Но какое отношение они имеют к единой скорости изменения языка в этих разных группах (а не к "от периода времени, в течение которого слово существует в языке") - пока не очень.
Словообразование - разное, думаю, что и меняются с разной скоростью, как корни, таки иные части (слова?).
А речь не об этом. Речь о замещении корня в значении. Грубо говоря понятие "нога" в праязыке обозначалось словом XYZ. В процессе развития языка это слово изменялось с той или иной разной скоростью и сначала X заменилось на Q и слово стало QYZ, потом добавилось окончание и оно стало QYZam, потом окончание усеклось и стало QYZa и т.д.
Но значение осталось за этим корнем как бы он не менялся. А потом вдруг в значении "нога" стало использоваться совсем другое слово - ASDF. Вот подобные "взбрыки" когда происходит смена слова на принципиально другое и учитываются. И именно эти спонтанные и не обусловленное внешними причинами замещения и происходят с предсказуемой и одинаковой скоростью. А изменения формы слова, они естественно, идут с разной скоростью.
Еще раз повторю.
Глоттохронология не оперирует скоростью изменения языка. Она оперирует спонтанными замещениями слов в списке базовых значений, не привязанных к культурной среде. И эти замещения как показывает практика случаются с равной вероятностью вне зависимости от внешних условий изменения языка.
А можно применительно к этому временному периоду очень осторожно предполагать существование некоего даже не знаю как назвать -пусть будет "пра-кавказо-баскского" языка гаплогруппы IJ, весьма отдаленными потомками(учитывая предположения некоторых исследователей о родстве баскского и кавказских, хотя напрямую таковое вроде не просматривается) могли оказаться с одной стороны баскский, с другой кавказские языки?
Смотря что конкретно имеется в виду.
Как утверждается:
Последний общий предок для группы IJ жил приблизительно 38,5 (30,5-46,2) тыс. лет назад
Вероятность того, что все его потомки через 20 тыс. лет будут все еще говорить на одном языке и никто кроме них на этом языке говорить не будет, имхо равна нулю.
Что не исключает, естественно, возможность существования некоего подобного праязыка носители которого принадлежали к группе IJ
Хотя лично я бы предполагал существование пракавказо-баскского языка (если таковой был, поскольку с баскской реконструкцией пока еще не все ясно) в более позднее время.
В целом я склонен считать современные языки Евразии за небольшими исключениями порожденными и распространенными неолитической революцией и мезолитической перестройкой биосферы.