Аутосомный тест - вопросы чайника

[Yaroslav]

Было бы здорово, если бы это было правдой. База ФТДНА примерно 600 000 человек. На Земле около 7 600 000 000 человек. Если я правильно считаю, что в базе ФТДНА находится около 0,007% от всех людей.

Если бы, к примеру, в базе ФТДНА половина протестированных были бы родом из Финляндии, то тогда они бы составляли 5,5%. Но это далеко от действительности. Так что 1%-2% от какого-либо народа Земли —  это фантастика.

Коряво выразился. Имел в виду процент находящихся в базе FTDNA протестированных от каждого народа (например, n% немцев, n% англичан, n% испанцев и т.п.). Не помню, какие там цифры, но я специально при этом заметил, что 1%-2% - это в лучшем случае. Ваше замечание ещё больше усиливает моё утверждение, что сравнение идёт с ничтожно малым количеством протестированных.

[Yaroslav]

Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

Для Восточной Европы пара тысяч лет - это уже древность

Как-то обсуждалось насчёт обилия финнов и шведов в совпаденцах у северных русских. Могу ошибаться, конечно, но по-моему это связывалось с общим компонентом. Хотя, насчёт того, что этот компонент был принесён из Сибири (аллюзия на ANE) - то вполне возможно, что я и загнул, согласен.

[Roaring]

Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

Для Восточной Европы пара тысяч лет - это уже древность

Как-то обсуждалось насчёт обилия финнов и шведов в совпаденцах у северных русских. Могу ошибаться, конечно, но по-моему это связывалось с общим компонентом. Хотя, насчёт того, что этот компонент был принесён из Сибири (аллюзия на ANE) - то вполне возможно, что я и загнул, согласен.

Ну ANE это предания старины глубокой, а родство шведов, финнов и северных русских объясняется просто наличием финского субстрата у первых и третьих.

[Eugene]

Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

Для Восточной Европы пара тысяч лет - это уже древность

Как-то обсуждалось насчёт обилия финнов и шведов в совпаденцах у северных русских. Могу ошибаться, конечно, но по-моему это связывалось с общим компонентом. Хотя, насчёт того, что этот компонент был принесён из Сибири (аллюзия на ANE) - то вполне возможно, что я и загнул, согласен.

Ну ANE это предания старины глубокой, а родство шведов, финнов и северных русских объясняется просто наличием финского субстрата у первых и третьих.

ANE это несомненно совсем древности, и прямого отношения к IBD не имеет.
А вот родство по IBD всех трех групп на мой взгляд явно не только в одну сторону от финнов, но и как минимум от влияния русских на финнов, шведов на финнов, и при этом финнов на обе группы.

[Roaring]

Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

Для Восточной Европы пара тысяч лет - это уже древность

Как-то обсуждалось насчёт обилия финнов и шведов в совпаденцах у северных русских. Могу ошибаться, конечно, но по-моему это связывалось с общим компонентом. Хотя, насчёт того, что этот компонент был принесён из Сибири (аллюзия на ANE) - то вполне возможно, что я и загнул, согласен.

Ну ANE это предания старины глубокой, а родство шведов, финнов и северных русских объясняется просто наличием финского субстрата у первых и третьих.

ANE это несомненно совсем древности, и прямого отношения к IBD не имеет.
А вот родство по IBD всех трех групп на мой взгляд явно не только в одну сторону от финнов, но и как минимум от влияния русских на финнов, шведов на финнов, и при этом финнов на обе группы.

Влияние шведов и русских на финнов конечно было, но собственно ни у южных шведов ни у русских не наблюдается финской компоненты, да и исторически это мы с шведами наступали на финно-язычные территории а не наоборот.

[Srkz]

Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

Вот смотрите. Геном древнего американца культуры Кловис (ок. 12500 лет назад) F999919


Первые две строки это он же самый, зачем-то вновь загруженный. Остальные - современные американцы, и, как можно видеть, именно с индейскими гаплогруппами. По-моему, это снимает вопрос, может ли родство по IBD-сегментам жить десятки тысячелетий. В замкнутом котле вроде доколумбовых индейцев - вполне.

Почему тогда у каждого из нас нет кучи древних совпаденцев, ведь на Гедматч уже загрузили множество древних геномов? Проблема в качестве сиквенсов, образцы с нужным уровнем прочтения можно посчитать по пальцам. Никто не хочет тратить на это ресурсы, предпочитают брать количеством.

