АвторТема: С-P39 в Америке (у Native Americans)  (Прочитано 6524 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
С-P39 в Америке (у Native Americans)
« : 21 Октябрь 2010, 12:40:25 »
В статье Geppert M. et al. (2010) сообщается о 4 гаплотипах индейцев из Эквадорской Амазонии (3 waorani и 1 kichwa), типированных как С3*(xC3a,C3b,C3c,C3d,C3e,C3f).
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1960.msg61203.html#new
В порядке возрастания STR маркера (19, 385a, 385b, 389I, 389II, 390, 391, 392, 393, 437, 438, 439, 448, 456, 458, GATAH4(FTDNA)):
E1 Kichwa (один гаплотип):
16-12-14-13-30-24-9-11-13-14-10-12-21-15-18-22-10
E2,E3,E4 Waorani (три гаплотипа):
15-12-13-12-27-24-9-11-13-14-10-12-21-15-17-20-11.
Сравните гаплотип Е1 с гаплотипом коряка С3* (Malyarchuk et al., 2010):
16-11-12-13-30-24-9-11-13-14-10-12-20-16-19-21-10
Впечатляет?
Надо это обдумать.
« Последнее редактирование: 09 Апрель 2016, 09:26:49 от Шад »

Онлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9720
  • Страна: id
  • Рейтинг +492/-26
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: С3 в Южной Америке
« Ответ #1 : 21 Октябрь 2010, 12:45:26 »
То есть, можно забыть, что в Южную Америку проникли только Q1a3a. Основной итог как бы это.

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: С3 в Южной Америке
« Ответ #2 : 21 Октябрь 2010, 12:50:45 »
В Северной Америке C3b-Р39 (у индейцев на-дене).

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 10121
  • Страна: ru
  • Рейтинг +563/-2
Re: С3 в Южной Америке
« Ответ #3 : 21 Октябрь 2010, 12:51:45 »
То есть, можно забыть, что в Южную Америку проникли только Q1a3a. Основной итог как бы это.
Где вы прочли что ТОЛЬКО Q-M3?  :o

Онлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9720
  • Страна: id
  • Рейтинг +492/-26
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: С3 в Южной Америке
« Ответ #4 : 21 Октябрь 2010, 13:06:47 »
Где вы прочли что ТОЛЬКО Q-M3?  :o

Вспомнил. У Wayuu на карибском побережье вроде находили C3b. Но это выглядело слишком эпизодичным. А что, было так много работ по C3 в Южной Америке? ???

Оффлайн sahaliyan

  • Сообщений: 426
  • Страна: 00
  • Рейтинг +88/-0
Re: С3 в Южной Америке
« Ответ #5 : 21 Октябрь 2010, 13:13:29 »
В статье Geppert M. et al. (2010) сообщается о 4 гаплотипах индейцев из Эквадорской Амазонии (3 waorani и 1 kichwa), типированных как С3*(xC3a,C3b,C3c,C3d,C3e,C3f).
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1960.msg61203.html#new
В порядке возрастания STR маркера (19, 385a, 385b, 389I, 389II, 390, 391, 392, 393, 437, 438, 439, 448, 456, 458, GATAH4(FTDNA)):
E1 Kichwa (один гаплотип):
16-12-14-13-30-24-9-11-13-14-10-12-21-15-18-22-10
E2,E3,E4 Waorani (три гаплотипа):
15-12-13-12-27-24-9-11-13-14-10-12-21-15-17-20-11.
Сравните гаплотип Е1 с гаплотипом коряка С3* (Malyarchuk et al., 2010):
16-11-12-13-30-24-9-11-13-14-10-12-20-16-19-21-10
Впечатляет?
Надо это обдумать.
Amazing result
But they only tested P39 and M86,that means those C3 samples still can be other branches of C3

