Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS

[Asmat headhunter]

Genetics, Vol. 158, 897-912, June 2001, Copyright © 2001

А это, за десяток лет ничего устареть не могло?! 

[I2a1a]

Нашел:


http://www.genetics.org/cgi/content/abstract/158/2/897

Опубликовано таки! Брюс Уолш - сотрудник FT, популяционный генетик, Вашингтонский юнивер.

Полная версия

http://www.genetics.org/cgi/content/full/158/2/897

В основе лежит байесовское постериорное распределение вероятностей и инфинитная модель мутаций.
 

[Valery]

Формула вот:

(20a)



n - длина гаплотипа, t - время либо число поколений за которое нет изменений, справа условие "без мисматчей", мю-крышка средняя скорость маркеров.

Лямбда = 1/Ne, Ne - наверное эффективный размер.

[mouglley]

Эукариоты, по-видимому, являются монофилетической группой, т.е. "успешное слияние" археобактерий с эубактериями в единый организм, давший начало всем эукариотам, произошло только однажды в истории Земли (Gupta, 1997). Анализ митохондриальных геномов также показал монофилетическое происхождение митохондрий всех современных эукариот (Литошенко, 2002).

Да нет, это вредные потомки той, выжившей эукариоты нагло замалчивают о всех остальных случаях, когда потомство не выжило.

[Centurion]

А то 19 совпаденцев по HVR1+HVR2. Как-то это подозрительно.
По ним у меня сотни совпаденцев.

Угу, о том и речь. У сына Сергея тоже сотни.

расслабьтесь, у меня только 1 совпадение, а есть у кого ни одного даже по гипервариабельному сегменту

[Людмила]

Да я тоже знаю такие примеры - мой муж - F- одно неполное совпадение по HVR1

[Valery]

В среднем в моей базе уникальных типов ГВС1 порядка 1/6. Сколько на самом деле никому не известно потому что последние серьезные работы по кривым насыщения были лет 10 назад. Я думаю, в мире до нескольких миллионов различных типов ГВС.

[Mich Glitch]

Mich Glitch
Вы слишком болезненно восприняли мое сообщение, хотя Вас я не обвиняла. Это научные дискуссии и мнения могут быть разные. Цитаты, правда, вы привели не те. Разговор шел здесь:
FTDNA matches
« Reply #50 : 22 Октября 2010, 20:35:39 »
По филогенетическому Древу, присланному координатором V1 c FTDNA  и из общения с Валерием, я поняла, что рассчет предложенный Вами конкретно для моих совпаденцев, неверен.

Ну, что ж был неправ. Погорячился. ©
Просто после того, как Вы отпустили колкости в мой адрес (хотя до этих шпилек я исправно отвечал на все Ваши вопросы и лично Вам ничего дурного не сделал), я стал настороженно относиться и к прочим Вашим сообщениям.
Выдаванием конкретных цифр по временам на форуме грешу в большинстве случаев только я (по мне лучше дать прикидочные цифры, чем просто пуститься в рассуждения); в том числе и по мито Вам чего-то писал, - вот и воспринял всё на свой счёт.

[Mich Glitch]

А разве эти два возраста не совпадают? Если бы у первой и последней дочери были разные шансы выжить, а выжив - выйти замуж, то два средних возраста действительно разошлись бы. Но демография по этому поводу молчит.

Вот именно - демография молчит по определению. Потому как в своих исходных данных использует только временные срезы.
У Соренсона же совсем другая парадигма: выверка ведётся по непрерывным во времени генеалогиям и только по предковым линиям. То есть вероятность изучения заглохших линиях равна точно 0%, а необходимость во всяких досужих рассуждениях о том, как разнятся шансы ребёнка, рождённого родителями в разном возрасте, оставить потомство, - просто отпадают.

