АвторТема: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS  (Прочитано 21817 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5521
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #30 : 14 Февраль 2011, 21:51:17 »
Михаил, я желания убеждать не имею. Пусть кто хочет тот ищет родственников и переписывается с кузенами неолитической древности, кто не хочет тот не переписывается. Именно, хотите верьте хотите нет. Могу только повторить почему я отношусь к этому враждебно, и не только я. Я не видел ни одного успешного примера нахождения родственников исторического времени по мт, каковые имеются по У. Все известные мне митопримеры заключались просто в проверке что письменный родственник по этой линии и правда является таковым. Это раз. Далее, я знаю немало случаев когда FGS совпадают или отличаются на 1 замену, а пару индивидов - типа восточноевропеец vs бербер, финн vs кет. Это два. Вы можете считать что это казуистика, но следующий пункт увы оставляет мало надежды. В звездных кластерах размер неизменного ядра относительно периферии примерно такой же как в выборках по ГВС. Не намного меньше. Это убийственный факт. А ведь звездочки - это точки где был громадный прирост в неолите. Не в 19 века черт возьми а в неолите. Тот кто верит и надеется на лучшее - пусть верит, не буду убеждать. Это было три.

Наконец, покажите мне реальную опубликованную работу где этот самый "метод Уолша" изложен. У меня есть глубокое подозрение что такой просто не существует. Я работаю с мт много лет и никогда не слышал про этот метод ни от кого кроме клиентов фирмы FTDNA.

Охотно допускаю что там ошибка в пороге, на самом деле не 10% ну пусть 20%. Но черт возьми, какой смысл простому человеку знать что одна пятая пар аналогичных паре "он и его совпаденец" сходятся в пределах 1000 лет? Я лично хочу очень малую погрешность. Если кого-то устраивает огромная - пожалуйста, не читайте моих постов.
« Последнее редактирование: 14 Февраль 2011, 22:00:05 от Valery »

Оффлайн mouglley

  • ...
  • Сообщений: 7934
  • Страна: hr
  • Рейтинг +433/-7
  • Я знаю, что познаю всё.
    • Записки Маугли
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: J1c3
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #31 : 14 Февраль 2011, 21:57:35 »
Михаил, извините, что по простоте своей подставил вас. Ей богу не хотел.
А, никакой подставы и нет.
Всё решается разработанностью кластера, к которому примыкает гаплотип.

У вас - уже на уровне документальной генеалогии, у других - тысячи лет.

Но метод Михаила и в том и в другом случае даёт неплохие прикидочные данные.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5521
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #32 : 14 Февраль 2011, 22:03:57 »
В том, что большинство исследователей подгоняют свои работы под интересы довольно хилых в финансовом плане генетических публичных лабораторий - всё-таки верится в трудом.

Этой фразы не понял. Объясните пожалуйста. В моем посте речь шла об авторе некоего заказанного FTDNA исследования (на которое все ссылаются) vs все остальные работы.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32184
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2467/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #33 : 14 Февраль 2011, 22:07:24 »
Михаил, я желания убеждать не имею.
Валерий, когда говорили про убеждать, то это был камень в мой огород, а не в Ваш.

Вопрос я формулирую следующим образом:
Как можно оценить средний ВБОП для случая идентичного FGS?
На основе обработки отдельных кластеров могли бы Вы дать усреднённые данные (в поколениях) и какой-то (прикидочный хотя бы) доверительный интервал?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5521
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #34 : 14 Февраль 2011, 22:27:46 »
Вопрос я формулирую следующим образом:
Как можно оценить средний ВБОП для случая идентичного FGS?

3000 лет при условии исключения 16519 и всяких фиглей-миглей на трактах. Лучшая на сегодняшний день сцыла:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19500773


На основе обработки отдельных кластеров могли бы Вы дать усреднённые данные (в поколениях) и какой-то (прикидочный хотя бы) доверительный интервал?

В численном виде - не готов потому что это материал исследования сопоставимого с тем что выше по ссылке. Меня этот вопрос интересует мало - прежде всего потому что в скором времени (когда снизится стоимость) FGS вытеснит все прочие методы и можно будет дать новые еще более точные оценки. Но в камо направлении можно развернуть аргументацию, один из многих вариантов - пожалуйста, приведу как я это вижу.

