АвторТема: STR-филогения и бинарность снип-мутации  (Прочитано 3756 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2699
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #15 : 17 Апрель 2013, 01:43:24 »
Не так давно уважаемый VVR постулировал в принципе очевидную вещь (но до него её никто четко не формулировал) - снип-мутация носит бинарный характер, "+" или "-" как отражение соответствующего однонуклеотидного полиморфизма.
Это действительно очевидно, но я и не акцентировал на этом внимание

Из этого следствие: не может быть никаких трех, четырех и т.п. ветвей из одного узла.
Извините, Шад, но из предыдущего высказывания это никак не следует. Мутации только отражают изменения ДНК по ходу реального дерева. Они служат инструментом филогении для того, чтобы построить филогенетическое дерево, максимально близкое к реальной генеалогии. Не мутации определяют ветвление, а реальная геналогия, которую мы глубоко не можем знать, поэтому и используем для реконструкции мутации. А в реальности у отца могут быть. например, четыре сына. Если у каждого потомки доживут до нынешнего времени, то это и будет 4 ветви из одного узла.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2699
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #16 : 17 Апрель 2013, 01:44:05 »
не может быть никаких трех, четырех и т.п. ветвей из одного узла.
Вместе с тем, я действительно утверждал и продолжаю утверждать это. С одной оговоркой:
до последних времён (может последней тысячи лет)
Аргументация такая. Мужские(Y) линии, даже без явных бутылочных горлышек, очень активно элиминируют, т.е. фактически вымирают. (Женские тоже элиминируют, но не так значительно.) А поскольку, как я уже писал выше, мы можем отобразить только линии дожившие до нашего времени, то вымерших на дереве не будет. Даже если у древнего мужчины было несколько сыновей, наиболее вероятным будет, что ни одна прямая мужская линия от его сыновей не дожила до нашего времени. Древний мужчина, у которого до нашего времени дожило по прямой мужской потомство одного сына уже редкость. Потомство двоих сыновей - огромная редкость. Вероятность этого уже очень маленькая. Поэтому, мы на Y-дереве видим достаточно мало узлов в древности. Причём, чем древнее, тем меньше. Хотя это отчасти также связано с ростом численности всего человечества. Вероятность того, что от древнего человека до наших дней доживёт потомство трёх или более сыновей настолько близка к нулю, что всерьёз её не имеет смысла рассматривать. Поэтому и вероятность выхода трёх и более современных ветвей из одного узла в древности близка к нулю. Чем древнее,тем ближе к нулю.

Но вместе с тем, чем ближе к нашему времени, тем вероятность выше. Поэтому, я и сделал оговорку, что в последние времена уже возможно, чтобы из одного узла выходило три или даже больше ветвей.

До "Y-Адама" жили тысячи мужчин сапиенс. Но до нашего времени от них выжила только одна линия. Та, которая и проходит через "Y-Адама", а от него раздваивается. "Y-Адам" был первым мужчиной, у которого до нашего времени дожило потомство по прямым мужским линиям двух сыновей. Поэтому он и является БОПом всех мужчин человечества. Как я уже писал, речь может идти только о протестированных. Если среди непротестированных окажутся представители ответвления, более раннего, чем развилка А00 / А0-Т, то "Y-Адамом" станет другой человек - более древний.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2699
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #17 : 17 Апрель 2013, 01:44:46 »
ещё одно следствие. При выделении нового субклада не формируется две снип-мутации, определяющие две ветви. Формируется одна, а вторая определяется отрицательным значением снипа. И только потом на ней возникает отдельный снип, характеризующий соответствующую ветвь.
Это один из возможных вариантов. Но те частоты SNP-мутаций, которые на данный момент вычислены популяционными генетиками, позволяют предполагать и другие варианты. Например, после разветвления у обоих сыновей есть своя SNP-мутация, отличающая их от отца и определяющая новую ветвь. Другой вариант. У обоих сыновей нет SNP-мутаций. Они появляются у их потомков до следующего разветвления и характеризуют свою ветвь.

А теперь ещё один вариант. У отца(назовём его субклад условно Z) на разветвлении 2 сына. У одного сына или его потомка снип Z1, определяющий ветвь Z1. У второго сына нет снип-мутации. И у его сына нет. И у внука. Зато у внука два сына, потомство которых дожило до нашего времени. Ещё две ветви. В одной определяется снип Z2, в другой Z3. Что у нас будет с филогенией? А будет разветвление субклада Z на три ветви Z1,Z2,Z3. И даже FYS(полный Y-секвенс) не позволит построить филогению. соответвствующую реальному дереву. Т.е. показывающую, что Z делится на Z1 и вторую ветвь, которая объединяет Z2 и Z3.
Естественно, это вариант маловероятный, скорее теоретический. Для более древних времён он просто невероятный, т.к. там между узлами ветвления обычно достаточно большие промежутки. Успевает набежать и куча снипов, и характерные STR-мутации, по которым можно вычислить ветвь даже без снипов. Когда-то давно я писал, что чем больше поколений от ответвления до БОПа ветви, тем больше успевает набежать характерных STR-мутаций и тем легче выделяется ветвь при STR-филогении.
В то же время ближе к нашему времени последний вариант возможен, хоть и маловероятен. Мог бы привести и другие варианты, когда даже FYS не даст абсоютной точности. А то они будут больше похожи на мыльную оперу. Хотя человечество большое. И всякое возможно. Даже то, что кажется очень маловероятным.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2699
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #18 : 17 Апрель 2013, 01:45:18 »
Если бы выживали все линии, то структура дерева, возможно, и была бы дихотомической. В реальности же, по многим причинам, происходит вымирание многих линий. Такое вымирание неизбежно приводит к появлению узлов, характеризующихся целым букетом равнозначных снипов, и, соответственно, появлению нескольких ветвей, выходящих из одного узла.

