АвторТема: Polako/Davidski Eurogenes plots  (Прочитано 137338 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #30 : 27 Октябрь 2010, 10:02:28 »
Я ссылку дам, но в обед. :)

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 235
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #31 : 27 Октябрь 2010, 23:22:30 »
From Dienekes:

"Any distance measure that does not consider the evolutionary relationship between components will not estimate the distance of individuals correctly.

Take the following three individuals

Bob: 100% European, 0% African, 0% Asian
Alice: 50% European, 50% African, 0% Asian
Eve: 50% European, 0% African, 50% Asian

If we take the Euclidean distance, we get:

dist(Bob, Alice) = sqrt(0.5^2+0.5^2+0) = 0.71
dist(Bob, Eve) = sqrt(0.5^2+0+0.5^2) = 0.71

We might conclude from this that Bob is equidistant to Alice and Eve. But this is not the case, as African, and Asian are not equidistant with European, and Eve is genetically closer to Bob than Alice is."

Summary: for Admixture K studies:
Root mean square deviation is not a correct representation of the true distance between populations.

Dendrograms not based on evolutionary distances are also incorrect

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #32 : 28 Октябрь 2010, 00:24:14 »

Root mean square deviation is not a correct representation of the true distance between populations.

Dendrograms not based on evolutionary distances are also incorrect[/b]

Этот метод -root mean square deviation - запрограммирован в программе Phylip-Fitsch, которой активно пользуется некто A.Klyosov. И ровно год назад я ему говорил, что дендограммы (деревья), конструируемые в Phylip крайне ненадежны.

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 235
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
« Последнее редактирование: 29 Октябрь 2010, 21:40:03 от warwick »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #34 : 12 Ноябрь 2010, 18:34:05 »
На плоте Поляко, я с матерью (BY1 и BY2) в окружении поляков, литовцев и шведов.
Это не противоречит генеалогии.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #35 : 12 Ноябрь 2010, 19:07:23 »
Я (UA1) от Вас за Polako (PL1) и Wojewoda (PL4) спрятался.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #36 : 12 Ноябрь 2010, 19:17:39 »
Я (UA1) от Вас за Polako (PL1) и Wojewoda (PL4) спрятался.

Ок. Жалко, что легенда карты не проработана. Кто такие SE4 и PL3

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #37 : 12 Ноябрь 2010, 20:11:01 »
У меня вот какая картинка. RU8 я, Erzya1 - Мочалов.


Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 235
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #38 : 12 Ноябрь 2010, 21:44:25 »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #39 : 12 Ноябрь 2010, 23:22:38 »
http://img51.imageshack.us/img51/56/europepluscaucasuslabel.png

labeled latest overview

Cool.
I am sitting in the shadow of Poland and Lithuania.
 ;D

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7935
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #40 : 13 Ноябрь 2010, 08:43:06 »
Ну и мы все рядышком.

Оффлайн warwickАвтор темы

  • Сообщений: 235
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #41 : 14 Ноябрь 2010, 10:34:30 »
http://img717.imageshack.us/img717/1702/eurasia11132010labeled.png

Eurasia latest (Europe, Mideast, and India and China)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #42 : 14 Ноябрь 2010, 13:31:31 »
Polako проанализировал имеющиеся у него генотипные данные (от 23ия) на предмет наличия инфрапопуляционных IBD-сегментов (сегментов общего генеалогического происхождения).

Вот (часть) моих данных в порядке убывания доли потенциальных IBD.
Закономерно, что в самом начале литовцы и поляки, немцы, финны,эстонцы.
Речь Посполита и Тевтонский орден.