Имеем набор европейских кластеров, звездных, каждый примерно по 0.1% европейцев. Внутри каждого считай идентичные FGS. В целом такой набор занимает порядка 10-15% пула, все прочие FGS меньшей частоты. Оцениваем примерно в каких пределах было количество женщин-основательниц каждого кластера 2000 лет назад, можно несколько вариантов и для каждого диапазона будет свой конечный результат. Выбираем скорость роста европейского населения за последние 2000 лет. И в итоге получаем гистограмму - какой % пар сходится в пределах скажем 500 лет, 1000, 1500, 2000. Даже на глаз видно что в кластере величиной 1000000 человек сейчас это плачевная вероятность. Скажем, вероятность 0.2 что произвольно выбранная пара сходится 500 лет назад меня уже не устраивает. Поэтому я самым надежным критерием считаю пару признаков: 1) малость кластера и 2) крайнюю узость географии. Да пусть хоть 5000 лет назад сходится в теории - главное чтобы область поиска была предельно узкой а не на пол-Европы.

Чтобы понять все эти соображения интуитивно нужен опыт вычисления частот митотипов по всему континенту. Если видишь что выходит миллион современных совпаденцев (достигается сравнением ГВС выборок которых много и FGS которых пока мало) - ну что еще? Мне просто смешно убеждать. Мне даже стыдно потому что я привык аргументировать только то что можно серьезно оспорить, где имеет смысл столкновение мнений.
« Последнее редактирование: 14 Февраль 2011, 22:34:33 от Valery »

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #35 : 15 Февраль 2011, 06:27:43 »
Скажите, Михаил, а какую длительность поколения вы используете в миторасчётах?
Я использую уточнённый (т.е. недавно изменённый в сторону уменьшения) медианный поколенный интервал от Соренсона в 27 лет.
Он, интервал, получен на основании обработки 212054 пар мать-ребёнок.
Применительно к России:
http://demoscope.ru/weekly/2003/0125/tema04.php
Цитировать
...на всем протяжении рассматриваемого периода (женские поколения 1841-1970 годов рождения).. средний возраст матери имел тенденцию к снижению с примерно 32 до 25 лет.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32184
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2467/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #36 : 15 Февраль 2011, 08:24:00 »
Вопрос я формулирую следующим образом:
Как можно оценить средний ВБОП для случая идентичного FGS?

3000 лет при условии исключения 16519 и всяких фиглей-миглей на трактах.
Понятно. Доверительного интервала Вы не дали. Зная эту Вашу нелюбовь к вероятностно-статистическим методам, :) просто констатирую, что используемые Вами интервалы в 7-22 разa дальше общепринятой, или, как Вы её называете, коммерческой оценки.
Приведу в качестве примера точку зрения от ФТДНА:



Мог бы привести аналогичные картинки и от Соренсона, Гентри, или Анцестри. Но надеюсь, что поверите на слово. Да и потом, всё равно это Вас не убедит, коль скоро Вы предполагаете наличие некого заговора лабораторных торгашей.

Зачем? Какая коммерческая выгода от того, чтобы попытаться в каком-то новохронологическом ключе доказать, что все люди не просто братья, а с совсем недавними общими предками?!

Когда Вы выразились в том духе, что данные оценки нанесли вред ДНК-генеалогии, то тоже непонятно - чем? Тем, что больше людей (пусть и с напрасными, пусть и с нереализованными надеждами) протестировались?
Говорите доказательств на реальных генеалогиях нет? А если всё загнать в палеолит и дальше, то возможны ли доказательство даже теоретически?

Всё это лирика.

Теперь поговорим о том, почему мне (чисто интуитивно) Ваши оценки для полного сиквенса кажутся слишком уж задвинутыми вглубь веков.

Повторю свою мысль.
Если взять пересчитать все известные на сегодня полносиквенсные гаплотипы (сколько их? 10? 20 тысяч?); если из всех гаплотипов выделить одинаковые и похожие мотивы; если условно считать возраст митохондриальной Евы в 140 тысяч лет; если опять же условно полагать численность населения человечества в те времена где-то в 10 тысяч человек; и если считать, что полное совпадение гроссо модо обозначает общего предка 3000 лет назад, то количество существующих гаплотипов (с близкомутационными вариантами) значительно превысит существующее.
Или рассуждая обратным образом, получим, что численность населения человечества сотню с лишним тысяч лет тому назад исчислялось не тысячами, но десятками и сотнями миллионов особей.

Можно было бы посчитать и показать на цифрах, но это полагаю пустой тратой времени, так как полностью разделяю Вашу точку зрения в том, что скоро полный сиквенс станет более доступным и единственным используемым анализом по мито.
Тогда светлые головы всё посчитают и на блюдечке с доказательствами принесут.
:)
Пока же это для генеалогии не очень полезное баловство.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32184
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2467/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #37 : 15 Февраль 2011, 08:28:03 »
Скажите, Михаил, а какую длительность поколения вы используете в миторасчётах?
Я использую уточнённый (т.е. недавно изменённый в сторону уменьшения) медианный поколенный интервал от Соренсона в 27 лет.
Он, интервал, получен на основании обработки 212054 пар мать-ребёнок.
Применительно к России:
http://demoscope.ru/weekly/2003/0125/tema04.php
Цитировать
...на всем протяжении рассматриваемого периода (женские поколения 1841-1970 годов рождения).. средний возраст матери имел тенденцию к снижению с примерно 32 до 25 лет.
Т.е. ещё больше чем 27 лет. Хотя на этом отрезке (до 1841 года) возможно наблюдался какой-то рост до исходных 32 лет.

