АвторТема: Двойной анализ  (Прочитано 8444 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн sang

  • Сообщений: 6
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H1c
Re: Двойной анализ
« Ответ #15 : 11 Март 2011, 20:00:01 »
К сожалению из Ancestry Labs > Advanced Family Inheritance привести не могу, т.к. как раз из самых "близких" кузенов, для меня это 4-ые, отозвался только один, т.е сравнивать можно только с мелкими совпадениями (5-ые кузины), и пересечений у этого близкого кузина с другими нет.
А в Ancesty Finder есть список по всем совпадениям, поэтому я его оттуда и взяла.
Вы написали что совпадения неидентичные между собой. А можно поподробней, почему?
Вот это совпадение с самым близким
Chromosome    Start point    End point    Genetic distance    # SNPs
7                   80000000    86000000    5.0 cM    1158
X                  113000000    122000000    14.0 cM    1079

У меня с ним совпадение по Х, значит ли это что родство нужно искать по линии его матери (если он мужчина)?
По 7-ой хромосоме только 5.0 cM, т.е. наш общий предок будет где-то 1700-1800 года?
У меня нет совпадения ни с его отцом, не с его матерью. Почему???

Оффлайн sang

  • Сообщений: 6
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H1c
Re: Двойной анализ
« Ответ #16 : 11 Март 2011, 20:15:21 »
И вот еще одно интересное совпадение:
Chromosome    Start point    End point    Genetic distance    # SNPs
   6         20000000      29000000             9.5 cM     2530
Это совпадение не только с одним человеком, а почти со всеми членами его семьи. Но из этой семьи подтверждение на sharing дал только один человек, поэтому привести данные на всех не могу. От этой семьи было сообщение с вопросами о моих предках, в котором они и написали что у меня совпадения со многими из их семьи и все по 6-ой хромосоме, самое большое 11,4 сМ. Я пыталась еще несколько раз с ними связаться, но они молчат:(

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Двойной анализ
« Ответ #17 : 11 Март 2011, 21:43:04 »
Вы написали что совпадения неидентичные между собой. А можно поподробней, почему?

Посмотрите внимательно на список. Там есть пару совпадающих сегментов, есть частично перекрывающиеся сегменты, есть уникальные сегменты.
Нет абсолютно никакого основания полагать, что они достались от одного общего предка, особенно в случае с сегментам с генетической дистанцией близкой к 5 сM.
Эти сегменты (меньше или равно 5 сM) вполне могут идентичными по случайному совпадению или просто представлять собой фиксированные в данной популяции генотипы в случае нейтральных мутаций, либо генотипы, подвергнувшиеся отбору.

Цитировать

Вот это совпадение с самым близким
Chromosome    Start point    End point    Genetic distance    # SNPs
7                   80000000    86000000    5.0 cM    1158
X                  113000000    122000000    14.0 cM    1079

У меня с ним совпадение по Х, значит ли это что родство нужно искать по линии его матери (если он мужчина)?
По 7-ой хромосоме только 5.0 cM, т.е. наш общий предок будет где-то 1700-1800 года?

Я бы очень осторжно относился к таким вот матчам по X хромосоме, особенно если нет
указаний на общий ареал проживания Ваших предков и предкова Вашего совпаденца.
С одной стороны, совпадает 2 сегмента что может вероятно указывать на наличие одного или несколько общих предков. Но второй сегмент слишком мал, т.к. что с точки зрения интуитивной вероятности, может представлять собой т.н. "этнопопуляционный фон".

Что касается совпадающего сегмента X хромосомы, то действительно мужчине он действительно достался от материнской линии. Но вот эти X-совпадения представляют собой головоломку, ибо при пересчете на физический размер X-хромосомы в тестовой панели 23ия она имеет наименьшее удельное количество снипов. Хуже того, характер и скорости рекомбинации X хромосомы до сих представляют собой загадку. Поэтому вот я лично отношу совпадения по X хромосоме к спорным.

Цитировать
У меня нет совпадения ни с его отцом, не с его матерью. Почему???

Этот вопрос очень часто задают новички :)
Причин может быть множество - начиная уже с самой простой, вроде того, что один из родителей не является биологическим родителем (впрочем по данным тестирования 23ия это легко проверить просто сравнив количество и процент совпадающих сегментов между ребенком и родителем).

Более сложные причины этого явления я попытался подробно разъяснит в одном из сообщений на форуме. Не буду повторятся здесь, а просто дам ссылку на это объяснение.
Если будут вопросы, спрашивайте.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Двойной анализ
« Ответ #18 : 11 Март 2011, 22:31:57 »
И вот еще одно интересное совпадение:
Chromosome    Start point    End point    Genetic distance    # SNPs
   6         20000000      29000000             9.5 cM     2530
Это совпадение не только с одним человеком, а почти со всеми членами его семьи. Но из этой семьи подтверждение на sharing дал только один человек, поэтому привести данные на всех не могу. От этой семьи было сообщение с вопросами о моих предках, в котором они и написали что у меня совпадения со многими из их семьи и все по 6-ой хромосоме, самое большое 11,4 сМ. Я пыталась еще несколько раз с ними связаться, но они молчат:(

Ключевым моментом для понимания сути проблемы является выделенный жирным шрифтом фрагмент Вашего сообщения.

