АвторТема: Polako/Davidski Eurogenes plots  (Прочитано 163002 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1624
  • Страна: ru
  • Рейтинг +559/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1110 : 24 Апрель 2014, 00:49:08 »
Отзыв о новом сервисе Polako
https://www.23andme.com/you/community/thread/29472/

Кто-нибудь из форумчан уже успел воспользоваться?
Да, я заказывал. Достаточно быстро сделал, за неделю.

А как впечатления? В смысле, в сравнении с другими вариантами этнотестов, а также на предмет соответствия реальному происхождению. Стоит эта услуга своих денег?
Меня вполне устроило. Правда по аутосомам Polako сместил меня по карте на запад(в Белоруссию), хотя у меня предки из Тамбовской губернии(по крайней мере 3-4 поколения).
Меня интересовало есть ли в моем геноме какие-либо заметные влияния других народов, и он в принципе на этот вопрос ответил, как он это видит, с приложением графиков и найденными у меня сегментами совпадающими с отобранными им образцами других народов. Я у него получился 50%Поляк + 50%Эстонец с заметными, по его мнению, выбросами в скандинавию и немножко урала.
Считаю своих денег стоит, конечно если не ждать от анализа чего-то сверхъестественного  :)

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1111 : 24 Апрель 2014, 00:52:22 »
т.е. Вы, по сути, воспользовались вторым вариантом:
- advanced users of third party ancestry tools can request a more detailed analysis of a specific issue, such as confirming minor Sub-Saharan or Ashkenazi admixture.
или он теперь делает все вместе?

ЗЫ спасибо за информацию

Оффлайн Sylvester

  • Сообщений: 1624
  • Страна: ru
  • Рейтинг +559/-0
  • FTDNA:290147 YFull:YF64174 GEDmatch:T532939
  • Y-ДНК: I1-Y16803 Varangians (SWE>RUS)
  • мтДНК: N1a1a1a1a2 (RUS,KAZ,BGR,HUN)
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1112 : 24 Апрель 2014, 00:59:30 »
Я как-то не заморачивался. Он спросил какие будут пожелания по анализу, а я ответил что хочу просто общий анализ и наличие влияний других народов, если такие будут видны в геноме.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1113 : 01 Май 2014, 14:50:31 »
В тему об Geographic Population Structure (GPS) prediction.

Мои "координаты генома" в новом сервисе Поляко:


Для сравнения.
Вот так это выглядит в масштабах Белоруссии:
зеленым отмечено место по "координатам генома", предсказанное Поляко, красным - место происхождения 3 моих предков из восьми (для удобства взял столицу района)



PS
анализ x-хромосомы:


PCA (я синий кружок):
[/URL]
Как видно, популяции весьма сильно перемешаны, т.к. на х-хромосоме не хватает маркеров для более детальной дифференциации на внутриконтинентальном уровне: даже такие, казалось бы, далекие друг от друга группы как юго-западные и северо-восточные европейцы,  по сути, образуют одно облако.

