анализировались гаплотипы MC1R современного человека и неандертальца. Правда дискуссия была невнятной (т.к. этот вопрос не был главным предметом изучения в статье) и потонула в большом количестве информации (которой статья была перегружена).

[Anode]

Ну и светлоглазость (если она коррелирует с рыжиной) могла же так же как и рыжина прийти горизонтальным трансфером.
Обычно, люди отличающиеся от большинства - изгои. Люди, в качестве пары, ищут близкий себе генотип (не помню где читал - какой-то научпоп, но не жёлтая пресса, со ссылками, может также слушал в лекции), и сторонятся сильно отличающихся.
Не в этом ли причина многообразия фенотипов (типов черепов?) европейцев в отличие от, например, фенотипов других популяций?
Т.е. человечество развивалось в африканских центрах, а отдельные потоки отрицательно отселектированных на разных этапах - "вымывались" на холодный север и там...выживали таки.
А на первых этапах исхода из африканских и ближневосточных центров, тогдашних "нерезиновсков", на дикий север - мутанты были изгоями. Ценность голубых глаз появилась значительно позже - как продукт выжившей культуры самих северян и генов которые уже позже от них распространились.
Интересно, если провести опрос среди каких-то изолированных бушменов - как они оценят "бледнолицых"? (какова вероятность принятия голубоглазого блондина или рыжего в ихнее племя?)

[I2a1a]

Люди, в качестве пары, ищут близкий себе генотип (не помню где читал - какой-то научпоп, но не жёлтая пресса, со ссылками, может также слушал в лекции), и сторонятся сильно отличающихся.

Наоборот. Классический пример HLA-MHC и выбор сексуальных партнеров.

It has been suggested that MHC plays a role in the selection of potential mates, via olfaction. MHC genes make molecules that enable the immune system to recognise invaders; in general, the more diverse the MHC genes of the parents the stronger the immune system of the offspring. It would be beneficial, therefore, to have evolved systems of recognizing individuals with different MHC genes and preferentially selecting them to breed with.

Yamazaki et al. (1976) showed this to be the case for male mice, which show a preference for females of different MHC. Similar results have been obtained with fish.In 1995, Swiss biologist Claus Wedekind determined MHC-dissimilar mate selection tendencies in humans. In the experiment, a group of female college students smelled t-shirts that had been worn by male students for two nights, without deodorant, cologne, or scented soaps. An overwhelming number of women preferred the odors of men with dissimilar MHCs to their own. However, their preference was reversed if they were taking oral contraceptives.The hypothesis is that MHCs affect mate choice and that oral contraceptives can interfere with this. A study in 2005 on 58 test subjects found that the women were more indecisive when presented with MHCs similar to their own.However, without oral contraceptives, women had no particular preference, contradicting the earlier finding. However, another study in 2002 showed results consistent with Wedekind's—paternally inherited HLA-associated odors influence odor preference and may serve as social cues.In 2008, Peter Donnelly and colleagues proposed that MHC is related to mating choice in some human populations.Rates of early pregnancy loss are lower in couples with dissimilar MHC genes

[Anode]

Наоборот. Классический пример HLA-MHC и выбор сексуальных партнеров.

Но ведь скорость рекомбинации может значительно отличаться у разных народов:
http://www.sciencedaily.com/releases/2010/09/100905161912.htm

Т.е. если скорость гена рекомбинации низкая - популяция будет искать непохожих, а
если высокая - то наоборот - "сходится".

Если ученье про микросателлиты профессора сэра Алика Джефри верно, то можно поспекулировать, что у популяций типа исландцев или скандинавов, которые женятся там на несколькоюродных сестрах, и не хотят смотреть на генетически отличающихся от них - скорость внутренней рекомбинации и так высокая. И наоборот - те популяции которые охотно перемешиваются - имеют низкую скорость рекомбинации (вот им и нужен естественный приток других генов, чтобы вылечить накопившиеся болячки).

Те эксперименты делали вроде в северных колледжах, если мне склероз не изменяет.

Я конечно не генетик, поправьте если "гоню".

[I2a1a]

Думаю, что рекомбинация здесь не имеет никакого значения.

[Anode]

Да, похоже Вы правы:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1626373/
(и выборки были сделаны из только белых британских студентов)

я же в свою очередь всё же попробую позже раскопать - где я находил обратное высказывание..

[I2a1a]

Да, похоже Вы правы:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1626373/
(и выборки были сделаны из только белых британских студентов)

я же в свою очередь всё же попробую позже раскопать - где я находил обратное высказывание..

Дело в том, что регион MHC-HLA расположенный на 6 хромосоме, скорее всего, характеризуется крайне мизерной рекомбинацией. Интуитивно это и так понятно, т.к. этот комплекс, отвечая за иммунитет человека, имеет крайне важное эволюционное значение. Очевидно, что существуют какие-то биохимические (и генетические) механизмы, тормозящие рекомбинацию и тем самым усиливающие роль консервативного естественного отбора.

