АвторТема: Аутосомный тест - вопросы чайника  (Прочитано 72651 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Онлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #405 : 13 Май 2019, 19:00:11 »
На сайте ГедМатч есть инструкции о том, как загружать файлы.
На сайте МН есть инструкции, как загружать файл.
Ну, и в ДНАЛэнд объясняют.

На нашем форуме объяснения есть, кажется, даже в этой ветке.

Хочу расписать и ссылку для себя сохранить, чтобы потом в один клик помогать.

Я уже около 5,5 года на форуме, но в плане поиска нужной информации что-то торможу. Вот, пытаюсь найти инфу для тестя по его R1a, где возникла, как распространялась - и что-то со страшным скрипом. То ли и правда находить нелегко, то ли деградирую. Второе абсолютно не исключаю.

DNA land пока не принимает новый формат файлов после перехода на новый чип.
Вот их комментарий:
Цитировать
That is indeed the case. The format change is causing them to fail our validation. We are working on resolving the issue as soon as possible!
С неделю назад проверял - еще не пофиксили.

Я своих туда и заливать не стал. Какие-то совсем дикие там интерпретации, как по мне.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33237
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2679/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #406 : 13 Май 2019, 19:01:44 »
Хорошее дело. И подход верный.   :)

Онлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #407 : 13 Май 2019, 19:50:48 »
Zabrodskee, по поводу совпаденцев (matches) в Family Finder.

1. Кликайте Matches в разделе Family Finder:



2. Когда загрузится список совпаденцев, кликните на Longest Block, чтобы список выстроился не по всему количеству общих сегментов, с тысячью мелочей, а по наиболее длинным общим сегментам, что намного важнее:



Теперь смотрите, что за народ в списке, какие фамилии и регионы.

О корреляции степени родства с размером и количеством этих самых Longest Blocks - много хорошей информации в этой теме.

Онлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #408 : 13 Май 2019, 19:50:57 »
Что касается заливки на Gedmatch Genesis.

1. Кликайте Download Raw Data в разделе Family Finder:



2. Кликаете и скачиваете Build 37 Concatenated Raw Data (GZIP, CSV):



3. На Gedmatch Genesis уже зарегистрировались? Тогда в разделе Upload your DNA files кликайте на Generic Uploads (23andme, FTDNA, AncestryDNA, most others).



4. Заполняете анкету, внизу кликаете на Выберите файл, выбираете этот самый скачанный Build 37 Concatenated Raw Data (GZIP, CSV) и кликаете Upload.


Оффлайн Zabrodskee

  • Сообщений: 9
  • Рейтинг +2/-0
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #409 : 14 Май 2019, 02:23:57 »
Спасибо большое, друзья! :)

Оффлайн Zabrodskee

  • Сообщений: 9
  • Рейтинг +2/-0
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #410 : 14 Май 2019, 13:14:18 »
Уважаемые единомышленники, доброго дня!

Есть 2 вопроса, и я буду очень признателен если поделитель своим опытом.

1) FTDNA Family Finder по вкладке MyOrigin выдал мне что у меня всего 2 кластера из раздела European (92%) - Scandinavian (11%) и East Europe (81%).
Говорят ли эти данные о том что у меня 100% ьыл в предках кто-то из Скандинавии?

2) Теперь вопрос по 81 европейским процентам. Зарегистрировавшись на ресурсе GedMatch загрузил туда свои данные с FF. Какой раздел позволит мне определить национальности поконкретнее чем East Europe? Зашел на Admixture (heritage) - там в Eurogenes K13. Правильно?

Просто с Северной Европой более менее все понятно, а вот как в кластере восточной европы разграничить национальности?

Заранее Спасибо)

Онлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #411 : 15 Май 2019, 08:11:32 »
1) FTDNA Family Finder по вкладке MyOrigin выдал мне что у меня всего 2 кластера из раздела European (92%) - Scandinavian (11%) и East Europe (81%).
Говорят ли эти данные о том что у меня 100% ьыл в предках кто-то из Скандинавии?

