АвторТема: Новички R1a  (Прочитано 517119 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: Y20653 R1a1a1b2a2a1c2
Re: Новички R1a
« Ответ #5445 : 18 Июль 2018, 15:46:23 »
Дедушку по отцу я не знаю (мой отец родился после курортного роман бабушки, москвич возможно в Севастополе отдыхал).

Делал полноэкзомное секвенирование. 8 гигов сырых прочтений анализировал сам, то есть знаю не про консервативные регионы, а только про точечные мутации SNP в кодирующей части моего генома:

Y20653 = R1a1a1b2a2a1c2~
YP569   = R1a1a1b1a2a1


$ join <(awk '!/a-zA-Z/{print $4"\t"$2}' Human.tsv|grep -v [a-zA-Z]|sort)  <(awk '$1~/Y/' *Y.vcf|cut -b6-|sort)|column -t|cut -b1-155|grep DPB=[6-9]
...
7945943   R1b1a1b1a1a4b       .  C            A            18.6853     .  AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.01
8216663   R1a1a1b2a2a1c2~     .  T            C            9.77845     .  AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;
9644653   R1a1a1b1a2a1        .  T            C            241.029     .  AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=0;GTI=

$ awk '!/a-zA-Z/{print $0}' Human.tsv|egrep '13463746|14498990|9644653|7945943|8216663'
FGC37090   R1b1a1b1a1a4b      rs973606404   7945943   8077902   C->G
Page7   R1a1a1      rs34297606   14498990   12387195   C->T
Y20653   R1a1a1b2a2a1c2~      rs868184685   8216663   8348622   T->C
YP569   R1a1a1b1a2a1      rs113596929   9644653   9807044   T->C
ZS750   B2a1a1a1b~      rs77470218   13463746   11308070   G->A



DP=9 глубина прочтения для YP569
DP=8 глубина прочтения для Y20653

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 4940
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2129/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Новички R1a
« Ответ #5446 : 18 Июль 2018, 16:10:38 »
Дедушку по отцу я не знаю (мой отец родился после курортного роман бабушки, москвич возможно в Севастополе отдыхал).

Делал полноэкзомное секвенирование. 8 гигов сырых прочтений анализировал сам, то есть знаю не про консервативные регионы, а только про точечные мутации SNP в кодирующей части моего генома:

Y20653 = R1a1a1b2a2a1c2~
YP569   = R1a1a1b1a2a1


$ join <(awk '!/a-zA-Z/{print $4"\t"$2}' Human.tsv|grep -v [a-zA-Z]|sort)  <(awk '$1~/Y/' *Y.vcf|cut -b6-|sort)|column -t|cut -b1-155|grep DPB=[6-9]
...
7945943   R1b1a1b1a1a4b       .  C            A            18.6853     .  AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=3.01
8216663   R1a1a1b2a2a1c2~     .  T            C            9.77845     .  AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;
9644653   R1a1a1b1a2a1        .  T            C            241.029     .  AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=0;GTI=

$ awk '!/a-zA-Z/{print $0}' Human.tsv|egrep '13463746|14498990|9644653|7945943|8216663'
FGC37090   R1b1a1b1a1a4b      rs973606404   7945943   8077902   C->G
Page7   R1a1a1      rs34297606   14498990   12387195   C->T
Y20653   R1a1a1b2a2a1c2~      rs868184685   8216663   8348622   T->C
YP569   R1a1a1b1a2a1      rs113596929   9644653   9807044   T->C
ZS750   B2a1a1a1b~      rs77470218   13463746   11308070   G->A



DP=9 глубина прочтения для YP569
DP=8 глубина прочтения для Y20653
FGC37090 - гаплогруппа R1b
Y20653 - макроветвь R1a-Z93
YP569 - макроветвь R1a-Z280
результаты противоречивые, хотя качество наивысшее у YP569. Возможно вы из этой ветви https://www.yfull.com/tree/R-YP569/

Оффлайн R1a1a1b1a2a1

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: Y20653 R1a1a1b2a2a1c2
Re: Новички R1a
« Ответ #5447 : 18 Июль 2018, 19:58:00 »
В пользу азиатскй макроветви R1a-Z93 говорит неожиданное монгольское пятно у сына.

