Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS

[Valery]

А я на коленке попытаюсь дать Вам арифметические прикидки, насколько та или иная версия представляется более правильной.

Пожалуйста. Облегчу малость Ваш труд. Точные цифры по дереву:

Всего 7280
Уникально 6116
Неевское разнообразие > 0.9999

[Mich Glitch]

А чего делать?

Если Вы используете метод попарных сравнений по формуле Уолша (алилуйя! - это не мифический персонаж, типа полтора Ивана, или чёрная рука  ), и если Вы получаете результаты в поколениях, то при переводе оценочных данных в годы, лучше использовать округлённых 30 лет на поколение.

[Mich Glitch]

Вот и взял Ваши 3000 без доверительной вероятности.

95%

Цифра запоздала. (А я ведь Вас сразу просил!)
Я использовал граничные доверительные вероятности.

[Valery]

Согласно моему древу (7300 FGS), от эпохи 10000 лет назад уцелело от 800 до 2000 линий.

Валерий, правильно ли я понял, что из 7300 полных сиквенсов в Вашей коллекции имеется 2000 отличающихся генотипов? Или же, если рассматривать маломутационные мотивы, - 800?

Это реконструированные предковые гаплотипы. 800-1800 это с учетом Сигмы (коли Вы так любите диапазоны), при среднем значении возрастта будет 1000 штук. Реально повторяю больше потому что с каждым апдейтом изолированные типы становятся новыми кластерами причем многие из них очень древние.

Вообще FGS это не случайная выборка, полному секвенированию обычно подвергают как можно более непохожие на вид ГВС. В ней разнообразие выше реального в научной выборке (ибо есть куча совпадающих типов ГВС с большей вероятностью и совпадающих полностью) но ниже разнообразия в жизни потому что база растет и количество древних кластеров в ней увеличивается. Вот когда научная выборка насытится гаплотипами то можно будет судить обо всем точно.

[Mich Glitch]

Разделил на 27 (поколенный интервал от Соренсона по женщинам).

Это 100 поколений. А в табличке 16 для 90%.

Ух, ты!
Наверно на калькуляторе у меня батарейка села. Потому как при 3000 / 27 он выдаёт 111.11...
Делю дальше на 5, получаю 22.22... (ничего, что округлил до 22?).
А если на 16 поделить, то получается 6.94.. (тоже взял наглость округлить до 7).

Отсюда и имеем:

Понятно. Доверительного интервала Вы не дали. Зная эту Вашу нелюбовь к вероятностно-статистическим методам, просто констатирую, что используемые Вами интервалы в 7-22 разa дальше общепринятой, или, как Вы её называете, коммерческой оценки.

[Mich Glitch]

Мне не очевидно что исходя из методы автора для 95% нужно 100.

Про 90 и 95 процентов рассуждать не будем.
Да и вообще, последующие рассуждения не для меня. Опыт подсказывает, что только время зря потеряем.
Остановимся на том, что одни безоговорочно разделяют Вашу точку зрения (Людмила, скажем).
Другие же (я, например) признавая наличие правоты по некоторым частностям в Ваших выкладках, в целом, считают более удобным использовать оценки, базирующиеся на работах Уолша.

[Mich Glitch]

А я на коленке попытаюсь дать Вам арифметические прикидки, насколько та или иная версия представляется более правильной.

Пожалуйста. Облегчу малость Ваш труд. Точные цифры по дереву:

Всего 7280
Уникально 6116
Неевское разнообразие > 0.9999

Спасибо Вам с плюсом за эти данные!
Я теперь возьму набольшой брейк, а потом предоставлю в студию свои считалочки.
Как про молодого лейтенанта в анекдоте:
Вчера вечером перечитывал Устав гарнизонной и караульной службы.
Много думал.
©

[Valery]

используемые Вами интервалы в 7-22 разa дальше общепринятой, или, как Вы её называете, коммерческой оценки

а я с этим и не спорил

и с этим тоже:

Понятно. Доверительного интервала Вы не дали. Зная эту Вашу нелюбовь к вероятностно-статистическим методам,

Другие же (я, например) признавая наличие правоты по некоторым частностям в Ваших выкладках, в целом, считают более удобным использовать оценки, базирующиеся на работах Уолша.

Михаил, меня устраивает единственно распространенный в научной среде подход. Он предельно прост, между прочим.

Дано два сиквенса. Пусть только ГВС.

1. Тыкаемся в древо FGSов. Находим MRCA.
2. Считаем его возраст Ро-Сигмой.

На выходе имеем TMRCA

При желании эту величину можно скорректировать по возрасту того же кластера полученного по древу ГВС. У меня под рукой база в 200000 ГВС, это не проблема.

Не хотите советов от человека с почти 10 летним опытом работы с мт? Не навязываю. Не нравится мой подход? Тем более.

У меня есть стойкое подозрение, что большинство ДНК-генеалогов совершенно неоправданно переносит интуитивное понимание STR-мутаций на мтднк. STR-гаплотипы достаточной длины по определению уникальны и характеризуют маленькие семейства которым 100-300 лет. Эти маркеры специально выбраны для данной цели - различать. мтДНК - очень маленькая молекула, в ней и выбирать то нечего: что имеем то имеем. По умолчанию ее гаплотипы - не уникальны, они характеризуют кланы потомков основательниц возрастом порядка 1000-1500 лет. Они вымирали быстрее чем мутировали

[Mich Glitch]

они характеризуют кланы потомков основательниц возрастом порядка 1000-1500 лет[/b].