Совсем не обязательно. Насколько я понимаю эту кухню, программа, которую использует FTDNA, в своё время выделила из результатов имеющейся у них выборки протестированных определённое число компонентов. Один из компонентов, пикующий в Скандинавии, назвали соответственно Скандинавским. Поэтому это может быть наследием популяции с повышенным содержанием данного компонента. Возможно и погрешность калькулятора, по каким-то причинам посчитавшего, что у Вас 11% данного компонента. Хотя, не знаю, насколько возможна погрешность для 11%, и как часто этот компонент встречается в FTDNA в таком количестве у восточно-европейцев.

У Вас все известные предки из каких регионов родом?

Дело в том, что аутосомный тест выдаёт данные по всем предковым линиям в среднем до 5 поколений газад. Выше уважаемый Mich Glitch Вам уже дал наводку просмотреть список совпаденцев и прикинуть их регионы происхождения.

В принципе, пока что практическая польза этно-популяционных тестов - либо подтвердить известное восточно-европейское происхождение ближайших предков, либо, при достаточно высоком проценте какого-то нехарактерного для восточно-европейцев компонента, найти инородное "вливание" от кого-то из своих ближайших предков.

2) Теперь вопрос по 81 европейским процентам. Зарегистрировавшись на ресурсе GedMatch загрузил туда свои данные с FF. Какой раздел позволит мне определить национальности поконкретнее чем East Europe? Зашел на Admixture (heritage) - там в Eurogenes K13. Правильно?

Да, все этнокалькуляторы находятся в разделе Admixture (heritage).

Я лично не зацикливаюсь на каждой из выдаваемых оракулом популяций, а рассматриваю в целом, визуализируя в уме карту с наибольшим затемнением в регионах с ближайшими к себе популяциями и с постепенным воображаемым угасанием этого затемнения по мере отдалённости популяций в списке. Вот где-то из пределов максимально затемнённых регионов, похоже, и происходят ближайшие предки (ключевое слово - похоже; хоть это и оракул, он показывает похожие популяции, а не вангует с точностью нострадателя Предсказамуса откуда конкретно происходят предки с радиусом 50 км). Кстати, жаль, что в Gedmatch нет таких карт, было бы довольно наглядно, как по мне.

Вот здесь много годной информации, как эти калькуляторы работают.
« Последнее редактирование: 15 Май 2019, 09:21:32 от Yaroslav »

Оффлайн Zabrodskee

  • Сообщений: 9
  • Рейтинг +2/-0
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #412 : 15 Май 2019, 17:32:45 »
Ярослав, спасибо за такой развернутый ответ!

В Matches у меня очень много американцев и поляков. Думаю что американцы - это потомки разного рода эмигрантов, в том числе поляков и украинцев. Кстати, есть несколько человек, которые в графе Ancestral Surnames указали венгерские фамилии. Прям интересно. Ну хотя в принципе это и понятно - географически Венгрия близко к Польше, Румынии и Западной Украине. Там наверное вообще в 19-20 веке такой котлован был.

Пока есть возможность - можно еще немного помучаю Вас?

В Matches также обнаружил 3 человек с молдавскими/румынскими фамилиями. Причем 3 из них - 3rd Cousin - 5th Cousin. Это можно назвать близким родством?

Потом вопрос по этнокалькуляторам - всё-таки каким из них пользоваться? Прогонял свои результаты по разным из них - и везде разные результаты. Если выбирать Eurogenes K13 Oracle - то там результаты одни. Если MDLP - то какую "модель" выбрать, так сказать, при моих целях?

И еще из той же оперы - в Eurogenes K13 Oracle есть такая штука как Distance? Что это такое? Можно ли считать distance 6.28 как близкую а в свою очередь 13.35 - как совсем далекую?

Кстати, на FTDNA  еще заказал Y37 - может он немного прольет свет на мой вопрос.

P.S.: Вы пользовались услугами таких ребят как Genotek? Просто они меня заинтересовали тем что они дают расклад по национальностям, не только по регионам предков.

Вух, вроде все. Очень Благодарен Вам за помощь, правда!

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 10883
  • Страна: az
  • Рейтинг +1716/-15
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37093
  • мтДНК: F2f
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #413 : 15 Май 2019, 20:12:58 »
Цитировать
3rd Cousin - 5th Cousin. Это можно назвать близким родством?
На Ваше усмотрение. Схема родства по результатам аутосомного теста

Онлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #414 : 15 Май 2019, 21:44:48 »
В Matches также обнаружил 3 человек с молдавскими/румынскими фамилиями. Причем 3 из них - 3rd Cousin - 5th Cousin. Это можно назвать близким родством?

