АвторТема: RJGG Vol.2 No.3 2010  (Прочитано 32437 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5662
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1804/-12
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #45 : 14 Октябрь 2010, 08:37:07 »
Выслал ответ С. Каржавину.
Получено...
« Последнее редактирование: 14 Октябрь 2010, 09:42:04 от пенелопа »

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #46 : 14 Октябрь 2010, 14:04:18 »
Выслал ответ С. Каржавину.
У меня, почему то, нет. Может, почтовый сервер виноват?

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8247
  • Страна: kz
  • Рейтинг +741/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #47 : 14 Октябрь 2010, 14:12:28 »
Лично вам не высылал. Отослал в РЖГГ.

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #48 : 14 Октябрь 2010, 14:19:24 »
Лично вам не высылал. Отослал в РЖГГ.
А ознакомиться можно будет, или только после публикации? В принципе, можно и совместно все вопросы снять, а то наша полемика уже сильно затянулась (конечно, вопросы очень интересные, но и других интересных вопросов много).

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34421
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2917/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #49 : 14 Октябрь 2010, 16:10:49 »
Выслал ответ С. Каржавину.
Получил.
Жаксылык,
Сергей,
Не касаясь сути вопроса, очень попрошу Вас придерживаться бесстрастно академического стиля ведения дискуссии на страницах журнала.
Фразы, типа, А без фактов утверждать какие-то теории не стоит, хорошо бы поубирать, изменить. Не говоря о том, что чисто грамматически предложение выстроено неверно, по своему звучанию оно больше подходит для форумного обсуждения в режиме реального времени. Сырой текст. Больше похож на публицистическую заметку.
Может полностью переработаете, а, Жас?

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #50 : 14 Октябрь 2010, 16:26:41 »
Выслал ответ С. Каржавину.
Получил.
Жаксылык,
Сергей,
Не касаясь сути вопроса, очень попрошу Вас придерживаться бесстрастно академического стиля ведения дискуссии на страницах журнала.
Я давно предлагал уважаемому Жаксылыку как-то совместно обсуждать возникающие вопросы, прежде чем что-то будет опубликовано.
Вообще, приватные обсуждения намного лучше, поскольку стороны приходят в конце концов к обоюдному согласию, и читатели получают выверенные ОБЕИМИ СТОРОНАМИ тексты.
Я готов со своей стороны временно снять публикацию "Ответов", чтобы откорректировать текст, если он кажется где-то сильно необоснованным или резким. Можно в "личке" коллективно эти вопросы пообсуждать. Эти вопросы ведь очень интересны сами по себе. Новые методы исследования (например, имитационное компьютерное моделирование) потихоньку проникают в разные сферы, в том числе и в гуманитарные науки. Ну почему бы коллективно не прояснить их место и роль? А уж "на публику" вынести некое общее мнение, так сказать, методологию применения математических методов в ДНК-генеалогии и их принципиальные ОГРАНИЧЕНИЯ.
В общем то, я тревогу Жаксылыка (и не только его тревогу) понимаю, поскольку моделирование ради самого моделирования может далеко завести. Тем более, этот вопрос следует обсудить.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5662
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1804/-12
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #51 : 14 Октябрь 2010, 16:52:48 »
Так как о возможности публикации статьи, которая пришла на мой емейл сегодня утром от уважаемого Ж. Сабитова, у отдельных членов редколлегии возникли серьезные сомнения, думаю, будет правильно воспользоваться тем самым демократическим инструментом, о котором мы сами пару месяцев назад договорились - голосованием. Письма, на этот счет, всем членам редколлегии, включая рецензентов (сам автор статьи не голосует), отправлены...
« Последнее редактирование: 14 Октябрь 2010, 17:01:19 от пенелопа »

Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #52 : 14 Октябрь 2010, 17:23:44 »
Так как о возможности публикации статьи, которая пришла на мой емейл сегодня утром от уважаемого Ж. Сабитова, у отдельных членов редколлегии возникли серьезные сомнения, думаю, будет правильно воспользоваться тем самым демократическим инструментом, о котором мы сами пару месяцев назад договорились - голосованием. Письма, на этот счет, всем членам редколлегии, включая рецензентов (сам автор статьи не голосует), отправлены...
Хоть я и не читал замечания уважаемого Жаксылыка, уверен, что у него есть серьезные контраргументы, которые голосованием не умаляются. Поэтому предлагаю, все-таки, временно снять мои "Ответы" и "Возражения" на них и начать серьезный разговор по поводу всего этого круга научных вопросов. Возможно, в результате мы все вместе (чем больше коллектив соавторов-полемистов, тем лучше), что-то родим интересное методологическое.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 8247
  • Страна: kz
  • Рейтинг +741/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #53 : 14 Октябрь 2010, 17:34:08 »
Выслал ответ С. Каржавину.
Получил.
Жаксылык,
Сергей,
Не касаясь сути вопроса, очень попрошу Вас придерживаться бесстрастно академического стиля ведения дискуссии на страницах журнала.
Фразы, типа, А без фактов утверждать какие-то теории не стоит, хорошо бы поубирать, изменить. Не говоря о том, что чисто грамматически предложение выстроено неверно, по своему звучанию оно больше подходит для форумного обсуждения в режиме реального времени. Сырой текст. Больше похож на публицистическую заметку.
Может полностью переработаете, а, Жас?
переработаю и завтра вышлю.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34421
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2917/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #54 : 14 Октябрь 2010, 17:41:00 »
Я согласен с Сергеем - возможно обойдёмся без голосовальной гильотины.
Собственно, я призываю немного охладить головы, а не прекратить дискуссию как таковую.
Далее, я предлагаю сдвинуть обсуждения в журнале ближе к концу. К т.н. подвалу. Резон прост - не должно создаваться впечатление, что у журнала есть какая-то особая генеральная линия. Приоритетная тема.
Речь, понятное дело, идёт о печатной версии. В он-лайн варианте материалы публикуются по мере поступления.

Резюмирую: речь идёт только о форме подачи материала и никоим образом не означают попыток принизить тему или скомкать её обсуждение.
 
:)

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #55 : 15 Октябрь 2010, 22:56:03 »
возможно обойдёмся без голосовальной гильотины.
Это было бы неплохо.
Я прочитал критическую заметку Ж. Сабитова. По смыслу его текста основания для критики есть. Но я не совсем в курсе дискуссии. Дайте, пожалуйста ссылку на статью С. Каржавина. Хотелось бы ознакомиться и с первоисточником.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5662
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1804/-12
  • мтДНК: H1b
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #56 : 15 Октябрь 2010, 23:07:46 »
Отправила Вам письмо.

