АвторТема: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS  (Прочитано 22633 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
У меня есть вопросы по расчёту времени жизни MRCA по результатам FGS.
Пример:

Мой FGS.
HVR1: 16189C 16356C 16519C
HVR2: 263G 315.1C
CR: 750G 1438G 3010A 4769G 8860G 12192A 15326G 15617A

FGS моей митокузины (прямой женский предок из Южной Германии).
HRV1: 16189C, 16356C, 16519C
HRV2: 263G, 309.1C, 315.1C
CR: 750G, 1438G, 3010A, 4769G, 8860G, 15326G

Если я всё правильно понимаю, у нас 3 различия на 16569 маркеров.
Я воспользовался TMRCA Calculator http://dna-project.clan-donald-usa.org/tmrca.htm

Внёс 16569 и 16566 соответственно,
Mutation Rate - 0,000003 (для mtDNA complete genome 3·10?6).

Показывает результат 60 transmission events с максимальной вероятностью 0,01113

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Мои вопросы:

Mutation Rate - 0,000003 (для mtDNA complete genome 3·10?6).
Я правильно взял эту скорость для FGS?

Показывает результат 60 transmission events с максимальной вероятностью 0,01113
Что такое transmission events? Как их перевести в "поколения до общего предка"? Разделить на "2"?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8


Mutation Rate - 0,000003 (для mtDNA complete genome 3·10?6).
Я правильно взял эту скорость для FGS?

По скоростям мутаций у исследователей нет консенсуса, скорость может разниться в 30-40 раз.
Впрочем, у МакДональда средняя скорость, которой вполне можно пользоваться.

Показывает результат 60 transmission events с максимальной вероятностью 0,01113
Что такое transmission events? Как их перевести в "поколения до общего предка"? Разделить на "2"?

Transmission events -то же самое, что поколенный переход (или генеалогический интервал, поколение). Для получения ВОП умножаете на 25 или 30 лет (в зависимости от того, какое количество лет в поколении Вы считаете разумным).

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Спасибо за пояснения, Вадим.
Позвольтеб ещё уточню:
...
Показывает результат 60 transmission events с максимальной вероятностью 0,01113
Что такое transmission events? Как их перевести в "поколения до общего предка"? Разделить на "2"?

Transmission events -то же самое, что поколенный переход (или генеалогический интервал, поколение). Для получения ВОП умножаете на 25 или 30 лет (в зависимости от того, какое количество лет в поколении Вы считаете разумным).

Т.е. число Transmission events = числу Поколений до общего предка? В моём случае, это 60 поколений назад?

Или всё же, это число поколений между двумя современниками и тогда надо делить на "2"?
Просто меня смущает фраза из TMRCA Calculator: "Note that the number of  transmission events  is essentially twice the number of generations back to the MRCA (Most Recent Common Ancestor)".

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Не надо ничего делить на два. Трансмиссия в данном случае - передача генетического материала от матери к дочери.

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Не надо ничего делить на два. Трансмиссия в данном случае - передача генетического материала от матери к дочери.
Спасибо, Вадим.
Теперь ясно, что наш общий предок по прямой женской линии жил примерно 60 поколений назад, где-то в 5 веке н.э.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34798
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2998/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Не надо ничего делить на два. Трансмиссия в данном случае - передача генетического материала от матери к дочери.

Конечно же надо делить на два!
Условно (т.е. без обилия понятных, но не нужных в данном случае, генетическо-биологических деталей), на одно поколение приходится два переходных события: зачатие и рождение.
Переходные события - это такие, при которых возможно возникновение и последующее закрепление мутаций.

Теперь по примеру.

Имеем 16566 матча на  16569 маркера.

Используем достаточно неплохо выверенную скорость по всей мтДНК, т.е. 3 * 10-6.

Вероятность смотрим не пиковую, а пороговую.
Я использую следующий принцип для мито (думаю всем понятно, что как и всякий  прочий выбор подобных коэффициентов, он с одной стороны имеет некое, вполне логическое, обоснование, а с другой - явно является волюнтаристским).
Так вот, на больших глубинах по европейцам я всегда использую суммарную вероятность 50%.
На малых же глубинах, не превышающих полторы-две тысячи лет, или 50-70 поколений (ещё один симбиоз обоснованности и произвольности), в случаях совпадения либо географического, либо этнического фактора беру 50%, ну, а когда родовые ареалы и этносы, или не совпадают, использую 75%.

Таким образом, по данному примеру. Для значения 50% имею:

74 переходных события;        0.01042  вероятность события (не пиковая!)      0.506 суммарная пороговая вероятность.

Т. е. 37 поколений.
Иными словами, располагаемся по первой, пятидесятипроцентной, прикидке в ближней зоне. Поэтому заменяю пороговую вероятность на 75%. Кузина то не славянка, да ещё из Южной Германии. (Все возможные пересказы того, что и в Германии есть славянское население - отодвигаем в сторону. Просто полагаем, что географический и этнофакторы не совпадают.)

Для 75% цифры следующие:

102         0.00678        0.748

Т.е. 51 поколение до общего матриарха.

Такие вот оценочные результаты.

:)
« Последнее редактирование: 17 Июнь 2010, 02:08:44 от Mich Glitch »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34798
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2998/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Кстати, если использовать предложенный мною :) термин поколенного переход, то на 2 не делим только в том случае, если сравнение идёт между предком и потомком.
Скажем, бабушка и внук отстоят на два поколенных перехода. Для этого случая на два поколения.
А вот два брата, расположенных на дистанции всё тех же двух поколенных переходов, расположены на расстоянии в одно поколение от своего общего предка.
Поколения могут быть и половинными (в смысле, с дискретой в половину) в случае поколенных перекосов.
Например дядя и племянник имеют дистанцию до общего предка 1.5. Один поколенный переход - поколение у дяди. И два поколенных перехода - поколения у племянника. Дистанция же между дядей и племянником 5 поколенных переходов.

