Новички R1a: интерпретация, советы

[varang]

Так Данте из сделанных Вами  самый важный тест. Его надо сразу слать на Yfull.

[Viktor97]

Загрузил, жду проверки файла и результата.
Еще интересно, что до этого делал тест в Ancestry, и по этому тесту Morley предсказал R1a-L1029, по сделанному в FTDNA невген предсказывает ту же группу.
А FTDNA указывает лишь R-M198...

[varang]

Загрузил, жду проверки файла и результата.
Еще интересно, что до этого делал тест в Ancestry, и по этому тесту Morley предсказал R1a-L1029, по сделанному в FTDNA невген предсказывает ту же группу.
А FTDNA указывает лишь R-M198...

FTDNA намеренно очень конерсервативно предсказывает, чтобы мотивировать делать снипы отдельно. Хотя тактика сомнительная, прямо  скажем. Не многие, выложив уже прилично денег,  от общего М198 загораются тестироваться дальше.
Я сегодня кому-ту писал письмо, не Вам? Там Камша Белгородской области был.

Вас YFull определил уже предварительно в дереве?

[Viktor97]

Загрузил, жду проверки файла и результата.
Еще интересно, что до этого делал тест в Ancestry, и по этому тесту Morley предсказал R1a-L1029, по сделанному в FTDNA невген предсказывает ту же группу.
А FTDNA указывает лишь R-M198...

FTDNA намеренно очень конерсервативно предсказывает, чтобы мотивировать делать снипы отдельно. Хотя тактика сомнительная, прямо  скажем. Не многие, выложив уже прилично денег,  от общего М198 загораются тестироваться дальше.
Я сегодня кому-ту писал письмо, не Вам? Там Камша Белгородской области был.

Вас YFull определил уже предварительно в дереве?

Нет, письмо не мне писали.
YFull не подошла ссылка (пытался скормить прямую ссылку с данте). Сейчас качаю файл 50ГБ, потом буду в облако загружать, скорее всего пару дней займёт. Или есть более оптимальный способ?

[NathanS]

Загрузил, жду проверки файла и результата.
Еще интересно, что до этого делал тест в Ancestry, и по этому тесту Morley предсказал R1a-L1029, по сделанному в FTDNA невген предсказывает ту же группу.
А FTDNA указывает лишь R-M198...

FTDNA намеренно очень конерсервативно предсказывает, чтобы мотивировать делать снипы отдельно. Хотя тактика сомнительная, прямо  скажем. Не многие, выложив уже прилично денег,  от общего М198 загораются тестироваться дальше.
Я сегодня кому-ту писал письмо, не Вам? Там Камша Белгородской области был.

Вас YFull определил уже предварительно в дереве?

Нет, письмо не мне писали.
YFull не подошла ссылка (пытался скормить прямую ссылку с данте). Сейчас качаю файл 50ГБ, потом буду в облако загружать, скорее всего пару дней займёт. Или есть более оптимальный способ?

Попробуйте применить WGSExtract к скаченному BAM файлу: http://dnagenics.com/adn/wgs-extract-by-marko-bauer/
Вроде надо выбрать скаченный BAM и далее Y-DNA: Generate BAM file that contains both Y and mtDNA
Созданный файл будет существенно меньше и его можно загрузить на Google Drive.

[Viktor97]

Загрузил, жду проверки файла и результата.
Еще интересно, что до этого делал тест в Ancestry, и по этому тесту Morley предсказал R1a-L1029, по сделанному в FTDNA невген предсказывает ту же группу.
А FTDNA указывает лишь R-M198...

FTDNA намеренно очень конерсервативно предсказывает, чтобы мотивировать делать снипы отдельно. Хотя тактика сомнительная, прямо  скажем. Не многие, выложив уже прилично денег,  от общего М198 загораются тестироваться дальше.
Я сегодня кому-ту писал письмо, не Вам? Там Камша Белгородской области был.