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: С3 в Южной Америке
« Ответ #6 : 21 Октябрь 2010, 13:57:29 »
Amazing result
But they only tested P39 and M86,that means those C3 samples still can be other branches of C3
Nope. The Waorani samples were fully typed for C3 subclade markers: M93 (C3a), P39 (C3b), M48 and M86 (C3c) (great!), M407 (C3d), P53.1 (C3e) and P62 (C3f). Malyarchuk et al. (2010) typed the same markers, with the exception of C3c marker - M77.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6006
  • Страна: ru
  • Рейтинг +945/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #7 : 31 Январь 2015, 20:09:13 »
Чтобы не пропало из виду помещаю репост в профильную тему:
Касательно америндских С и Q.
Вот фрагмент дерева снипов субклада, имеющего отношения к обсуждаемой теме:
Цитировать
• •C2b  F1396 (8746611 C->T) or L1373 (22711592 A->G)
                          or F1906 (15062639 C->T)
• • •C2b1 F1699 (14137030 C->T)
• • • •C2b1a  F3918 (14533880 A->T)
• • • • •C2b1a1  F4015 (22523607 C->T) ]  FTDNA  subgroup       
• • • • • •C2b1a1a  P39 (14484581 G->A )                                                                 Amerindians of N. America   
• • • • • •C2b1a1b  F1756 (14310844 C->T)   
• • • • • • •C2b1a1b1 F3985 (18760600 G->T)
• • • • • • • •C2b1a1b1a F3830 (2819402 T->C)                                                       Central Asians, Saudis 
• • • •C2b1b  M48 (21749881 A->G) M48's status for FGC16324 undetermined
• • • • •C2b1b1  M86 (21905917 T->G)                                                                                  Central Asians
• • • •C2b1c  F4002 (21131856 A->G) or F1918 (15250230 G->A)             
                             or   M504 (21888793 T->C)   
• • • • • C2b1c1  M401 (2745567-2745569 GGT to GGTGT)                       Afghans, Russians, Kyrgyzstanis,
                                                                                                                                       Mongolians     Pakistanis,
• • • •C2b1d  Z22424 (2686875 G->A)                                                                                  Europeans
https://sites.google.com/site/compositeytree/c
Хорошо видно, что америндская С-P39 находится в массиве азиатских линий С2b (C-F1396). В принципе, такая же картина будет и по гаплогруппе Q:
http://yfull.com/tree/Q-L56/
Америндские Q находятся в массиве европейских и евразийских линий. Причем, всё достаточно перемешано (например: европейская линия Q-L804). При этом, есть же и другая ветвь Q среди америндов - Q-NWT01.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,5345.msg174911.html#msg174911
Скорее всего есть и другая аборигенная ветвь, но выделять ее на основании плохо типированных образцов пока не вижу основания.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,5425.msg177945.html#msg177945

Итого: гаплогруппа Q среди аборигенного населения Америки представлена широко и разнообразно. Причем по обоим основным ответвлениям мы видим параллельные субклады в Европе и Азии.
Касательно гаплогруппы С и на-дене. Понятно, что в силу эффекта дрейфа генов нельзя проводить прямые ассоциации между гаплогрупным составом популяции и языком, но тем не менее:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,5345.msg174928.html#msg174928

С-P39 отсутствует в Южной Америке. Пики - только в на-денеязычных популяциях Северной Америки.
C2 (xP39), правда найдены в Венесуэле и Колумбии.
Цитировать
C-P39
This subgroup is characterized by having the P39 mutation within C2.

So far this mutation has been found only among Native Americans of Canada and the United States. 
C2 has been found among native men of the Venezuela-Colombia border area in South America, but
all these men are negative for the P39 subgroup.

The most specific information on the distribution of C3b-P39 in a published study can be found in
"High-Resolution SNPs and Microsatellite Haplotypes Point to a Single, Recent Entry of Native
American Y Chromosomes into the Americas," by Stephen L. Zegura, Tatiana M. Karafet, Lev
A. Zhivotovsky,. and Michael F. Hammer."  This was published in Molecular Biology and
Evolution, vol 21(1), pp 164-75, published in 2004.  Figure 4 has the most specific information on P39.

The authors found the following P39 men among the sampled men
Tanana of Alaska, 5 of 12
Cheyenne, 7 of 44
Sioux, 5 of 44
Apache, 14 of 96
Navajo, 1 of 78

But no C at all was found among Inuits, other Southwest Indians, Pima, Pueblo, Nixtec, Zapotec,
Mixe, Maya, Ngobe, Kuna, Waunaan and Emberra or among the Wayu of South America.  Many
of the samples were originally reported in a study by Karafet and others in the American Journal
of Human Genetics in 1999, but a test for P39 was not then available.  Figure 1 in the Karafet study
 is helpful because it shows where the samples were taken.

In the Haplogroup C project, samples are available from men listing origins in eastern Canada, with
the exception of one man with Virginia ancestry.  This is the first evidence of  P39 in Canada and
Virginia.  The Indians of western Canada have not been sampled for this.

With (a) no P39 samples outside North America and (b) men in South America who are Cs but
lack P39, this raises the possibility that P39 arose within an ancestor living in North America. 
Added to the complications, a comparison of our eastern Canadian marker values to those of
the C2 not P39 in South America, a number of differences are noted, and this holds open the
possibility they could be descendants of entirely different C2 ancestors in Asia and thus descended
from two different C2 migrations to the Americas.   It should be noted also in the Zegura article
that among haplogroup C men in the figure 4 phylogenetic diagram, the C3b men do not cluster
with the South American C2 not P39 men.  But this was based only on 10 STR markers, and
the diagram would not be as convincing as one with more markers.

