Раскрыта тайна голубых глаз

[Centurion]

причем вариация цвета глаза (коричневый-голубой) обусловлена всего одним полиморфизмом -транзицией A в G.

А у тебя A или G?

[I2a1a]

The mutations responsible for the blue eye color most
likely originate from the neareast area or northwest part of
the Black Sea region, where the great agriculture migration
to the northern part of Europe took place in the Neolithic
periods about 6–10,000 years ago (Cavalli-Sforza et al.
1994).
The high frequency of blue-eyed individuals in the Scandinavia
and Baltic areas indicates a positive selection for
this phenotype (Cavalli-Sforza et al. 1994; Myant et al.
1997). Several theories has been suggested to explain the
evolutionary selection for pigmentation traits which include
UV expositor causing skin cancer, vitamin D defficiency,
and also sexual selection has been mentioned. Natural
selection as suggested here makes it difficult to calculate
the age of the mutation.

Как Вы видите, авторы объясняют эту мутацию в том же ключе, что и Овод. Место возникновения мутации скорее всего произвольно, в духе общей парадигмы неолитической смены населения, которую рьяно защищает Лука Кавалли-Сфорца. Высокий процент голубоглазых в регионе Скандинавии и Балтики объясняется естественным отбором. "Возраст" мутации -6000-10000- взят исключительно из-за привязки мутации к неолиту. Как совершенно закономерно указывают авторы, наличие естественного отбора существенно затрудняет оценку "возраста мутации". Большинство методов оценки возраста мутации исходит из модели нейтральных мутаций (в том числе и STR-мутации), и поэтому с трудом применимы к мутациям связанным с естественным отбором. Нейтральная мутация -эта мутация которая не является ни положительной, ни отрицательной. К мутациям плана относятся наследственные изменения, волос, растительного покрова, веснушки и не влияющие на шансы на выживание.

Интересно отметить, что еще в 2006 году Эйсберг (один из авторов обсуждаемой статьи) считал, что голубоглазие -это нейтральная мутация. Но как видно из конечного варианта статьи 2008 года, голубоглазие уже связывается с позитивным естественным отбором (т.е эта положительная мутация).

[Asmat headhunter]

вскоре удастся вычислить и модальный гаплотип этого человека.

Я не думаю, что вероятность того, что это I1 - 100%.

[I2a1a]

причем вариация цвета глаза (коричневый-голубой) обусловлена всего одним полиморфизмом -транзицией A в G.

А у тебя A или G?

Это снип rs12923832 - 23andme его не генотипирует (а зря!). Цвет глаз там предсказывается по аллелям снипa rs1393350 гена TYR  и гена OCA2 (расположеного кстати рядом с геном HERC2), который контролирует 74% вариаций цвета глаз.

Поскольку у меня  аллели гена OCA2 гомозиготны -GG -то согласно 23ия, вероятность того, что у меня голубые глаза 72%. На самом деле глаза у меня зеленые.

Так что не все так просто. Думаю, что предикт цвета глаз на основании аллелей HERC2 более надежен. Но, как я уже говорил, в чипсете 23ия (по крайней мере v2) снипов HERC2 нет.   

[I2a1a]

Речь шла о гаплотипе, в статье  при описании гаплотипов указан именно rs12923832. Ошибка авторов?

Searching for the possible regulatory element in the conserved sequence revealed the transcriptional binding sequence TAAATGTCAA (match 0.92, the rs12923832 A-allele is in bold) for the homeodomain transcription factor Cdx-1, and the corresponding G-allele results in a swift
binding to the homeodomain transcription factor Nkx-2.5 (TAAGTGTCAA, match 0.98, the G-allele is in bold).

[I2a1a]

Да, я ошибся. 23ия типирует rs12913832

   Gene    Position    SNP    Versions    Vadim Verenich's Genotype
   HERC2    26039213    rs12913832    A or G    GG

[JaG]

Типирует 4 из этих 13

rs4778241
rs12913832
rs7183877
rs8028689

[I2a1a]

Спасибо, Jag.

part of a haplotype spanning 166kB on chromosome 15, defined by 13 SNPs listed below, found in 97% of all Caucasians with blue eyes. In this haplotype, variations in rs1129038 and rs12913832 are relatively common in Caucasians though rare among other ethnic groups.

The "h-1" haplotype found in homozygous state in 97% of individuals with blue eye color is composed as follows
rs4778241(C)
rs1129038(A)
rs12593929(A)
rs12913832(G)
rs7183877(C)
rs3935591(G)
rs7170852(A)
rs2238289(T)
rs3940272(C)
rs8028689(T)
rs2240203(A)
rs11631797(G)
rs916977(G)

[Anode]

BTW название 3 работ, на которые ссылаются:

[Sturm et al. (2008) . “A single SNP in an evolutionary conserved region within intron 86 of the HERC2 gene determines human blue-brown eye color.” Am J Hum Genet 82(2):424-31.]