Вас YFull определил уже предварительно в дереве?

Нет, письмо не мне писали.
YFull не подошла ссылка (пытался скормить прямую ссылку с данте). Сейчас качаю файл 50ГБ, потом буду в облако загружать, скорее всего пару дней займёт. Или есть более оптимальный способ?

Попробуйте применить WGSExtract к скаченному BAM файлу: http://dnagenics.com/adn/wgs-extract-by-marko-bauer/
Вроде надо выбрать скаченный BAM и далее Y-DNA: Generate BAM file that contains both Y and mtDNA
Созданный файл будет существенно меньше и его можно загрузить на Google Drive.

Спасибо за ответ, но судя по всему эта программа только для Windows (ссылка на версию для МакОС скачивает MacPorts а не эту программу).
Но я нашел способ для линукса/мака/Windows (для тех кто не хочет 2ГБ программу качать), не знаю где его лучше описать, напишу тут:

Устанавливаем программу samtools http://samtools.sourceforge.net/
В командной строке пишем:
samtools view -b ORIGINAL_BAM.bam {Y,MT} > NEW_BAM_Y_MT.bam

У меня исходный БАМ был 48ГБ, новый -- 0.2ГБ . Жаль понял как это сделать только сегодня)

[Semargl]

Загрузил, жду проверки файла и результата.
Еще интересно, что до этого делал тест в Ancestry, и по этому тесту Morley предсказал R1a-L1029, по сделанному в FTDNA невген предсказывает ту же группу.
А FTDNA указывает лишь R-M198...

FTDNA намеренно очень конерсервативно предсказывает, чтобы мотивировать делать снипы отдельно. Хотя тактика сомнительная, прямо  скажем. Не многие, выложив уже прилично денег,  от общего М198 загораются тестироваться дальше.
Я сегодня кому-ту писал письмо, не Вам? Там Камша Белгородской области был.

Вас YFull определил уже предварительно в дереве?

Нет, письмо не мне писали.
YFull не подошла ссылка (пытался скормить прямую ссылку с данте). Сейчас качаю файл 50ГБ, потом буду в облако загружать, скорее всего пару дней займёт. Или есть более оптимальный способ?

Попробуйте применить WGSExtract к скаченному BAM файлу: http://dnagenics.com/adn/wgs-extract-by-marko-bauer/
Вроде надо выбрать скаченный BAM и далее Y-DNA: Generate BAM file that contains both Y and mtDNA
Созданный файл будет существенно меньше и его можно загрузить на Google Drive.

Спасибо за ответ, но судя по всему эта программа только для Windows (ссылка на версию для МакОС скачивает MacPorts а не эту программу).
Но я нашел способ для линукса/мака/Windows (для тех кто не хочет 2ГБ программу качать), не знаю где его лучше описать, напишу тут:

Устанавливаем программу samtools http://samtools.sourceforge.net/
В командной строке пишем:
samtools view ORIGINAL_BAM.bam {Y,MT} > NEW_BAM_Y_MT.bam

У меня исходный БАМ был 48ГБ, новый -- 1.7ГБ. Жаль понял как это сделать только сегодня)

C этого и надо было начинать Все программы по биоинформатике заточены под *NIX. Для Windows только костыли в виде указанной выше программы.

Желательно проиндексировать файл перед обрезкой. Так вы поймете что со скаченным файлом все в порядке.
samtools index ORIGINAL_BAM.bam
samtools view -b ORIGINAL_BAM.bam Y MT > NEW_BAM_Y_MT.bam

[Viktor97]

Да, в исходном сообщении ошибка, там надо -b добавить (исправил). А индекс я у Данте скачал.
Теперь файл вообще 200МБ, можно жить

[ArthurWer]

Всем доброго времени суток!

Подскажите, пожалуйста, какую информацию можно вытянуть из трех тестов Y-37 R-M198 не делая BIG-Y?