Надеюсь, что и Вас в конце-концов убедил, что использовать клёсовских и иже с ним 25 лет на поколение - не совсем хорошо. Даже для женщин.
В принципе можно брать и 10 лет, и даже 5. Да вот только обзывать их поколениями - не годится.

[Asmat headhunter]

Надеюсь, что и Вас в конце-концов убедил, что использовать клёсовских и иже с ним 25 лет на поколение - не совсем хорошо. Даже для женщин.
В принципе можно брать и 10 лет, и даже 5. Да вот только обзывать их поколениями - не годится.

А чего делать?

[Mich Glitch]

просто констатирую, что используемые Вами интервалы в 7-22 разa дальше общепринятой, или, как Вы её называете, коммерческой оценки.

Михаил, я хоть одной ссылки дождусь? Кем общепринятых?

Валерий, да как же?
Я Вам и картинку дал.
Мы тут (за исключением некоторых приятных исключений из академической среды  ) генетические-генеалоги. Поэтому и ссылки даём не на источники по чистой биологии, или генетике, а всё по той же ДНК-генеалогии.
Или Вы хотите порассуждать на тему о том, насколько точка зрения ФТДНА является общепринятой для ДНК-генеалогии?
Ну, тут могу сказать только в стиле пикейных жилетов. Для меня ФТДНА - авторитет. И Соренсон - авторитет. Беру только их конечные умозаключения, так как обладая врождённым (  ) практицизмом, строго придерживаюсь сл. конформистской максимы надо кому-то верить на слово, иначе жизнь превращается в чертовски сложную штуку. ©

Вот и взял Ваши 3000 без доверительной вероятности. Разделил на 27 (поколенный интервал от Соренсона по женщинам). И сопоставил с табличкой от ФТДНА для разных доверительных интервалов:

[Mich Glitch]

Зачем? Какая коммерческая выгода от того, чтобы попытаться в каком-то новохронологическом ключе доказать, что все люди не просто братья, а с совсем недавними общими предками?!

FGS-бизнес захиреет.

Так он и так захиреет. Вернее в самое ближайше время будет просто составной частью полного генотиприрования. Весь геном за 15 минут к 2013 году, как Вам это? Ссылка на статью.

[Asmat headhunter]

Так он и так захиреет.

Речь вроде о том, что могут нарочно омолаживать общих предков, потому что предки допотопных времён могут распугать клиентов. А так прикольно: финн и кет - близнецы-братья, или типа того.

[Mich Glitch]

Согласно моему древу (7300 FGS), от эпохи 10000 лет назад уцелело от 800 до 2000 линий.

Валерий, правильно ли я понял, что из 7300 полных сиквенсов в Вашей коллекции имеется 2000 отличающихся генотипов? Или же, если рассматривать маломутационные мотивы, - 800?

Короче говоря, прошу Вас ответить, сколько имеется из всех 7300 гаплотипов различных (безмутационных) вариантов.
А я на коленке попытаюсь дать Вам арифметические прикидки, насколько та или иная версия представляется более правильной.

[Valery]

Вот и взял Ваши 3000 без доверительной вероятности.

95%

Разделил на 27 (поколенный интервал от Соренсона по женщинам).

Это 100 поколений. А в табличке 16 для 90%. Мне не очевидно что исходя из методы автора для 95% нужно 100. Но допустим так. Однако у них берется ГВС! Тогда надо брать не 3000 (FGS) а скажем 16000/2 = 8000. Будет около 250 поколений!

Вопрос к Вам, как к постоянному потребителю сей таблички - какие скорости на локус в основе Уолшевских расчетов? Для У-хромосомы наверное генеалогические. А для мтднк какие? Общепринятых генеалогических для нее просто нет, более того, 10 лет назад не было даже хорошо откалиброванных эволюционных скоростей для всего ГВС!!! Использовали калибровку для транзиций между 16090 и 16365. Вопрос: что, по заказу FTDNA провели какое-то секретное исследование о котором наука вообще была не в курсе? 

Это называется в народе развод лохов.