Такая картина складывается не из-за вымирания линий, а из-за неполной картины, которую мы имеем.
Понятно, что из-за неполноты картины. Однако, есть пробелы, которые можно заполнить путем дальнейшего изучения, а есть те, которые уже ничем не заполнишь из-за вымирания линий.

Линия вымирает вместе со своими мутациями. Поэтому на современную картину это повлиять не должно.
Абсолютно согласен с Шадом.

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2699
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #19 : 17 Апрель 2013, 01:45:57 »
Сравните гаплогруппы O и N.
Между гаплогруппами накопились тысячи снипов (сотни уже обнаруженных), а вот гаплотипов NO мы пока не видели. Знаем, что они есть, но, вполне вероятно, может оказаться, что они либо N, либо O с обратными мутациями в снипах.
Так и окажется. Только врядли речь идёт об обратных мутациях.  NO* ведь находили в научных работах. Скорее всего их протестировали на один снип N и один снип О. Получив отрицательный результат, причислили к NO*. Но я думаю,что выше по дереву есть снипы общие для NO* и О, но отрицательные для N. Или общие для NO* и N, но отрицательные для O. Просто NO* ещё не тестировали на этот снип.
В идеале все гаплогруппы, субклады должны делиться на два субклада. И никаких звёздочек. Конечно, все знают, что достигнуть идеала невозможно. Но стремиться к этому нужно.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7844
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #20 : 17 Апрель 2013, 08:46:02 »
Сравните гаплогруппы O и N.
Между гаплогруппами накопились тысячи снипов (сотни уже обнаруженных), а вот гаплотипов NO мы пока не видели. Знаем, что они есть, но, вполне вероятно, может оказаться, что они либо N, либо O с обратными мутациями в снипах.
Так и окажется. Только врядли речь идёт об обратных мутациях.  NO* ведь находили в научных работах. Скорее всего их протестировали на один снип N и один снип О. Получив отрицательный результат, причислили к NO*. Но я думаю,что выше по дереву есть снипы общие для NO* и О, но отрицательные для N. Или общие для NO* и N, но отрицательные для O. Просто NO* ещё не тестировали на этот снип.
В идеале все гаплогруппы, субклады должны делиться на два субклада. И никаких звёздочек. Конечно, все знают, что достигнуть идеала невозможно. Но стремиться к этому нужно.
Да, это основная гипотеза, но и обратных мутаций пока исключить нельзя.

В научных выборках были определены входящие снипы N и O и они отрицательны.
Значит, разделение N и O придётся отдалять по снипам в прошлое, то есть, количество накопленных после разделения гаплогрупп снипов ещё больше увеличится по количеству.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9917
  • Страна: ru
  • Рейтинг +569/-2
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #21 : 19 Апрель 2013, 00:32:03 »
Цитировать
А теперь ещё один вариант. У отца(назовём его субклад условно Z) на разветвлении 2 сына. У одного сына или его потомка снип Z1, определяющий ветвь Z1. У второго сына нет снип-мутации. И у его сына нет. И у внука. Зато у внука два сына, потомство которых дожило до нашего времени. Ещё две ветви. В одной определяется снип Z2, в другой Z3. Что у нас будет с филогенией? А будет разветвление субклада Z на три ветви Z1,Z2,Z3. И даже FYS(полный Y-секвенс) не позволит построить филогению. соответвствующую реальному дереву. Т.е. показывающую, что Z делится на Z1 и вторую ветвь, которая объединяет Z2 и Z3.
только в реальности как минимум 1-2 снипа есть у каждого человека в том числе и у сыновей и их вероятность тем выше, чем в более пожилом возрасте их отец "родит"

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2699
  • Страна: ua
  • Рейтинг +615/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: STR-филогения и бинарность снип-мутации
« Ответ #22 : 19 Апрель 2013, 01:49:23 »
Насколько я помню последнюю работу попгенетиков по этому вопросу, то в среднем менее 1 SNP-мутации на поколение, на Y-хромосому. Но это в среднем. Значит может быть 1,2,3, а может быть 0. И этот 0 с некоторой вероятностью может повторяться несколько поколений. Поэтому считаю предложенный вариант возможным.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100