[Eiberg et al. (2008) . “Blue eye color in humans may be caused by a perfectly associated founder mutation in a regulatory element located within the HERC2 gene inhibiting OCA2 expression.” Hum Genet 123(2):177-87.]

[Kayser et al. (2008) . “Three genome-wide association studies and a linkage analysis identify HERC2 as a human iris color gene.” Am J Hum Genet 82(2):411-23.]

[Clavis]

я задался вопросом: сколько поколений прошло между мутацией и появлением голубоглазых, с чего мог начаться отбор (еще вопрос, назвать ли его "естественным"??). Если их культура допускала браки между двоюродными, то внук и внучка первого мутанта (если оба унаследовали мутантный ген), поженившись, обнаружили каждого четвертого своего ребенка голубоглазым. В этом случае первым объектом отбора стали правнуки мутанта. Если же в этой культуре практиковались экзогамные браки, могло пройти довольно много поколений до появления голубоглазых.

[Farroukh]

Я о том же. Голубоглазость - явление рецессивное. И если оно сохранилось в масштабах целых популяций, стало быть, мы имеем дело с эндогамией. Древние I1 были явно эндогамны, если рецессивные признаки (голубые глаза, светлые волосы) стали преобладающими у значительной части населения Северной Европы. Не берусь проводить прямых параллелей между калашами, будухцами и нордидами, но что-то общее в этом механизме осветления есть.

[I2a1a]

Да, а фтдна типирует только 2 снипа из вышеприведённого списка (и есть снип - которого нет у 23андме):
rs2238289 АА  <- у меня не совпадает с вышеприведённым "rs2238289(T)"!
rs8028689 ТТ <- ок

BTW глаза у меня скорее серые, чем голубые

Василий,

В гаплотипе h-1 в скобках указано предковое значение аллеля, а не аллель, ассоциированный с голубым цветом глаз. 

[Anode]

Я статьи не читал. Интересно, какую роль (какие веса в вычисление суммарной вероятности) имеют другие снипы (не OCA2 и не HERC2)?

И как они определяют - что вероятность голубого цвета глаз у тестируемого именно 97% (что они мне показывают в traits)?
23андме, насколько я понял, - только по rs12913832(?).
Но ведь если говорится о 13ти снипах предкового "h-1" гаплотипа, и только для него (согласно
"The "h-1" haplotype found in homozygous state in 97% of individuals with blue eye color is composed as follows...") вероятность была бы 97%. А по эргодической теореме (если я не совсем забыл универ за много лет) - вероятность при несовпадении любого из 13ти снипов будет уменьшаться с 97% (?).
Т.е. если бы 23андме протестировали бы у меня и rs2238289 (который есть у фтдна) - то вероятность бы уменьшилась и уж точно не была бы 97%. Это я рассуждаю по аналогии с вычислением полусовпадений в HIR регионах.
Так, или я туплю?

[Anode]

На самом деле, конечно, гадать ведь можно сколько угодно (А может, другие аллели из 13ти, вообще могут иметь отрицательный знак и там будет совсем другая статистика, если без HERC2? А может есть зависимость HERC2 от OCA2 о которой где-то говорится? И тогда 23андме, тестируя только OCA2, может и сказать что-то о главном определителе цвета. Итд). Короче Пастерна^Wстатьи я не читал но уже 23андме критикую. Честно говоря, я надеялся получить "шорткат", "на шару" (от людей - кто читал).

[Anode]

я задался вопросом: сколько поколений прошло между мутацией и появлением голубоглазых, с чего мог начаться отбор (еще вопрос, назвать ли его "естественным"??). Если их культура допускала браки между двоюродными, то внук и внучка первого мутанта (если оба унаследовали мутантный ген), поженившись, обнаружили каждого четвертого своего ребенка голубоглазым. В этом случае первым объектом отбора стали правнуки мутанта. Если же в этой культуре практиковались экзогамные браки, могло пройти довольно много поколений до появления голубоглазых.

Кстати, вот вспомил, что "ген рыжести" - тоже ведь рецессивный (на 16 хромосоме, протеин MC1R) и есть корерляция с голубыми глазами. Вот этот вопрос бы поизучать. "Рыжий рыжий конопатый" сам по себе вряд ли был признаком положительной селекции [Harding et al. (2000)], в отличие от.
А ведь говорится о возрасте рыжей мутации от 20000 до 100000 лет назад. (http://en.wikipedia.org/wiki/Red_hair).