АвторТема: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS  (Прочитано 29332 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #45 : 15 Февраль 2011, 14:19:50 »
Это потомучто мито мутации очень медленные?

В порядке сумасшедшей гипотезы: нет ли тут связи с происхождением митохондрий? Пишут, что они могут быть бактериями-симбионтами, то есть вроде бы тогда mtDNA не имеет прямого отношения к нашему организму, в отличие от Y-DNA. ???
уже имеет... они в организме нас и наших предков уже сотни миллионов лет

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #46 : 15 Февраль 2011, 14:22:05 »
Теперь расмотрим Ваш вопрос в форме в которой он задан: TMRCA двух идентичных FGS. Если с 95% вероятностью 1 мутация обязательно вскакивает за 3000 лет то почти с такой же вероятностью TMRCA будет 1500 лет. Согласуется ли это с реальными данными дерева? Да, вполне. Вероятность что произвольно выбранные два листиковых таксона с моего глобального мт-дерева в 7300 сиквенсов различны составляет более 0.9999. Но при этом только 80% сиквенсов уникальны! Вот тут и лежит корень интуитивного непонимания почему иногда предок может быть очень древним (4000-5000 лет) а статистика говорит о том что в среднем это не так. По моим наблюдениям, в центрах звездных кластеров неолитического возраста лежит до 10% европейцев - это значит, что для этих людей никакой генеалогической ценности FGS не имеет точно. Центры кластеров - достаточно мелкие, но их много, столько же сколько самих звездочек, то есть под сотню. Примеров с форума могу привести два: Людмила (центр V1a, несколько полных совпаденцев) и сын Сергея Лутака (центр T1a1, около 20 полных совпаденцев). В действительности у них должны быть миллионы полных совпаденцев по Европе. Если же мы возьмем кластера с допущением одной мутации либо еще большее воличество мелких невыявленных кластеров, которые сейчас представлены только одним сиквенсом - будут еще миллионы и миллионы. В конце концов мы получим гистограмму в одном хвосте которой будут генеалогически идеальные случаи, в другом - генеалогически безнадежные.

Теперь о пара слов о насыщении совокупности FGS-гаплотипов. Для полного набора данных кривые еще никто не строил. В принципе, давно пора. Если кого-то из статистически продвинутых участникво интересует вопрос - могу предоставить данные любого вида. Я бы хотел знать результат. До выхода на плато еще наверное десятилетия, но интересно увидеть скорость роста базы.
« Последнее редактирование: 15 Февраль 2011, 15:16:02 от Valery »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #47 : 15 Февраль 2011, 14:39:27 »
Цитировать
просто констатирую, что используемые Вами интервалы в 7-22 разa дальше общепринятой, или, как Вы её называете, коммерческой оценки.

Михаил, я хоть одной ссылки дождусь? Кем общепринятых? Общепринятая оценка по ГВС1 - это 20000 лет. Форстер 1995, Сейлард 2001. Соарес 2009 наконец. Сейчас ГВС1 взяли в полную длину и учитывают там все субституции (раньше только транзиции), это будет 16000-18000 лет. Вместе весь контрольный регион тянет на около 10000 лет. Значит, берем половину 5000 лет, но имеем в виду что очень большой % совпаденцев (не 10% как при FGS а больше в разы) будут в центре звездочек. Поэтому я выбираю реальную цифру - интервал 5000-10000 лет для полных ГВС-совпаденцев.

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 14503
  • Страна: id
  • Рейтинг +939/-35
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #48 : 15 Февраль 2011, 14:50:59 »
Поэтому я выбираю реальную цифру - интервал 5000-10000 лет для полных ГВС-совпаденцев.

Митогрупп такого уровня должно быть тысячи...

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #49 : 15 Февраль 2011, 14:58:56 »
Цитировать
Зачем? Какая коммерческая выгода от того, чтобы попытаться в каком-то новохронологическом ключе доказать, что все люди не просто братья, а с совсем недавними общими предками?!

FGS-бизнес захиреет.