Касательно ZS750   B2a1a1a1b
13463746  B2a1a1a1b~          .  G            A            41.2286     .  AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14
по ней качество прочтения еще выше, сходить в другую тему?

Наивысшее качество сидит себе спокойненько в консервативных интронах наверно, жаль не читал код всей хромосомы  типа BigY.

Исключаю FGC37090 - гаплогруппа R1b, поскольку другая замена нуклеотида и низкое качество:
7945943   R1b1a1b1a1a4b       .  C            A            18.6853     .  AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6

Могу для уточнения проверить аутосомные компоненты R1a, что советуете?
« Последнее редактирование: 18 Июль 2018, 20:31:56 от R1a1a1b1a2a1 »

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 4940
  • Страна: hr
  • Рейтинг +2129/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Новички R1a
« Ответ #5448 : 18 Июль 2018, 22:09:19 »
В пользу азиатскй макроветви R1a-Z93 говорит неожиданное монгольское пятно у сына.

Касательно ZS750   B2a1a1a1b
13463746  B2a1a1a1b~          .  G            A            41.2286     .  AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14
по ней качество прочтения еще выше, сходить в другую тему?

Наивысшее качество сидит себе спокойненько в консервативных интронах наверно, жаль не читал код всей хромосомы  типа BigY.

Исключаю FGC37090 - гаплогруппа R1b, поскольку другая замена нуклеотида и низкое качество:
7945943   R1b1a1b1a1a4b       .  C            A            18.6853     .  AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.5;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6

Могу для уточнения проверить аутосомные компоненты R1a, что советуете?
Самое высокое качество чтения снипа, оно складывается из множества параметров, у YP569 = 241.029. Если следовать приведенным вами данным.
Проще сделать тест на Y в одной из лабораторий, а не гадать по Y, охваченных в экзоме.

DP это просто статистика по покрытию в глубину, но не говорит о качестве маппирования и прочтения этого участка.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5479
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1626/-11
  • Главный редактор RJGG
  • мтДНК: H1b
Re: Новички R1a
« Ответ #5449 : 02 Август 2018, 07:48:23 »

Оффлайн AV

  • Сообщений: 3
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: R-M198
Re: Новички R1a
« Ответ #5450 : 13 Август 2018, 15:03:08 »
Здравствуйте!

Пришли результаты: R-M198

Номер набора FTDNA: B258454
Проекты:
Finland DNA
Karjala DNA
White Sea Karelian
R1a & all subclades
R1a Project
RussiaDNA
« Последнее редактирование: 13 Август 2018, 15:10:15 от AV »

Оффлайн kurganov4

  • Сообщений: 307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Илья
    • деревня Рязанка Тамбовская область
  • Y-ДНК: R1a-M458 (YP1137)
Re: Новички R1a
« Ответ #5451 : 13 Август 2018, 15:34:38 »
Здравствуйте!

Пришли результаты: R-M198

Номер набора FTDNA: B258454

Здравствуйте,
похоже что Вы на ветке L1029.
Будете ли делать тестирование снипов?

Оффлайн AV

  • Сообщений: 3
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: R-M198
Re: Новички R1a
« Ответ #5452 : 13 Август 2018, 16:06:20 »
Здравствуйте,
похоже что Вы на ветке L1029.
Будете ли делать тестирование снипов?

Вероятно, буду, а каких? Пока еще разбираюсь с этим плохо. Или стоит сперва доделать Y с 37 до 111?

Оффлайн Global Verona

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: R1a-M198 предположительно L1280
Re: Новички R1a
« Ответ #5453 : 14 Август 2018, 03:25:16 »
Добрый день.