[Tambio]

Как-то обсуждалось насчёт обилия финнов и шведов в совпаденцах у северных русских. Могу ошибаться, конечно, но по-моему это связывалось с общим компонентом...

Не знаю, что там с "общим компонентом", но если бы в России тестировались в % соотношении так же, как и в Скандинавии, то подавляющее большинство русских видели бы финнов и шведов в совпаденцах где-то на 200-300 позициях. Т.е. о них даже бы и не думали.

Кто из нас получал письмо от шведа или финна с вопросом: "я видел наше совпадение, мы —  родственники?" Я не получал ни разу, а вот из России получал.

[Yaroslav]

Не знаю, что там с "общим компонентом", но если бы в России тестировались в % соотношении так же, как и в Скандинавии, то подавляющее большинство русских видели бы финнов и шведов в совпаденцах где-то на 200-300 позициях. Т.е. о них даже бы и не думали.

Очень даже может быть.

Просто, разговор с уважаемым Zabrodskee шёл немного о другом: всегда ли иностранные совпаденцы являются показателем близких предков из-за рубежа

[Srkz]

Не знаю, что там с "общим компонентом", но если бы в России тестировались в % соотношении так же, как и в Скандинавии, то подавляющее большинство русских видели бы финнов и шведов в совпаденцах где-то на 200-300 позициях. Т.е. о них даже бы и не думали.

Зато финны и шведы видели бы кучу русских совпаденцев. Да и очень многие другие европейцы, просто за счёт объёма. Объективно всё же оценивать показатель "количество кузенов на количество протестированых", а не сравнивать численность населения.

Кто из нас получал письмо от шведа или финна с вопросом: "я видел наше совпадение, мы —  родственники?" Я не получал ни разу, а вот из России получал.

Ну я получал.

[Eugene]

Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

Вот смотрите. Геном древнего американца культуры Кловис (ок. 12500 лет назад) F999919


Первые две строки это он же самый, зачем-то вновь загруженный. Остальные - современные американцы, и, как можно видеть, именно с индейскими гаплогруппами. По-моему, это снимает вопрос, может ли родство по IBD-сегментам жить десятки тысячелетий. В замкнутом котле вроде доколумбовых индейцев - вполне.

Почему тогда у каждого из нас нет кучи древних совпаденцев, ведь на Гедматч уже загрузили множество древних геномов? Проблема в качестве сиквенсов, образцы с нужным уровнем прочтения можно посчитать по пальцам. Никто не хочет тратить на это ресурсы, предпочитают брать количеством.

Ясно, тогда это несколько изменило мои представления..
Тогда действительно и с финнами общие пересечения могут быть с абсолютно разных времен, в том числе со времен единого ANE)

[ВадимЗ]

Насчёт древних времен я думаю ты загнул...
В любом случае матчи подразумевают родство последних максимум пары тысяч лет. Это же IBD

Для Восточной Европы пара тысяч лет - это уже древность

Как-то обсуждалось насчёт обилия финнов и шведов в совпаденцах у северных русских. Могу ошибаться, конечно, но по-моему это связывалось с общим компонентом. Хотя, насчёт того, что этот компонент был принесён из Сибири (аллюзия на ANE) - то вполне возможно, что я и загнул, согласен.

Ну ANE это предания старины глубокой, а родство шведов, финнов и северных русских объясняется просто наличием финского субстрата у первых и третьих.

Великий исход карелов из Корельского уезда куда более вероятен - 17 век куда к нам ближе, чем финский субстрат начала 2-го тысячелетия, к тому же разный по разным территориям.

[bromium]

На MH у меня есть свой тест и тесты родителей.
С каждым из родителей по триста общих совпадений (всего шестьсот), а еще две тысячи моих совпадений у нас не отображаются как общие.
Вот ранее давали совет не обращать внимания на мелкие совпаления до 100 сМ, но даже если последовать такому совету, для меня остается принципиально непонятной такая ситуация.
В моем понимании мелкое совпадение говорит об отдаленности общего предка (и при отсутсвии данных документальной генеалогии такими совпадениями можно пренедбечь), но это не отрицает, того что этот общий предок должен быть у меня общим и с одним из родителей   
Откуда у меня такие сегменты ДНК, если их нет у родителей? Или это говорит об ошибочности (случайности?) таких совпадений? Или все же ошибка MyHeritage?

