АвторТема: Polako/Davidski Eurogenes plots  (Прочитано 147239 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #75 : 26 Ноябрь 2010, 21:57:41 »
Так, Василия, тоже надо нанести :P

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1500
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #76 : 26 Ноябрь 2010, 22:30:29 »
Так, Василия, тоже надо нанести :P

Спасибо за внимание, что не забыли :)
Я же всё ещё жду мейла - когда он меня поместит на плот. Пишет, что получил много генотипов, временная запарка. Я получил пока только ID (RU10), и буду дёргать плот - когда получу автоматическую рассылку об апдейте плота.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #77 : 27 Ноябрь 2010, 00:32:29 »
Да, дёргать не надо.
Денэкес, вообще-то обязательный.
Сразу сообщает.

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1500
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #78 : 01 Декабрь 2010, 22:56:07 »
Только что получил долгожданный емайл.
Если кратко - то результаты (последний update) - будет вывешен на http://www.bga101.blogspot.com до понедельника.

Если честно - мало что понял. Например, не понял, почему я нигде не вижу mentioned HET, да и текстового файла вообще, где должен быть heterozygote hit (единственные текстовые файлы кторые вижу - это списки снипов). В графиках (плотах) - я также не разглядел своего RU10, из чего делаю предположение, что приаттаченная дата - неполная (хотя и содержит какие-то мои данные), а полная - будет вывешена или послана позже. Не хочу дёргать человека вопросами чайника-любителя (возможно я просто не вижу чего-нибудь).
Короче, продолжаем ждать плотов с RU10 в блоге, а тем временем - наверное будем впечатывать снипы в SPSmart, как советовалось.

------8<------
These two sets of "mosaics" show rare, possibly extra-West Eurasian and extra-European genotypes, respectively, and were done with different thresholds than the first run. The first set is based on the same threshold (0.01) as used in my Sardinian experiment, where two samples from Sardinia were found to carry a large Sub-Saharan African chromosome segment each.

In the accompanying text files, HET means a heterozygote hit (ie. from one parent), while HOM means a homozygote hit (ie. from both parents). Also, please note that the second comparison, using the super low 0.05 threshold, only includes members with European IDs.

I'm also attaching two MDS plots based on the data of two different project members. One of the plots was done using the SNPs contained within a small, but dense, chromosome 8 segment carried by US72, and clearly shows that area of her genome to be of partly Sub-Saharan African origin. It's important to note that this is actually a half-segment match to Africa (ie. on one of the chromosome pairs from one of the parents, not both), hence US72 pulls about half-way to the African cluster, because her other sequence along that stretch of genome is Northern European. This African admixture wasn't detected at 23andMe, but is easily verified simply by studying the 1600 SNPs within that segment.

The next two plots show the results of a run using the SNPs not from a clearly defined segment, but from the an area of SEUFI1's genome flagged by just two SNPs. It's possible to see via the MDS analysis that this has to be an extra-European segment - and not just two freak genotypes - with likely origins somewhere in North Eurasia.

I think the distinction between the two examples above is important. What it shows is what I've spotted in many results, and that is that North and East Eurasians (including Amerindians) are much more closely related to Europeans than Sub-Saharan Africans are, and thus their contributions to our genomes are much harder to uncover with this tool, especially at such a  threshold. So to pick up Eurasian and/or Amerindian influence, look for hits that show extremely high frequencies among these groups at SPSmart, and then open your raw data file and look at the surrounding SNPs. If you have even a couple of such "Eurasian" genotypes in the same area, it's possible there's a segment hiding there made up of tens, or even hundreds, of genotypes that show high frequencies in North/East Eurasia and/or the Americas, but are also found at appreciable levels in Europe (basically because Europeans are Eurasians too).

Here's a link to SPSmart, where you can enter multiple SNPs (up to 1000) into the search box to get an idea of the character of that area of genome.

http://spsmart.cesga.es

All of this might sound like a fairly labour intensive way of obtaining the information you want, but I think there's nothing worse than getting spoon fed this type of stuff. Like I said, doing it this way, you can verify the findings yourself, and get a really good understanding of what you're seeing.