Оффлайн Alexander

  • Сообщений: 669
  • Рейтинг +73/-0
  • Y-ДНК: J2b
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #57 : 17 Октябрь 2010, 10:53:02 »
возможно обойдёмся без голосовальной гильотины.
Поддерживая решение главного редактора, изложу свою точку зрения на обсуждаемую дискуссию.
В солидных журналах обычно публикации ограничиваются одной статьёй на тему и одним критическим отзывом (и то не всегда, часто критика публикуется в параллельном издании). Дискуссия, продолжающаяся из номера в номер, выглядит несолидно по следующим причинам. Во-первых, дружественные авторы всегда найдут площадку для согласования своих взглядов на вопрос и выступят с общей позиции. Во-вторых, считается, что научная статья должна выглядеть исчерпывающей, освещать законченное исследование. Дополнительные разъяснения автора понижают значение основной статьи. То же относится и к критике. Появление у рецензента всё новых и новых критических замечаний, не уместившихся в первый ответ,  наталкивает на мысль, что дело не в научной истине, а  в чём-то ином.
По существу вопроса.
Статья, вызвавшая бурную реакцию, конечно не идеальна. Основной её недостаток в том, что автор смешал в кучу собственно математическую модель и свои общие рассуждения, которые он назвал «историческим фоном, облегчающим восприятие неподготовленному читателю». В этом месте или главный редактор, или рецензент должны были подсказать автору, чтобы он разделил статью на две.
Как я понял, собственно к модели ни у кого претензий нет. Расчёты делает бездушная машина. Претензии можно высказать только лишь к исходным или выходным данным. Расчёт по модели указывает лишь на то, что если в популяции почти нулевой  процент «азиатских» гаплотипов (6,9%), то достичь современного их  значения (68,4%) можно за столько-то лет. Линейный ли характер у динамики (постепенное смешение) или скачкообразный (все взяли и откочевали) – об этом можно и поспорить. Но основа – это начало и конец. Согласовать исходные данные (это почти отсутствие «азиатства») или конечные (взять наиболее авторитетные источники) не проблема.
Другое дело – часть статьи с фоновыми рассуждениями. Если бы для автора встал вопрос об отдельной их публикации, он бы наверняка изложил их в иной манере. Так, чтобы и это исследование выглядело в какой-то степени законченным. Практически все замечания рецензента относятся именно ко второй части статьи и выглядят вполне обоснованно. К собственно результатам имеются лишь два достаточно серьёзных замечания. Это о кочевом характере миграций и несходстве в структуре гаплотипов. На оба замечания автор ответил. Но вопросы, конечно остаются. Ответ со ссылкой на неточность расчётов возрастов, украшенный «лапами статистики», «Пуассоном и Гальтоном-Ватсоном» – очень елегантен, но означает, что все реконструкции множества авторов следует подвергнуть сомнению.
Со своей стороны тоже сделал бы несколько замечаний по исходной статье. Касаются они выводов. Читатель обычно обращает внимание на цель работы и выводы, которые должны отражать заслуги автора и быть исчерпывающими.
А в них говорится о «высокой адекватности распределений». Тут бы и подписать какие-нибудь числа, подтверждающие вывод. Но их нет, и приходится возвращаться к тексту, долго искать, но что это? В тексте лишь гистограммы, которые выглядят красиво, но читателю предоставлено право самому по ним определить численные значения и сравнить. В выводах отсутствуют какие-либо числа, которые и есть результаты моделирования.
Мне показалось, что приём с разделением гаплотипов на «азиатские» и «европейские» очень впечатляет, и достоин, если не присвоения имени автора (тут я не очень в курсе, может этот приём используется достаточно широко), но хотя бы включения в выводы. Во всяком случае, посмотреть на двухцветную карту распределения «азиатских» и «европейских» гаплотипов хотелось бы.


Оффлайн Каржавин

  • ...
  • Сообщений: 1928
  • Рейтинг +144/-2
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #58 : 17 Октябрь 2010, 13:01:36 »
Как я понял, собственно к модели ни у кого претензий нет. Расчёты делает бездушная машина. Претензии можно высказать только лишь к исходным или выходным данным.
Именно эту часть методологии справедливо критиковал рецензент. Тем не менее, замечу, что исходные данные ВСЕГДА ПОСТЕПЕННО УСТАРЕВАЮТ, и работу по расчетам каких-либо важных параметров приходится делать заново. Это нормально. В своих ответах уважаемому рецензенту я показал, что пока уточненные исходные данные отнюдь не опровергают первоначальных выводов, а по ряду высказанных соображений даже усиливают их. 
Вместе с тем, считаю абсолютно правильной точку зрения Д.Адамова, что пока для достоверного решения проблемы взаимодействия ойратов и предков казахов данных по STR гаплотипам мало, да и период времени всего 18 поколений (что ближе к нам предельного значения для существующих оценок TMRCA дисперсионными методами), тем самым, дискуссию целесообразно остановить до лучших времен, когда накопится достаточно данных (и лучше по "длинным" гаплотипам).