Comparisons:
Marker       E. Canadian    South American
                   C2               C2 not P39
DYS 19          15                  15
DYS389         13,29              12,27
DYS390         23                   24
DYS391           9                    9
DYS392         11                   11
DYS393         12                   12
DYS385         15,16              12,13
DYS438         10                   10
DYS439         11                   12
DYS437         14                   14
DYS448         21                   21
DYS456         16                   15
DYS458         18                   17
The South American data are from a study by Geppert and others using C2 (not P39 subgroups)
samples from the Ecuadorian rain forest, and the Canadian data are from the Haplogroup C Project.
https://sites.google.com/site/haplogroupcproject/c3b

Цитировать
The authors found the following P39 men among the sampled men
Tanana of Alaska, 5 of 12
Cheyenne, 7 of 44
Sioux, 5 of 44
Apache, 14 of 96
Navajo, 1 of 78
Tanana, Apache, Navajo - атабаски (на-дене).
Cheyenne - алгонкины.
Sioux - сиу.

Итого, дисперсия по разным языковым семьям. Думаю, делать вывод, что это связано исключительно с на-дене, преждевременно.

Спорить не буду, так как передача У-хромосомы и языка могли идти далеко не синхронно. Мало ли что было: набеги, пленные, династические браки, пресловутые "туристы".  Хотя эта аргументация годится и для противоположного вывода.
Я исходил из того, что максимум (42% и 35%) зафиксирован у двух племен на-дене (Tanana и Dogrib).
http://en.wikipedia.org/wiki/Y-DNA_haplogroups_in_indigenous_peoples_of_the_Americas
Это дает возможность выдвинуть гипотезу:)

Древо Y-DNA недавно изменилось. http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2014/12/13/molbev.msu327.full.pdf+html. Есть еще несколько обсуждений на форумах. Не знаю, отражает ли Ваш источник самые последние находки. Насколько я понял, C3 противостоит всем другим С, которые теперь объединены в одим клад (бывшие С5, С2, С1, С4). Напр., костенковская и лабранья С не относится к кладу, который представлен в Америке. В Южной Америке найдены С3*, насколько я знаю, а не С2.

Герман,
давайте придерживаться какой-то одной классификации. Иначе легко запутаться.
С3 по версии ISOGG 2011 года, когда писалась статья Dulik et al. (2012) это С-P39
http://www.isogg.org/tree/ISOGG_HapgrpC11.html
Таким образом, сейчас он это C2b1a1. Это одна из ветвей С2 и поэтому она никак не может "противостоять" всем остальным. Хотя, в некотором смысле, это делает:)

Аналогично по Южной Америке. Были найдены M217+ P39-. То есть по текущей классификации это и есть C2 (xP39). Но Roewer et al. в своей работе 2013 года действительно называют ее С3*.
Так что без пальмовых листьев тут действительно сложно:)

Что касается Hallast et al., то насчет того, что "дерево изменилось" это достаточно спорное утверждение. Мягко говоря, не Hallast определяет структуру дерева, хотя работа очень интересная и ряд уточнений внесла.
Что касается nos moutons, то там их восемь:
три М217 = C2: бутанец и два китайца из Пекина
три M216 = C*: два австралийских аборигена и непалец
один непалец M356 = C1b1
один бутанец M48 = C2b1b
« Последнее редактирование: 31 Январь 2015, 20:38:14 от Шад »

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10200
  • Страна: az
  • Рейтинг +1400/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #8 : 11 Февраль 2015, 13:55:59 »
Цитировать
С-P39 отсутствует в Южной Америке.
Это явно вторая волна заселения Нового Света. Первая - Q-M3+C2 (xP39)
Вторая - С-P39+Q-NWT01. Видимо, мексиканские индейцы с их развитыми государствами уже не пустили вторую волну далее на юг.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6006
  • Страна: ru
  • Рейтинг +945/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #9 : 13 Март 2015, 23:20:47 »


Цитировать
The nearest subgroup to P39 has been identified as the F1756 subgroup, last line in the chart above.  These both share as a common earlier subgroup, F4015.   This parallel F1756 subgroup has been identified in Geno 2.0 testing as well as Big Y as containing mostly men from Kazakhstan, Kyrgyzstan and Afghanistan.  Some apparently have a tradition of a migration from Siberia.

There is available a Big Y test from among this group, and more recently complete Y sequencing in the sample file GS27578 at the Estonian Genome Centre.

Each of these men potentially could have shared one or more of the P39 equivalents creating a new subgroup older than P39.  But this is not the case.  The Big Y results are not complete genome sequencing, and they perhaps miss 30% of useful SNPs, mostly due to inconclusive reads.