Оффлайн valera27

  • Сообщений: 686
  • Страна: ru
  • Рейтинг +139/-0
  • Y - R1a1a-YP682(xYP1260,YP612,YP1696); mt - H1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1114 : 01 Май 2014, 15:23:36 »
А что вообще испытуемый получает на выходе? Кроме вышеприведенной графической информации?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6135
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2790/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1115 : 01 Май 2014, 15:31:56 »
А что вообще испытуемый получает на выходе? Кроме вышеприведенной графической информации?
Я так понял, в стандартный набор входят PCA-плот (три полюса - охотники-собиратели, ранние фермеры и восточноазиаты), карта и сегменты. Но можно и что-то особенное заказать. Плюс объяснения и ответы на вопросы от Поляко.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1116 : 01 Май 2014, 15:59:49 »
Я, если честно, не уверен, что туда входит (подозреваю, что немалую часть составляют комментарии Поляко относительно результатов), т.к. состою в проекте Поляко и мне, по его же словам, не было особого смысла покупать анализ, но я его таки приобрел, скорее из любопытства, за треть цены)) так что, вступайте в проект Eurogenes, к тому же, емнип, полгода назад он говорил, что апдейты тестов (а-ля DNA tribes) будут бесплатны для членов проекта, но как сейчас, не знаю.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6135
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2790/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1117 : 01 Май 2014, 16:05:11 »
Я, если честно, не уверен, что туда входит (подозреваю, что немалую часть составляют комментарии Поляко относительно результатов), т.к. состою в проекте Поляко и мне, по его же словам, не было особого смысла покупать анализ, но я его таки приобрел, скорее из любопытства, за треть цены)) так что, вступайте в проект Eurogenes, к тому же, емнип, полгода назад он говорил, что апдейты тестов (а-ля DNA tribes) будут бесплатны для членов проекта, но как сейчас, не знаю.
Он же выкладывал недавно результаты своего сравнения с охотниками мамонтовой степи для участников проекта. Думаю, имелось в виду что-то вроде этого. Да и проект официально закрыт для приема новых членов (я так понял, отдельным особо настойчивым попасть удается  ;D  )

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1118 : 01 Май 2014, 16:22:41 »
Он же выкладывал недавно результаты своего сравнения с охотниками мамонтовой степи для участников проекта. Думаю, имелось в виду что-то вроде этого. Да и проект официально закрыт для приема новых членов (я так понял, отдельным особо настойчивым попасть удается  ;D  )
я ни у кого не встречал упоминание pca-плота охотников-собирателей, кроме как в посте блога самого Поляко, хотя, может и делает.
в проект можно попасть, приобретя тест, тем самым соглашаясь выступать в роли референтного сэмпла. Свои данные я ему высылал полгода назад, когда не все инструменты были откалиброваны, так что, я был, можно сказать, "первым клиентом" или одним из.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1119 : 08 Май 2014, 18:23:56 »
В дополнение к моему верхнему посту:

по X-хромосоме, если кому-нибудь будет интересно для сравнения:
Цитировать
In any case, I checked some of the Xs I've painted, and yeah, yours is definitely more western than the normal Russian X.

Я так понял, в стандартный набор входят PCA-плот (три полюса - охотники-собиратели, ранние фермеры и восточноазиаты), карта и сегменты.

те самые PCA охотников-собирателей=)


Комментарий Поляко:
Цитировать
No surprises really, high up the solid red line due to a high level of hunter-gatherer ancestry (almost 60%), but left of it due to a bit of Siberian admixture.


Также, меня интересовало влияние из Волго-Уральского региона (~ Siberian admixture).

Результаты по IBD
из вики:
Цитировать
An IBS segment is identical by descent (IBD) in two or more individuals if they have inherited it from a common ancestor without recombination, that is, the segment has the same ancestral origin in these individuals.

Поляко:
Цитировать
Well, as you probably already knew, you share a lot of IBD with people from around the Volga-Ural. The PCA shows this well, where you're pulled out of the main European cluster, and end up among Russians and Volga Finns from near the Volga (see attached).

Your top 20 individuals in terms of overall shared cM looks like this...

Chuvash   24.383
Polish   23.2043
Ukrainian   19.8216
Ukrainian   18.1761
Estonian   17.6895
Kargopol_Russian   15.5719
Polish   15.3981
Kargopol_Russian   13.9135
South_Russian      13.718
Polish   13.5134
Polish   12.761
Lithuanian   12.3573
West_Russian   12.1659
Lithuanian   12.1255
East_Russian   11.6402
South_Russian   11.3122
Lithuanian   11.0489
Kargopol_Russian   11.0197
Tatarstan      11.0161
Kargopol_Russian   10.9436

The guy at the top is mostly Chuvash, but has some Russian admix.

PCA


комментарий Поляко:
Цитировать
No, it just means you share relatively a lot of IBD with Volga-Ural groups. Relatively is the key word here.

The reason this has such a massive effect on the PCA is because these groups have experienced more founder effects than most other Europeans, certainly more than Poles.