То есть, если в табличке калькулятора скажем 103 поколенных перехода (будем условно обзывать переходные события так), то это означает 51.5 поколения до общего предка.
(Опять же абстрактно полагаем точность цифры абсолютной, не заморачиваясь на ±.)

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Спасибо за пояснения, Михаил.
...
Поэтому заменяю пороговую вероятность на 75%. Кузина то не славянка, да ещё из Южной Германии. (Все возможные пересказы того, что и в Германии есть славянское население - отодвигаем в сторону. Просто полагаем, что географический и этнофакторы не совпадают.)

Для 75% цифры следующие:

102         0.00678        0.748

Т.е. 51 поколение до общего матриарха.

Такие вот оценочные результаты.

:)

Скажите, Михаил, а какую длительность поколения вы используете в миторасчётах?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34798
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2998/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Скажите, Михаил, а какую длительность поколения вы используете в миторасчётах?
Я использую уточнённый (т.е. недавно изменённый в сторону уменьшения) медианный поколенный интервал от Соренсона в 27 лет.
Он, интервал, получен на основании обработки 212054 пар мать-ребёнок.

Оффлайн Sergey LutakАвтор темы

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +62/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Спасибо, Михаил.

И так, если использовать подход Михаила (75%-ая вероятность, "делить на 2" и поколение мать-дочь=27 лет), то получается 51х27=1377 лет.

Т.е. общий матриарх родился примерно в конце 6 - начале 7 века н.э.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 34798
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2998/-47
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Спасибо, Михаил.

И так, если использовать подход Михаила (75%-ая вероятность, "делить на 2" и поколение мать-дочь=27 лет), то получается 51х27=1377 лет.

Т.е. общий матриарх родился примерно в конце 6 - начале 7 века н.э.

Да.
Скажем, у меня (1961 г.р.) есть кузен (1974 г.р.) с тремя разницами на полном мито сиквенсе.
Берём средний год рождения 1968 и отнимаем 51 * 27. Получаем 591 год рождения для нашего общего матриарха.

а) О том насколько хорош, или плох метод, заложенный в основу калькулятора, - не рассуждаем. Просто полагаем его наиболее распространённой на сегодня точкой зрения. (Эту мысль, если хотите,  немного разовью позже.)

б) Чтобы совсем уж не подставляться, используем не 591 г. (с дразнящей единичкой на конце цифири), а скромный эвфемизм от Сергея "в конце 6-го - начале 7-го вв.".
 
::)

Оффлайн chelmohotsky

  • Сообщений: 336
  • Страна: us
  • Рейтинг +51/-0
  • Y-ДНК: N1c1*
  • мтДНК: H27a
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #12 : 14 Февраль 2011, 06:52:46 »
А что если у меня полное совпадение по HVR1+HVR2 (в моем случае 19 таких совпаденцев), могу ли я использовать формулу Walsh'а?
Она мне дает какой-то результат: для вероятности 50% получается 16 поколений. Правильно ли это? Ведь такой же результат будет и для моей сестры. Или для сестры я должен рассматривать пороговую вероятность близкую к 0?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #13 : 14 Февраль 2011, 10:01:04 »
А что если у меня полное совпадение по HVR1+HVR2 (в моем случае 19 таких совпаденцев), могу ли я использовать формулу Walsh'а?
Она мне дает какой-то результат: для вероятности 50% получается 16 поколений. Правильно ли это? Ведь такой же результат будет и для моей сестры. Или для сестры я должен рассматривать пороговую вероятность близкую к 0?

Не используйте "формулу Уолша", она бесполезна. Идите лучше сюда

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2694979/bin/mmc2.xls

полное совпадение по ГВС1+2 означает что до общего предка не более 10000 лет. При этом значительная часть совпаденцев имеет более молодого общего предка но без FGS это установить нельзя. 16 поколений будет не с 50% а буквально с единицами процентов.

Я не могу назвать большего вреда ДНК-генеалогии чем эта самая "формула Уолша".

Оффлайн chelmohotsky

  • Сообщений: 336
  • Страна: us
  • Рейтинг +51/-0
  • Y-ДНК: N1c1*
  • мтДНК: H27a
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #14 : 14 Февраль 2011, 19:17:33 »
А что если у меня полное совпадение по HVR1+HVR2 (в моем случае 19 таких совпаденцев), могу ли я использовать формулу Walsh'а?
Она мне дает какой-то результат: для вероятности 50% получается 16 поколений. Правильно ли это? Ведь такой же результат будет и для моей сестры. Или для сестры я должен рассматривать пороговую вероятность близкую к 0?

Не используйте "формулу Уолша", она бесполезна. Идите лучше сюда

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2694979/bin/mmc2.xls

полное совпадение по ГВС1+2 означает что до общего предка не более 10000 лет. При этом значительная часть совпаденцев имеет более молодого общего предка но без FGS это установить нельзя. 16 поколений будет не с 50% а буквально с единицами процентов.

Я не могу назвать большего вреда ДНК-генеалогии чем эта самая "формула Уолша".

Спасибо, Валерий. Попробую применить ваш метод вычисления. Думаю, что у меня будет много вопросов, поэтому может вам лучше сразу послать меня ;D на какой-нибудь сайт с инструкциями или дать ссылку на обсуждение на этом форуме.

Интересно, это что наука так вперед ушла с июля 2010, или просто у участников форума разные мнения на этот счет?

И еще вопрос. А для Y?67 STR формула тоже плоха или только для мито?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100