Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS

[Mich Glitch]

Честно говоря, я придерживаюсь концепта радиолакатора войсковой ПВО.
Есть определитель угла места (это аналогия для поиска совпадающих гаплотипов, которые с большой точностью указуют на направление родства).
А есть определитель дальности (на роль такового пока лучше всего претендует метода расчётов ВБОП по УПСам).

Недостаток есть - малая глубина. Ну, дык, ведь и используемая аналогия (войсковая ПВО) не против баллистических ракет направлена.

Просто вычисление ВБОП по мито более всего напоминает гадание на бараньих потрохах или рыбьих косточках. Так что лучше использовать наименее трудозатратные варианты оценок.

[Valery]

Вижу в теме появился ув.Овод. Хотелось бы услышать мнение по сабжу.

[Mich Glitch]

То есть в кланах потомков основательниц вы говорите не ВБОП до этих самых матриархах, а о возрастах кластеров, несмотря на прямо поставленный вопрос.

TMRCA (ВБОП) более редкий термин в литературе чем просто cluster age. Какие слова люди читают - теми и говорят

Пардон, пардон.

Речь тут о не понятиях, а стоящих за ними смыслом.
Поэтому попытки попенять на безграмотность - не принимаются.
Вопрос был не про возраст кластера, и не про значения промежуточных величин.
Также ничего не спрашивалось про внутреннюю кухню.

[Valery]

Просто вычисление ВБОП по мито более всего напоминает гадание на бараньих потрохах или рыбьих косточках. Так что лучше использовать наименее трудозатратные варианты оценок.

Не согласен. Как говорят буржуи - обращайтесь к менеджеру, у нас все индивидуально

Если в базе матчей нет или они все ооочень локальны - одно дело. Если даже простые прикидки указывают что таких ГВСов в европе десятки миллионов - совсем другое. В сухом остатке: если неопределенности можно избежать, если оценку можно улучшить - почему бы этим не воспользоваться? Статистика хороша для научных целей, когда решается общая проблема которую нельзя пощупать. Можно ощутить ее частные случаи и отточить интуицию но без абстрактных понятий - никак. Другое дело - конкретности.

[Mich Glitch]

Получил от модератора жёлтую карточку.


Всем спасибо.

До свидания.

[Valery]

Помню нашу беседу, где я говорил (также как и Клёсов), что считаться можно не только по 17 маркерам, но и по 12. По 6 можно!

Важно просто правильно понимать полученные результаты. (Т.е. доверительные вероятности, например.)

(вымарано цензурой) Там речь шла про точность филогении 17 vs 67 и только. Здесь ситуация в чем-то аналогична. Да хоть по одному локусу можно считать! И это тоже наука. Но вот что будет на стороне потребителя, который может наукой не интересуется и никогда в жизни не имел дело с оценками - ему такая эквилибристика запудрит мозг по самое некуда. Вот ему надо сообщать предельно точную и индивидуализированную информацию. Полезно ли пациенту читать инструкции к принимаемому лекарству? В целом да. Но при условии что он знает (и главное понимает) хоть какие-то термины и главное - осведомлен что в этой инструкции описаны побочные эффекты большинство которых не встретит даже опытный врач и тем более которые не приключатся все скопом и сразу с ним несчастным. Это Михаил к вероятности родства в 5-м, 6-м, 7-м поколении по ГВС

[Овод]

Вижу в теме появился ув.Овод. Хотелось бы услышать мнение по сабжу.

Не знаю, как в мито, а в игрек термин TMRCA обычно применяют (я не говорю уже как считают) не верно, не по смыслу. Это - время наиболее раннего ответвления клада, а считают обычно некоторое усреднённое.
 
Термин "возраст кластера" ничем не лучше, но допускает различные толкования.
 
Мне больше нравится термин "время экспансии", который часто употребляется попгенами. Он совершенно точно определяет, что обычно понимается под ВБОП - то есть некоторое усреднённое по кластеру время наиболее интенсивного формирования линьяжа.

[Valery]

Мне больше нравится термин "время экспансии", который часто употребляется попгенами. Он совершенно точно определяет, что обычно понимается под ВБОП - то есть некоторое усреднённое по кластеру время наиболее интенсивного формирования линьяжа.

Увы, ув.Овод решил не вмешиваться в спор, ограничась терминологическими вопросами..

[Овод]

Валерий, Ваш спор доставил мне больше хлопот, нежели интереса.
 
Но по сути Вы правы - близость по игреку (как и совпадение по мито) гораздо чаще рождает ложные надежды, нежели даёт находку родича в историческое время. И это происходит от непонимания реальных частот кладов.
 
