АвторТема: Ирландские гаплотипы группы R1b и атлантический модальный гаплотип  (Прочитано 33560 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Я бы рекомендовал запустить с новыми опциями (пока еще не документированными)

-j WPHEUR -b 29 -f "" -m 0.5

Выполняется эвристика уменьшающая длину дерева. Результат получается очень близкий к тому что выдали другие программы. Модал почти всегда оказывается корнем.
« Последнее редактирование: 24 Май 2009, 03:56:22 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Например такой вариант

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
на всякий приложу свой рдф

параметры (Линукс)

./murka -T "MJ" -S "Y" -V "VP" -I 1 -F 20.0 -H "N" -P "20;1.4;2.25;5000;20;1.4;2.25;5000;0;0.75;500;50;1;" -C "0;50;0;" -M "0; 20; 0; 0; FASTUNION|MORETREES|RESCHECK; 1; 0; 0; SEP1|NTT|NT1|NT2|NTD|LEUC|PS|SL|NV|LE|VR|NTDVR|PT|PTE|DA|SEPDA|NTDX|PTEX|EXTE|EXTV|EXTEEDAP|EXTVDA|EXTVDAP|EXPV; 0; LBDA|KEEPBND|BNDREPEATS1|BNDPERC2|EXTTEST3|PRUNE2|PROCMSG2|REDPMLEV2|REDREP2|COMPLTRAVERSAL; " -J 0 -X 0 -Y 0 -U 0 -W 0 -Z 0 -d 2 -n 2 -s "BCACHE|DCACHE|THASH" -j "CONSTSPLITS|EQSPLITS|PARTITIONING|ROOTING|POSTPROC|CONTRACTNT2|ALLOWTERMROOT|MIDPOINTROOT|MPSTAT|FORCEQMSN|WPHEUR" -e 0 -x 0 -b 39 -f "" -m 0.4 -t "RDF" -i "../data/seq/dalcais.rdf" -r "../data/metric/states_str0050ineq_2_2" -o "SEQTABLE|TAXATABLE|CHARTABLE|CHARCHNGTABLE|NW|NWEXT|STAT|STP|CMATRIX|SCMATRIX|MPWTDMATRIX|MPCOMPTABLE|MPPARTTABLE|MPRFTDMATRIX|MPTOPOTABLE|CHARSTTABLE" -c "cs_" -p "../nw" -q "stat" -u "nwlinktbl#" -O "seq.rdf" -w "distmx" -y "compmx" -E "scompmx" -D "charsttbl" -z "taxatbl#" -a "chartbl#" -k "charchngtbl#" -Q "wtdistmx" -K "rftdistmx" -R "tcmptbl" -B "mpbootbl" -L "mptopotbl" -A "" -N 170 -G "GraphViz; 1; ROOTPREFERRED|DIST|CHNAMES|CHCHNG|TXNAMES|TXFR|TXFRSZ|TXCD|ROOTONLY|TREEONLY|CALL|MPPART; 1.8; 1.1; 0.2; 2.0; 96.0; gif; /usr/local/bin/dot; /usr/local/bin/neato; viz/nw#.dot; viz/nw#.gif; viz/tpl/nwtpl.txt; "

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Совершенно верно. Я проверил гаплотипы МакГрайтов, которые традиционные считаются потомками септа Дал Кайса из ветви О'Брайен-Кеннеди (хотя их родословная может быть позднейшим изобретением, так как клан МакГрайтов занимал долгое время пост придворного поэта при дворе О Брайенов). Все они соответствуют 17 маркерной записи ирландских I2 и никоим образом не могут быть включены в выборку ирландских гаплотипов R1b.

На первом и втором рисунке, одна ветка (McGrath1,2,3) прям выпрыгивает из дерева.

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Я бы рекомендовал запустить с новыми опциями (пока еще не документированными)

-j WPHEUR -b 29 -f "" -m 0.5

Выполняется эвристика уменьшающая длину дерева. Результат получается очень близкий к тому что выдали другие программы. Модал почти всегда оказывается корнем.
Уважаемый Valery, поставил
Цитировать
-j  FORCEQMSN|WPHEUR" -e 0 -x 0 -b 39 -f "" -m 0.5
.
Расчёт идёт, но медленно-медленно.