That's why it's a very useful method for detecting minor admixture from certain groups, like Chuvash, Finns and Jews. But it's totally out of whack with overall ancestry. You can see that in your own results because in terms of overall genome structure you cluster in Belarus.

Уточнение из последующей переписки:
Цитировать
You can't look for patterns like that in a top 20 of individuals. That Chuvash guy just happens to be a distant relative of yours.

It can happen to anyone, and it's something that could well be ignored, except the PCA shows that do you have ancestry from that area of Russia, because you're dragged that way, so the fact that he's at the top of your list isn't a wild coincidence.

Interpreting IBD stats isn't easy, and gets even more complicated for Eastern Europeans, who share a lot of IBD with each other.

Т.е. даже сегменты такой общей длины не всегда означают влияние популяций, отличных от основной предковой и нужно смотреть на общую тенденцию, в этом случае на тот же PCA, по которому у меня заметен адмикс, в то же время, очень сложно сказать из какой именно популяции была получена эта примесь и когда, т.к., в особенности, для групп Восточной Европы довольно сложно интепретировать результаты IBD, из-за большего числа общих сегментов: в моем случае, чуваш, популяция которого и так входит в восточно-европейский кластер, имеет еще и русскую примесь.

По другим адмиксам:
Цитировать
Also, on average you do share more cM with Germans and southeast English than the average Russian (something like 0.3 more), and the German score goes up to almost 2 cM when I limit the samples to those from Northern Germany, especially the far north.

German 1.796195
SE_English 1.532512

But these differences are small, so it's hard to judge whether they're signals of ancestry from Germany, and in particular north Germany.

In comparison, your average cM sharing with Western Russians, Poles and Belorussians is well over 5 cM.

видимо, мои немецкие корни практически полностью растворились на фоне восточной Европы=) что, вероятно, свидетельствует о том, что мне, в основном, передались западно-славянские и балтские сегменты (через восточных и балтийских немцев).

