Не вижу никакого противоречия тут. Речь идет именно о недифференцированной метапопуляции IJ (M429/P125, P123, P124, P126, P127, P129, P130, S2, S22). У тех , кто попал в Европу (назовем их прото-I), со временем появились мутации M170, M258, P19, P38, P212, U179, которые филогенетически определили их в отдельную группу. У тех, кто остался в Азии (назовем их прото-J) - соответственно 12f2.1, M304, P209, S6, S34, S35.
Но технически, до появления первой snp-мутации, и те, и другие были именно IJ.