Не подскажтите, каким образом, варьируя предложенные Вами параметры можно укорить работу мурки?
PS: Может быть, перенести всё это в специальную ветку про Мурку?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Ув. mouglley, добрый вечер!

Эта опция будет работать быстрее в очень скором времени, а пока на больших выборках (либо на большом количестве локусов, наприменр 67) рекомендуется следующее.


-j WPHEUR -b 29 -f "" -m 0.5

Умножаем 29 * 0.5 = 14 - это количество сетей будет объединено и передано солверу. Коли 14 оказалось много то пробуем уменьшить как


число тестов -b так и топ выбираемых деревьев -m. Например так:

-j WPHEUR -b 10 -f "" -m 0.3

10 * 0.3 = 3

Если проскочит быстро, то можете увеличиваить до предела пока еще как-то будет бежать. Рекомендую больше увеличивать -b, а на -m отыграться выбрав поменьше.



ЗЫ. С этой новой опцией мне удавалось получать значения более оптимальные чем дает Мега.
« Последнее редактирование: 26 Май 2009, 01:28:43 от Valery »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Обязательно воспользуюсь Вашим советом

Я бы рекомендовал запустить с новыми опциями (пока еще не документированными)

-j WPHEUR -b 29 -f "" -m 0.5

Выполняется эвристика уменьшающая длину дерева. Результат получается очень близкий к тому что выдали другие программы. Модал почти всегда оказывается корнем.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Вернемся к модальному гаплотипу Дал Кайс (обозначенному в статье Райта как Irish Modal III Haplotype).
Филогенетические конструкции выявили в выборке наличие посторонних I2b гаплотипов. После исключения из выборки этих гаплотипов при расчете от модального гаплотипа группы (который полностью совпадает с записью, предложенной Райтом) получаем 188 мутаций на оставшиеся 63 таксона (каждый из которых представляет 18 -маркерный гаплотип).

По методу Клесова-Адамова получаем среднюю скорость мутаций на маркер:

188/63/18= 0,1657

С поправкой на возвратные мутации средняя скорость мутаций на маркер:

0.1657/2*(1+exp(0.1657)) = 0,189

При использовании данных из таблицы калибровки мутаций по методу Клесова (Klyosov, 2008a, 2008b,
2008c; Adamov & Klyosov, 2008a) получаем количество поколений до общего предка выборки:

0.189/0.0020= (округленно) 95 поколений или 2375-2850 лет до настоящего времени.





Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7904
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Огромное спасибо, уважаемый Valery!
Буду экспериментировать.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Вернемся к ирландским гаплотипам, в частности гаплотипам Дал Кайс
С точки зрения проверки сходимости генеалогической традиции и филогенетических построений интересно проанализировать выборку второго древнего южноирландского септа -Эоганнахта
Эоганахты (ирл. E?ganachta или Eoghanachta) — ирландская династия с центром в Кашеле, основанная Эоганом, королем Мунстера, первым сыном полумифического короля, III-го века нашей эры Ойлиля Оллума. Доминировала в южной Ирландии с V по XVI вв. Гаплотипы наиболее распространенных фамилии Эоганахтов — Маккарти, О’Салливан, О’Махони, О’Донохью, О’Мориарти, О’Киф, О’Каллаган - представлены в выборках к вышеупомянутым статьям ирландских попгенов.

Согласно позднейшей редакции ирландских родословных, младший брат Эогана Кас основал противоборствующую династию Дал Гаш (Дал Кайш, Дал Кайс). В X веке Дал Гаш вытесняла все более разделявшихся Эоганахта.