POPID1   IID1   POPID2   IID2   Proportion of potential IBD
LT   GSM536637   BY2   BY2   0.0436
LT   GSM536641   BY2   BY2   0.0417
PL3   PL3   BY2   BY2   0.0398
LT   GSM536642   BY2   BY2   0.0381
BY   GSM536700   BY2   BY2   0.0366
FI4   FI4   BY2   BY2   0.0365
EE1   EE1   BY2   BY2   0.0362
DE6   DE6   BY2   BY2   0.0361
BY   GSM536702   BY2   BY2   0.0361
French_Basque   HGDP01377   BY2   BY2   0.0358
French_Basque   HGDP01378   BY2   BY2   0.0358
LT   GSM536636   BY2   BY2   0.0351
DE1   DE1   BY2   BY2   0.0348
RU6   RU6   BY2   BY2   0.0346
US58   US58   BY2   BY2   0.0344
North_Russian   HGDP00901   BY2   BY2   0.0342
IE6   IE6   BY2   BY2   0.0342
US76   US76   BY2   BY2   0.0342
CA3   CA3   BY2   BY2   0.0339
LT   GSM536635   BY2   BY2   0.0339
North_Russian   HGDP00888   BY2   BY2   0.0333
Orcadian   HGDP00794   BY2   BY2   0.0332
US54   US54   BY2   BY2   0.0331
US29   US29   BY2   BY2   0.033
LT   GSM536644   BY2   BY2   0.0329
BY   GSM536703   BY2   BY2   0.0329
French_Basque   HGDP01371   BY2   BY2   0.0326
EUAS1   EUAS1   BY2   BY2   0.0323
FR   HGDP00517   BY2   BY2   0.0323
LT   GSM536643   BY2   BY2   0.0322
RU   GSM536913   BY2   BY2   0.0322
BY   GSM536695   BY2   BY2   0.0321
SE4   SE4   BY2   BY2   0.0321
UK3   UK3   BY2   BY2   0.0321
BY   GSM536697   BY2   BY2   0.032
BY   GSM536698   BY2   BY2   0.0319
North_Russian   HGDP00884   BY2   BY2   0.0319
PL5   PL5   BY2   BY2   0.0319
ES2   ES2   BY2   BY2   0.0317
French_Basque   HGDP01367   BY2   BY2   0.0316
North_Russian   HGDP00897   BY2   BY2   0.0315
US72   US72   BY2   BY2   0.0315
US74   US74   BY2   BY2   0.0315
FR1   FR1   BY2   BY2   0.0314
French_Basque   HGDP01373   BY2   BY2   0.0314
North_Russian   HGDP00903   BY2   BY2   0.0311
US70   US70   BY2   BY2   0.0311
Orcadian   HGDP00806   BY2   BY2   0.031
US111   US111   BY2   BY2   0.031
US56   US56   BY2   BY2   0.0309
US85   US85   BY2   BY2   0.0309
RO   GSM536602   BY2   BY2   0.0308
IT9   IT9   BY2   BY2   0.0308
CA4   CA4   BY2   BY2   0.0307
Orcadian   HGDP00810   BY2   BY2   0.0307
North_Russian   HGDP00891   BY2   BY2   0.0307
North_Russian   HGDP00899   BY2   BY2   0.0307
FI3   FI3   BY2   BY2   0.0306
HU   GSM536621   BY2   BY2   0.0306
HU   GSM536632   BY2   BY2   0.0306
North_Russian   HGDP00889   BY2   BY2   0.0306
UK8   UK8   BY2   BY2   0.0306
US39   US39   BY2   BY2   0.0306
BY   GSM536701   BY2   BY2   0.0305
US84   US84   BY2   BY2   0.0305
US92   US92   BY2   BY2   0.0305
RU   GSM536914   BY2   BY2   0.0304
French_Basque   HGDP01374   BY2   BY2   0.0303
US48   US48   BY2   BY2   0.0303
US57   US57   BY2   BY2   0.0303
HU   GSM536631   BY2   BY2   0.0302
PL4   PL4   BY2   BY2   0.0302
US28   US28   BY2   BY2   0.0302
US91   US91   BY2   BY2   0.0302
North_Russian   HGDP00898   BY2   BY2   0.0301
FI2   FI2   BY2   BY2   0.03
HU   GSM536625   BY2   BY2   0.03

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #43 : 14 Ноябрь 2010, 13:51:32 »
Aлександр, RU6 -это твой родственник?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19279
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1348/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #44 : 14 Ноябрь 2010, 14:57:17 »
Aлександр, RU6 -это твой родственник?

Нет, а почему такой вопрос?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100