А почему именно эти субсклады, интуиция, опыт? И , получается, чтобы исследовать свою основную ветвь я могу сэкономить на маркерах, скажем заказать штук 20, но уже совершенно близких к теме, так, получается?
Максимально глубоко уточнить свое положение на филогенетическом дереве можно двумя способами.
1) Тест NGS (Big Y, FGC, YSEQ и тп). Сразу все и без мороки, но дорого.
2) Определить макроветку, для которой существует снип-пакет. Для R1a существую следующие пакеты снипов:
- R1a-backbone - максимально подробно рассматривает макроветви R1a-M458 и R1a-L664. Совсем поверхностно R1a-Z280 и R1a-Z93
- R1a-Z284 пакет - проверяет только снипы ниже Z284
- R1a-Z280 пакет - проверяет только снипы ниже Z280
- R1a-Z93 пакет - проверяет только снипы ниже Z93
Определять макроветвь нужно для того, чтоб выбрать оптимальный снип-пак. Определиться можно или увеличением количества маркеров и/или заказом определенного снипа.
После определения макроветви заказывается нужный снип-пак.
Для R1a 17 маркеров _обычно_ малоинформативны. Минимальный набор для начала обычно рассматривают 37 маркеров. Иногда по ним со 100% уверенностью тоже не получается определить принадлежность к Z280 или Z93.
Бывает что сделали 111 маркеров и рядом с вашим гаплотипом есть кто-то, кто уже уточнил свою терминальную ветвь. В таком случае вам повезло и можно тестировать снипы уже точечно. И тд и тп
В вашем конкретном случае, можно протестировать снип Z280 или Z93 и про результату заказать R1a-Z280 или R1a-Z93 SNP Pack. Это если интересует только положение на дереве, те субклад. Если интересуют матчи (совпадения) по STR, то без увеличения количества маркеров никуда ни деться.