Гаплофрики и псевдоРюриковичи N1c1

[Valery]

На мой взгляд, спор в данном случае не имеет смысла потому, что пока вообще открыт вопрос о временной оценке.

Открыт вопрос об абсолютной временной оценке, мы же интересуемся в данном случае относительной. Если выборка содержит определенную долю признаков не поддерживающих одновременное древовидное представление, т.н. несовместимых, то по мере увеличения размера выборки трудность реконструкции дерева будет увеличиваться вместе с увеличением количества оптимальных решений. STR У-хромосомы - одна из самых неприятных разновидностей молекулярных признаков, из-за огромной скорости мутаций. Грубо говоря, чем больше утекает времени, тем больший хаос обнаруживается в мутациях STR-локусов. Можно даже указать классы задач где в зависимости от размера выборки количество оптимальных решений будет расти комбинаторно. Как это связано со временем (в обычно смысле слова)? Очень просто. Чтобы найти правильное дерево, надо принимать во внимание все большее количество новых данных - практически столько сколько на данный момент доступно. При этом чем древнее гг тем бОльшее количество данных требуется для классификации ветвей. Но чем больше данных мы вовлекаем тем больше хаоса имеем, и поэтому для древних гг требуется бОльшее количество признаков чем для молодых. Если для основных вопросов классификации ветвей N1 хватает за глаза 67, то для R1a этого совершенно недостаточно. Я уж не говорю про генеалогические вопросы.

Причины всего этого очень глубокие, я бы даже сказал философские Тот кто создавал наш мир, совершенно не имел целью что-то протоколировать и вести какой-либо журнал. Но в то же время и не пытался специально заметать следы. Типа что сможете прочитать - то и прочитаете. Но человек хочет большего, он желает знать о событиях, которые нельзя восстановить с вероятностью 100%. Значит, требуется комбинаторный перебор вариантов прошлого, с целью найти тончайшие улики. Но подобный анализ обходится дорого и тем дороже, чем более давние события нам требуется восстановить.

[Yurgan]

Если для основных вопросов классификации ветвей N1 хватает за глаза 67, то для R1a этого совершенно недостаточно. Я уж не говорю про генеалогические вопросы.

Жаль, что Вы себе хотя бы 67 маркеров не сделали, если попытались сделать дерево, то сразу было бы понятно, что 67 даже для N1c1 недостаточно.

[Valery]

я ссылаюсь здесь на Маугли, так как сам не анализировал деревья N1. С другой стороны, спасибо за поддержку в данном споре, Вы привели хороший аргумент

[Valery]

Судя по топику на Родстве, кое-кто вступил в открытое пререкательство с тов. Сталиным. Остается только гадать когда товарищ Сталин позвонит товарищу Ягоде (или тов. Ежову, всех не упомнишь, быстро они меняются на Родстве).

[shekhol]

Неверная аналогия. "Метровые предметы" в нашей ситуации отличаются друг от друга теми же самыми признаками которыми различаются "миллиметровые", одни и те же значения локусов вскакивают в самых разных гаплогруппах. Сказанное Вами было бы верно только в случае, когда древо бьюнмановское, то есть каждое изменение состояния признака встречается в нем только один раз. Но такое неверно даже для снипов.

Попытка иллюстрации слов Валерия:

http://tinyurl.com/4y24fyq

A, B, C восходят к одному предку вo время t=0, у B и C - общий предок в t=T1.
Но в t=Т2 C оказывается по стандартному гаплотипу ближе к A, чем к B. Только по достаточному количеству "меток" (снипов и схожими с ними индикаторов) можно восстановить истинную степень родства.

JaG, спасибо за иллюстрацию.
Фактически всё выше сказанное опровергает сказанное Валерием.

Для малых генетических дистанций требуется больше маркеров, ибо такие вот ситуации с "петлями",
возникающие на 500 летнем дереве требуют бОльшей точности для выявления предельно малых ген. дистанций в гаплотипах соседних веток,
и распутав при помощи N маркеров такие вот веточки на 500 летнем дереве с точностью скажем до 20%, для бОльшего дерева в 2-4 раза с бОльшими "петлями" или такими же (такой же ген. дистанцией или более) потребуются всё те же N маркеров, а не в 2-4 раза больше.

[shekhol]

Однако, всё  это "цветочки".
Как сказал Иван, нет хорошего соответствия между временем и количеством мутаций.
На больших дистанциях это приводит к полной оторванности от реальности.

[Valery]

shekhol, я не имею ни времени ни желания Вас убеждать, прежде всего потому что Вы уже знаете истину Кстати, не Вы единственный кто сталкиваясь с сабжем, приходил к аналогичному мнению. Множество всех кто интересовался деревьями, как биологов так и не-биологов, можно разделить на две части: в одной будут те кто ставит на первое место комбинаторную сложность проблемы, в другой - все остальные, т.е. игнорирующие комбинаторный аспект в пользу какой-либо иной точки зрения. В то же время, на практике, я не встречал подходов, которые дают удовлетворительное решение проблемы, не привлекая комбинаторные методы, для У-хромосомы таких решений пока точно нет.

[Valery]

Ваше упорство наводит меня на мысль (несколько обнадеживающую ) что Вы все-таки имели в виду другую задачу, заведомо более простую. Например:

1. Какое минимальное число локусов требуется, чтобы с вероятностью 0.95 сказать, что данные два гаплотипа относятся к далеким гг (скажем ВБОП > 25000 лет)?

2. Какое минимальное число локусов требуется, чтобы с вероятностью 0.95 сказать, что данные два гаплотипа имеют ВБОП < 500 лет?