Вот для примера как выглядит браузер хромосом с матчем, который MH не призает общим ни с одним из родителей:

[Farroukh]

Откуда у меня такие сегменты ДНК, если их нет у родителей? Или это говорит об ошибочности (случайности?) таких совпадений? Или все же ошибка MyHeritage?

ЧаВо по интерпретации родства при сходстве менее чем 100 сМ:

Вопрос:
Мой совпаденец по отцу (матери) имеет со мной больше общих сегментов чем с отцом (матерью), 50 и 26 сМ соответственно. Максимальная длина одного из этих блоков на 2 единицы больше, чем у отца (матери)18 и 16 сМ соответственно. Чтобы это значило?

Ответ:
Это случай составных участков половинного совпадения (УПС), комбинированное родство, как со стороны отца, так и матери. В данном случае совпадение стороны второго родителя незначительно, и не отображается. Грубо говоря, совпадения на 2-х сМ не показывают, но при этом 16 сМ+2 сМ = 18 сМ.
Эта же ситуация применима в случаях якобы удалённого родства с иностранцами. Предположим, есть участок со стороны отца на глубине реального родства в 12...15 поколений. И с той же самой персоной участок пересечения по матери на глубине 7...10 поколений. Система отобразит фантомную близость на уровне 5...6-тиюродного родства.

[bromium]

Вопрос:
Мой совпаденец по отцу (матери) имеет со мной больше общих сегментов чем с отцом (матерью), 50 и 26 сМ соответственно. Максимальная длина одного из этих блоков на 2 единицы больше, чем у отца (матери)18 и 16 сМ соответственно. Чтобы это значило?

Ответ:
Это случай составных участков половинного совпадения (УПС), комбинированное родство, как со стороны отца, так и матери. В данном случае совпадение стороны второго родителя незначительно, и не отображается. Грубо говоря, совпадения на 2-х сМ не показывают, но при этом 16 сМ+2 сМ = 18 сМ.
Эта же ситуация применима в случаях якобы удалённого родства с иностранцами. Предположим, есть участок со стороны отца на глубине реального родства в 12...15 поколений. И с той же самой персоной участок пересечения по матери на глубине 7...10 поколений. Система отобразит фантомную близость на уровне 5...6-тиюродного родства.

Теоретически понятно. Прошу прокомментировать, еще один похожий пример, так сказать для закрепления темы
С первым только у меня небольшое совпадение, со вторым и у меня и у матери, при этом у этих людей между собой большое совпадения 502,5 сМ.


Мое совпадение со 2-м:
Хромосома 12
Местоположение гена: 18467005 – 24099662
RSID: rs11830182 – rs17400846
Размер сегмента: 7,5 cM
Количество ОНП: 3 712

Совпадение моей матери со 2-м:
Хромосома 12
Местоположение гена:17864413 – 24099662
RSID: rs7311584 – rs17400846
Размер сегмента: 7,8 cM
Количество ОНП: 3 968

Сегменты почти идентичны, и тут не наблюдается описанного эффекта. У матери общий сегмент незначительно больше, чем у сына.

Этот же сегмент совпадает у меня с 1-м, но у матери совпадение с ним не отображается:
Хромосома 12
Местоположение гена: 18467005 – 24727774
RSID: rs11830182 – rs6487399
Размер сегмента: 8,9 cM
Количество ОНП: 4 224

В данном случае этот сегмент чуть больше.
Я правильно понимаю, что по описанной вами теории:
1. Сегмент с местоположением гена 24099663-24727774, достались мне от отца, через какого-то предка, условно 20 поколений назад.
2. Общий для все четырех человек сегмент в 7,5 сМ с местоположением гена 18467005 – 24099662, достались мне от матери, через какого-то предка, который жил позднее, условно 10 поколений назад.
3. У матери с 1-м есть только один вышеописанный сегмент в 7,5 сМ и, так как он очень мал, он не отображается в совпадениях.

[Farroukh]

Там речь про суммарное число общих сМ, без хромосомной разбивки.
Весь вопрос - зачем нужны эти подробности? Реального предка вычислить нереально скорее всего...