Новички J2

[Юлия2017]

Добрый день! Получила результаты СНИП пак. Скажите, пожалуйста, как можно его показать на форуме, чтобы знающие участники смогли проанализировать его?

Добрый день, Юлия! Так же как гаплотипы STR показывают тут.

Там названия SNP с плюсами и минусами.

Спасибо!
Положительные СНиПы:
Z2222
PF5088
M410
M172
L26
CTS7683
Негативные:
Z8429
Z8428
Z8425
Z8085
Z8074
Z7700
Z7671
Z7430
Z7366
Z628
Z6091
Z6065
Z6064
Z6060
Z6057
Z6049
Z6048
Z590
Z575
Z500
Z467
Z438
Z36800
Z865
Z34460
Z34440
Z28502
Z2448
Z2444
Z2443
Z2433
Z2227
Z1846
Z1297
Z1296
Z1048
YP129
YP113
YP998
YP972
YP965
YP9347
YP8992
YP8991
Что скажете?

[сармат]

Юлия, вот что показывает цепочка положительных снипов; М172->M410->CTS7683->L26->PF5088->Z2222

Указывает на данную ветвь https://www.yfull.com/tree/J-PF5160/

[Юлия2017]

Юлия, вот что показывает цепочка положительных снипов; М172->M410->L26->5088->Z2222

Указывает на данную ветвь https://www.yfull.com/tree/J-PF5160/

Спасибо большое!
Я правильно понимаю: возраст терминального СНиПа примерно 16000 лет?

[сармат]

Спасибо большое!
Я правильно понимаю: возраст терминального СНиПа примерно 16000 лет?

Все правильно, теперь осталось поискать в подветвях данной ветви - отрицательные снипы, что бы выйти к конкретной подветви.

[mikhail a.]

Положительные СНиПы:
...
Негативные:
...
Что скажете?

Насколько я понимаю, Вы получили результат снип-пака. Но в нем должно быть больше снипов, чем Вы указали в своём посте. Что с остальными?

[Юлия2017]

Положительные СНиПы:
...
Негативные:
...
Что скажете?

Насколько я понимаю, Вы получили результат снип-пака. Но в нем должно быть больше снипов, чем Вы указали в своём посте. Что с остальными?

Это все, что я нашла в сертификате... переписала точь-в-точь...

[Юлия2017]

Спасибо большое!
Я правильно понимаю: возраст терминального СНиПа примерно 16000 лет?

Все правильно, теперь осталось поискать в подветвях данной ветви - отрицательные снипы, что бы выйти к конкретной подветви.

Стыдно тупить, но я совсем не поняла, что мне нужно сделать. Изучить подветви, найти в них те СНиПы, которые у меня отрицательные и что мне это даст (если они отрицательные)?

[dimm]

PF5197- и L24-
А других субкладов в дереве J-PF5160 нет
значит остаётся только PF5160* по дереву YFull

https://www.familytreedna.com/public/chuvashia?iframe=ysnp

PF5088+, Z2222+, L26+, M410+, M172+, CTS7683+, CTS9636-, M205-, M241-, M319-, M340-, M419-, M67-, M68-, P279-, PF5050-, PF5056-, PF5058-, L283-, L290-, M12-, FGC16088-, FGC16096-, FGC30776-, FGC35005-, L24-, L25-, Z2227-, Z2433-, Z2443-, Z2444-, Z2448-, Z28502-, Z34440-, Z34460-, Z35865-, Z36800-, Z438-, Z467-, Z500-, Z575-, Z590-, Z6048-, Z6049-, Z6057-, Z6060-, Z6064-, Z6065-, Z6091-, Z628-, Z7366-, Z7430-, Z7671-, Z7700-, Z8074-, Z8085-, Z8425-, Z8428-, Z8429-, PF5125-, PF5172-, PF5174-, PF5183-, PF5191-, PF5197-, PF5252-, PF7316-, PF7320-, PF7384-, PF7413-, PF7415-, PF7418-, PF7421-, PH3085-, PH4970-, S15439-, S18115-, S19231-, S23154-, S23891-, S25338-, SK1313-, SK1317-, SK1363-, SK1390-, SK1395-, SK1396-, Y12386-, Y14678-, Y5168-, Y5169-, Y5500-, Y7708-, Y8378-, Y8880-, Y8991-, Y8992-, Y9347-, Y965-, Y972-, Y998-, YP113-, YP129-, Z1048-, Z1296-, Z1297-, Z1846-, FGC15782*

[mikhail a.]

