АвторТема: Модальные гаплотипы, снип-мутации, номенклатуры субкладов и филогенетическое древо I2  (Прочитано 23027 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
I2 L68, M438/P215/S31
• • I2* -
• • I2a P37.2
• • • I2a* -
• • • I2a1 M26
• • • • I2a1* -
• • • • I2a1a M161
• • • I2a2 M423
• • • • I2a2* -
• • • • I2a2a P41.2/M359.2
• • • • I2a2b L69(=T)
• • I2b M436/P214/S33, P216/S30, P217/S23, P218/S32
• • • I2b* -
• • • I2b1 M223, P219/S24, P220/S119, P221/S120, P222/U250/S118, P223/S117
• • • • I2b1* -
• • • • I2b1a M284
• • • • I2b1b M379
• • • • I2b1c P78
• • • • I2b1d P95
• • • I2b2 L38/S154, L39/S155, L40/S156, L65/S15

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Древо кладов по различным источникам и обнаруженные SNP мутации.



Расширенное древо на сайте Нордтведта
Древо современных субкладов I и соответствующих SNP мутаций

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Проект Ftdna-I2aHaplo по снипованию кладов I2a*
« Ответ #3 : 23 Май 2009, 10:10:30 »
19 марта на FTDNA сайте проекта I2a объявлен сбор пожертвований для заказа дополнительных SNP тестов. Как известно, клады I2a по большей части пока еще недостаточно расснипованы. Администратор проекта Bill Morrow, консультант Кен Нордтведт (КН)
В качестве предполагаемых новых кандидатов на снипование:

   1. представители недавно обнаруженного КН нового субклада I2a-Disles (M423+), ветвь которого по гипотезе КН должна располагаться на древе I2a между I2a2-Dinaric и I2a2-Isles. В данный момент для снип-разделения I2a2-Dinaric и I2a2-Isles используется тест S163 на Ethnoancestry. Для представителей I2a2-Dinaric S163=T, для I2a2-Isles S163=G.
   2. представители клада I2a*-Western и представители одного из I2* кладов. Возраст расхождения кладов около 20000 лет назад.Дополнительный SNP тест поможет откорректировать точный возраст разделения ветвей
   3. представители клада I2a2-Isles-D и представитель I2* гаплогруппы. По уточненным данным именно эти кандидаты выбраны для проведения первого сравнительного анализа с целью обнаружения различий (полиморфизмов), представляющих собой новые SNP на ветви, которая разделяет I2* и I2a2-Isles-D.
   4. представители клада I2b1-Roots и I2b1-Continental-1

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
По состоянию на начало 2009 года структура древа I2a определяется двумя снипами.
1) Базовый входящий снип - это общий снип P37+, все I2a имеют позитивный результат анализа на P37.2 мутацию.
2) Снип M423 - древняя SNP мутация, которая разделяет сардинскую ветвь I2a (у которых отсутствует эта мутация) от других I2a.
3) В связи с вышесказанным встает вопрос -как определять принадлежность к тому или иному кладу по значениям STR-маркеров. Особенно актуален этот вопрос для динарской ветви I2a, так как из всех ветвей генетическое разнообразие гаплотипов этой группы минимально.
Кен Нордтведт предлагает определять принадлежность по количеству мутаций в маркерах DYS388 и DYS385a модальных гаплотипов соответствующих ветвей ( о самих ветвях см. статью Нордведта в этом разделе):

Западная ветвь I2a имеет стабильное значение 15 в маркере DYS388.
Островная ветвь I2a имеет классическое значение 13 в маркере DYS388 и 11-12 в маркере DYS385a.
Динарская ветвь, как правило имеет в маркере DYS385a значения 14 и 15, а также значения выше, чем 12 в маркере DYS 461.
Внутри динарской ветви молодая южная (югославская) ветвь динариков I2a характеризуется значением маркера DYS448 равным 19, и низким значением маркера DYS449. Северная (старая) ветвь -значением маркера DYS448 равным 21 и высоким значением маркера DYS449.




Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Размещаю здесь схемы Bernie Cullen'а с пояснением о потенциальных SNP мутациях в древе I2a.

« Последнее редактирование: 29 Май 2009, 07:09:11 от Аббат Бузони »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
SNP мутации определяющие гаплогруппу I2a
« Ответ #6 : 06 Июнь 2009, 21:21:09 »
From Family Tree DNA:

P37.2 + (defines I2a)

From 23andMe:


M170+ M258+ P38+ U179+ P212 "no call" (these define I)

P215/S31+, L68/S140 "no call" (these define I2)

P37.2 "no call" (defines I2a)

M26+ (defines I2a1 Sardinian)

M161- (defines I2a1a, a group within Sardinian)

M423- (defines I2a2, including Dinaric, Isles, and Disles)

L69.2/S163.2- (defines Dinaric and Disles)

M359.2/P41.2 "no call" (defines a group within Dinaric)

Оффлайн Pererva

  • Сообщений: 32
  • Рейтинг +20/-0
  • Y-ДНК: I2a2* ( M423+ P41.2- ) I-M423
  • мтДНК: H11
Сергей,
Спасибо за уточнение. Только I2a2-M423-Isles-D2 - это не динарский, а островной клад I2a2. Так что один новый SNP "островной" группы. Как уже писал, из всех I2* "динарцев" нет смысла сниповать, так как это не даст ничего нового в филогенетическом плане. Слишком молодая ветвь, с низкой вариативностью гаплотипов.
Поэтому снипование "динарцев" интересно лишь в генеалогическом плане, но это уж слишком дорогая забава.
Почитайте эссе Нортведта в RJGG.

