Polako/Davidski Eurogenes plots

[FenriR]

Похоже DW освоил Plotly (это хорошое средство для визуализации).

Вопрос - я уже много раз видел утверждения DW о том что в PCA из статьей древние геномы расположены неверно из-за projection bias (погрешность проекции вариативности древних геномов на вариативность современных геномов). Мне известен только один надежный метод уменьшение этой погрешности - прокрустова трансформация. Но я так помню что он критиковал этот классический подход. Какой метод использует сам Polako?

Видимо, как-то так:
http://eurogenes.blogspot.de/2014/05/pca-projection-bias-in-ancient-dna.html

PCA projection bias in ancient DNA studies
...
Here's a demonstration of this effect using two PCA. In the first PCA, La Brana-1, a Mesolithic genome from Iberia, was projected onto the PC eigenvectors computed with modern individuals from the HGDP. However, in the second PCA the ancient genome was run together with these samples. Note the clear difference between the two outcomes.
The second outcome does look a bit strange, but it's actually the correct one, because it's now an established fact that Mesolithic hunter-gatherers, like La Brana-1, were clearly outside the range of modern European, and indeed West Eurasian, genetic variation.
For a technical discussion of this problem, which is also sometimes known as "shrinkage", refer to Lee et al. 2012. To get an idea of the confusion that it can cause, see the discussion in the comments section under my last blog post:
...

[I2a1a]

Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.

[I2a1a]

Сравните с моим графиком

https://plot.ly/324/~vadimverenich/

[FenriR]

Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.

он приводит это именно, как "projection bias" -  как говорится, "за что купил")

[I2a1a]

Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.

он приводит это именно, как "projection bias" -  как говорится, "за что купил")

Да понятно что это была цитата

[FenriR]

Это не доказательство, во-вторых это иллюстрация не "projection bias", а характерный пример присущего для PCA "cдвига" точек в центральный регион графика.
Очередной "эффект калькулятора"? Тем не менее, прокрустова трансформация доказала свою состоятельность в статистическом анализе, причем задолго до появления полных геномов.

он приводит это именно, как "projection bias" -  как говорится, "за что купил")

Да понятно что это была цитата

я думаю, что у него там скорее "эмпирические" доказательства:
La-Brana1 стал вне границ изменчивости современных групп - значит метод более корректный
то же самое и относительно "эффекта калькулятора": люди, не включенные в расчет при работе над самим калькулятором, перестали заметно отличаться от "эталонных" представителей своих популяций - метод работает лучше.

[I2a1a]

На MDS это нахождение вне границ изменчивости и так заметно

[I2a1a]

Кстати, в MDS cдвиг не столько из-за того что палеогеномы вне границ современной изменчивости, а из-за гомозиготности (вернее в данном случае - гаплоидности). В MDS это лечится фильтрацией выборки по --hwe (она удаляет варианты нарушающие закон Харди-Вайнберга, а гаплоидные варианты его нарушают).


https://www.biostars.org/p/96673/

[Mukovnikov]

Мой Eurogenes K13:


Eurogenes K13 Oracle results:

[Rompecabeza]

Вот что выложил пользователь в группе на Фейсбуке, проживающий в Глазго или родом оттуда. Лично я делаю вывод о том, что калькулятор прекрасно работает с западными европейцами. EU V2K 15

[andronn]

Вот что выложил пользователь в группе на Фейсбуке, проживающий в Глазго или родом оттуда. Лично я делаю вывод о том, что калькулятор прекрасно работает с западными европейцами. EU V2K 15

У меня этот калькулятор выдает конкретно именно мою украинскую половину:
#       Primary Population (source)    Secondary Population (source)    Distance
1        75%   Ukrainian    +    25%   Erzya    @    3.04
2        76.5%   Ukrainian    +    23.5%   Kargopol_Russian    @    3.64
3        66.9%   Ukrainian_Lviv    +    33.1%   Erzya    @    3.73
4        78.9%   Ukrainian    +    21.1%   Lithuanian    @    3.82
5        68.5%   Ukrainian    +    31.5%   Southwest_Russian    @    3.86
6        76.2%   Ukrainian    +    23.8%   Estonian_Polish    @    3.99
7        74.2%   Ukrainian    +    25.8%   Ukrainian_Belgorod    @    4.02
8        94.2%   Ukrainian    +    5.8%   Chuvash    @    4.03
9        95.4%   Ukrainian    +    4.6%   Mari    @    4.06
10        79.4%   Ukrainian    +    20.6%   Belorussian    @    4.11
11        84.4%   Ukrainian    +    15.6%   Estonian    @    4.19
12        65.3%   Ukrainian_Lviv    +    34.7%   Kargopol_Russian    @    4.27
13        98.1%   Ukrainian    +    1.9%   MA-1    @    4.28
14        92.5%   Ukrainian    +    7.5%   East_Finnish    @    4.3
15        91.1%   Ukrainian    +    8.9%   Russian_Smolensk    @    4.35
16        99.3%   Ukrainian    +    0.7%   Selkup    @    4.36
17        99.6%   Ukrainian    +    0.4%   Ket    @    4.37
18        99.9%   Ukrainian    +    0.1%   Papuan    @    4.38
19        99.8%   Ukrainian    +    0.2%   Shors    @    4.38
20        99.7%   Ukrainian    +    0.3%   Tatar    @    4.38
а вот MDLP k13, показывает, русский тверь, что тоже правда, только по другой линии.