Цитировать
Если взять пересчитать все известные на сегодня полносиквенсные гаплотипы (сколько их? 10? 20 тысяч?); если из всех гаплотипов выделить одинаковые и похожие мотивы; если условно считать возраст митохондриальной Евы в 140 тысяч лет; если опять же условно полагать численность населения человечества в те времена где-то в 10 тысяч человек; и если считать, что полное совпадение гроссо модо обозначает общего предка 3000 лет назад, то количество существующих гаплотипов (с близкомутационными вариантами) значительно превысит существующее.

Да ну :) Три тысячи лет назад на Земле жило несколько десятков миллионов человек. 10000 лет назад - вроде как 5 млн пишут. Согласно моему древу (7300 FGS), от эпохи 10000 лет назад уцелело от 800 до 2000 линий. При этом дерево включает в себя только часть реального разнообразия, на нем просто масса изолированных линий, которые при добавлении данных превратятся в новые кластеры глубины не менее 10000 лет. Здесь бы неплохо построить кривые насыщения дерева линиями старше 10000 лет.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #50 : 15 Февраль 2011, 15:00:38 »
Поэтому я выбираю реальную цифру - интервал 5000-10000 лет для полных ГВС-совпаденцев.

Митогрупп такого уровня должно быть тысячи...


у меня на дереве при верхнем значении Сигмы - около 2000. Реально должно быть в разы больше, если не десятки раз. Михаил загнул сильно :)

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7105
  • Страна: hr
  • Рейтинг +434/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #51 : 15 Февраль 2011, 15:18:31 »
уже имеет... они в организме нас и наших предков уже сотни миллионов лет
А интересно, сколько приблизительно?

По Y более-менее понятно - с того момента, как у наших предков - прамлекопитающих пол появился - не менее 300 млн. лет, я думаю.

А мита когда внедрилась?
Ещё на уровне одноклеточных?

Оффлайн chelmohotsky

  • Сообщений: 336
  • Страна: us
  • Рейтинг +51/-0
  • Y-ДНК: N1c1*
  • мтДНК: H27a
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #52 : 15 Февраль 2011, 16:10:19 »
Ууу.. Сколько новой полезной информации! Надо почаще такие дискуссии провоцировать!  ;D

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1007
  • Рейтинг +151/-1
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #53 : 15 Февраль 2011, 16:22:19 »
А то 19 совпаденцев по HVR1+HVR2. Как-то это подозрительно.
По ним у меня сотни совпаденцев.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #54 : 15 Февраль 2011, 16:40:27 »
А то 19 совпаденцев по HVR1+HVR2. Как-то это подозрительно.
По ним у меня сотни совпаденцев.

Угу, о том и речь. У сына Сергея тоже сотни.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #55 : 15 Февраль 2011, 17:05:54 »
уже имеет... они в организме нас и наших предков уже сотни миллионов лет
А интересно, сколько приблизительно?

По Y более-менее понятно - с того момента, как у наших предков - прамлекопитающих пол появился - не менее 300 млн. лет, я думаю.

А мита когда внедрилась?
Ещё на уровне одноклеточных?


Давно это было, примерно 2,5-2,3 млрд. лет назад по датировкам эволюционных биологов.

http://macroevolution.narod.ru/eucar2.htm

Очевидец тех событий -князь В.В.Куберов-не даст соврать, что появление эукариот было приурочено к такому периоду истории биосферы, когда условия были особенно нестабильны и непредсказуемы; когда приспособительная стратегия прокариот (быстрое мутирование, горизонтальный обмен генами и отбор устойчивых клонов) оказалась слишком расточительной и недостаточно эффективной. Именно в такой ситуации большое преимущество могла получить принципиально более универсальная и экономичная адаптивная стратегия, основанная на развитии адекватной (целесообразной) модификационной изменчивости.

митохондрии происходят от симбиотических аэробных эубактерий (альфа-протеобактерий), пластиды – от симбиотических фотосинтезирующих эубактерий (цианобактерий) (Кузнецов, Лебкова, 2002). К сожалению, других твердо установленных фактов практически нет. Разногласия остаются по поводу природы клетки-хозяина, происхождения цитоплазмы и ядра. Большинство специалистов склоняется к тому, что клетка-хозяин принадлежала к археобактериям (Margulis, Bermudes, 1985; Vellai, Vida, 1999). Об этом свидетельствует большое сходство в структуре генома (в частности, его экзон-интронная организация) у археобактерий и эукариот, сходство механизмов репликации, репарации, транскрипции и трансляции, а также другие молекулярные данные (Cavalier-Smith, 2002; Slesarev et al., 1998).