Образец 1

13   26   16   10   11-15   12   12   10   13   11   30    15   9-10   11   11   24   14   20   34   12-14-15-16  12   11   20-23   16   16   17   18   36-38   12   11


Образец 2 (старообрядец)

13   25   16   11   11-15   12   12   10   13   11   30  15   9-9-9   11   11   25   14   20   31   12-12-14-14-16-16 12   12   19-23   15   16   17   20   33-37-37   12   11


Образец 3 (старообрядец)

13   26   17   11   11-14   12   12   11   13   11   30 16   9-10   11   11   22   14   20   33   12-14-15-16 11   13   19-23   16   15   19   19   34-40   15   11

Образец 1
я бы с осторожностью предположил ветку R-Y2902. Процентов наверное 80%...

Образец 2 - вероятно R-YP617. Возможно YP573+ и YP569+

Образец 3 - вероятно Z92

Вы оказались правы:) Сегодня получил результаты БИГа по Образцу номер 2. Определило, как R-YP1698

[eugen 25]

Судя по датировке ветвей после Y5570, то возможный период 3 - 9 века, повезет если уже был протестирован не особо дальний родственник.

может это добавит задора: я как раз заказал апгрейд с Y-37 до BIG Y своему родственнику, и ему уже по результатам сделанных 111 маркеров предиктор показывает ветку Y5570. Может и мой образец какой-то родней  окажется))

Раззадорился на биг)

[Lesla]

Судя по датировке ветвей после Y5570, то возможный период 3 - 9 века, повезет если уже был протестирован не особо дальний родственник.

может это добавит задора: я как раз заказал апгрейд с Y-37 до BIG Y своему родственнику, и ему уже по результатам сделанных 111 маркеров предиктор показывает ветку Y5570. Может и мой образец какой-то родней  окажется))

Раззадорился на биг)

Вступайте в наши ряды прокаченных Y5570!)))
У Вас какой номер в ФТДНА?

[eugen 25]

Судя по датировке ветвей после Y5570, то возможный период 3 - 9 века, повезет если уже был протестирован не особо дальний родственник.

может это добавит задора: я как раз заказал апгрейд с Y-37 до BIG Y своему родственнику, и ему уже по результатам сделанных 111 маркеров предиктор показывает ветку Y5570. Может и мой образец какой-то родней  окажется))

Раззадорился на биг)

Вступайте в наши ряды прокаченных Y5570!)))
У Вас какой номер в ФТДНА?

Не рано, на 37?

[eugen 25]

Судя по датировке ветвей после Y5570, то возможный период 3 - 9 века, повезет если уже был протестирован не особо дальний родственник.

может это добавит задора: я как раз заказал апгрейд с Y-37 до BIG Y своему родственнику, и ему уже по результатам сделанных 111 маркеров предиктор показывает ветку Y5570. Может и мой образец какой-то родней  окажется))

Раззадорился на биг)

Вступайте в наши ряды прокаченных Y5570!)))
У Вас какой номер в ФТДНА?

Не рано, на 37?

Пошли "умные" вопросы от новичка)
В RussiaDNA  вступил, IN68309

[Lesla]

Раззадорился на биг)

Вступайте в наши ряды прокаченных Y5570!)))
У Вас какой номер в ФТДНА?

Не рано, на 37?

Шансы есть. Ну если не Y5570, то YP569 вполне вероятно. На то он и Big Y, чтобы разрешить все сомнения.

[Lesla]

В RussiaDNA  вступил, IN68309

Хорошо, что Вы на форуме о себе заявили. А то я грешным делом не разобрался и решил, что кто-то из иностранцев в RussiaDNA  вступил и поместил Ваш гаплотип сначала в Unassigned. Фамилия у Вас необычная.
Перенес авансом в R1a1a1b1: Z282+, Z280+, Z92+, Y4459+, YP569+ "Veneds" (please, order Big Y)