*** Общая метода изложенная в статье не вполне подходит к генеалогии. Так как там говорится о неком среднем детородном возрасте вообще. Нас же интересует средний возраст материнства по фамильным линиям, которые дошли до наших дней.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32184
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2467/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #38 : 15 Февраль 2011, 08:47:38 »
Ну, и последнее, коснусь вот этого:
Несколько месяцев назад здесь меня уверяли, что это 0-15 поколений. Оказалось, 0-8000 лет.
Так как за уверяльщика держат меня.
Уже высказался в том духе, что от того, что примет кто-то или нет из неспециалистов-неофитов, ту точку зрения, которую я полагаю верной - мне как-то ни холодно ни жарко. Задали вопрос, я ответил.  К доводам же людей знающих - всегда прислушиваюсь.
Вот такими примерно словами я говорил (похоже это или нет на уверения пусть решит непредвзятая публика):

Что до скоростей мутаций, то после того, как я выяснил, что даже при полном совпадении ГВРов, даже по калькулятору, даже при самых оптимистичных сценариях ВБОП никак не ближе 550 лет, я к мито (за исключением полного сиквенса) как-то совсем охладел.
:)

Только учтите, что тест, делаемый Гентис (и вообще любой лабораторией) по HVR1+HVR2, даст Вам время до общего предка, в случае полного совпадения, где-то 550 лет.

Для более глубокого изучения именно материнской линии необходимо тестироваться либо у 23эндМи (тут без почты никак), либо делать полный мито-сиквенс у ФТДНА (тоже в Америчке).

Поиск совпаденцев по HVR1+HVR2 можно делать в открытых базах данных. Например тут (ссылка).

По полному сиквенсу совпаденцев Вам выдаст ФТДНА и Генбанк.

При тестировании у 23эндМи там же получите и совпаденцев.

Если поиск ограничен конретным, относительно небольшим, географическим ареалом, то вполне пойдёт и HVR1+HVR2.

По-моему смысла нет особого. Слишком далеко идёт отсыл. Даже полное совпадение по HVRI+HVRII, это в большинстве случаев лет 600 тому назад.
Что до полного сиквенса, то он у единиц. Да и потом скорости мутаций, в различных регионах различающиеся на порядки...

Так что будем Вадима просить по согаплогруппникам с FGS работать.
Тем более, что Мурка под мито заточена.

Иными словами, опять-таки УПСы - ?ber Alles.
То есть даже полное совпадение по мито-FGS - само по себе ничего не значит.

И везде так про мито: с кучей оговорок и без всякого намёка на безудержный оптимизм.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32184
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2467/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #39 : 15 Февраль 2011, 10:15:46 »
Закончу на положительно офф топ ноте.
Геном Квебек и Университет МакГилл заполучили светило генетики мировой величины Марка Латропа (Mark Lathrop).
Он занимался в парижском Центре изучения человеческого полиморфизма, а в Оксфордском университете создал институт изучения генетических причин болезней.
Под это дело (приезд Марка) выдали 30 миллионов долларов. Что радует, именно на Латропа с его болячками пойдёт всего 5 миллионов. Ну, а остальное достанется Геному Квебека, который совсем-совсем генеалогии не чужд.
Ну, а у меня там хорошие концы (также как и в МакГилле) и приятные обещания по моим геногеографическим штудиям.

Ну, вот, теперь закончив хвастаться, можно и поспать.  :-X

Оффлайн Людмила

  • Сообщений: 1049
  • Рейтинг +140/-1
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #40 : 15 Февраль 2011, 11:20:42 »
Mich Glitch
Вы слишком болезненно восприняли мое сообщение, хотя Вас я не обвиняла. Это научные дискуссии и мнения могут быть разные. Цитаты, правда, вы привели не те. Разговор шел здесь:
FTDNA matches
« Reply #50 : 22 Октября 2010, 20:35:39 »
По филогенетическому Древу, присланному координатором V1 c FTDNA  и из общения с Валерием, я поняла, что рассчет предложенный Вами конкретно для моих совпаденцев, неверен.