При образовании симбиотического организма сформировался химерный (археобактериально – эубактериальный) геном, в котором многие метаболитические системы оказались сдублированными (Gupta, 1997). Избыточные элементы впоследствии редуцировались или меняли функцию (Martin, Schnarrenberger, 1997). В частности, из двух механизмов формирования мембран (у археобактерий основу мембран составляют эфиры изопреноидов, у эубактерий – эфиры жирных кислот) был "выбран" и сохранился только один – эубактериальный. Согласно одной из гипотез, образование ядерной мембраны могло стать побочным результатом экспрессии эубактериальных генов, ответственных за синтез мембран, в археобактериальном генетическом окружении (Martin, Russel, 2003). Существует и много других гипотез, вплоть до весьма экстравагантных, как, например, предположение о формировании клеточного ядра у археобактерии в результате вирусной инфекции (Takemura, 2001).

Серьезную проблему представляет отсутствие у прокариот явных аналогов такого неотъемлемого элемента эукариотической клетки, как цитоскелет, состоящий из микротрубочек (митотическое веретено, жгутики и др.), и связанной с ним способности к фагоцитозу. Привлекательна гипотеза о происхождении микротрубчатых цитоскелетных структур (в комплексе с ядерной мембраной) в результате симбиоза археобактерии с подвижной эубактерией. Хотя эта гипотеза не является общепризнаной, она продолжает развиваться и находит новых сторонников (Dolan et al., 2002). Предлагаются и другие гипотезы, например, о существовании в прошлом особой группы прокариот – "хроноцитов", не относившихся ни к бактериям, ни к археям; хроноциты имели цитоскелет и были способны к фагоцитозу; они заглатывали различных бактерий и архей и дали начало эукариотам (Hartman, Fedorov, 2002).

Эукариоты, по-видимому, являются монофилетической группой, т.е. "успешное слияние" археобактерий с эубактериями в единый организм, давший начало всем эукариотам, произошло только однажды в истории Земли (Gupta, 1997). Анализ митохондриальных геномов также показал монофилетическое происхождение митохондрий всех современных эукариот (Литошенко, 2002).

Симбиотическая природа эукариот заставила некоторых исследователей всерьез задуматься о том, что, возможно, явления симбиогенеза играют в эволюции гораздо большую роль, чем это принято считать; что возникновение эукариот, лишайников и рифостроящих кораллов с их зооксантеллами – отнюдь не курьезы и не исключения, а, возможно, просто наиболее очевидные проявления общего закона, который руководил и многими другими макроэволюционными событиями, пусть и не в столь явной форме (Margulis, Bermudes, 1985).
« Последнее редактирование: 15 Февраль 2011, 17:17:33 от I2a2a »

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #56 : 15 Февраль 2011, 17:20:57 »
Очевидец тех событий -князь В.В.Куберов-не даст соврать, что появление эукариот ...


 ;D ;D ;D

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #57 : 15 Февраль 2011, 17:36:03 »
Я,кстати,тоже нигде в литературе не встречал упоминаний о формуле Уолша.
Не знает этой формулы и Гугль.

Есть правда функции Уолша, а также преобразование Уолша-Адамара, являющееся частным случаем обобщённого преобразования Фурье.

Практическое применение они находят в радиотехнике.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #58 : 15 Февраль 2011, 17:42:23 »
Я,кстати,тоже нигде в литературе не встречал упоминаний о формуле Уолша.
Не знает этой формулы и Гугль.

Есть правда функции Уолша, а также преобразование Уолша-Адамара, являющееся частным случаем обобщённого преобразования Фурье.

Практическое применение они находят в радиотехнике.


Мне кажется, краем глаза я когда-то видел документ на сайте FT который вроде-был написан по заказу фирмы автором-биостатистиком, вполне возможно его фамилия Уолш. Не уверен. В научной литературе точно не было.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10107
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1380/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #59 : 15 Февраль 2011, 17:47:46 »
Нашел:


http://www.genetics.org/cgi/content/abstract/158/2/897

Опубликовано таки! Брюс Уолш - сотрудник FT, популяционный генетик, Вашингтонский юнивер.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.