АвторТема: Ancestry Finder -новый сервис 23andme  (Прочитано 34568 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #165 : 30 Июль 2010, 20:03:27 »
2. Download (my name) Ancestry finder matches (CSV).

Вот теперь можно сделать три полезные вещи:
1) Узнать истинное число совпаденцов (включая интервал 5сM)
2) Связать гаплогруппы и страны совпаденцов
3) Сделать перекрестный анализ совпаденцев
1) Узнать истинное число совпаденцов (включая интервал 5сM)

Это количество персон в этом жутком файле?
163 строчки.
Это мало или много?

2) Связать гаплогруппы и страны совпаденцов
Anonymous0013,"United States","Sweden","Slovakia","Slovakia","False","False","False","False","17","20.7","21.7","1.0","5.4"
Это одна из моих строк там.

Не могу понять, что здесь с чем связывать... ???

Все-таки сперва надо, видимо, открыть файл НЕ в Экселе, а в какой-то другой программе.
Какой, не подскажите???

3). Сделать перекрестный анализ совпаденцев

Это как?
Что с чем анализировать??? :o

Help! Help! Help!!!! ::)

Вот те, кто "открыл личико" на сейчас.
« Последнее редактирование: 30 Июль 2010, 20:14:21 от nmash »

Оффлайн Yulita

  • Сообщений: 917
  • Страна: ua
  • Рейтинг +163/-0
  • Стоя в кругу ко всем лицом не будешь...
  • Y-ДНК: R1a1a* (M17) - дедушка по папе
  • мтДНК: U5a1 - я; K1a1b1a - бабушка по папе; H1c - прабабушка по папе
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #166 : 30 Июль 2010, 20:11:12 »
Anonymous0013,"United States","Sweden","Slovakia","Slovakia","False","False","False","False","17","20.7","21.7","1.0","5.4"
Anonymous0013 - товарищ, который пока не открыл свой профиль
United States - страна, в которой родилась его бабушка по материнской линии
Sweden - страна, в которой родился его дедушка по материнской линии
Slovakia - то же, для бабушки с отцовской линии
Slovakia - то же, для дедушки по отцовской линии
False в 4-х экземплярах указывает на то, что никто из этой четверки не был заявлен как ашкенази, в противном случае, там бы в графе данного лица стояло бы значение True.
17 - хромосома с общим упсом
Дальнейшие цифры связаны с длинной самого сегмента и его величиной в сМ.

А вообще-то при экспорте таблицы, названия каждой "колонки" есть в самой первой строчке :)

Файл с расширением CSV корректно (в виде таблицы) открывается в Microsoft Access, скорее всего и FileMaker Pro тоже, но я не проверяла.

« Последнее редактирование: 30 Июль 2010, 20:38:55 от Yulita »

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #167 : 30 Июль 2010, 21:17:57 »
Файл с расширением CSV корректно (в виде таблицы) открывается в Microsoft Access, скорее всего и FileMaker Pro тоже, но я не проверяла.
СПАСИБО!!!
Уже скачиваю FileMaker Pro.
А у меня сплошняком пошли новые и новые кузены и кузины - со скоростью, в среднем, 1 в час...
Только почему-то западные кузены жалуются, что не видят эту картинку.
Может, чего не так делаю??
Закачала им еще и
http://narod.ru/disk/23271614000/FamilyInh%20Mashkova.jpg.html
Та же история...

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #168 : 31 Июль 2010, 01:46:41 »
Есть нехитрый трюк, позволяющий (не всегда, правда) связать данные "совпаденца" в Ancestry Finder c "его же" данными в Relative Finder. Для этого нужно взять данные о сM совпадающего сегмента из AF, разделить на 7500 и затем умножить на 100.
На выходе получается приблизительный процент общего ДНК, который должен быть по идеи близок к проценту % DNA shared в Relative Finder.

Например (15/7500)*100= 0.2%.

Проверил на своих матчах в RF -работает в 80% случаев.

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #169 : 31 Июль 2010, 09:49:52 »
Есть нехитрый трюк, позволяющий (не всегда, правда) связать данные "совпаденца" в Ancestry Finder c "его же" данными в Relative Finder. Для этого нужно взять данные о сM совпадающего сегмента из AF, разделить на 7500 и затем умножить на 100.
На выходе получается приблизительный процент общего ДНК, который должен быть по идеи близок к проценту % DNA shared в Relative Finder. Например (15/7500)*100= 0.2%.
Проверил на своих матчах в RF -работает в 80% случаев.