[FenriR]

да, согласен.
у меня показывает мою, можно сказать - преобладающую, белорусскую сторону=)

Код: [Выделить]

# Primary Population (source) Secondary Population (source) Distance
1 71.7% Belorussian + 28.3% Kargopol_Russian @ 2.46
2 81.5% Estonian_Polish + 18.5% East_Finnish @ 2.47
3 79.4% Belorussian + 20.6% East_Finnish @ 2.52
4 83.8% Estonian_Polish + 16.2% Finnish @ 2.56
5 91.3% Belorussian + 8.7% Chuvash @ 2.6
6 89.2% Belorussian + 10.8% Tatar @ 2.76
7 93.4% Belorussian + 6.6% Mari @ 2.77
8 78% Estonian_Polish + 22% Kargopol_Russian @ 2.83
9 91.4% Estonian_Polish + 8.6% Tatar @ 2.84
10 97.7% Estonian_Polish + 2.3% Xibo @ 2.84
11 87% Estonian_Polish + 13% Southwest_Finnish @ 2.84
12 95.8% Belorussian + 4.2% Shors @ 2.85
13 97.7% Estonian_Polish + 2.3% Hezhen @ 2.85
14 97.7% Estonian_Polish + 2.3% Tu @ 2.86
15 96.1% Estonian_Polish + 3.9% Uygur @ 2.86
16 97.8% Estonian_Polish + 2.2% Japanese @ 2.86
17 91.4% Estonian_Polish + 8.6% North_Swedish @ 2.86
18 97.9% Estonian_Polish + 2.1% Naxi @ 2.87
19 88.4% Estonian_Polish + 11.6% La_Brana-1 @ 2.88
20 97.9% Estonian_Polish + 2.1% Yizu @ 2.88


[valera27]

А у меня не так чтоб уж и близко

Eurogenes EUtest V2 K15 Oracle results:

#       Primary Population (source)   Secondary Population (source)   Distance
1       50.2%   Ukrainian_Belgorod   +   49.8%   Estonian   @   3.71
2       52.8%   Ukrainian_Lviv   +   47.2%   Lithuanian   @   3.84
3       55.7%   Ukrainian   +   44.3%   Lithuanian   @   3.91
4       55.2%   Southwest_Russian   +   44.8%   Estonian   @   3.96
5       52.2%   Estonian   +   47.8%   Ukrainian_Lviv   @   4.15
6       93.1%   Estonian   +   6.9%   Abhkasian   @   4.27
7       92.8%   Estonian   +   7.2%   Georgian   @   4.29
8       92.6%   Estonian   +   7.4%   Armenian   @   4.3
9       92.2%   Estonian   +   7.8%   Kurdish   @   4.3
10       92.1%   Estonian   +   7.9%   Iranian   @   4.3
11       92.6%   Estonian   +   7.4%   Georgian_Jewish   @   4.33
12       51%   Ukrainian   +   49%   Estonian   @   4.33
13       91.2%   Estonian   +   8.8%   Kumyk   @   4.33
14       91.9%   Estonian   +   8.1%   Adygei   @   4.33
15       92.7%   Estonian   +   7.3%   Assyrian   @   4.39
16       91.8%   Estonian   +   8.2%   Balkar   @   4.39
17       91.6%   Estonian   +   8.4%   Kabardin   @   4.39
18       92.2%   Estonian   +   7.8%   North_Ossetian   @   4.39
19       71.4%   Lithuanian   +   28.6%   Moldavian   @   4.45
20       93%   Estonian   +   7%   Iranian_Jewish   @   4.46

[Don]

В основном: то ли украинец, то ли белорус, или : русский, литовец, поляк.
И в малом возможно: румын, грек, армянин, турок, кумык, адыг, болгарин, итальянец, курд и многия многия.

1   71.8% Ukrainian_Belgorod + 28.2% Romanian 3.4
2   81% Ukrainian_Belgorod + 19% Greek_Thessaly 3.42
3   83.3% Belorussian + 16.7% Armenian 3.47
4   87.4% Southwest_Russian + 12.6% Armenian 3.53
5   54% Ukrainian_Belgorod + 46% Moldavian 3.55
6   80.2% Belorussian + 19.8% Kumyk 3.57
7   86.9% Russian_Smolensk + 13.1% Armenian 3.59
8   74.7% Ukrainian_Belgorod + 25.3% Bulgarian 3.6
9   87.6% Ukrainian + 12.4% Adygei 3.6
10  69.3% Southwest_Russian + 30.7% Romanian 3.62
11  88% Ukrainian + 12% North_Ossetian 3.62
12  84.4% Ukrainian_Belgorod + 15.6% Central_Greek 3.63
13  76% Lithuanian + 24% Turkish 3.64
14  85.9% Ukrainian_Belgorod + 14.1% South_Italian 3.66
15  89% South_Polish + 11% Kurdish 3.67
16  87.4% South_Polish + 12.6% Kumyk 3.67
17 86.4% Ukrainian + 13.6% Kumyk 3.68
18  87% Ukrainian + 13% Kabardin 3.68
19  89.9% Ukrainian + 10.1% Abhkasian 3.71
20  79.2% Southwest_Russian + 20.8% Greek_Thessaly 3.71

[FenriR]

Don,
да как-то больше на Центральную Украину похоже, может быть, с некоторым трендом на восток)