Y-хромосома не имеет пары, поэтому до последнего времени считалось, что она является "деградирующей свалкой" генетического материала. Бытовало мнение, что отсутствие возможности исправления возникающих ошибок приводит к постепенной инактивации генов Y-хромосомы.
Y-хромосома – не такая уж "беспомощная", как было принято считать ранее, и обладает высокоэффективными механизмами самовосстановления. Их изучение также может иметь большое значение в решении вопроса о происхождении человека.
Y-хромосома противостоит деградации за счёт наличия палиндромов. Палиндромы или т.н. зеркальные последовательности, в общем случае представляют последовательности из двух одинаковых частей, расположенных в противоположных направлениях (например, палиндромом будет число 20200202). В случае ДНК палиндромом будет последовательность азотистых основ, например, АТЦАГЦ ЦГАЦТА. Так вот, проведённый анализ показал, что из 50 млн. нуклеотидов Y-хромосомы более 6 млн. являются палиндромами, разбросанными по хромосоме. Длина наибольшей из обнаруженных последовательностей составляет 3 млн. нуклеотидов.
Многие из установленных генов Y-хромосомы находятся в палиндромах. Таким образом, отсутствие копии гена в хромосоме-гомологе компенсируется за счёт наличия его на другом конце палиндромной последовательности. Утверждается, что в данном случае мутантная копия исправляется за счёт процесса т.н. конверсии – однонаправленного переноса генетической информации. "Перетасовка" генов способствует элиминации мутантных копий гена. Группа Пейджа подсчитала, сколько таких замен в расчёте на одно поколение должно произойти, чтобы сохранить исходную последовательность. Согласно полученных ими результатов, Y-хромосома каждого из мужчин содержит, по крайней мере, 600 нуклеотидов, которые отличаются от таковых в хромосоме его отца. Установленный уровень изменчивости в тысячи раз превышает таковой для естественных мутаций.