Спасибо!!!
И за этот пример и, вообще, за неоценимые здесь советы! :-*
Вадим,
у меня есть несколько конкретных вопросов:

1.  в РФ у меня, например, 3 неизвестные персоны с одинаковыми показателями 0,12%, причем у всех указано - United States.
Причем нпонятно, имела персона в виду место рождения/проживания или предков.
В АФ у меня нашелся один кузен с предками из США и Польши (50/50) с 9,1сМ на 10-ой хромосоме, что равно приблизительно 0,12%.

Мои дальнейшие действия?

По странам я и так прочесываю всех подряд и высылаю всем приглашения.

Набралась уйма дистантов и много 10-тиюродных (все открыли личико).
А вот 0,15-0,10 очень много неизвестных...
Например:
Anonymous0046 -United States/United States/Poland/Poland, 10 хромосома, "SegmentStartInMegaBasePairs" 27.3, "SegmentEndInMegaBasePairs"  30.6,
"SegmentLengthInMegaBasePairs" 3.3 (а это что за зверь??)
"SegmentLengthInCentiMorgans" 9,1

Похоже, тот же самый. И как его открывать?

2. Вадим, Вы писали, что можно проанализировать данные.
Я - гуманитарий (но - Дева  ;) ), поэтому очень-очень хочется понять, ЧТо и КАК анализировать?

Из списка совпаденцев (совсем неожиданно - я ведь знаю документально всех русских предков-крестьян и полтавских казаков с конца 17 века - самые ближние кузены заявляют, что в с начала 18 века все их предки жили только в северной Европе (за исключением достаточно тоже близкого Михаила Темоша) -Steve Blades, Steven Rolfe Powell, Tre Cool, James BIELENIEWICZ (у него - поляки хоть).
Дальние кузены - да, полно с предками из России, Украины.

В чем тут фишка?

3. Вадим,
что-то можно сказать о моих предках по таким данным:
Natalia Mashkova (Maternal Haplogroup U5a, Russia/Ukraine) vs -



Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #170 : 31 Июль 2010, 10:12:34 »

Дальнейшие цифры связаны с длинной самого сегмента и его величиной в сМ.

Файл с расширением CSV корректно (в виде таблицы) открывается в Microsoft Access, скорее всего и FileMaker Pro тоже, но я не проверяла.
Да, спасибо! FileMaker Pro открыл.
Но сразу вопрос - посмотрите в таблице - самый близкий кузен Михаил Темош.
По RF у него 0.13% (3rd to 10th Cousin), 9.5 сМ -  есть бОльшие совпаденцы -

Steve Blades 0.15% (3rd to 8th Cousin) 11. сМ (!) и

Steven Rolfe Powell 0.15% (3rd to 9th Cousin) 10.5 сМ.

 Но в скаченной базе с АФ - этих двух парней нет вообще!
В самой АФ они есть - оба на 16 хромосоме (мне, вообще, кажется, что они оба близкие родственники, хотя Steven Rolfe не признается :o)

В чем фишка?

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #171 : 31 Июль 2010, 15:46:16 »
У Ларки - открывшаяся 5-тиюродная из Грузии -
В Family Inheritance: Advanced показывает
Rusiko Amirejibi-Mullen vs. Larisa Lyotova 
View as a plot
Half IBD     # segments   10 cM     1
View in a table:
Genetic distance 9.5 cM

Отнесла бы это на неважную неточность подсчета, но...
в Ancestry Finder
показаны 2(!) кузины (кузена?) из Грузии - с 9,5 и 10,0 сМ, причем на одной и той же 6 хромосоме.
Да и в РФ - рядом с Rusiko Amirejibi-Mullen есть неизвестная кузина с той же женской T2a1a, только у Русико 0,13%, у неизвестной - 0,14.

Причем Rusiko Amirejibi-Mullen написала, что сделала свой профиль видимым (публичный), но ее у Ларки в этом сервисе не видно.

