АвторТема: Dodecad Ancestry Project  (Прочитано 136391 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн sanych_85

  • Сообщений: 370
  • Страна: ru
  • Рейтинг +27/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b
  • мтДНК: H, H6a1b (по отцу)
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #435 : 11 Август 2011, 00:35:40 »
Цитировать
Сформировал файл genotype.txt после запуска R
Запустил калькулятор для Windows с заданным параметром dv3.par в коммандной строке
И... после работы калькулятора не обнаруживаю никакого нового файла с результатами.
В чем-то допускаю ошибку?

UPD: получилось при запуске через R. Всё работает. Получил адмикс отца:
East_European                                                     4.46%
West_European                                                    19.09%
Mediterranean                                                       33.84%
Neo_African                                                          0.09%
West_Asian                                                          24.50%
South_Asian                                                         0.36%
Northeast_Asian                                                   0.19%
Southeast_Asian                                                   1.49%
East_African                                                         0.94%
Southwest_Asian                                                  12.28%
Northwest_African                                                 2.52%
Palaeo_African                                                      0.25%

Практически эталонный Ashkenazi Jews по Бехару (Behar).

А через Оракл Дайнекеса прогоняли?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #436 : 11 Август 2011, 23:56:43 »
А через Оракл Дайнекеса прогоняли?

Всё четко:

> DodecadOracle(c(4.46, 19.09, 33.84, 0.09, 24.5, 0.36, 0.19, 1.49, 0.94, 12.28, 2.52, 0.25))
      [,1]                   [,2]     
 [1,] "Ashkenazi_D"          "1.3184"
 [2,] "Ashkenazy_Jews"       "1.5723"
 [3,] "Morocco_Jews"         "8.7769"
 [4,] "S_Italian_Sicilian_D" "12.0122"
 [5,] "C_Italian_D"          "12.8179"
 [6,] "Tuscan_X"             "13.5064"
 [7,] "O_Italian_D"          "13.9708"
 [8,] "Tuscan_H"             "14.3868"
 [9,] "TSI"                  "14.5488"
[10,] "Sicilian_D"           "14.7755"

А что обозначают цифры? Логически можно понять, что чем цифра меньше тем больше степень подобия. А как интерпретировать мои данные, где самая близкая популяция имеет "рейтинг" (назову его пока так) в районе от 13 до 33?
« Последнее редактирование: 12 Август 2011, 00:41:26 от Шад »

Оффлайн sanych_85

  • Сообщений: 370
  • Страна: ru
  • Рейтинг +27/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b
  • мтДНК: H, H6a1b (по отцу)
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #437 : 12 Август 2011, 00:32:17 »
Да, чем цифра меньше тем ближе к вам представители данной популяции, у вашего отца цифра на однородных популяциях очень маленькая и за 3-мя группами евреев все остальные следуют с большим отрывом, что может говорить о том, что ваш отец действительно фактически чистокровный еврей, так ли это? Можете проверить это соотношение на mixed тесте, уверен, что в первой пятерке у вашего отца будет сочетание евреев с какой-то южной популяцией, в соотношении 97-99% евреи, 1-3 все остальные. Что касается вас то ваши расстояния огромны. Я тестировал Оракл на нескольких участниках Балто-славики, у большинства среднее расстояния популяции идущей первой в однородном тестировании 4-5,  у вас же значение 13, значит скорее всего приличный микс......Так и есть, ввел ваши данные, расстояние на миксе сократилось до 4+, хотя и это тоже приличная дистанция для микса, значит вероятнее всего ваш замес состоит более чем из 2-х популяций, т.к программа не может подобрать вам пару и соотношение на небольшой дистанции.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #438 : 12 Август 2011, 00:37:42 »
Да, чем цифра меньше тем ближе к вам представители данной популяции, у вашего отца цифра на однородных популяциях очень маленькая и за 3-мя группами евреев все остальные следуют с большим отрывом, что может говорить о том, что ваш отец действительно фактически чистокровный еврей, так ли это? Можете проверить это соотношение на mixed тесте, уверен, что в первой пятерке у вашего отца будет сочетание евреев с какой-то южной популяцией, в соотношении 97-99% евреи, 1-3 все остальные. Что касается вас то ваши расстояния огромны. Я тестировал Оракл на нескольких участниках Балто-славики, у большинства среднее расстояния популяции идущей первой в однородном тестировании 4-5,  у вас же значение 13, значит скорее всего приличный микс......Так и есть, ввел ваши данные, расстояние на миксе сократилось до 4+, хотя и это тоже приличная дистанция для микса, значит вероятнее всего ваш замес состоит более чем из 2-х популяций, т.к программа не может подобрать вам пару и соотношение на небольшой дистанции.

