Действительно, берем участок с генотипами, запускаем филометод, либо он говорит ДА и на выходе набор гаплотипов либо НЕТ и мы делим участок пополам, запускаем заново и в итоге узнаем точки рекомбинации и по каждому нерекомбинирующему участку имеем набор гаплотипов.
Валерий,
Ведь мы
для одного и того же участка получаем некий набор гаплотипов? Не так ли?
При этом возникает первая
непонятка (на деле её одной уже достаточно), какой из полученых гаплотипов считать предковым.
Смысл моей точки зрения заключается в том, что для того, чтобы определить степень родства (идентично TMRCA), гораздо практичнее работать просто с УПСами. В том смысле, что фазирование не прибавит достоверности оценок.
В том, что касается выявления направления родства, бесполезны как анализ УПСов, так и фазирование. (Если ставить вопрос, как определение по результатам только пары протестированных.) Определяется оно только увеличением количества протестированных и использованием статистических методов.