Так 2 кузины из Грузии ли одна/один??
« Последнее редактирование: 31 Июль 2010, 16:28:22 от nmash »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #172 : 31 Июль 2010, 21:53:25 »
1.  в РФ у меня, например, 3 неизвестные персоны с одинаковыми показателями 0,12%, причем у всех указано - United States.
Причем нпонятно, имела персона в виду место рождения/проживания или предков.
В АФ у меня нашелся один кузен с предками из США и Польши (50/50) с 9,1сМ на 10-ой хромосоме, что равно приблизительно 0,12%.

Мои дальнейшие действия?

Я не до конца понял вопрос. Если речь идет о том, являются эти люди идентичными, то что-то определенное трудно  сказать. Дело в том, что сегменты в АФ и РФ считаются по разным методикам, поэтому размеры и сМ одного и того же участка в АФ и РФ даются разные. Я советую послать им приглашения, тогда хоть что-то прояснится.
Цитировать
Anonymous0046 -United States/United States/Poland/Poland, 10 хромосома, "SegmentStartInMegaBasePairs" 27.3, "SegmentEndInMegaBasePairs"  30.6,
"SegmentLengthInMegaBasePairs" 3.3 (а это что за зверь??)
"SegmentLengthInCentiMorgans" 9,1

Похоже, тот же самый. И как его открывать?

Похоже, но нет никаких гарантий, что это одно лицо.
SegmentLengthInMegaBasePairs= округленная (до десятых доли) длина УПСа в мегабазах, т.е в миллионах базовых пар. Например, в приведенном Вами примере, 3,3= 3 300 000 баз или базовых пар.

Цитировать
2. Вадим, Вы писали, что можно проанализировать данные.
Я - гуманитарий (но - Дева  ;) ), поэтому очень-очень хочется понять, ЧТо и КАК анализировать?

А что именно Вы хотите проанализировать? В зависимости от целей, метод может менятся.
Цитировать
Из списка совпаденцев (совсем неожиданно - я ведь знаю документально всех русских предков-крестьян и полтавских казаков с конца 17 века - самые ближние кузены заявляют, что в с начала 18 века все их предки жили только в северной Европе (за исключением достаточно тоже близкого Михаила Темоша) -Steve Blades, Steven Rolfe Powell, Tre Cool, James BIELENIEWICZ (у него - поляки хоть).
Дальние кузены - да, полно с предками из России, Украины.

Это трудный вопрос, причем скорее теоретического характера. Лучшие умы генетической генеалогии (Энн и Джим Тернеры, МакМиллан, Бонни Шрак  и пр.) бьются над этом вопросом. Пока ясно, что предикт степени родства по некоторым сегментам весьма неточный. Не вдаваясь в слоджности, скажу  сегменты показывают степень родства намного дальше декларированной. Это означает то, что не все регионы генома рекомбинируют (перемешиваются) с одинаковой скоростью. По одному из таких проблемных сегментов - регион MHC-HLA на 6 хромосоме,  -скоро будет опубликована статья Энн Тернер в следущем номере журнале JOGG.
Некоторые участки могут в практически неизмененном виде (подобно митогеному или нерекомбинантной части Y хромосомы) переходить из одного поколения в другое. К тому же искажения в картину привносит неравномерность распределения выявленных и протестированых снипов на разных геномных участках (хромосомах). На одних их больше, на других меньше. Нельзя исключать вероятность, что после того как в будущем на совпадающем участке (УПСе) будут выявлены и протестированы новые снипы, то, как говорит napobo3, "УПс поламается" (с), т.е  совпадающий участок распадется на несколько более мелких участков, свидетельствующих о гораздо более дальнем родстве.

Цитировать
3. Вадим,
что-то можно сказать о моих предках по таким данным:
Natalia Mashkova (Maternal Haplogroup U5a, Russia/Ukraine) vs -

Я пришел к выводу, что без фазирования данных 23andme (т.е трансформации диплоидных данных в гаплоидные и выявления внутри УПСов гаплоблоков), а также детального исследования влияния инбридинга, угасания гетерозиготности и "аутосомного фона" на структуру генофонда Ваших предковых популяций и предковых популяций  Ваших кузенов, "точный" (в смысле математической статистики, включая сигма-погрешности и пр.) предикт степени родства затруднен, если вообще возможен. 
« Последнее редактирование: 31 Июль 2010, 22:12:15 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #173 : 31 Июль 2010, 21:56:02 »
Цитировать
Steve Blades 0.15% (3rd to 8th Cousin) 11. сМ (!) и

Steven Rolfe Powell 0.15% (3rd to 9th Cousin) 10.5 сМ.