К данному кастрированному случаю Ваши рассуждения применимы в полной мере. Действительно, уже на 37 локусах первая задача вполне решабельна без СНиПов, а вот со второй, как следует из многостраничной тягомотины с Лжерюриковичами, справиться непросто и на 67. Но эту закономерность нельзя обобщать на случай, когда требуется изнать истину в ее последней форме - в виде дерева. Здесь наоборот чем дальше назад тем больше требуется признаков для подавления шумовых эффектов.

[VVR]

Например, основываясь не на теоретических, а на практических данных, полученных и проверенных мной. За 300 лет в двух случаях - 1 мутация, а в одном - 3. То есть можно предположить, что за 3000 лет может быть 10, а может и 30. А если гаплотип 200 маркеров, то еще хуже. То есть потомки от одного предка, теоретически могут иметь количество мутаций, отличающийся порядком.

Т.е. Вы предполагаете, что теория расходится с практикой. Можно конечно предполагать, а можно просто применить теорию и посчитать вероятность такого количества мутаций.
За 300 лет получается абсолютно реальная вероятность от 1 до 4 мутаций(на 67м гт). Меньше вероятность, но тоже вполне реальная 0 и 5 мутаций. Всё это вписывается в теоретическое распределение вероятности.
10 и 30 мутаций за 3000 лет - это Вы конечно широковато диапазон взяли, а вот 15-25 абсолютно реально. Именно поэтому категорически не рекомендуется оценивать возраст по двум гаплотипам. Больше статистики (больше гт и больше маркеров) - точнее результат.
Уточню, что я говорил о рельных мутациях. Но есть возвратные. Гаплотип может иметь за 3000 лет 14 реальных мутаций, а наблюдаемых(которые мы увидим) только 10. Также влияют популяционные факторы. Много других нюансов. Поэтому оценка возраста и филогенетические построения(по STR-маркерам) - это сложнейшие задачи, которые либо не имеют однозначного решения(филогения), либо имеют большие погрешности(оценка возраста).
Т.е. если понимать все эти нюансы, очевидно, что расхождений между теорией и практикой нет.

[Иван Карцов]

Да, теория может расходиться или не расходится с практикой для исследованных отдельно взятых родов. А вот для тысяч лет теории расходиться не с чем. Там нет практики. Поэтому теория, в принципе, может быть любой! можно методы комбинаторики, можно первое уравнение кинетики или закон Ома:) Может я и загнул насчет 10-30 мутаций за 3000 лет, а может и нет. Да я и не настаиваю.
Вот если взять отдельный древний род, поднять генеалогию (чего, кстати, у Макдональдов толком не сделано), провести ДНК-тесты для приличной выборки, а на это можно и формулы применять, но потом. А то у нас уже формул куча, и графики с хорошей линейностью, а практические результаты все в сорону тянут. Взяли Рюриковичей (вроде, родословные росписи есть, а ясности нет, хоть их уже с десяток почти набралось).
Малая статистика - хороший аргумент! Когда у меня было всего два теста, то Клесов говорил - "нельзя сравнивать два гаплотипа!". Теперь три. Опять нельзя! Ждем четвертый и пятый;)

[VVR]

Я думал, что Вы хотите разобраться в этих вопросах, поэтому попытался объяснить, но раз Вам уже всё ясно, то можете продолжать иронизировать.

[Andr]

Nekoi Ha(a)m(m)er iz Estonii imeet variazhskiy gaplotip blizskiy Rurikovicham
http://www.ysearch.org/alphalist_view.asp?uid=&letter=H&lastname=Haamer&viewuid=GKKUK&p=0

No on padazrevaet svaio yevreyskoe praiskhozhdeniye. Kagda to slyshal, kak uzhe pakoinyi atets gavaril na strannom dialekte, blizskom nemetskomu. Yest' i drugie priznaki. Yeshchio adin emigrant iz Kalifata Kordoby ?

Paprosil yevo sdelat' apgreid do 67-mi markerov.

[Clavis]

Однако, всё  это "цветочки".
Как сказал Иван, нет хорошего соответствия между временем и количеством мутаций.
На больших дистанциях это приводит к полной оторванности от реальности.

Не могу согласиться с такой формулировкой. При  равных условиях, а именно одинаковом количестве общих маркеров у двух наших современников, чем раньше жил их общий предок, тем с большей абсолютной погрешностью и с меньшей относительной погрешностью определяется ВБОП.
Как калиброваться на больших временных дистанциях? Есть некоторые идеи. В северо-восточной Азии есть представители субклада, характерного для индейцев Америки, пока это только два эвена, но если кто-то поставит такую цель, можно найти и других. Самый древний известный науке представитель субклада с условным именем Шука Каа жил на островке возле Аляски (тогда, вероятно, это был полуостров) 10300 лет назад. Несколько ранее жил общий предок азиатских и американских представителей субклада. У американцев и азиатов надо проверить все известные снипы и определить у каждого 111 маркеров. Всего-то делов 

[Idle]

Великий Князь утверждает, что Конфуций из рода Руси, гаплогруппа N1c1. Недавно китайцы вынимали тело Конфуция из могилы - нашли рыжего европейца 190 см ростом. Потом срочно его опять захоронили.

Кто нибудь знает его генетические данные?

Ведь Кубарев говорит, что Конфуций есть Иисус Христос Златоуст из Рюриковичей. Похоронен в 1054 году. По хроникам якобы вторично захоронен с особыми почестями (типа 1500 лет пролежал до того).

Поэтому интересен гаплотип фамилии Кун в Китае - есть там финно-угорские данные?

[Аббат Бузони]

Такие исследования проводились, гаплогруппа N1с.