Построил небольшую сеть по 213 сиквенсам гемагглютинина вируса гриппа (Influenza A), в основном серотип H1N1. Забавно, что таксоны неплохо сгруппировались по годам, за редкими исключениями когда слишком длинная ветвь попадала немного не в свой огород. Поэтому пожалуйста обращайте внимание на длину линков. Еще нужно учитывать что красоту сети изрядно портит рекомбинация, поэтому серьезно к этому дереву относиться не стоит. Хотя сам вирус серьезный
Для каждого таксона приведена информация:
H1N1 серотип
(sw) свинка или (dk) уточка
2006 год консервации материала
Hungary происхождение
FJ798777 аксешн
Чуть ниже и левее корня ищите испанку (1918, South_Carolina). Истинный корень по-видимому ближе к этому узлу, надо было подобрать подходящий аутгруп. Я добавил с десяток советских вариантов, ими мы болели в детстве, см. годы
А в левом нижнем углу несколько свеженьких сиксенсов 2009 года из Техаса и Калифорнии. Их выложили в Генбанк несколько дней назад. Это и есть "мексиканский" грипп.
PS. В некоторых местах на очень длинном линке (порядка 300-500 мутаций = вес 3000-5000) подвешивается ветвь другого серотипа. Я намеренно не включал их в аутгруп потому что внутри самого семейства H1 выявляются линки не меньшей длины чем те, что сопряжены со сменой серотипа. В какой мере это объясняется рекомбинацией не могу сказать. Надо спросить вирусологов.
Тема: Вирус гриппа (Прочитано 3013 раз)