Всё зависит от размеров самых длинных общих блоков (Longest Block) и их количества. Выше я дал Вам ссылку на сообщение с указанием корреляции длин/количеств Longest Block со степенями родства.

Размеры общих сегментов и их количества посмотреть можно следующим образом: кликаете квадратик слева от фотографии или трафарета (когда фотографии нет) нужного Вам совпаденца, а потом кликаете Chromosome Browser. Откроется картинка с хромосомами и общими сегментами.



Спишитесь с ними, спросите о предках и регионах происхождения, чтобы попытаться установить возможные линии пересечения. Вообще подобные поиски родственников не ограничиваются тестированием одного себя. Обычно потом тестируют отца и маму (либо ближайших родственников по линии отца или мамы), чтобы понять, кто из совпаденцев по линии отца, а кто по линии мамы. Потом родственников по линии отца отца / мамы отца и по линии отца мамы / мамы мамы, чтобы отделить друг от друга совпаденцев по линиям отца отца, мамы отца, отца мамы и мамы мамы.

Ну, и самое главное - данный тест был создан в качестве помощи для документальной генеалогии, а также для её генетической выверки. Без архивных генеалогических исследований он обычно мало полезен.

Потом вопрос по этнокалькуляторам - всё-таки каким из них пользоваться? Прогонял свои результаты по разным из них - и везде разные результаты. Если выбирать Eurogenes K13 Oracle - то там результаты одни. Если MDLP - то какую "модель" выбрать, так сказать, при моих целях?

Честно говоря, я в своё время посмотрел на калькуляторы, какие регионы мне показывают, не нашёл никаких сюрпризов (типа дедушки японца или бабушки делаварки) и забыл про них. Какой там сейчас лучший - не знаю. Вроде бы народ хвалил Eurogenes K36, но только с последующим оракулом, который нужно отдельно скачивать самому и употреблять емнип под Excel 2011. Вот тут обсуждалось.

Опять же, повторюсь, калькуляторы показывают, на кого Вы похожи, а не конкретно кто Ваш предок. Насколько я пока что понял эту кухню, берутся выборки людей из разных популяций, программа анализирует последовательности азотистых оснований у этих людей на определённых участках аутосомных хромосом, выделяет в зависимости от запрограммированности n-ное количество компонентов и вычисляет, сколько этих компонентов в каждой популяции в среднем по палате. Потом появляетесь Вы, заливаете свои данные, и калькулятор анализирует последовательности азотистых оснований на определённых участках Ваших аутосомных хромосом, смотрит, сколько в Вас процентов этих компонентов, ранее выделенных программой, на данные каких популяций из выборки похожи Ваши данные и в какой степени. Не следует думать, что здесь какое-то колдовство или чудо. Всё построено на силах природы, с разрешением месткома и культпросветкомиссии © :)

И еще из той же оперы - в Eurogenes K13 Oracle есть такая штука как Distance? Что это такое? Можно ли считать distance 6.28 как близкую а в свою очередь 13.35 - как совсем далекую?

По поводу дистанций, что они означают и как вычисляются, я тоже выше дал ссылку на FAQ по этнокалькуляторам, там всё прекрасно расписано.
« Последнее редактирование: 15 Май 2019, 23:58:15 от Yaroslav »

Онлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #415 : 15 Май 2019, 22:47:48 »
Кстати, на FTDNA  еще заказал Y37 - может он немного прольет свет на мой вопрос.

Поймать на этот тест близкого родственника в базе данных FTDNA - это очень маловероятный шанс, так как тестируется всего только одна предковая линия, а база протестировавшихся в FTDNA в лучшем случае включает в себя наверно 1%-2% от какого-либо народа Земли.

В генеалогических целях его целенаправленно используют для выверки прямых мужских линий, подтверждения родства по мужской линии и т.п.