Это все, что я нашла в сертификате... переписала точь-в-точь...

Проверил в проекте ваши результаты. Действительно, все нижележащие снипы под Z2222 у Вашего отца отрицательные! Таким образом, ветка его разошлась с всеми другими, известными на данный момент ветвями около 15000 лет назад. Очень интересный результат получился, Реликт!
Но это не значит, что у Вас нет никаких совпаденцев ближе, чем 15000 лет. Из этой же реликтовой ветви (правильно ее будет пока называть J2-PF5160*) еще несколько татарских гаплотипов, которые очень близкие к Вам, а также, видимо, еще один образец понтийского грека. Грек сильно дальше, но он дает возможность предположить, что эта ветка была привнесена на Волгу с Кавказа.
Повторюсь: чтобы узнать, когда разошлись линии Вашего отца с татарской веткой (кстати, родное село одного из татарский представителей этой ветки находится практически на границе с Чувашией), нужно заказывать BigY.

PS
В итоге Ваш снип-пак оказался самым правильным выбором Предположение о ветке M67, сделанное на основании близости по STR маркерам, оказалось не верное. Ветка оказалась куда более экзотической.

[Юлия2017]

Это все, что я нашла в сертификате... переписала точь-в-точь...

Проверил в проекте ваши результаты. Действительно, все нижележащие снипы под Z2222 у Вашего отца отрицательные! Таким образом, ветка его разошлась с всеми другими, известными на данный момент ветвями около 15000 лет назад. Очень интересный результат получился, Реликт!
Но это не значит, что у Вас нет никаких совпаденцев ближе, чем 15000 лет. Из этой же реликтовой ветви (правильно ее будет пока называть J2-PF5160*) еще несколько татарских гаплотипов, которые очень близкие к Вам, а также, видимо, еще один образец понтийского грека. Грек сильно дальше, но он дает возможность предположить, что эта ветка была привнесена на Волгу с Кавказа.
Повторюсь: чтобы узнать, когда разошлись линии Вашего отца с татарской веткой (кстати, родное село одного из татарский представителей этой ветки находится практически на границе с Чувашией), нужно заказывать BigY.

PS
В итоге Ваш снип-пак оказался самым правильным выбором Предположение о ветке M67, сделанное на основании близости по STR маркерам, оказалось не верное. Ветка оказалась куда более экзотической.

Огромное спасибо за информацию! По-немногу стала разбираться в этих ветках) только не понимаю: где вы взяли информацию о совпаденцах в PF5160? Хотелось бы тоже на них посмотреть
Решилась на bigY. Буду ждать скидок. Сейчас предлагают за 500$. Это нормальная скидка или под Новый год ещё больше бывает?
И ещё... если ветвь реликтовая, то, как я понимаю, bigY "откроет" новые, пока никому неизвестные СНиПы. Что они дадут мне лично и для блага общего дела? Я правильно понимаю: можно будет увидеть возраст образования этих новых снипов (и то, если дозакажу это в yfull, верно?); но карта миграции этих снипов будет "вырисовываться" по мере добавления результатов bigY других совпаденцев, правильно?
Прошу прощения за обилие вопросов, но уж очень хочется понимать, что я делаю и что из этого получится

[Francois]

Подождите до Дня Благодарения - 22 ноября, будет существенная скидка.

[mikhail a.]