PS. Кстати, Сергей, Вы уже сделали 67 маркерный тест, а то Вы у меня на Ancestry до сих пор во вторых совпаденцах ходите.

Теперь все прояснилось: - Три новых SNP "сардинской" гаплогруппы I2a1 и один "динарской" I2a2 :

subClade: Din-N
 
Serhiy,
you asked about the term ancestral. Actually there are two
terms which need to be explained.
 
derived +  ancestral -
 
derived condition means you possess a "new" mutation one not possessed
by your ancestors. If you don't possess this mutation it means you have
the ancestral condition.
You are P37.2+ and M26- among other SNPs, so you are derived for
P37.2 and ancestral for M26. If you tested for M423, it would be +
meaning derived. Your 67 markers indicate your clade is I2a2-M423-Din-N
so you don't have to test for M423, this saves you some money.
 
another term: downstream. Again, we have two terms, downstream and
upstream.  Downstream designates the relationship between two SNPs or
two branches or two clades, with downstream meaning it occured after
the first SNP.  Upsteam would be the term describing the first SNP,
and occuring before the other SNP.
We know all folks in I2a possess the SNP P37.2.  Then SNP M26
and SNP M423 occurred.  So M26 and M423 are downstream from P37.2
and these newly discovered SNPs are downstream from the split of
M26 and M423 from the P37.2 branch.
Hopefully new SNP tests of L158, L159, L160 and the new SNP from
O'Grady's WTY (yet unnamed)
will give us new info in this regard.
 
Bill
« Последнее редактирование: 17 Июнь 2009, 01:04:13 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
4 новых SNP теста для I2a1 и I2a2
« Ответ #8 : 29 Июнь 2009, 02:46:07 »
FTDNA предлагает тестирование на 4 новые SNP-мутации, обнаруженные хьюстонской лабораторией The Family Tree DNA Genomic Research Center:L158, L159, L160,L161
Для представителей I2a1-M26 (DYS YCAa=11) рекомендован SNP тест   L158, L159, L160. Предполагается, что результаты снипования помогут пролить свет на то, каким образом эта группа участвовала в заселении атлантического побережья вместе с атлантическими R1b1b1.
Носителям I2a2 (главным образом, ирландский клад I2a2-Isles-D и промежуточный клад I2a2-Disles) рекомендован SNP тест L161. Пока неизвестно филогенетическое значение этого SNP.Является ли этот снип определяющим фактором для разделения 8 субкладов I2a2-Isles? Отделяет ли он клад I2a2-Isles от I2a2-Din? Или же этот SNP является предковым -и отделяет I2a-French от I2a-Western? Или же это простой приватный генеалогический SNP?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитировать
As of July 10, 2009, current members of I2a have been placed in the following subclades:

Clades.....subclades........number of haplotypes
..I2a*
.....I-P37.2-France..................3
.....I-P37.2-Western.............17
.....I-P37.2-West-Isles...........1
..I2a1
.....I-M26-A............................33
.....I-M26-B............................17
.....I-M26-C............................10
.....I-M26-France....................4
..I2a1a
.....I-M161................................1
..I2a2
.....I-M423-Din-N...............35
.....I-M423-Din-S...............16
.....I-M423-Isles-A1.............2
.....I-M423-Isles-A2.............1
.....I-M423-Isles-B1.............6
.....I-M423-Isles-B2.............2
.....I-M423-Isles-C1...........13
.....I-M423-Isles-C2.............6
.....I-M423-Isles-D1.............4
.....I-M423-Isles-D2.............3
..I2a2b
..I-M423-Disles S163.2/L69.2 ..5


________________________________________
Total...............................181
« Последнее редактирование: 14 Июль 2009, 12:22:41 от Аббат Бузони »

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1437/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Re: Новая номенклатура субкладов I2a: июль 2009
« Ответ #10 : 14 Июль 2009, 07:45:41 »
В ISOGG смотрю еще не обновляли.

Оффлайн Ulysses

  • Сообщений: 112
  • Страна: 00
  • Рейтинг +22/-0
Re: Новая номенклатура субкладов I2a: июль 2009
« Ответ #11 : 14 Июль 2009, 11:43:23 »
Цитировать
I2a2b

Возможно глупый вопрос - а как "выглядит" I2a2a ? - существует ли вообще такой субклад ?

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10196
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1613/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Новая номенклатура субкладов I2a: июль 2009
« Ответ #12 : 15 Июль 2009, 17:12:45 »
ISOGG Chart
I2a2   all of I2a and M423
I2a2a   all of I2a2 and P41.2=M359.2
I2a2b   all of I2a2 and L69.2(=T)=S163.2

FTDNA Chart
I2a2    all of I2a and M423
I2a2a  all of I2a2 and P41.2

Nordtvedt's Chart
I2a2       all of I2a    and M423
I2a2a       all of I2a2  and rs9786274=T
I2a2a1   all of I2a2a and M359=P41.2

Оффлайн Ulysses

  • Сообщений: 112
  • Страна: 00
  • Рейтинг +22/-0
Re: Новая номенклатура субкладов I2a: июль 2009
« Ответ #13 : 16 Июль 2009, 15:58:33 »
zastrug, спасибо. А где в мире самая высокая частота I2a2a ? Если я по предиктору Нордведта - почти 90% I2a-Din-S, есть вероятность того, что у меня именно I2a2a ?

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 10196
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1613/-45
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Новая номенклатура субкладов I2a: июль 2009
« Ответ #14 : 16 Июль 2009, 16:36:04 »
Думаю определить у вас этот снип вероятность минимальная, так как насколько я понял это в основном касается британцев

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100