Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD
Вот смотрите. Геном древнего американца культуры Кловис (ок. 12500 лет назад) F999919
Первые две строки это он же самый, зачем-то вновь загруженный. Остальные - современные американцы, и, как можно видеть, именно с индейскими гаплогруппами. По-моему, это снимает вопрос, может ли родство по IBD-сегментам жить десятки тысячелетий. В замкнутом котле вроде доколумбовых индейцев - вполне.
Почему тогда у каждого из нас нет кучи древних совпаденцев, ведь на Гедматч уже загрузили множество древних геномов? Проблема в качестве сиквенсов, образцы с нужным уровнем прочтения можно посчитать по пальцам. Никто не хочет тратить на это ресурсы, предпочитают брать количеством.