Огромное спасибо за информацию! По-немногу стала разбираться в этих ветках) только не понимаю: где вы взяли информацию о совпаденцах в PF5160? Хотелось бы тоже на них посмотреть
Решилась на bigY. Буду ждать скидок. Сейчас предлагают за 500$. Это нормальная скидка или под Новый год ещё больше бывает?
И ещё... если ветвь реликтовая, то, как я понимаю, bigY "откроет" новые, пока никому неизвестные СНиПы. Что они дадут мне лично и для блага общего дела? Я правильно понимаю: можно будет увидеть возраст образования этих новых снипов (и то, если дозакажу это в yfull, верно?); но карта миграции этих снипов будет "вырисовываться" по мере добавления результатов bigY других совпаденцев, правильно?
Прошу прощения за обилие вопросов, но уж очень хочется понимать, что я делаю и что из этого получится

По поводу скидок, я думаю имеет смысла дождаться рождественских скидок. Они, как правило, самые существенные. Насколько я помню, я последний БигУ покупал за 475$, но это был ещё старый формат, без 500 маркеров.
Совпаденцы, которые также относятся к Вашей ветке, определяются по близости гаплотипов. У нескольких человек они очень близки к гаплотипу Ваше отца и, следовательно, они тоже относятся к ветке J-PF5160*. Как минимум часть  из них Выиможете увидеть в закладе Matches. Я же их вижу, пользуясь таблицами проектов ФТДНА. О тех, на которых я обратил внимание, я Вам уже ранее писал.
Что касается понтийского грека 373662 Aivazov, то он довольно далеко (разница 14 на 37 маркерах; к сожалению, у него только 37 маркеров), но у него протестирован M67 и он также оказался  «в минусе», что сильно намекает на общую с Вами ветвь. Можете посмотреть его гаплотип в проекте Pontic & Anatolian Greeks DNA и сравнить со своим. Кстати, администратором этого проекта является наш софорумчанин ув. Александр 1977 , который и тестировал большинство его участников.
Вы абсолютно правильно поняли, что суть BigY не в увеличении числа совпаденцев, а в определении своего точного места на дереве Y-хромосомы.  Этот тест выдаст Вам условно все имеющиеся мутации (снипы). При этом на дереве появляются только те из них, которые зафиксированы ещё у кого-нибудь и ,соответсвенно, имеют ценность с точки зрения построения филогенетического дерева. Например, если Вы одна сделаете БигУ и отправите результат на интерпретацию в YFull и больше никто из Вашей ветки этого не сделает, то Вы так и «зависнете» на дереве YFull непосредственно под PF5160. А все Ваши снипы  будут считаться приватными до момента появления совпаденцев. Но на Вашу удачу, как я уже писал, ув. Oleg Vladimorov уже заказал для одного из Ваших отноветочников BigY. Вот когда оба результата окажутся на дереве YFull, тогда станет известно время жизни их общего предка. А если вдруг сделают BigY для 373662 Aivazov, то будет ещё интереснее: станет понятно время расхождения закавказской и поволжской линий.

[mikhail a.]

http://forum.molgen.org/index.php/topic,1698.msg429995.html#msg429995

Есть еще, кроме татарских совпаденцев, некий подпольщик Шишков. Судя по фамилии, не татарин. А поскольку пока данная ветка зафиксирована только у татар и чувашей, то велика вероятность, что он таки чуваш. Попробуйте написать ему. Шансов мало, но вдруг отзовется.

[Юлия2017]

Огромное спасибо за информацию! По-немногу стала разбираться в этих ветках) только не понимаю: где вы взяли информацию о совпаденцах в PF5160? Хотелось бы тоже на них посмотреть
Решилась на bigY. Буду ждать скидок. Сейчас предлагают за 500$. Это нормальная скидка или под Новый год ещё больше бывает?
И ещё... если ветвь реликтовая, то, как я понимаю, bigY "откроет" новые, пока никому неизвестные СНиПы. Что они дадут мне лично и для блага общего дела? Я правильно понимаю: можно будет увидеть возраст образования этих новых снипов (и то, если дозакажу это в yfull, верно?); но карта миграции этих снипов будет "вырисовываться" по мере добавления результатов bigY других совпаденцев, правильно?
Прошу прощения за обилие вопросов, но уж очень хочется понимать, что я делаю и что из этого получится