Вот это мне представляется крайне нелогичным. В том смысле, что вижу непреодолимое противоречие в двух Ваших высказываниях.
С одной стороны, даже при идентичном полном митосиквенсе Вы делаете отсыл на 3000 лет.
С другой, рассуждаете о кланах с матриархами 1000-1500 лет тому назад.

И там и там речь идёт о средних цифрах. Не так ли?

Валерий, но не будем продолжать этот обмен мениями.
Ведь я не напрасно выделил более удобным в

считают более удобным использовать оценки, базирующиеся на работах Уолша.

.

Смотрите что получается. У Вас 10 лет опыта. Вы имеете уникальную базу. Вам задаю простой вопрос, и только после многих уточнений (не факт, что окончательных) получаем какие-то более-менее конкретные оценки.

Когда за 5 минут я даю свою оценку (тоже не с потолка взятую, и, как выясняется, не совсем уж противоречащую Вашим выкладкам), разве это не удобнее?

Так что миру-мир, бхай-бхай, дружба!


*** Как и обещал, чуть-чуть позже сделаю максимально непредвзятую и опосредственную оценку на основании любезно предоставленных Вами данных по полным митосиквенсам.

[Valery]

С другой, рассуждаете о кланах с матриархами 1000-1500 лет тому назад.

Возраст кластера из двух человек с максимум одной мутацией 3000/2 = 1500. Будет третий - думаете будет столько же? Нифига, будет 1000 лет А вот если появляется еще куча мутировавших подкластеров то возраст этих 2-3 идентичных (или почти идентичных) подскакивает до возраста всего большого кластера.

Неужели Михаил Вам до сих пор удобно рассуждать в терминах, которые не учитывают окружающие типы, ведь чтобы было 95% без знания топологии дерева то применение методы Уолша должно дать очень большое число поколений. Я предполагаю сейчас что его методом что-то подсчитывается исходя из корректных исходных данных, то есть нормальных эволюционных скоростей, подозреваю что он использовал какие-то некорректные исходные значения при в целом разумной методе.

Когда за 5 минут я даю свою оценку

в смысле - оценку Уолша?

разве это не удобнее?

Мы уже выяснили - дело вкуса. Если нет базы, то есть нет возможности оценить заранее сколь распространен тип - тогда можно пользоваться любой оценкой, но помнить что она будет слишком грубой. Она заведомо не может быть лучше чем TMRCA с использованием деревьев.

[Valery]

непреодолимое противоречие

Постоянно приходится переводить с одного языка на другой: все делим на два. 1 Ро между таксонами превращается в 1/2 Ро как возраст кластера.

[Mich Glitch]

Когда за 5 минут я даю свою оценку

в смысле - оценку Уолша?

Ну, не свою же личную.

Это Клёсов упростил её и ничтоже сумнящеся обозвал своим именем.
А потом Кубарев упростил Клёсова, и тоже своим именем опечатал.

[I2a1a]

Формула вот:

(20a)



n - длина гаплотипа, t - время либо число поколений за которое нет изменений, справа условие "без мисматчей", мю-крышка средняя скорость маркеров.

Лямбда = 1/Ne, Ne - наверное эффективный размер.

Ne- размер эффективной популяции, который может быть выражен через частоты аллелей, и прочие переменные.

Вот, например, вариант с частотами и дисперсией аллеля (p -частота аллеля, var -условная дисперсия аллеля)

[Valery]

Теперь пара слов про дело вкуса. Если этот самый вкус приводит к тому что люди начинают переписываться с FGS совпаденцами не подозревая что на самом деле таковых у них миллионы - значит что-то со вкусом не так. Что тому причиной? Просто банальная неопределенность из-за подмены точной и содержательной информации (популяционные частоты) совершенно бесполезной (формула Уолша).

Вот поэтому я утверждаю, что данная метода приносит вред: она дезориентирует человека. Вместо того чтобы направить его усилия на поиск ГВС-матчей в научной литературе, чтобы он оценил какое число современных людей могут иметь его ГВС, далее оценил по полным сиквенсам какая доля может иметь не только такой же ГВС но и FGS - вместо этого он начинает переписываться с заокеанскими совпаденцами по поводу событий 200-летней давности. Вы Михаил можете иметь какое угодно особое мнение, но так честно, если есть хотя бы один такой же FGS можно на все это смело забить. Вот лет через 10 уже - другое дело, так не скажешь, когда в базе будет под миллион FGSов. Но сейчас все кто попал в базу с частотой более 1 из 2 разных выборок - все, привет. Можете оспорить это - пожалуйста, я весь внимание

[Valery]

То есть в кланах потомков основательниц вы говорите не ВБОП до этих самых матриархах, а о возрастах кластеров, несмотря на прямо поставленный вопрос.

TMRCA (ВБОП) более редкий термин в литературе чем просто cluster age. Какие слова люди читают - теми и говорят