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6135
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2790/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1120 : 08 Май 2014, 18:38:02 »
Т.е. даже сегменты такой общей длины не всегда означают влияние популяций, отличных от основной предковой и нужно смотреть на общую тенденцию, в этом случае на тот же PCA, по которому у меня заметен адмикс, в то же время, очень сложно сказать из какой именно популяции была получена эта примесь и когда, т.к., в особенности, для групп Восточной Европы довольно сложно интепретировать результаты IBD, из-за большего числа общих сегментов: в моем случае, чуваш, популяция которого и так входит в восточно-европейский кластер, имеет еще и русскую примесь.
Видимо, он очень сильно отфильтровывает сегменты, оставляет только с большим количеством снипов. А поскольку после фильтра остался лишь один чуваш, а остальные - балто-славяне, логично списать это на влияние русских на этого единичного чуваша. Я так понял его логику. Интересно, какие настройки используются для подсчета общих сегментов.
« Последнее редактирование: 08 Май 2014, 18:44:51 от Srkz »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1121 : 08 Май 2014, 20:34:58 »
Видимо, он очень сильно отфильтровывает сегменты, оставляет только с большим количеством снипов. А поскольку после фильтра остался лишь один чуваш, а остальные - балто-славяне, логично списать это на влияние русских на этого единичного чуваша. Я так понял его логику. Интересно, какие настройки используются для подсчета общих сегментов.
думаю, не совсем так, т.к. меня, все-таки, "перетягивает" на Восток: как я понял из PCA, за Component 2 бралось что-то вроде South Baltic/North-East European, а за Component 1 -  Volga-Ural/Siberian  и, если строить плот относительно этих 2 компонентов, меня выбивает из общего европейского пула популяций, причем относит именно к восточным русским и волжским финнам:
Цитировать
The PCA shows this well, where you're pulled out of the main European cluster, and end up among Russians and Volga Finns from near the Volga (see attached)
Если бы  меня с этим чувашом роднили =) только общие балто-славянские сегменты, то, имхо, и не было бы этого крена к Поволжью)
Но, в то же время, если бы дело было в эффекте основателя у чувашей, то из чувашей бы состояла минимум треть моего списка , в любом случае, их было бы больше одного, этого не наблюдается, но есть немало северных русских и эстонец - видимо, у этого чуваша была именно северно-русская примесь, а "уральское" влияние проявляется у меня через сегменты заметно меньшей длины, суммы которых просто не попали в первые 20 позиций (кроме упомянутого восточного русского и Tatarstan в 11.0161 сМ), но определили "снос" на PCA.
Сдается мне, что моя дилемма: Русский Север/Поволжье, в конце концов, разрешится тем, что у  меня окажутся и северно-русский и поволжские адмиксы=)
« Последнее редактирование: 08 Май 2014, 20:45:52 от FenriR »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6135
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2790/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1122 : 08 Май 2014, 20:51:48 »
Цитировать
The PCA shows this well, where you're pulled out of the main European cluster, and end up among Russians and Volga Finns from near the Volga (see attached)
Если бы  меня с этим чувашом роднили =) только общие балто-славянские сегменты, то, имхо, и не было бы этого крена к Поволжью)
Но, в то же время, если бы дело было в эффекте основателя у чувашей, то из чувашей бы состояла минимум треть моего списка , в любом случае, их было бы больше одного, этого не наблюдается, но есть немало северных русских и эстонец - видимо, у этого чуваша была именно северно-русская примесь, а "уральское" влияние проявляется у меня через сегменты заметно меньшей длины, суммы которых просто не попали в первые 20 позиций, но определили "снос" на PCA.
Сдается мне, что моя дилемма: Русский Север/Поволжье, в конце концов, разрешится тем, что у  меня окажутся и северно-русский и поволжские адмиксы=)
Я не понимаю,что изображено на PCA, можно только предположить, что голубые точки это чуваши, татары (+ эрзя и мокша? Кто еще у него может быть Volga-Ural?). Рассуждение относилось к трактовке top-20 совпаденцев.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2003
  • Страна: 00
  • Рейтинг +526/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1123 : 08 Май 2014, 21:00:16 »
Я не понял,что изображено на PCA, можно только предположить, что голубые точки это чуваши, татары (+ эрзя и мокша? Кто еще у него может быть Volga-Ural?). Рассуждение относилось к трактовке top-20 совпаденцев.

я понимаю, что к top-20, для этого я и процитировал все его сообщение, а не только список:
Цитировать
Well, as you probably already knew, you share a lot of IBD with people from around the Volga-Ural. The PCA shows this well, where you're pulled out of the main European cluster, and end up among Russians and Volga Finns from near the Volga (see attached).

т.е. я среди восточных русских и волжских финов (здесь: эрзя, мокша)
судя по общему расположению точек в сравнении с другими его PCA: выше меня северные русские, голубые точи - чуваши, марийцы + видимо, татары.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6135
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2790/-2
  • Y-ДНК: N-L1025*
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1124 : 08 Май 2014, 21:12:45 »
т.е. я среди восточных русских и волжских финов (здесь: эрзя, мокша)
судя по общему расположению точек в сравнении с другими его PCA: выше меня северные русские, голубые точи - чуваши, марийцы + видимо, татары.
Так это PCA на другой основе, тут может быть совсем другая структура. По разделяемым общим сегментам северные русские вовсе не обязаны быть неподалеку от тех же эрзян. Непонятно, "near the Volga" относится только к Volga Finns, или к Russians тоже? И кто вообще такие "восточные русские" в его понимании? Кто люди из левого нижнего угла? Я это пишу не чтобы поспорить с "поволжской" гипотезой, по-моему, на нее есть и этнокалькуляторах некоторые намеки. Однако смысл последнего PCA остается непонятен  :D  Видно, что вы с размытой стороны группы черных точек, а дальше идут голубые точки. Дальняя часть голубых точек, вероятно, представляет марийцев и чувашей, а ближняя, может, тоже их, а может, и нет.
« Последнее редактирование: 08 Май 2014, 21:34:08 от Srkz »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100