Ответ со ссылкой на неточность расчётов возрастов, украшенный «лапами статистики», «Пуассоном и Гальтоном-Ватсоном» – очень елегантен, но означает, что все реконструкции множества авторов следует подвергнуть сомнению.
Именно так. Мне такое положение тоже совсем не нравится. К сожалению, ВСЕ СУЩЕСТВУЮЩИЕ ДАТИРОВКИ ТРЕБУЮТ ПЕРЕСМОТРА. Более того, используемые в настоящее время методы оценки TMRCA, основанные на дисперсионных процедурах, имеют огромные разбросы (совсем не те, которые большинство авторов декларируют, а ЗНАЧИТЕЛЬНО больше, да и в моей первой статье на эту тему тоже точность была завышена, каюсь). А уж оценки TMRCA по двум-трем гаплотипам (иногда и по одному-двум  ???) вообще могут быть использованы КАЧЕСТВЕННО и только в случае больших расхождений в количестве мутаций. Мало того, все указанные методы имеют предел во времени, ограничивающийся 25 - 500 поколениями. Вне этих пределов врут они страшно.
Дело может частично спасти только наращивание длины гаплотипов.
Вопрос поиска путей повышения оценок - штука серьезная. Мы с Адамовым копаем в этом направлении. Вот даже статью опубликовали, есть еще идеи, как чуть повысить точности (малейшее продвижение в этом направлении дается с огромным трудом). И что? А ничего! Как все считали TMRCA по старым методикам, так и считают.
Со своей стороны тоже сделал бы несколько замечаний по исходной статье. Касаются они выводов. Читатель обычно обращает внимание на цель работы и выводы, которые должны отражать заслуги автора и быть исчерпывающими.
А в них говорится о «высокой адекватности распределений». Тут бы и подписать какие-нибудь числа, подтверждающие вывод. Но их нет, и приходится возвращаться к тексту, долго искать, но что это? В тексте лишь гистограммы, которые выглядят красиво, но читателю предоставлено право самому по ним определить численные значения и сравнить. В выводах отсутствуют какие-либо числа, которые и есть результаты моделирования.
Конечно, можно было бы по какому-либо критерию провести сравнение гистограмм. Но такая цифирь только запутает читателя. Почему, спросите Вы? Да при том количестве существующих в настоящее время данных, использованных для построения гистограмм, число степеней свободы у распределений будет невелико, поэтому и так ясно, что проверка благополучно пройдет, тем более, что доверительный уровень выбирает сам исследователь, а уж тут "натянуть" известно что на глобус - вообще нет проблем. Поэтому я оставил в качестве иллюстрации хорошего совпадения только гистограммы, благо, и так все отлично видно.

Мне показалось, что приём с разделением гаплотипов на «азиатские» и «европейские» очень впечатляет, и достоин, если не присвоения имени автора (тут я не очень в курсе, может этот приём используется достаточно широко), но хотя бы включения в выводы. Во всяком случае, посмотреть на двухцветную карту распределения «азиатских» и «европейских» гаплотипов хотелось бы.
Конечно же, разделение гаплогрупп (Y и mt) условно на "азиатские" и "европейские" не моя придумка. Так делают уже давно. Конечно, такое разделение несколько условно, тем не менее, за этим стоят реалии.

« Последнее редактирование: 17 Октябрь 2010, 13:14:43 от Каржавин »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 34421
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2917/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: RJGG Vol.2 No.3 2010
« Ответ #59 : 17 Октябрь 2010, 17:16:04 »
Коллеги,

Мы получили исправленную версию статьи. После вёрстки перезальём её на сайт.

Затем, дабы остудить накал дискуссии и избежать разрушающих переходов на личности, объявляем мораторий обсуждения именно этой темы длительностью в три выпуска журнала.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100