Именно поэтому локусы  MHC-HLA одни из самых часто используемых в популяционных исследованиях аутосомных локусов. Поскольку рекомбинация локусов низкая, популяционные генетики выявили несколько десятков гаплотипов (правда, эти гаплотипы серологические, и к сожалению на основании данных 23andme эти гаплотипы реконструировать невозможно).  Все эти гаплотипы "генеалогически информативные" (подобно Y-STR и митогаплотипам), т.к., согласно консенсусу популяционных генетиков, восходят к серии (отдельных) общих предков. Правда, в силу влияния мощного позитивного отбора, оценка возраста большинства этих гаплотипов затруднительна. Однако ясно, что эти возраста (точки коалисценции гаплотипных линияжов) оценивается в десятки тысяч лет.


 

[Anode]

Может как раз те микросателлиты или что-то подобное - и есть тот механизм обратной связи - который тормозит рекомбинацию в одном, но ускоряет её в других регионах? Или како-то другой подобный код.

Кстати, раз уж зашла речь о стремлении популяций к разнообразию, т.е. гетерозиготности - мне вот что непонятно:
Почему Швеция, Нидерланды и Норвегия - во все года входят в первую десятку списка стран с наименьшей смертностью среди мужчин (наибольшей продолжительностью жизни), а Исландия - на первом месте вообще (link), и это при том, что Исландия - это страна с наибольшей гомозиготностью (здесь линк как и выше не на науч.статью, но врать с точностью до наоборот вроде не должны)


(хотя, казалось бы всё должно быть наоборот)

[Valikhan]

А мне вот что интересно. Вот эта I у алтайцев не могла ли принести в своих аутосомах те мутации, что обсуждаются в этой теме?

http://genofond.ru/default2.aspx?s=0&p=701

На гистограмме показаны характерные для алтайцев в целом гаплогруппы Y хромосомы: почти половина всех вариантов Y хромосомы представлена гаплогруппой  R1a. Второе место поделили гаплогруппы Q и N. Далее по частоте следует гаплогруппа I, примыкающая к спектру редких для Алтая гаплогрупп.

...Гаплогруппы I и O вообще не обнаружены у северных алтайцев, а у южных алтайцев их суммарная частота достигает 20%.

[I2a1a]

Мое мнение о низкой рекомбинации MHC-HLA локусов подтверждается авторитетным мнением генетиков

Psoriasis and psoriatic arthritis: an integrated approach
 By Kenneth B. Gordon, Eric M. Ruderman

The MHC genes characteristically display strong linkage disequilibrium (LD) because of low recombination

http://www.illumina.com/products/mhc_mapping_panel.ilmn

The MHC Mapping Panel employs a commonly used approach for association mapping genetic regions of interest that utilizes interrogation of evenly-spaced SNPs, an approach that has an emphasis on tag SNPs. This panel also has excellent coverage with respect to linkage disequilibrium (LD - non-random allele pairing). LD occurs at an unexpectedly high rate in the MHC region, influenced principally by low recombination rates and often involving extended haplotypes.

http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/276/1657/657.full

The effective rate of recombination in the MHC is reduced by functional epistasis (Gregersen et al. 2006) and haplotype block (haploblock) structure (Stenzel et al. 2004). This reduces the efficiency of purifying selection to remove recessive deleterious mutations (Haddrill et al. 2007). Some of those mutations become fixed in all copies of a particular haploblock in a process analogous to Muller's ratchet (Muller 1932).

и т.д.

[I2a1a]

Может как раз те микросателлиты или что-то подобное - и есть тот механизм обратной связи - который тормозит рекомбинацию в одном, но ускоряет её в других регионах? Или како-то другой подобный код.

Кстати, раз уж зашла речь о стремлении популяций к разнообразию, т.е. гетерозиготности - мне вот что непонятно:
Почему Швеция, Нидерланды и Норвегия - во все года входят в первую десятку списка стран с наименьшей смертностью среди мужчин (наибольшей продолжительностью жизни), а Исландия - на первом месте вообще (link), и это при том, что Исландия - это страна с наибольшей гомозиготностью (здесь линк как и выше не на науч.статью, но врать с точностью до наоборот вроде не должны)

Насчет генетического механизма образования регионов быстрой рекомбинации , warwick давал на этом форуме ссылку на новую статью, где описывается наличие генов, ускоряющих процесс рекомбинации (не могу сейчас ее найти).

Что касается гомозиготности  -дык,  это элементарно. Высокий уровень гомозиготности в северных странах - явный сигнал  изолированости этих популяций (и как следствие -высокого уровня эндогамных браков).

[I2a1a]

А мне вот что интересно. Вот эта I у алтайцев не могла ли принести в своих аутосомах те мутации, что обсуждаются в этой теме?

http://genofond.ru/default2.aspx?s=0&p=701

Цитирую по ссылке:

На гистограмме показаны характерные для алтайцев в целом гаплогруппы Y хромосомы: почти половина всех вариантов Y хромосомы представлена гаплогруппой  R1a. Второе место поделили гаплогруппы Q и N. Далее по частоте следует гаплогруппа I, примыкающая к спектру редких для Алтая гаплогрупп.

Никто еще не показал/доказал наличие ассоциации Y-хромосомных маркеров и аутосомных маркеров, отвечающих за цвет глаз. Но, впрочем, это интересный предмет для GWAS исследования. Думаю, что результаты исследования были бы интересны в первую очередь молекулярным антропологам.

[I2a1a]

Да, забыл добавить.

Низкая рекомбинация MHC-HLA локусов и как следствие высокое LOD (linkage disequillibrium-неравновесное сцепление) -явный сигнал естественного отбора.