Но отчасти прав и Мич: Зато как интересно. И "надежда умирает последней". Не найдёшь родича, зато поправишь понимание истории (или палеогеографии - если речь о мито  )

[Valery]

или палеогеографии - если речь о мито

ценю Ваш юмор

На самом деле здесь немало истории тоже, но чтобы ее откопать под географическими банальностями требуется очень много данных.

[chelmohotsky]

Очень познавательная дискуссия. Спасибо Валерий и Михаил!
Теперь понятно почему мне не хотелось кидаться в объятия моих мито совпаденцев. Чувствовал, что что-то тут не так.

А вот, не совсем в тему правда, статья о возможном смешении отцовских и материнских митохондрий, что может привести к дополнительным усложнениям расчетов TMRCA: http://www.nature.com/hdy/journal/v93/n4/full/6800572a.html

[Clavis]

Вот такая проблема.
В mitosearch я единственный, кто имеет в HVR1
249C, 261T, 311C
Зато есть одна группа тех, кто имеет
249C, 311C
и другая группа, кто имеет
261T, 311C
Следовательно, либо я принадлежу к первой группе, но у меня дополнительно мутация 261T, либо ко второй, но приобрел еще 249C. В общем, бабушка надвое сказала. В этой ситуации какой возможен "Расчёт времени жизни MRCA" ?
Предвижу вопрос о географии совпаденцев. Первая группа тех, кто имеет (249C, 311C):
Исландия
Германия
Австрия
Россия-Московская область, город Клин
Вторая группа, кто имеет (261T, 311C):
Финляндия (3 чел)
Венгрия
К моей личной географии (южнее города Бежецка Тверской области) как Финляндия, так и город Клин могут иметь одинаковое отношение.
Перейдем к научным образцам. Там у меня в HVR1 имеют (249C, 261T, 311C) много совпаденцев:
Russians Tula of Malyarchuk
Russians Pomors of Evseeva
Russians Pinega
Russians Belgorod
Ukrainians Belgorod
Russians Volot of Grzybowski
Grzybowski 2007c; complete sequences; N/A
Russians Tashkent, Irwin 2010
Russians Old Believers Kirsanovo, Rubinstein 2008 (Россия, Тюменская обл, Исетский р-н, д. Кирсанова)
Russians Krasnoselkup, Rubinstein 2008
Russians Dovolnoe, Rubinstein 2008  (2чел.)
Однако последовательность мутаций из этого списка я себе так и не прояснил.
Попытки увязать географию  научных сиквенсов дало только отдельные идеи:

большинство исследователей склоняются к тому, что предками Исетских старообрядцев являлись переселенцы с Русского Севера, в частности с Соловецких и Архангельских земель.

Это связывает:
Russians Pomors of Evseeva
Russians Pinega
со старообрядцами
Russians Old Believers Kirsanovo, Rubinstein 2008

[Valery]

Михаил, над проблемой 249 vs 261 сейчас подумаю, просто большой базы нет под рукой чтобы сходу ответить. По полным сиквенсам последовательность такова:

HV 14766TC
HV (много клад) 16311TC
HV9 8994GA
HV9 13651AG 16249TC 16261CT

ничего промежуточного не вижу. Надо смотреть по базе - может быть приведенные Вами иностранцы на самом деле не из HV9.

со старообрядцами

Ваш тип не первый и не единственный связывающий русских Сибири, особенно старообрядцев, с европейским Севером. Это очень распространенное явление. Эх дали бы денег на исследования в этой области 

[Nimissin]

Уважаемые форумчане, есть ли у кого-нибудь текст статьи
Fenner J.N. Cross-cultural estimation of the human generation interval for use in genetics-based population divergence studies. Am.J.Phys.Anthropol. 128(2): 415-423 (2005).

Как я понял из ссылок, в этой статье всесторонне исследован вопрос о длине одного поколения для генетических приложений:

Human generation length:
Male 31-32
Autosomal 28-30
Female 25-28.

[Asmat headhunter]

Human generation length:
Male 31-32
Autosomal 28-30
Female 25-28.

А о чём пишет википедия, интересно. <For much of human history the average generation length has been determined socially by the average age of women at first birth, about 16 years.>...<With greater industrialisation and demand for cheap female labour, urbanisation, and delayed first pregnanacy, and more recently, a greater uncertainty in relationship stability, have all contributed to the increase of the generation length through the late-18th to the late-20th centuries to approach late 20s in the developed countries and early 20s in the developing countries. In 2007 the generation length in the United States was 25.2 years and 27.4 years in the United Kingdom as of 2004. However, in many traditional indigenous societies the generation length has remained unchanged into the 21st century.>