Этот регион совпадения приходится на регион, близкий к главному генетическому комплексу гистологической совместимости, который отличается крайне высокой степенью консервативности, передаваясь с минимальной рекомбинацией из поколений в поколение.  Это означает, что это фрагмент может передаваться без именений из поколения в поколения нетолько столетия, но возможно и тысячилетия. Именно поэтому у многих лиц, протестировавшихся в 23andme такое большое количество совпаденцов по этому региону. Отдельный кластер генов  MHC обозначается как "гаплотип" и обычно наследуется весь целиком как отдельный менделевский признак; частота рекомбинаций внутри гаплотипа HLA (группа генов MHC, поэтому этот комплекс иногда еще называется комплекс человеческих лейкоцитарных антигенов) составляет около 1%, в материнской хромосоме она несколько выше.

Вот для примера.
В Ancestry Finder у меня из общего количества 344 совпадений с другими лицами  143 совпадения приходятся на один тот же регион 6 хромосомы (25000000-35000000), близкий к MHC-HLA комплексу (21200000-21300000), т.е 41,5% от общего количества
совпадений!


У моем мамы на  этот тот же регион из общего количества совпадений (411) на этот регион приходится 170 совпадений, т.е 41,3% от общего количества
совпадений!


Выводы напрашиваются очевидные.

Оффлайн sang

  • Сообщений: 6
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H1c
Re: Двойной анализ
« Ответ #19 : 12 Март 2011, 00:56:39 »
Цитировать
Я бы очень осторожно относился к таким вот матчам по X хромосоме, особенно если нет
указаний на общий ареал проживания Ваших предков и предкова Вашего совпаденца.

Его предки по линии матери родились в Беларуси так же как и мои, но пока нет конкретного общего места проживания.

Ваше объяснение о не совпадениях ни с отцом, ни с матерью сопаденца я уже читала. Но я ничего не поняла, т.к. я далека от всех этих генетических терминов. Если простыми словами, то какой-то сегмент от бабушки или дедушки мог не передаться его родителю, но затем мог проявится у внуков. Это правильно?

Цитировать
Этот регион совпадения приходится на регион, близкий к главному генетическому комплексу гистологической совместимости
Вы имеете ввиду 6-ую хромосому? Если бы совпадение было не на 6-ой хромосоме, это что-то бы изменило?

Гаплотип - это генетическая комбинация генов на одной хромосоме. Т.е по этим гаплотипам определяются те самые совпадения на хромосоме?
Этих людей со схожими гаплотипами объединяют в Гаплогруппы??? Могут ли схожие гаплотипы встречаться в разных гаплогруппах?
Цитировать
Эти сегменты (меньше или равно 5 сM) вполне могут идентичными по случайному совпадению
В каких случаях можно утверждать что это не случайное совпадение? Одного общего сегмента с (допустим более 8 сМ) не достаточно для этого, если с сопдаденцем нет общих фамилий в дереве, есть только совпадение по национальности, допустим его отец украинец и мой деде тоже украинец?

Извините ели вопросы покажутся глупыми, но я пока полный "чайник" в этом деле:) Спасибо за разъяснения.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Двойной анализ
« Ответ #20 : 12 Март 2011, 22:11:28 »
Сложные вопросы задаете.
Очень трудно ответить на них не вдаваясь в сложные подробности.
Но я обязательно обдумаю ответы и попытаюсь дать максимально простые ответы.

Оффлайн sang

  • Сообщений: 6
  • Рейтинг +0/-0
  • мтДНК: H1c
Re: Двойной анализ
« Ответ #21 : 13 Март 2011, 04:04:00 »
Спасибо большое. Буду ждать ответа.

Оффлайн kbg

  • Сообщений: 752
  • Страна: ua
  • Рейтинг +109/-0
  • Днипро
Re: Двойной анализ
« Ответ #22 : 17 Март 2011, 11:12:54 »
Я тоже в очереди за простыми ответами на сложные вопросы  ;)

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Двойной анализ
« Ответ #23 : 17 Март 2011, 11:26:38 »
Ну, для начала как всегда советую посмотреть ролики, объясняющие принципы наследования ДНК

http://www.smgf.org/education/animations/four_types.jspx

http://www.smgf.org/education/animations/autosomal.jspx

http://www.smgf.org/education/animations/y_chromosome.jspx

http://www.smgf.org/education/animations/mitochondrial.jspx

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Двойной анализ
« Ответ #24 : 17 Март 2011, 11:27:59 »
Здесь поясняется что такое гаплотип, и что такое мутация

Цитировать
Mutation and Haplotype

http://www.smgf.org/education/animations/mutation.jspx

Оффлайн Михаил Ночевной

  • Сообщений: 2117
  • Страна: ru
  • Рейтинг +173/-12
  • Y-ДНК: G2a2 (L1264+)
  • мтДНК: U5a1
Re: Двойной анализ
« Ответ #25 : 23 Июль 2011, 08:35:13 »
вопрос: сколько у человека генов ( по последней информации ) ? сколько генов в У хромосоме ( в одном источнике указано 86 в другом 78 ) ?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.