Значит имеет смысл заказать тест для мамы... Хотя там вроде все русские...
А что значит расстояние на миксе сократилось до 4+?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #439 : 12 Август 2011, 00:47:34 »
Мне интересно откуда у вас столько "зелененькой" компоненты, наверняка не от отца.

Мне самому очень интересно:)

На всякий случай - дополнительные подробности про материнскую линию. Прадед (дед матери по её отцу) из Ярославля. Дальше конца XIX века информации нет, вероятно из окрестных крестьян. Бабушка матери по её отцу также Ярославль и/или окрестности.
Дед и бабушка матери по ее материнской линии - Воронежская губерния, как я уже писал выше.

Отцовскую линию я бы тоже со счетов не сбрасывал. Q1b1 - это редкость среди ашкеназов (5% при сравнительно большой выборке). Есть целая теория о тюрко-хазарском происхождении этого гаплотипа. С миграцией из Сибири на Алтай и далее по всей Центральной Азии (эпоха расцвета Первого и Второго Тюркютских кагантов), далее - в Хазарию и после ее падения - в составе ашкеназской диаспоры. Теория интересная, но спорная.
Сейчас собираю информацию, планирую по мере обобщения выложить для обсуждения на форуме в теме "Q1b" подраздела "Гаплогруппа Q". Если у специалистов будут свои версии - прошу озвучить не дожидаясь моего любительского обобщения.
В Ярославле можно было получить от мери, а в Воронеже от мокши.
Сейчас сравнил свои данные с данными отца.
Что бросается в глаза:
увеличение прошло по компонентам East_Europe и West_Europe
уменьшение по компонентам Mediterranean, West_Asian, Southwest_Asian
Специально для уважаемого Аббата: Northeast_Asian действительно добавлся по линии матери, у отца этот компонент практически не заметен.

Интересно и другое. Ашкеназы и сефарды имеют значительную компоненту West_Asian, которая на вышеприведенных на форуме картах локализуется вокруг Каспия. Эта же компонента в таких же количествах имеется у ряда народов Центральной Азии. Правда далеко идущие выводы мешает сделать наличие такой же компоненты у греков, киприотов, ливанцев и итальянцев.
« Последнее редактирование: 12 Август 2011, 00:54:59 от Шад »

Оффлайн sanych_85

  • Сообщений: 370
  • Страна: ru
  • Рейтинг +27/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b
  • мтДНК: H, H6a1b (по отцу)
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #440 : 12 Август 2011, 00:48:42 »
Цитировать
Значит имеет смысл заказать тест для мамы... Хотя там вроде все русские...
А что значит расстояние на миксе сократилось до 4+?
Расстояние при тесте на смешанные популяции т.е. берется пара популяций (см. выше у Маугли), у вас ближайшая пара на расстоянии 4,15. если хотите я могу скинуть ваши данные сюда или в личку, либо можете проверить самостоятельно.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #441 : 17 Август 2011, 13:42:50 »
Вышла новая версия Do-It-Yourself Dodecad (v 2.0). Добавлены опции:
- анализ по хромосомам и по сегментам;
- средства визуализации.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #442 : 17 Август 2011, 13:49:05 »
Цитировать
Значит имеет смысл заказать тест для мамы... Хотя там вроде все русские...
А что значит расстояние на миксе сократилось до 4+?
Расстояние при тесте на смешанные популяции т.е. берется пара популяций (см. выше у Маугли), у вас ближайшая пара на расстоянии 4,15. если хотите я могу скинуть ваши данные сюда или в личку, либо можете проверить самостоятельно.

