Вышла статья, из которой можно сделать четкий вывод, что универсальной формулы для расчета генеалогической дистанции по аутосомам не может быть.
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0034267Abstract Top
Although a few hundred single nucleotide polymorphisms (SNPs) suffice to infer close familial relationships, high density genome-wide SNP data make possible the inference of more distant relationships such as 2nd to 9th cousinships. In order to characterize the relationship between genetic similarity and degree of kinship given a timeframe of 100–300 years, we analyzed the sharing of DNA inferred to be identical by descent (IBD) in a subset of individuals from the 23andMe customer database (n = 22,757) and from the Human Genome Diversity Panel (HGDP-CEPH, n = 952). With data from 121 populations, we show that the average amount of DNA shared IBD in most ethnolinguistically-defined populations, for example Native American groups, Finns and Ashkenazi Jews, differs from continentally-defined populations by several orders of magnitude. Via extensive pedigree-based simulations, we determined bounds for predicted degrees of relationship given the amount of genomic IBD sharing in both endogamous and ‘unrelated’ population samples. Using these bounds as a guide, we detected tens of thousands of 2nd to 9th degree cousin pairs within a heterogenous set of 5,000 Europeans. The ubiquity of distant relatives, detected via IBD segments, in both ethnolinguistic populations and in large ‘unrelated’ populations samples has important implications for genetic genealogy, forensics and genotype/phenotype mapping studies.
Меня заинтересовали данные по якутам. По аутосомам якуты - в среднем троюродные кузены (3d degree of cousinship), т.е. четвероюродные братья и сестры. В генетическом смысле все якуты - достаточно близкие родственники. Но генеалогически это, конечно же, не так. Авторы объясняют этот феномен наличием эффекта основателя около 1000 лет назад с последующей изоляцией предков якутов.
Получается, что для популяций, продолжительное время существовавших изолированно, смешивавшихся только друг с другом, затруднительно вычислить генеалогическую степень родства. Чем меньше популяция, тем выше степень генетического сходства:
Surui, n=8 : IBDhalf = 1870.5, общая численность популяции 320 чел. (Бразилия, Амазония)
Karitiana, n=14 : IBDhalf = 1229.5, общая численность популяции 1170 чел. (Бразилия, Амазония)
Kalash, n=23 : IBDhalf = 260.0, общая численность популяции 6000 чел. (Пакистан)
Mbuti Pygmies, n=13 : IBDhalf = 73.5, общая численность популяции 30000-50000 чел. (Центральная Африка)
Biaka Pygmies, n=21 : IBDhalf = 73.2, общая численность популяции ок. 30000 чел. (Центральная Африка)
Якуты, n=25 : IBDhalf = 85.4, общая численность популяции 500000 чел. (!)
Ashkenazi, n=845 : IBDhalf = 23.0, общая численность популяции 6 млн.чел. (США)
Для сравнения:
Mongolian, n=10 : IBDhalf = 1.0
Russia, n=161 : IBDhalf = 0.8
Han Chinese, n=44 : IBDhalf = 0.3
United States of America, n=9804 : IBDhalf = 0.1