По поводу скидок, я думаю имеет смысла дождаться рождественских скидок. Они, как правило, самые существенные. Насколько я помню, я последний БигУ покупал за 475$, но это был ещё старый формат, без 500 маркеров.
Совпаденцы, которые также относятся к Вашей ветке, определяются по близости гаплотипов. У нескольких человек они очень близки к гаплотипу Ваше отца и, следовательно, они тоже относятся к ветке J-PF5160*. Как минимум часть  из них Выиможете увидеть в закладе Matches. Я же их вижу, пользуясь таблицами проектов ФТДНА. О тех, на которых я обратил внимание, я Вам уже ранее писал.
Что касается понтийского грека 373662 Aivazov, то он довольно далеко (разница 14 на 37 маркерах; к сожалению, у него только 37 маркеров), но у него протестирован M67 и он также оказался  «в минусе», что сильно намекает на общую с Вами ветвь. Можете посмотреть его гаплотип в проекте Pontic & Anatolian Greeks DNA и сравнить со своим. Кстати, администратором этого проекта является наш софорумчанин ув. Александр 1977 , который и тестировал большинство его участников.
Вы абсолютно правильно поняли, что суть BigY не в увеличении числа совпаденцев, а в определении своего точного места на дереве Y-хромосомы.  Этот тест выдаст Вам условно все имеющиеся мутации (снипы). При этом на дереве появляются только те из них, которые зафиксированы ещё у кого-нибудь и ,соответсвенно, имеют ценность с точки зрения построения филогенетического дерева. Например, если Вы одна сделаете БигУ и отправите результат на интерпретацию в YFull и больше никто из Вашей ветки этого не сделает, то Вы так и «зависнете» на дереве YFull непосредственно под PF5160. А все Ваши снипы  будут считаться приватными до момента появления совпаденцев. Но на Вашу удачу, как я уже писал, ув. Oleg Vladimorov уже заказал для одного из Ваших отноветочников BigY. Вот когда оба результата окажутся на дереве YFull, тогда станет известно время жизни их общего предка. А если вдруг сделают BigY для 373662 Aivazov, то будет ещё интереснее: станет понятно время расхождения закавказской и поволжской линий.

Проясните, пожалуйста, ещё такой вопрос, если не сложно. Почитала форум, поняла, что для выгрузки результата bigY в Yfull требуется какой-то особенный BAM-файл от ФТДНА. И, как мне показалось, ФТДНА выдает его очень не охотно. Тут пишут, что его прямо выпрашивать надо у службы поддержки. Так ли это? И каковы шансы вообще получить такой файл от ФТДНА?

[Francois]

Проблем нет, это раньше был такой период, когда FTDNA почувствовала конкурренцию от Yfull и перестала выдавать BAM-файлы.

Копирую сообщение Punchic из темы про Однодворцев:

Чтобы получить .BAM-файл после завершения теста «BigY» войдите в свой аккаунт в FtDNA. Затем выберите кнопку «Download Raw Data» на странице «BigY - Results». На этом этапе вам дадут инструкции для запроса генерации вашего .BAM-файла. Следуйте инструкциям, а затем, после завершения генерации (вы получите уведомление по электронной почте от FtDNA), войдите снова в свой аккаунт, перейдите на страницу «BigY - Results» и выберите кнопку «Download Raw Data». Если ваш .BAM-файл готов, вы увидите следующие две кнопки: «Download BAM (X.X GB) и «Share BAM». В «Share BAM» вы обнаружите ссылку на общий доступ к исходнику в формате: https://xxx-website-xxx.. Это ссылка, которую вы должны предоставить в YFull скопировав ее и поместив в поле «Ссылка» в форме заказа.