Для тех, кому интересно чем закончились расчеты.
1. если добавить в функцию расчета аргумент mixedmode=T, то индивидуальные данные анализируются на предмет сходства со смешанной популяцией.
Пример: DodecadOracle(c(19.8,28.9,22.9,0,16.4,0.4,3,0.7,0,5.5,2.2,0.2),mixedmode=T, k=30)
2. Результат:45.6% Cypriots + 54.4% FIN. Финно-киприот. 

Оффлайн Esher

  • Сообщений: 55
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: I2a1b3a (L147.2+ L621+)
  • мтДНК: H1b
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #443 : 18 Август 2011, 14:53:17 »
У меня:
Цитировать
East European     - 32.46%
West European     - 40.03%
Mediterranean     - 16.95%
Neo African       - 0.00% 
West Asian        - 7.61% 
Northeast Asian   - 2.47% 
Southeast Asian   - 0.00% 
East African      - 0.00%
Southwest Asian   - 0,26%
Northwest African - 0.00% 
Palaeo African    - 0.00%


По ораклу я ближе всего к венграм, хотя и на них совершенно не похож:
Цитировать
DodecadOracle(c(32.46, 40.03, 16.94, 0.00, 7.61, 0.24, 2.47, 0.00, 0.00, 0.26, 0.00, 0.00),k=10)
      [,1]           [,2]     
 [1,] "Hungarians"   "11.0708"
 [2,] "Slovenian"    "12.5578"
 [3,] "Polish_D"     "13.9963"
 [4,] "Mixed_Slav_D" "14.0275"
 [5,] "Russian_D"    "19.1899"
 [6,] "FIN"          "19.8524"
 [7,] "Finnish_D"    "20.0961"
 [8,] "German_D"     "20.9203"
 [9,] "Balkans_D"    "22.1428"
[10,] "Russian"      "22.6031"

Смешанный (mixed) режим:
Цитировать
DodecadOracle(c(32.46, 40.03, 16.94, 0.00, 7.61, 0.24, 2.47, 0.00, 0.00, 0.26, 0.00, 0.00) ,k=10, mixedmode=T)
      [,1]                                      [,2]   
 [1,] "29% Mixed_Germanic_D + 71% Mixed_Slav_D" "2.198"
 [2,] "41.5% CEU + 58.5% Russian_D"             "2.4425"
 [3,] "66% Mixed_Slav_D + 34% Argyll_1KG"       "2.5583"
 [4,] "65.8% Mixed_Slav_D + 34.2% N._European"  "2.5609"
 [5,] "27.8% Dutch_D + 72.2% Mixed_Slav_D"      "2.6572"
 [6,] "26.6% Kent_1KG + 73.4% Mixed_Slav_D"     "2.7708"
 [7,] "58.5% Russian_D + 41.5% Argyll_1KG"      "2.8111"
 [8,] "25.3% Cornwall_1KG + 74.7% Mixed_Slav_D" "2.8222"
 [9,] "40.5% Orcadian + 59.5% Russian_D"        "2.9567"
[10,] "25.7% British_D + 74.3% Mixed_Slav_D"    "2.9644"

Оффлайн sanych_85

  • Сообщений: 370
  • Страна: ru
  • Рейтинг +27/-0
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b
  • мтДНК: H, H6a1b (по отцу)
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #444 : 18 Август 2011, 15:06:16 »
Цитировать
По ораклу я ближе всего к венграм, хотя и на них совершенно не похож:
Забейте на венгров, по одиночным группам у вас расстояния огромные, 11+, смотрите лучше на смешанные группы, там расстояния в 5 раз меньше, есть ли в первой 30-ке микс соответствующий вашему реальному происхождению?