The man in the Estonian collection is of particular interest because he is described as an Altaian of Kaysyn in Siberia, Russia.  He is not from the same town as samples in the earlier Dulik study, and thus no direct comparisons can be made.

The Big Y F1756 sample is geographically atypical because the man is Polish but still shares the unusual DYS448=null feature seen in all the available F1756 men in the C Project.  The project P39 men have either 20 or 21 repeats at this marker, instead of a null value.

In conclusion, the age of the P39 group and the failure of others so far to share its many equivalent mutations suggest together that the C-P39 men could have been part of the earliest migration to the Americas.  Like the Q men, the nearest relatives to C-P39 men have central Asian or Siberian origins.

http://dna-explained.com/2015/03/11/new-haplogroup-c-native-american-subgroups/

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6006
  • Страна: ru
  • Рейтинг +945/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #10 : 13 Март 2015, 23:24:08 »
А кто-нибудь смотрел коряка Krk116    C3i?
Он случаем не P39?

Оффлайн NimissinАвтор темы

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #11 : 14 Март 2015, 01:07:09 »
А кто-нибудь смотрел коряка Krk116    C3i?
Он случаем не P39?
Образец Krk116 F1699+, F3918 n/a, F4015 n/a. Поскольку это данные из VCF файла, можно сказать с высокой вероятностью, что двух последних мутаций нет. Соответственно, и в Р39 - предковый аллель. Нет и мутаций M48, F4002. По классификации ISOGG образец из ветви C2b1(xC2b1a).

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6006
  • Страна: ru
  • Рейтинг +945/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #12 : 09 Март 2016, 17:52:49 »
Не проходите мимо:)
http://forum.molgen.org/index.php/topic,8852.0.html

Можно, конечно, пролить слёзы относительно того, что мало снипов и много оценки частоты встречаемости STR-маркеров в популяции.
Но есть и очень любопытные вещи.
Например:
Qeqchi7, Qeqchi 94, Qeqchi 131 - 3/132 - YAP+

Цитировать
M1(YAP)
The YAP mutation was caused when a strand of DNA called Alu, which copies itself, inserted a copy into the Y chromosome. A Y chromosome that has the YAP mutation is called YAP-positive (YAP+), and a Y chromosome that does not have the YAP mutation is labeled YAP-negative (YAP-).

Qeqchi 65 - 1/132 - C-P39
А далее Q-M3 и Q-M346 (xM3), которые при типировании будут Q-Z780 (вторая по величине индейская ветвь Q1a после Q-M3).
I и R в этой популяции вряд ли нативные.

А вот наличие C и DE (пусть и минорное) - это праздник. Вот только кто будет делать полные сиквенсы и докапываться до корней?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6006
  • Страна: ru
  • Рейтинг +945/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #13 : 02 Апрель 2016, 15:18:17 »
У меня в группе Native Americans появился первый участник C-P39
Вот только P39 у него приватный снип по версии YFull
А вот его ветвь - https://yfull.com/tree/C-Y11100/
Сам он C-Y11100*

Так как я больше по Q специализируюсь, прошу высказаться знатоков гаплогруппы C.

UPD

Судя по всему, это как раз представитель сегмента, описанного на дереве Бэнкса:
Цитировать
• •C2b  F1396 (8746611 C->T) or L1373 (22711592 A->G)
                          or F1906 (15062639 C->T)
• • •C2b1 F1699 (14137030 C->T)
• • • •C2b1a  F3918 (14533880 A->T)
• • • • •C2b1a1  F4015 (22523607 C->T) ]  FTDNA  subgroup       
• • • • • •C2b1a1a  P39 (14484581 G->A )                                                                 Amerindians of N. America   

Все снипы в образце присутствуют, только F3918, F4015, P39 помечены как приватные.

UPD2
Смотрим снипы проекта C-P39
https://www.familytreedna.com/public/ydna_C-P39/default.aspx?section=ysnp
N61150 Sasinowski (Poland) F3918+ F4015+ P39-   что дает основание сформировать субклад С-F3918
Ну и видим массу C-P39, что также дает основание ввести этот субклад на дерево YFull
« Последнее редактирование: 02 Апрель 2016, 15:43:06 от Шад »

Оффлайн Migifbug

  • Сообщений: 422
  • Страна: kz
  • Рейтинг +48/-0
  • Y-ДНК: С-F1756, F3830+
  • мтДНК: H7d
Re: С-P39 в Южной Америке
« Ответ #14 : 06 Апрель 2016, 04:42:34 »
Если он вступит в Группу C-M216 https://yfull.com/groups/c-m216/
То могу его в своей таблице сравнить потом в следующей версии и будет видно тогда как он там оказался

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100