АвторТема: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study  (Прочитано 3743 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19603
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1479/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Работа Леха Повихровски "LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study. Draft 10 Apr. ‘09."


Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #1 : 27 Май 2009, 12:20:25 »
Вот это да. Использованы мои веса (само собой со ссылкой). И применен логарифм, что тоже радует.
Пожалуй, не стоит затягивать с новым расчетом весов и скоростей мутаций, уже по деревьям, а не по сетям.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3208
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #2 : 27 Май 2009, 12:24:22 »
Здорово, что россияне становятся известными своими достижениями!!!

Онлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19603
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1479/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #3 : 27 Май 2009, 12:31:42 »
Я кстати в этом древе на рейнской ветви.

Онлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19603
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1479/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #4 : 27 Май 2009, 14:09:48 »
Правда в этой работе есть ошибка. Ellis (если не ошибаюсь) присутствует на двух ветвях, может и очепятка.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #5 : 27 Май 2009, 22:07:53 »
Вот это да. Использованы мои веса (само собой со ссылкой). И применен логарифм, что тоже радует.
Пожалуй, не стоит затягивать с новым расчетом весов и скоростей мутаций, уже по деревьям, а не по сетям.
С огромным нетерпением ждём.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #6 : 27 Май 2009, 23:32:34 »
Спасибо за ссылку,

Интересное применение кластерной парадигмы в построении древа с помошью весов уважаемого wertnera.

Оффлайн nieswicz

  • Сообщений: 41
  • Рейтинг +7/-0
  • Fuimus
  • Y-ДНК: I1*
  • мтДНК: T2b2
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #7 : 13 Июнь 2009, 19:02:04 »
Правда в этой работе есть ошибка. Ellis (если не ошибаюсь) присутствует на двух ветвях, может и очепятка.

Uvazhaemyi Abbat Buzoni,

ya avtor etoy raboty, nosiashchey pravda kharakter chernovika, o chem Vam nameknul v lichnoy perepiske. Vozmozhno oshibok tam neskolko dazhe po gaplotipam, kotorye v nee vkhodiat.

Pro Ellis proveril: u menia v fajle pod "Ellis" tolko odin gaplotip kod ysearch J5URK (v moey kodirovke dla fajla Network ELS00E). Drugoye pokhozhe imia eto "Elliott" rekord UEABX (v moey kodirovke ELL00X), a on deystvitelno na drugoy vetve.

Pytalsia sdelat pokhozhyi analiz na 37-markerovykh gaplotipakh, no poluchayutsia dreva menee "stabilnye", chem po 67-markerakh. Vozmozhno problema s podborom vesov dla 37-markerovoy paneli, gde bolshaya proportsia "multi-copy markers", k kotorym vozmozhno nado upotreblat "infinite allele mutation model" a nie "one-step mutation model".

V lyubom sluchae vesy polucheny iz wertnerovskikh skorostey mutatsii zarabotali prevoskhodno pri 67 markerakh i prakticheski voobshche nikakie "kletochki" v dreve ne poyavilis'. Vetvi prekrasno rozdelalis' sami po sebe, bez nikakikh arbitralnykh izmeneiy v vesakh. Esli sravnit' s analogichnym drevom 67-markerov bez vesov, to tam poluchaetsia prosto "komok", nastol'ko mozhno provesti alternativnykh sekventsii mutatsii.

Rabota kak skazal predvaritel'na, no uzhe mne teper kazhetsia, chto dla analiza "glubokogo proiskhozhdenia" ("deep ancestry") po Y-STR v gaplogrupe I1 priydyetsa upotreblyat' 67-markerove gaplotipy. Vsia eta gruppa ne starshe 4000 let soglasno Nordtvedt'u. Moya vyborka daleko ne sootvestvuyushcha vsemu obyomu dannykh 67-markerovykh po gaplotipakh I1 poetomu kalibratsiu dreva budet delat slozhno. Predpolagayu, chto klastery, kotorye na ney poyavilis rozdelilis ne ranshe pervykh vekov nashey ery. A np. Gordony i Hamiltony, pokhozhe drugim shotlandskim klanom, razdeliayutsa na sovsem dalekie vetvi, tak chto ikh familii skoree vsego yavlenie obosnovano sotsialnym statusom a ne genetikoy.

Ya vybral nekotorye bazovye gaplotipy, a vokrug nikh te, kotorykh "geneticheskoye rasstoyanie" bylo ot nikh menshe 20 na 67 markerov. Dumayu, luchshe byloby vziat' vse 67-markerovye gaplotipy gaplogrupy I1, primenit' vesy Wertnera i togda smotret' kak eto razvetviaetsia. Moy komputer mne etogo ne razreshaet.

Izvinite, pishu s komputera, gde tolko latinitsa.

S uvazheniem

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10243
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1673/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #8 : 13 Июнь 2009, 19:21:29 »
Izvinite, pishu s komputera, gde tolko latinitsa.
Уважаемый nieswicz, я думаю здесь речь должна идти не  о ваших извинениях за латиницу, а о нашем восхищении Вашим русским.

Онлайн Аббат БузониАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 19603
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1479/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #9 : 13 Июнь 2009, 19:32:29 »
Приветствую Вас, уважаемый Лех. Рад, что Вы появились на нашем форуме.

С изданием Вашей работы в журнаое мы решили повременить, надеюсь в скором времени она обрастет "мясом" и мы ее опубликуем. Ждем итоговой версии))))

Гаплотипов у нас полно (благодаря уважаемому Вертнеру, не всякая машина осилит)))

Действительно на дереве I1 четко выделяются "фамильные" ветви шотландцев, также отметил бы финнскую ветвь, которая зримо выделяется на древе.

Вскоре опробирем Мурку, которую так хвалят коллеги.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3208
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: LKP & Crispincousins Cladogram. 67-marker haplotypes study
« Ответ #10 : 14 Июнь 2009, 16:31:32 »
Уважаемый  Onlinenieswicz, уважаемый Лех!

Ждем окончательной редакции вашего материала. Вы ведь не против его опубликования в журнале. Причем ведь его можно опубликовать сразу в двух версиях - англ.яз. и русс.яз.

Ваш материал послужит примером нашим западным коллегам.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100