Оффлайн Esher

  • Сообщений: 55
  • Рейтинг +1/-0
  • Y-ДНК: I2a1b3a (L147.2+ L621+)
  • мтДНК: H1b
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #445 : 18 Август 2011, 17:59:08 »
Цитировать
По ораклу я ближе всего к венграм, хотя и на них совершенно не похож:
Забейте на венгров, по одиночным группам у вас расстояния огромные, 11+, смотрите лучше на смешанные группы, там расстояния в 5 раз меньше, есть ли в первой 30-ке микс соответствующий вашему реальному происхождению?
На генеалогическом уровне свое происхождение не изучал, а так по опросу родственников знаю только на уровне прадедушек и прабабушек. Там практически все русские, знаю что одна прабабушка была украинкой из Одессы и возможно ее муж (мой прадед) был белорусом, хотя по документом проходил русским. От всех результатов разных этнических тестов тихо фигею в сторонке. Сейчас заказал тест для родителей и бабушки. Посмотрю, что получится у них.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #446 : 20 Август 2011, 12:46:26 »
Племянник, сын сестры. Отец - русский, по обоим линиям (генеалогией в его семье особо не интересовались, но 4 поколения известны). Гаплогруппа Y - R1a1a1g*.

Результаты:
Цитировать
----------------------------
 FINAL ADMIXTURE PROPORTIONS:
 ----------------------------
 
 23.81%  East_European       
 28.67%  West_European       
 19.73%  Mediterranean       
  0.00%  Neo_African         
 18.18%  West_Asian         
  1.89%  South_Asian         
  3.19%  Northeast_Asian     
  0.33%  Southeast_Asian     
  0.00%  East_African       
  3.54%  Southwest_Asian     
  0.49%  Northwest_African   
  0.18%  Palaeo_African   

По Ораклу как и предполагалось расстояния огромные:
Цитировать
   [,1]             [,2]     
 [1,] "Balkans_D"      "14.1989"
 [2,] "Hungarians"     "14.7762"
 [3,] "Slovenian"      "15.0003"
 [4,] "Romanians_14"   "15.4575"
 [5,] "Mixed_Slav_D"   "25.0332"
 [6,] "Tuscan_X"       "26.1222"
 [7,] "Polish_D"       "26.5966"
 [8,] "Tuscan_H"       "26.9686"
 [9,] "Ashkenazy_Jews" "27.2188"
[10,] "TSI"            "27.2603"
[11,] "German_D"       "27.9973"
[12,] "Stalskoe"       "28.2831"
[13,] "Ashkenazi_D"    "29.2062"
[14,] "Russian_D"      "29.6937"
[15,] "N._European"    "30.8415"
[16,] "O_Italian_D"    "30.9867"
[17,] "CEU"            "31.1192"
[18,] "Argyll_1KG"     "31.8556"
[19,] "N_Italian_D"    "31.8834"
[20,] "Greek_D"        "31.9534"
[21,] "Russian"        "32.849"
[22,] "Orcadian"       "32.974"
[23,] "Orkney_1KG"     "33.2521"
[24,] "Chuvashs_16"    "33.4804"
[25,] "C_Italian_D"    "33.6558"
[26,] "Urkarah"        "34.5496"
[27,] "Tuscan"         "34.8353"
[28,] "Morocco_Jews"   "35.1357"
[29,] "FIN"            "35.2405"
[30,] "French_D"       "35.7755"