Оффлайн Clavis

  • Сообщений: 1546
  • Страна: ru
  • Рейтинг +102/-0
  • y+mito-search: RK448
    • Семёнов Михаил Юрьевич домашняя страничка
  • Y-ДНК: G2a2b2a1a1a2a (L1264+)
  • мтДНК: HV9, ранее известная как HV3a
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #41 : 15 Февраль 2011, 11:54:48 »
Т.е. ещё больше чем 27 лет. Хотя на этом отрезке (до 1841 года) возможно наблюдался какой-то рост до исходных 32 лет.
В среднем по этому периоду 28 лет. До 1841 года, действительно, должен наблюдаться некоторый рост, потому что из века в век продолжительность жизни женщин (и их мужей) росла, следовательно, средняя продолжительность детородного периода  возрастала, и средний возраст роженицы, соответственно, тоже.
*** Общая метода изложенная в статье не вполне подходит к генеалогии. Так как там говорится о неком среднем детородном возрасте вообще. Нас же интересует средний возраст материнства по фамильным линиям, которые дошли до наших дней.
А разве эти два возраста не совпадают? Если бы у первой и последней дочери были разные шансы выжить, а выжив - выйти замуж, то два средних возраста действительно разошлись бы. Но демография по этому поводу молчит. Под средним возрастом я, конечно же, понимаю средневзвешенный, то есть если найти центр тяжести фигуры, образованной кривой на рисунке и осью возраста, и спроецировать на ось возраста, то это и будет средний возраст материнства.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5521
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #42 : 15 Февраль 2011, 13:32:45 »
приятные обещания по моим геногеографическим штудиям.

ну вот видите как все хорошо - а Вы сердитесь :)

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5521
  • Страна: 00
  • Рейтинг +435/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #43 : 15 Февраль 2011, 13:49:49 »
Понятно. Доверительного интервала Вы не дали. Зная эту Вашу нелюбовь к вероятностно-статистическим методам, :) просто констатирую, что используемые Вами интервалы в 7-22 разa дальше общепринятой, или, как Вы её называете, коммерческой оценки.


Не дал. И объясню почему. Мои оценки возрастов состоят из двух частей: первая это Ро, вторая ее Сигма - кв. корень из грубой оценки дисперсии Ро сверху. Далее эти две величины умножаются на величину Ро в поколениях либо годах. При этом сам перевод Ро в годы также связан с неопределенностью выражаемой численно. Скажем, 1 мутация = пусть 15+-2 тыс лет. Вот эту поправку следует учесть при переводе Сигма в годы. Я этого намеренно не делаю. Но Сигму обычно привожу. Вы спросили чему равен TMCA при совпадающих FGS? Отвечаю: обратитесь к работам авторов оценивавших средний возраст одной мутации в молекуле полного размера. Лучшую ссылку я Вам дал. Выражение Ро в поколениях либо годах получено не мной. Оно разнится по статьям и зависит от калибровки. Я не желаю вмешиваться в расчеты за которые сам не отвечаю.

А вот если я считаю возраст конкретного кластера - то тогда я сообщу и Ро и Сигму, либо сам переведу это в годы указав какую оценку возраста одной мутации я использовал. Потому что Ро и Сигма - это моя часть работы, мой участок ответственности. При желании можете сами поправить Сигму исходя из дисперсии которая возникла при вычислении возраста одной мутации - и у Вас в руках будет статистически безупречный интервал. Не желаете править - доверьтесь моей Сигме, поскольку я использовал возраст 1 Ро с порогом 95% то и мой результат будет с 95%. Вопросы про величину поколения, возраст 1 Ро - повторяю, не ко мне. Мне до фени.



Цитировать
Зная эту Вашу нелюбовь к вероятностно-статистическим методам, :)

Совершенно правильное наблюдение. Не переношу истину в вероятностной форме. Тем не менее, работу свою делаю аккуратно: положено приводить оценки - привожу. Могу не оценивать - не делаю этого. Вы мне задали вопрос за пределами моей компетенции. Вот если бы Вы спросили: смотрите, вот деревце, надо определить TMRCA в годах. Вот тут бы я дал Вам Ро и Сигму ну и величину Ро в годах которой пользовался. А Вы сами уже можете выяснить в первоисточнике устраивает Вас такое значение или нет.
« Последнее редактирование: 15 Февраль 2011, 14:01:34 от Valery »

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 9798
  • Страна: id
  • Рейтинг +502/-33
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Расчёт времени жизни MRCA по результатам FGS
« Ответ #44 : 15 Февраль 2011, 14:11:38 »
Это потомучто мито мутации очень медленные?

В порядке сумасшедшей гипотезы: нет ли тут связи с происхождением митохондрий? Пишут, что они могут быть бактериями-симбионтами, то есть вроде бы тогда mtDNA не имеет прямого отношения к нашему организму, в отличие от Y-DNA. ???

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100