Слав, это мой родственник по линии МЖЖММ. Что ты имеешь ввиду под сложным вариантом? Какие есть гипотезы и какие эконом-идеи для их проверки?
Сложный - когда генетическое окружение "разношерстное" и на одной генетической дистанции, без фаворитов.
Возможно спецы по характерным мутациям могут что-то более конкретное предложить.
А я, на свой любительский взгляд, - апгрейд до 67 маркеров. Может быть более устойчивое генетическое окружение проявится и можно будет предположить более специализированный снип-пак, чем общий R1a - Backbone.