Где мои семнадцать... маркёров?

[Farroukh]

Вопрос такой: по какому принципу выбирались маркёры для формата Y-filler? Почему именно эти, а не те?

[I2a1a]

Вопрос такой: по какому принципу выбирались маркёры для формата Y-filler? Почему именно эти, а не те?

Этот набор Y-STR первоначально разрабатывался для нужд судебной криминалистики,
согласно требованиям International Society of Forensic Genetics (ISFG)


Подробности

DNA Commission of the International Society of Forensic Genetics:
recommendations on forensic analysis using Y-chromosome STRs
http://www.bioforensics.com/conference08/mtDNA_YSTR/DNA_Commission_YSTR.pdf

DNA Commission of the International Society of Forensic Genetics (ISFG): An update of the recommendations on the use of Y-STRs in forensic analysis
http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/pub_pres/ISFG_%20Y-STRupdate.pdf

В соответствии с этими рекомендациями компанией Applie Biosystems был разработан специальный продукт AmpF?STR® Yfiler™ PCR Amplification Kit: A Male Specific, Single Amplification 17 Y-STR Multiplex System, который включал в себя 17 маркеров, 8 из которых (DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, and DYS393) соотвествовали условиям т.н ФБРовского "минимального европейского гаплотипа" ("European minimal haplotype"), плюс к этому включили 2 рекомендованные SWGDAM локуса (DYS438, DYS439) и набор из 7 высокополиморфичных локусов (DYS437, DYS448, DYS456, DYS458, Y GATA H4, и DYS635 ).

Подробности:

Development and Validation of the AmpF?STR® Yfiler™ PCR Amplification Kit: A Male Specific, Single Amplification 17 Y-STR Multiplex System*
http://www3.interscience.wiley.com/journal/118609084/abstract?CRETRY=1&SRETRY=0

[Farroukh]

Иначе говоря, этот набор состоит как из 8 стабильных (DYS19, DYS385a/b, DYS389I, DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393), 2 непонятных (DYS438, DYS439) и 7 малоустойчивых (высокополиморфичных) локусов (DYS437, DYS448, DYS456, DYS458, Y GATA H4, и DYS635 ).

Интересно, насколько будет отличаться степень родства при совпадении, например двух Y-17 и двух 25-маркёрных гаплотипов?

[asan-kaygy]

Вообще наши судэксперты используют эти 17 маркеров для установления отцовства, помимо чисто криминологических целей. Причем говорят об отцовстве с определенной долей вероятности (например 95 %). Хотя мне кажеться у казахов вполне такая вероятность должна быть ниже, так как есть много распространенных гаплотипов по регионам. Есть вероятность что биологический отец имел такой же 17 маркерный гаплотип как и юридический и сомневающийся папаша.

[Farroukh]

используют эти 17 маркеров для установления отцовства

С сайта Гентиса:

Наши тесты предназначены в первую очередь для людей интересующихся историей своих предков по средствам изучения Y-хромосомы передающейся строго по мужской линии, а ДНК-тесты на определение отцовства изучают определенные участки на всех хромосомах.

То есть при установлении отцовства используют какой-то другой метод (аутосомы или т. п.)

[asan-kaygy]

используют эти 17 маркеров для установления отцовства

С сайта Гентиса:

Наши тесты предназначены в первую очередь для людей интересующихся историей своих предков по средствам изучения Y-хромосомы передающейся строго по мужской линии, а ДНК-тесты на определение отцовства изучают определенные участки на всех хромосомах.

То есть при установлении отцовства используют какой-то другой метод (аутосомы или т. п.)

Да аутосомы гораздо надежнее, случайностей должно быть меньше. просто они вроде дороже выходят.

[Centurion]

То есть при установлении отцовства используют какой-то другой метод (аутосомы или т. п.)

Используют расширенный вариант CODIS.

[I2a1a]

Вообще наши судэксперты используют эти 17 маркеров для установления отцовства, помимо чисто криминологических целей. Причем говорят об отцовстве с определенной долей вероятности (например 95 %). Хотя мне кажеться у казахов вполне такая вероятность должна быть ниже, так как есть много распространенных гаплотипов по регионам. Есть вероятность что биологический отец имел такой же 17 маркерный гаплотип как и юридический и сомневающийся папаша.

1) Суд.медэксперты по части "ДНК-экспертиз" занимаются не только криминалистикой, но в том числе и установлением родства
2) Достоверность заключений о родстве между сыном-отцом и сыном (или идентификации трупа в сравнении с ДНК родственников) на 17 маркерах  вызывает большие вопросы.
3)Для установления родства, или например личности преступника (из числа подозреваемых) статистически гораздо более достоверный вердикт дает, как уже отметил Роман, система аутосомных локусов.В мире существует несколько систем с установленным стандартным набором локусов, по которым проводится ДНК-идентификация. В США, например, принята система CODIS, в которую входит 14 STR-локусов.  Почему более достоверным? Потому что а) они находятся на разных хромосомах, и b) в отличие от Y-STR (где сплошное сцепленное нерекомбинаторное наследование). Поэтому  независимое распределение этих 14 STR-локусов делает статистический анализ более достоверным.

Еще одно важное замечание - в криминалистике и суд.медэкспертизе (в отличие от попгенетики, и тем более молекулярной генеалогии) принципиально мало используется понятие гаплогруппа, Если Вы почитаете регулярные публикации аллельных данных в Inter.Journal.Forens.Sci., то заметите, что там гораздо чаще упоминается слово частота (гаплотипа), причем под гаплотипом там понимается уникальный набор Y-STR. Поэтому то в таблицах по популяциям и приводится частота каждого аллельного значения локуса DYS по той или иной популяции. Комбинирование этих частот и анализ распределения играет сугубо практическую роль в идентификации личности или родственных связей.

[I2a1a]

используют эти 17 маркеров для установления отцовства

С сайта Гентиса:

Наши тесты предназначены в первую очередь для людей интересующихся историей своих предков по средствам изучения Y-хромосомы передающейся строго по мужской линии, а ДНК-тесты на определение отцовства изучают определенные участки на всех хромосомах.

То есть при установлении отцовства используют какой-то другой метод (аутосомы или т. п.)

Да аутосомы гораздо надежнее, случайностей должно быть меньше. просто они вроде дороже выходят.

Выходит столько же, сколько и Y. Ведь каждый локус аутосом из стандарта CODIS, определяется, говоря простым языком, не снипом, а STR (коротким тандемным повтором).

[zastrug]

Хотя мне кажеться у казахов вполне такая вероятность должна быть ниже, так как есть много распространенных гаплотипов по регионам.

Мда.... Я уж точно хрен отверчусь