Московской лабораторией ДНК-генеалогии у меня предварительно выявлен R1a L1280 по 27 маркерам:

DYS393 ---13
390 ------ 25
19 ------ 16
391 ------ 11
385a ----- 11
385b ----- 13
439 ------ 11
389-I ---- 13
392 ------ 11
389-II ----- 30
458 ------ 14
437 ------ 14
448 ----- 20
449 ----- 33
460 ------ 11
Y-GATA-H4 ------- 13
456 ----- 16
576 -------- 17
570 ------ 19
438 -------- 11
481 ------- 24
533 ------ 12
635 -------- 23
627 ------ 17
518 ------- 42
F387S1 ------- 37-38

Что скажете?

Оффлайн kurganov4

  • Сообщений: 307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Илья
    • деревня Рязанка Тамбовская область
  • Y-ДНК: R1a-M458 (YP1137)
Re: Новички R1a
« Ответ #5454 : 14 Август 2018, 10:23:24 »
Здравствуйте,
похоже что Вы на ветке L1029.
Будете ли делать тестирование снипов?

Вероятно, буду, а каких? Пока еще разбираюсь с этим плохо. Или стоит сперва доделать Y с 37 до 111?

Лично я не рекомендовал бы Вам увеличивать количество STR маркеров (если нет конкретных людей для сравнения). Ясности в определении снипов это вряд ли внесёт.
Лучше сделать для начала снип пак - "R1a backbone" в ФТДНА или "M458 panel" в Yseq. Так Вы определите свою веточку и если в этой ветке будет достаточно людей с которыми можно сравнивать STR на больших панелях (67 или 111), то подумать над заказом Y67 или Y111.
Но если есть возможность - берите сразу bigY (или аналогичный тест в других конторах).

Если брать снипы точечно, то с учетом вашего месторасположения я бы предсказал Вам что-то из нашего YP417. Глубже есть несколько вариантов - так что дешевле снип пак заказать.

Оффлайн AV

  • Сообщений: 3
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: R-M198
Re: Новички R1a
« Ответ #5455 : 15 Август 2018, 14:04:32 »
Лично я не рекомендовал бы Вам увеличивать количество STR маркеров (если нет конкретных людей для сравнения). Ясности в определении снипов это вряд ли внесёт.
На данный момент совпадений по Y-12 - 53 страницы списка (в том числе с дистанцией 1, но с другими гаплогруппами, по Y-25 - 7 человек, по Y-35 - ни одного.

Лучше сделать для начала снип пак - "R1a backbone" в ФТДНА или "M458 panel" в Yseq. Так Вы определите свою веточку и если в этой ветке будет достаточно людей с которыми можно сравнивать STR на больших панелях (67 или 111), то подумать над заказом Y67 или Y111.
Но если есть возможность - берите сразу bigY (или аналогичный тест в других конторах).
"R1a backbone" - а где продаются снип-паки? В какой вкладке?

Если брать снипы точечно, то с учетом вашего месторасположения я бы предсказал Вам что-то из нашего YP417. Глубже есть несколько вариантов - так что дешевле снип пак заказать.
Все мои предки по отцовской линии до 1600-х годов - карелы (карелы-людики), проживали в Карелии.

Оффлайн grimsvotn

  • МЖМ Y-DNA: I1-L1248+ Y20842+ (South Scandinavia, Germanic tribes AD) RU-SE
  • Сообщений: 5218
  • Страна: england
  • Рейтинг +1097/-1
  • Neolithic Era
    • I1-L1248 haplogroup project
  • Y-ДНК: R-FGC11555 (Eastern)
  • мтДНК: T1a-T152C! RU-UA-IRL (Anatolian neolithic farmers)
Re: Новички R1a
« Ответ #5456 : 15 Август 2018, 16:34:35 »
Добрый день.