После выхода в свет блестящей работы Бирна "Короли и верховные правители Ирландии", традиционный взгляд на родственные отношения Эоганнахтов и Дал Кайши был подвергнут пересмотру. Ф.Бирн отмечает, что

Цитировать
Субстраты мунстерского населения поражают своим многообразием. В этой провинции традиции древних племенных групп, низведенных до статуса подчиненных племен (аithech-thuatha) и тем самым лишенных всяких политических прав, передавались в наиболее сохранном состоянии, так как очевидная раздробленность власти Эоганахтов позволяла племенам, которые в обычном ирландском окружении были бы всего лишь королевствами-данниками с местной автономией (doer-thuatha), пользоваться многими привилегиями и сохранять некоторый престиж. Три или четыре пограничных королевства владели обширными землями и были связаны с правящим домом небольшим объемом обязательств: Эли на севере, Осрайге на востоке и десси на юго-востоке. По легенде, «малые десси» (Deis Becc), ветвь последних, отвоевали Томонд у Коннахта в V веке, а к X веку их правящая династия Дал Кайс сумела почти безболезненно выхватить королевство Мунстер из ослабевшей хватки Эоганахтов: свой успех они подкрепили очевидно ложными выкладками, которые должны были доказать, что они происходят вовсе не от десси, но имеют общие корни с Эоганахтами, с которыми они в стародавние времена якобы пользовались равными правами на королевскую власть и поочередно управляли Мунстером.

Рассмотрим 98 гаплотипa Эоганнахта по той же методике, что и гаплотипы Дал Кайши. В этой выборке повторяется та же история, наряду с типичными R1b гаплотипами там встречаются гаплотипы I2 (которые соответствует типичным ирландским I2 гаплотипам (Adams 2008)). После удаления этих  гаплотипа, с помощью тех же программ для построения филогенетических деревьев построено несколько вариантов yДНК-филогении Эоганнахтов (как видно из конфигурации деревьев, они имеет более сложное происхождение, чем древа Дал Кайс). Сразу же видно две-три ветви, которые не имеют с Эоганнахтами общего происхождения в обозримом историческом масштабе:

 



К сожалению, после добавления в командную строку Мурки новых параметров, Мурка выдала сообщения о неправильном параметре (полагаю, из-за ошибки в синтаксисе). Времени на исправление уже нет, поэтому прошу более удачливых пользователей Мурки, а также ув.Валери, построить древа в Мурке (файлы ych и rdf прилагаются)

PS. После трех часов работы с новой версией Мурки так и не удалось сгенерировать деревья с новым параметром. Мурка не смогла вычислить корневой узел, а с евристикой вообще графика не получилась. С Newick форматом тоже ничего не вышло, даже после указания префикса корневого узла. В старой версии удалось все-таки скормить Мурке ych файл, результат примерно такой же, как и в других пакетах
« Последнее редактирование: 27 Май 2009, 02:58:52 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
На филогенетических графиках четко просматриваются две остаточные ветви чужеродных гаплотипов. Эти ветви удалены на приличное расстояние от основного звездного кластера, причем длина ветвей превосходит радиус центрального кластера. Особенно это заметно в древах, построенных с помощью TreeView и Network. Древо Штайнера данной выборкт, найденное с помощью Мурки и реализованное в виде графа, также указывает на наличие древних ветвей, которые старше гаплотипов основной части графа, которые имеют близкое генетическое сродство с модальным гаплотипом.

После удаления посторонних гаплотипов, подсчитаем возраст выборки из оставшихся 68 гаплотипов.
Имеем 161 мутацию на 68*17 маркерных гаплотипах, что дает удельную скорость мутации  0,139.
Откалибрируем скорость мутаций с учетом возвратных мутаций: 0,139/2*(1+exp(0,139))=0.149.
Количество поколений от модального гаплотипа:0.149/0.002=75 поколений или 1870-2244 лет.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Как мы видим, расстояние по времени между модальными гаплотипами Дал Гаш и Эоганнахта составляет  при пересчете скорости мутаций (4 мутации на 17 маркеров) примерно 660 лет. И это при условии симметричности мутаций и равноудаленности от общего предка.