If you do manage to locate a sure segment (and not just a freak genotype or two), you can send me a text file with the SNP list, and I'll run an MDS to see how significantly extra-West Eurasian it comes out, if time permits. However, keep in mind that I need at least 150 SNPs to be able to do this, so sparsely sampled regions might not be testable, even if they look very convincing based on a few SNPs. If you're not sure how to get this done, ask other project members for help. It's actually much less complicated than it seems.

By the way, all those who weren't included in these runs will be sent their Chromosomes Mosaics very soon. Feel free to remind me via e-mail or PM if you don't see yourself in the next update, which is coming on Monday, and includes some new plots of Eurasia and Europe. After that I'll be taking an extended break, but hopefully will come back next year with new tools and forms of analysis.
------8<------

P.S. да, я получил разрешение на печать здесь этого мейла. О плотах не уверен, дык всё равно понедельника ждать, поэтому и опубликую только RHHmapper
« Последнее редактирование: 01 Декабрь 2010, 23:10:48 от Anode »

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1500
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #79 : 01 Декабрь 2010, 22:58:53 »
RHHmapper был положен в Intra-European_at_0.05 zip.

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 234
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #80 : 04 Декабрь 2010, 08:58:00 »
attached

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 234
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #81 : 04 Декабрь 2010, 09:00:41 »
attached spsmart results

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1500
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #82 : 07 Декабрь 2010, 04:58:56 »
Ввёл свои снипы из списков полученных от Давида в SPSmart.

И сразу же вспомнил басню про "Мартышку и очки"..

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 234
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #83 : 09 Декабрь 2010, 04:24:34 »

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 234
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #84 : 09 Декабрь 2010, 04:26:51 »

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 234
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #85 : 09 Декабрь 2010, 09:37:11 »

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1500
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #86 : 09 Декабрь 2010, 16:45:59 »
Ввёл свои снипы из списков полученных от Давида в SPSmart.

И сразу же вспомнил басню про "Мартышку и очки"..

This? http://books.google.com/books?id=ZtrQ2xCvnckC&pg=PA412&lpg=PA412&dq=monkey+and+glasses+fable&source=bl&ots=6Gvdtz5PUl&sig=qF7DyRkMJMoCi-_S-AUu8WTX_k4&hl=en&ei=GTAATYe9GYP88Aar4rnzBw&sa=X&oi=book_result&ct=result&resnum=3&ved=0CCEQ6AEwAg#v=onepage&q&f=false

yes :)

this one , but the original Krilov's fable is much more expressive and colorful

BTW thanks for the plots!

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1500
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #87 : 10 Декабрь 2010, 18:11:39 »
Ну вот и я тоже (сегодня, по мейлу от Дэвида) получил те же свежие плоты, что привёл уже выше warwick.

Меня, как и всегда на популяционных плотах, вынесло за границу (RU10): 
http://img529.imageshack.us/img529/8327/extractu.jpg

интересно, кто там (North_Russian) - между мной и Erzya1?

P.S. spsmart "ниалисил", уж очень много там параметеров, не понятно что "вбивать" и как правильно интерпретировать результаты, поэтому тот (spsmart) подход забросил и чарты здесь не привожу.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19591
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1476/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #88 : 10 Декабрь 2010, 21:25:36 »
Ну вот и я тоже (сегодня, по мейлу от Дэвида) получил те же свежие плоты, что привёл уже выше warwick.

Меня, как и всегда на популяционных плотах, вынесло за границу (RU10): 
http://img529.imageshack.us/img529/8327/extractu.jpg

интересно, кто там (North_Russian) - между мной и Erzya1?

P.S. spsmart "ниалисил", уж очень много там параметеров, не понятно что "вбивать" и как правильно интерпретировать результаты, поэтому тот (spsmart) подход забросил и чарты здесь не привожу.

Вы где-то здесь и должны были быть.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
« Последнее редактирование: 15 Декабрь 2010, 10:32:46 от mouglley »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100