Московской лабораторией ДНК-генеалогии у меня предварительно выявлен R1a L1280 по 27 маркерам

Что скажете?

Добрый день!
А какова география Ваших ДНК-кузенов и откуда предки по прямой линии?

Оффлайн Global Verona

  • Сообщений: 2
  • Страна: ru
  • Рейтинг +0/-0
  • Y-ДНК: R1a-M198 предположительно L1280
Re: Новички R1a
« Ответ #5457 : 15 Август 2018, 17:58:30 »

Добрый день!
А какова география Ваших ДНК-кузенов и откуда предки по прямой линии?

Географию пока уточнить не могу, поскольку не получил данные глубокого анализа (будут в сентябре), так что пока приходится пользоваться общей картой L-1280, которая, как известно, рисует самый мощный кластер в Польше и Восточной Германии. Клесов также называет Сербию в статье о венетах. Статистика по L-1280, как вы знаете, слабая, отсюда сложности с достоверной кластеризацией.
Поляком, балтом, пруссом себя совершенно не ощущаю, а вот карпатско-адриатическим человеком, едва ли не румыном - да! Отец много времени проводил на Адриатике. Кроме того, по непонятным причинам мы потомственные англоманы начиная с моего прадеда. В этой связи ранее уверенно предполагал у себя "кельтскую" R1b, но после статей Клесова с цитатами из Юстина и Цезаря понимаю, почему так могло получиться... кельтология с опорой на атлантический субстрат - фейк на фейке (в основном, британский и Нового Времени).

Предки по прямой мужской линии из зажиточного томского купечества (фамилия Ясников, деревня с одноименным названием Ясниково находится в Московской области). По боковым же линиям - вообще все "прививки" суть инородцы как раз восточнонемецкого и польского происхождения, в отличие от ПМЛ достоверно известные мне биографически, но к Y-ДНК они отношения, разумеется, не имеют (если исключать адюльтер).

Оффлайн kurganov4

  • Сообщений: 307
  • Страна: ru
  • Рейтинг +96/-0
  • Илья
    • деревня Рязанка Тамбовская область
  • Y-ДНК: R1a-M458 (YP1137)
Re: Новички R1a
« Ответ #5458 : 15 Август 2018, 18:07:44 »

"R1a backbone" - а где продаются снип-паки? В какой вкладке?

Все мои предки по отцовской линии до 1600-х годов - карелы (карелы-людики), проживали в Карелии.

Личный кабинет ФТДНА - вверху ADD ONS & UPGRADES - далее Advanced Tests - Buy Now --> выбираете test type "snp pack", а в поле Marker пишите "R1a - Backbone SNP Pack " --> жмёте find --> add. Он у Вас в корзине. Сейчас скидка на него.

Есть парочка выявленных YP418 из Приозерского района. Один из них Y62988.
Возможно есть некая карельская ветка у нас. Интересно будет узнать.

Оффлайн Glimmed

  • Шла бы ты домой ......
  • Сообщений: 114
  • Страна: ru
  • Рейтинг +23/-4
  • Одисей
  • Y-ДНК: YP 417
  • мтДНК: X2d1
Re: Новички R1a
« Ответ #5459 : 15 Август 2018, 18:36:55 »

"R1a backbone" - а где продаются снип-паки? В какой вкладке?

Все мои предки по отцовской линии до 1600-х годов - карелы (карелы-людики), проживали в Карелии.

Личный кабинет ФТДНА - вверху ADD ONS & UPGRADES - далее Advanced Tests - Buy Now --> выбираете test type "snp pack", а в поле Marker пишите "R1a - Backbone SNP Pack " --> жмёте find --> add. Он у Вас в корзине. Сейчас скидка на него.

Есть парочка выявленных YP418 из Приозерского района. Один из них Y62988.
Возможно есть некая карельская ветка у нас. Интересно будет узнать.
У меня  Y62988 (Yfull 70897), не понимаю почему  я из Приозерского района и из карельской ветки?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100