Cтоит отметить, что предпологаемый Десмондом модальный тип Эоганахтов отличается от полученного мною на 1-2 мутации

DYS 393      DYS 390      DYS 19/394      DYS 391      DYS 385a      DYS 385b      DYS 426      DYS 388      DYS 439      DYS 389-1   
13   24   14   10   11   15   12   12   11   13
DYS 392   DYS 389-2   DYS 458   DYS 459a   DYS 459b   DYS 455   DYS 454   DYS 447   DYS 437   DYS 448
13   29   17   9   10   11   11   24   15   19
DYS 449   DYS 464a   DYS 464b   DYS 464c   DYS 464d   DYS 460   GATA H4   YCA IIa   YCA IIb   DYS 456
29   15   15   17   17   11   11   19   23   15
DYS 607   DYS 576   DYS 570   CDY a   CDY b   DYS 442   DYS 438   DYS 565   DYS 635
15   18   17   36   38   13   12   11   24
« Последнее редактирование: 27 Май 2009, 23:54:29 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Совершенно ясно, что тут - целый комплекс научных вопросов, рассмотрение каждого из которых может вполн Bе стать предметом объемного научного исследования. А так как тем сама по себе очень широка, то несомнено нужно чертко очертить предмет исследования и сформулировать промежуточные вопросы, и один из этих вопросов сделать предметом первого специального исследования.

Я полагаю, что в настоящий момент по данным ДНКГ невозможно дать оценку времени первых четырех волн захватчиков. В отличии от потомков гойделов (представителей последней кельтской волны завоевателей), которые хотя и имеют некоторое кластерное членение и рудименты клановой идентификации по данным документальной и ДНК генеалогии, потомки ранних завоевателей Ирландии (в терминах yДНК генеалогии мужские рода это - догэльские I2a1,континентальные и корневые клады I2b2 I1-M253, J2, E1b1b1a2 (E-V13), R1a1 и "ранние" R1b1b2a1a2c ) не имеют ни кластерного членения, ни отдельной от гэлов клановой идентификации. Исключение составляют разве что кланы и септы племенных групп Дал Риата и Дал Арайде на севере Ирландии (древнеирландское королевство Улайд/провинция Ульстер), в генофонде которых по исследованиям ирландских популяционных генетиков выявлены массивные кластерные вкрапления I2. Хотя данным по возрасту этих кластеров я не видел, некоторые ирландские генетики относят их ко временам пиктского завоевания (первая или "нулевая" волна захватов). Все остальные гаплогруппы рассеяны в составе кланов, родоначальниками которых являются представители R1b
« Последнее редактирование: 28 Май 2009, 21:33:37 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Выложил здесь древа с расчитанным в Мурке возрастом. Теперь очередь за генеалогической схемой и интерполяцией ДНК-генеалогической информации. На диаграмммах хорошо заметно, что торс сети гаплотипов явно смещается в период жизни Бриана Бору, 9-10 век нашей эры. Это, конечно, обусловлено тем, что гаплотипы Кеннеди, О'Брайенов и МакГрайтов составляют значительный процент выборки.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2158
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Уважаемый Вадим,

Спасибо за очередное "ирландское" дерево - очень интересное. Некоторые замечания по методике, если позволите: Стоило бы после отбраковки посторонних гаплотипов заново построить дерево в Мурке и посчитать возраст клана по ро-статистике (раз уж она это умеет).

Дело в том, что центральный кластер не такой уж и "звёздный" (хотя очень красив) - но всего пять гаплотипов отходят от центра кластера независимо, остальные - скоррелированно. В этих условиях пи-статистика, которую вы использовали в расчёте, работает плохо. Зато ро-статистика учтёт эту генеалогию и даст более адекватный результат, особенно - в плане расчёта погрешности, сигмы.

Обычно кластер считается "звёздным" если большинство гаплотипов, его образующих, отходят от центра независимо (в идеале - все). Если индекс звёздности = ро/(N*сигма**2) меньше 0.5, то пользовать пи-статистику не стоит - она даст заниженный возраст и ещё значительнее ошибётся в доверительном интервале.

К сожалению, звездные клаcтеры в Y-филогении - редкость, хотя часты в мито-дендрограммах. Так что нам без ро-статистики не обойтись.

P.S. Пока писал, Вы сообщили, что посчитали возраст по Мурке. :) Значит - подумали об одном и том же. Ну и насколько он отличен - где ссылка?
« Последнее редактирование: 28 Май 2009, 21:41:12 от Овод »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100