Это в большей степени исторический тест. В отличие от аутосомных хромосом, как известно, Y-хромосома передаётся от отца сыну из поколения в поколение не рекомбинируясь и сохраняя полиморфизмы со времён Y-хромосомного Адама до наших дней. Их сравнивают с полиморфизмами других протестированных, выстраивают на основании этого сравнения деревья, устанавливают степень родства по мужской линии и вычисляют время жизни ближайшего общего предка между протестированными. Поэтому, благодаря своей многотысячелетней устойчивости эти полиморфизмы маркируют миграции людей. И в результате, например, Ярослав Владимирович вдруг узнаёт, что Хаджи-Мурат Хунзахский, о котором он читал в ранней юности повесть графа Толстого, оказывается, в более близком с ним родстве по мужской линии, чем наверное 99,9% его дорогих соплеменников :)

P.S.: Вы пользовались услугами таких ребят как Genotek? Просто они меня заинтересовали тем что они дают расклад по национальностям, не только по регионам предков.

Нет, я к счастью, сразу в FTDNA попал. FTDNA лучшая компания в этой сфере. По крайней мере одна из лучших. Но, во всяком случае, по отзывам в разы лучше Генотека с его интерпретациями. А их Y-хромосомный тест - это емнип вообще курам на смех)))
« Последнее редактирование: 15 Май 2019, 23:50:42 от Yaroslav »

Оффлайн Zabrodskee

  • Сообщений: 9
  • Рейтинг +2/-0
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #416 : 16 Май 2019, 08:17:22 »
Ярослав, понятно, буду теперь понимать откуда ноги растут.

Кстати,  по поводу инородных вливаний в восточно-европейский кластер и те пресловутые 11% Скандинавии - в matches у меня пара десятков человек есть с норвежскими/шведскими/датскими фамилиями ( не очень их различаю). Так что наверное оттуда кого-то да занесло. Думаю, это можно считать как правда. Ведь это из ряда вон ситуация скорее - восточно-европейская смесь из поляков, украинцев ( причём только западных ) и норвежец какой-нибудь.

А по поводу восточно-романских народов осторожно сделал вывод что кого-то что-то и было, потому как в совпаденцах есть несколько человек, да и этнокалькуляторы показывают небольшую близость к молдаванам. Возможно, поколений 7 - 8 назад что-то и было.

В любом случае, спасибо за помощь!

Онлайн Yaroslav

  • Я всего лишь уличный повеса, Улыбающийся встречным лицам
  • Сообщений: 11295
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2026/-8
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a-ZS3114 > ZS3084, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1-Z16971 > Y159653
  • мтДНК: K1b1a1-T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #417 : 16 Май 2019, 09:41:55 »
Вы только учтите, что тут палка о двух концах. Могут и у Ваших совпаденцев из Скандинавии и Молдовы быть предки из Восточной Европы. Особенно, когда дело касается американцев (в той или иной степени скандинавского, румынского, немецкого и т.д. происхождения), а их по понятным причинам большинство в FTDNA, то наверно более вероятно найти у американца близких предков из Восточной Европы, чем у потомка восточно-европейских крестьян, кем мы в подавляющем большинстве своём являемся, найти близкого предка из Скандинавии или Румынии.

А может сближать и какой-то общий компонент. Например, особенно у северных русских много финских и шведских совпаденцев, с которыми в реале их роднит общий северо-евразийский компонент, который в древние времена принесли из Сибири в северную часть Европы.

Оффлайн Tambio

  • Сообщений: 283
  • Страна: ru
  • Рейтинг +54/-0
  • Y-ДНК: R-L1280
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #418 : 16 Май 2019, 19:16:08 »

Поймать на этот тест близкого родственника в базе данных FTDNA - это очень маловероятный шанс, так как тестируется всего только одна предковая линия, а база протестировавшихся в FTDNA в лучшем случае включает в себя наверно 1%-2% от какого-либо народа Земли.
Было бы здорово, если бы это было правдой. База ФТДНА примерно 600 000 человек. На Земле около 7 600 000 000 человек. Если я правильно считаю, что в базе ФТДНА находится около 0,007% от всех людей.

Если бы, к примеру, в базе ФТДНА половина протестированных были бы родом из Финляндии, то тогда они бы составляли 5,5%. Но это далеко от действительности. Так что 1%-2% от какого-либо народа Земли —  это фантастика.

Онлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6264
  • Страна: ru
  • Рейтинг +782/-40
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Аутосомный тест - вопросы чайника
« Ответ #419 : 16 Май 2019, 19:24:11 »

А может сближать и какой-то общий компонент. Например, особенно у северных русских много финских и шведских совпаденцев, с которыми в реале их роднит общий северо-евразийский компонент, который в древние времена принесли из Сибири в северную часть Европы.
Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100