 Но в скаченной базе с АФ - этих двух парней нет вообще!
В самой АФ они есть - оба на 16 хромосоме (мне, вообще, кажется, что они оба близкие родственники, хотя Steven Rolfe не пр

Для начала ответьте на вопрос - показаны ли у Вас эти "парни" в РФ в качестве Public Matches?

Оффлайн татиа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 5070
  • Страна: 00
  • Рейтинг +651/-0
  • Y-ДНК: R-L1029+
  • мтДНК: J1c2c
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #174 : 31 Июль 2010, 23:07:45 »
Цитировать
Интересно, почему у Грега Кирша в таблице Russia/Finland - вообще-то он Russia/Ukraine... сама заполняла  :o

Милая nmash, поправьте пож. в своей табличке Грег Кирш по маме Russia/Russia, по папе Ukraine/Ukraine (Ашкенази из-под Житомира).
« Последнее редактирование: 01 Август 2010, 19:20:50 от татиа »

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #175 : 01 Август 2010, 09:00:56 »
Цитировать
Steve Blades 0.15% (3rd to 8th Cousin) 11. сМ (!) и

Steven Rolfe Powell 0.15% (3rd to 9th Cousin) 10.5 сМ.

 Но в скаченной базе с АФ - этих двух парней нет вообще!
В самой АФ они есть - оба на 16 хромосоме (мне, вообще, кажется, что они оба близкие родственники, хотя Steven Rolfe не пр

Для начала ответьте на вопрос - показаны ли у Вас эти "парни" в РФ в качестве Public Matches?
Нет! :o
Слишком мало кто (даже с Ancestry edition) made their public profile visible. :'(

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #176 : 08 Август 2010, 12:47:37 »
Цитировать
Интересно, почему у Грега Кирша в таблице Russia/Finland - вообще-то он Russia/Ukraine... сама заполняла  :o

Милая nmash, поправьте пож. в своей табличке Грег Кирш по маме Russia/Russia, по папе Ukraine/Ukraine (Ашкенази из-под Житомира).
Имправила!
http://rusgenealogy.clan.su/Dnevnik/FamilyInh_Mashkova.jpg

Оффлайн nmash

  • Сообщений: 600
  • Страна: ru
  • Рейтинг +62/-0
  • Чем глубже корни, тем устойчивее древо.
    • Генеалогия русских крестьян
  • мтДНК: U5a1d2a
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #177 : 08 Август 2010, 12:55:10 »

А что именно Вы хотите проанализировать? В зависимости от целей, метод может менятся.
По Ларке -

Peter White наконец открылся в РФ, но откуда он - не написал....

Смущает меня, что он один из самых близких Ларке - по Х хромосоме.
Расскажите, пожалуйста, есть ли принципиальная разница между совпаденцами по неполовым хромосомам и по половой?
Спасибо Вам! :-*

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #178 : 08 Август 2010, 13:24:02 »
Смущает меня, что он один из самых близких Ларке - по Х хромосоме.
Расскажите, пожалуйста, есть ли принципиальная разница между совпаденцами по неполовым хромосомам и по половой?
Спасибо Вам! :-*

Есть. В данном случае, когда Лара имеетс совпадение по X c мужчиной - это означает, что родство у Питера с Ларой идет по женской линии (линии матери). Мужчины получают X только от матери, от отца они наследуют Y хромосому. У женщин две хромосомы X, одна от матери, другая от отца.

Оффлайн wertner

  • ...
  • Сообщений: 1404
  • Страна: ru
  • Рейтинг +321/-0
    • YFull
  • Y-ДНК: E-V13->E-S2972->E-Z16661
  • мтДНК: U4a (xU4a3)
Re: Ancestry Finder -новый сервис 23andme
« Ответ #179 : 08 Август 2010, 13:40:33 »
Файл с расширением CSV корректно (в виде таблицы) открывается в Microsoft Access, скорее всего и FileMaker Pro тоже, но я не проверяла.
В Excel тоже можно открыть.
Сейчас под рукой только Excel 2007: открывайте файл, заходите в панель инструментов "Данные", нажимаете "Текст по столбцам", затем нажимаете кнопку "Далее", выбираете разделить "Запятая", нажимаете "Далее", устанавливаете тип "Текстовый" для столбцов с цифрами (можно и для всех остальных столбцов тоже).

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100