Mixed mod
Цитировать
>  DodecadOracle(c(23.81,28.67,19.73,0,18.18,1.89,3.19,0.33,0,3.54,0.49,0.18),mixedmode=T, k=30)
      [,1]                                        [,2]   
 [1,] "76.3% Hungarians + 23.7% Iranian_D"        "5.0478"
 [2,] "43.5% Cypriots + 56.5% Finnish_D"          "5.0636"
 [3,] "51.6% Polish_D + 48.4% Stalskoe"           "5.52" 
 [4,] "76.7% Hungarians + 23.3% Iranians"         "5.5419"
 [5,] "51.2% Finnish_D + 48.8% Turkish_D"         "5.8166"
 [6,] "67.2% Hungarians + 32.8% Stalskoe"         "5.9738"
 [7,] "74.5% Hungarians + 25.5% Kurd_D"           "6.05" 
 [8,] "21% Adygei + 79% Hungarians"               "6.115"
 [9,] "71.8% Hungarians + 28.2% Urkarah"          "6.3261"
[10,] "75% Hungarians + 25% Kurd"                 "6.3805"
[11,] "53.2% Mixed_Slav_D + 46.8% Stalskoe"       "6.5272"
[12,] "54.9% Ashkenazy_Jews + 45.1% Russian"      "6.6089"
[13,] "75.3% Hungarians + 24.7% Turks"            "6.6237"
[14,] "17.5% Georgians + 82.5% Hungarians"        "6.6395"
[15,] "53.1% Ashkenazi_D + 46.9% Russian"         "6.8291"
[16,] "47% Finnish_D + 53% Greek_D"               "6.877"
[17,] "52.3% Ashkenazy_Jews + 47.7% Russian_D"    "6.9417"
[18,] "50.4% Ashkenazi_D + 49.6% Russian_D"       "7.19" 
[19,] "80.6% Hungarians + 19.4% Lezgins"          "7.2168"
[20,] "20% Assyrian_D + 80% Hungarians"           "7.3409"
[21,] "44.6% Chuvashs_16 + 55.4% TSI"             "7.3592"
[22,] "51.7% FIN + 48.3% Turkish_D"               "7.3652"
[23,] "75.1% Hungarians + 24.9% Uzbekistan_Jews"  "7.3885"
[24,] "22.7% Iranian_D + 77.3% Slovenian"         "7.4189"
[25,] "43.9% Russian + 56.1% Tuscan_X"            "7.4387"
[26,] "47.7% Ashkenazy_Jews + 52.3% Mixed_Slav_D" "7.4556"
[27,] "19.3% Armenians_16 + 80.7% Hungarians"     "7.4705"
[28,] "74.3% Hungarians + 25.7% Turkish_D"        "7.4934"
[29,] "45% Russian + 55% TSI"                     "7.5685"
[30,] "43.4% Chuvashs_16 + 56.6% Tuscan_X"        "7.6074"

На что это похоже? Population Finder определил как 50% "орк" и 50% адыг.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #447 : 23 Август 2011, 22:18:26 »
Проект временно открылся на прием новых участников. Но не всех. Динэкиса интересуют представители народов Западной  и Центральной Азии, греки, а также сербы, хорваты, боснийцы и черногорцы.
Также его интересуют "непредставленные популяции".

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #448 : 28 Август 2011, 21:22:04 »
Я модифицировал DIYDodecad calculator v2.0 под свой BGA проект (MDLP).
Теперь, подобно проекту Dodecad, каждый из лиц, не включенных в проект по той или иной причине, может самостоятельно проанализировать %-ное соотношение генетических компонентов по аллельным частотам, определенным в ходе последнего K=7 запуска Admixture.

Загрузите MDLP.zip файл  (File -> Download original) и разархивируйте его в директорию, где находятся основные файлы  DIYDodecad. Затем запустите MDLP модификацию путем ввода в Command prompt команды  DIYDodecadWin MDLP.par

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Dodecad Ancestry Project
« Ответ #449 : 04 Сентябрь 2011, 20:44:08 »
О правильном написании имени грека.
Я встречал русские варианты - Диенекис, Диенекис, Дейнекис, Дайнекис и т.д.
На самом деле, имя Dienekis относится к историческим именам. Dienekis или Диенеком (в классическом русском переводе "Истории" Геродота) звали одного из трехста спартанцев царя Леонида, сражавшихся под Фермопилами с персам.

Цитировать
Из всех этих доблестных лакедемонян и феспийцев  самым доблестным все же, говорят, был спартанец Диенек. По рассказам,  еще до начала битвы с мидянами он услышал от одного человека из Трахина:  если варвары выпустят свои стрелы, то от тучи стрел произойдет затмение  солнца. Столь великое множество стрел было у персов!Диенек же,  говорят, вовсе не устрашился численности варваров и беззаботно ответил: «Наш приятель из Трахина принес прекрасную весть: если мидяне затемнят солнце, то можно будет сражаться в тени».


Так что правильный вариант написания Диенек. Прозвище Понтикос указывает на выходца из провинции Понт (что сейчас находится на севере Турции).
А теперь интересная деталь -по рейтингу просмотров моего блога MDLP (который мониторится в Twittere Диенека) третье место после США и России занимает Турция.
Здесь мудрость, - имеющий ум, сочти место жительство Диенека.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.