АвторТема: Формула расчета генеалогической дистанции по локусам аутосомных хромосом  (Прочитано 10274 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19289
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1353/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
В свою очередь могу предоставить свои данные из 23иЯ + данные отца, родного дядьки моей матери и троюродного брата моей матери, ну и всю инфу по УПСам с кузенами.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Уважаемый Вадим, что порекомендуете прочитать из литературы?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Уважаемый Вадим, что порекомендуете прочитать из литературы?

В первую очередь, работы Монтгомери Слаткина.
http://ib.berkeley.edu/labs/slatkin/monty/monty.html

Это самое близкое к нашей теме.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Пересчетал по новой методике с использованием данных SPsmart (http://spsmart.cesga.es/).
Получилось что-то около 14+-2 поколения.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1340
  • Страна: il
  • Рейтинг +331/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Вадим, есть ли какие-нибудь идеи по этому поводу? Шестиюродный брат не оределяется упсометром.
"I have a paper trail 5th cousin that I don't have a match with at 23and me."

УПСы > 2 сМ, >100 снипов

NPE?..

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Вадим, есть ли какие-нибудь идеи по этому поводу? Шестиюродный брат не оределяется упсометром.
"I have a paper trail 5th cousin that I don't have a match with at 23and me."

УПСы > 2 сМ, >100 снипов

NPE?..

Больше ста снипов или ста HIR?  Очень странная ситуация, если совпадает столько мелких фрагментов. Правда они и мелкие, эти фргаменты - от 4 до 2 сентиморганов, а это уже посередине между генеалогическими "кузенами" и общепопуляционной схожестью.

У 6-ых кузенов, если и есть совпадение, то оно явно должно быть больше 2 и даже 5сM.
Предлагаю три варианта:
1)A и B -не  являются родственниками из-за NPE
2)A и B -не являются  родственниками в 6 колене, так как генеалогия неверна.
3)A и B -родственники, но за 6 поколений рекомбинация основательно перемешала  первоначально идентичные участки. Но мне кажется, это маловероятно.
« Последнее редактирование: 19 Август 2010, 19:33:34 от Vadim Verenich »

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1340
  • Страна: il
  • Рейтинг +331/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Вадим, есть ли какие-нибудь идеи по этому поводу? Шестиюродный брат не оределяется упсометром.
"I have a paper trail 5th cousin that I don't have a match with at 23and me."

УПСы > 2 сМ, >100 снипов

NPE?..

Больше ста снипов или ста HIR?
  Больше ста снипов + больше 2cM в упсе.
Цитировать
Очень странная ситуация, если совпадает столько мелких фрагментов. Правда они и мелкие, эти фргаменты - от 4 до 2 сентиморганов, а это уже посередине между генеалогическими "кузенами" и общепопуляционной схожестью.

У 6-ых кузенов, если и есть совпадение, то оно явно должно быть больше 2 и даже 5сM.
Предлагаю три варианта:
1)A и B -не  являются родственниками из-за NPE
2)A и B -не являюся  родственниками в 6 колене, так как генеалогия неверно
3)A и B -родственники, но за 6 поколений рекомбинация основательно перемешала  первоначально идентичные участки. Но мне кажется, это маловероятно.
Согласен.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2071
  • Рейтинг +523/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b4
Вышла статья, из которой можно сделать четкий вывод, что универсальной формулы для расчета генеалогической дистанции по аутосомам не может быть.

 http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0034267

Abstract Top
Although a few hundred single nucleotide polymorphisms (SNPs) suffice to infer close familial relationships, high density genome-wide SNP data make possible the inference of more distant relationships such as 2nd to 9th cousinships. In order to characterize the relationship between genetic similarity and degree of kinship given a timeframe of 100–300 years, we analyzed the sharing of DNA inferred to be identical by descent (IBD) in a subset of individuals from the 23andMe customer database (n = 22,757) and from the Human Genome Diversity Panel (HGDP-CEPH, n = 952). With data from 121 populations, we show that the average amount of DNA shared IBD in most ethnolinguistically-defined populations, for example Native American groups, Finns and Ashkenazi Jews, differs from continentally-defined populations by several orders of magnitude. Via extensive pedigree-based simulations, we determined bounds for predicted degrees of relationship given the amount of genomic IBD sharing in both endogamous and ‘unrelated’ population samples. Using these bounds as a guide, we detected tens of thousands of 2nd to 9th degree cousin pairs within a heterogenous set of 5,000 Europeans. The ubiquity of distant relatives, detected via IBD segments, in both ethnolinguistic populations and in large ‘unrelated’ populations samples has important implications for genetic genealogy, forensics and genotype/phenotype mapping studies.

Меня заинтересовали данные по якутам. По аутосомам якуты - в среднем троюродные кузены (3d degree of cousinship), т.е. четвероюродные братья и сестры. В генетическом смысле все якуты - достаточно близкие родственники. Но генеалогически это, конечно же, не так. Авторы объясняют этот феномен наличием эффекта основателя около 1000 лет назад с последующей изоляцией предков якутов.

Получается, что для популяций, продолжительное время существовавших изолированно, смешивавшихся только друг с другом, затруднительно вычислить генеалогическую степень родства. Чем меньше популяция, тем выше степень генетического сходства:
Surui, n=8 :       IBDhalf = 1870.5, общая численность популяции 320 чел. (Бразилия, Амазония)
Karitiana, n=14 :       IBDhalf = 1229.5, общая численность популяции 1170 чел. (Бразилия, Амазония)
Kalash, n=23 :       IBDhalf = 260.0, общая численность популяции 6000 чел. (Пакистан)
Mbuti Pygmies, n=13 :       IBDhalf = 73.5, общая численность популяции 30000-50000 чел. (Центральная Африка)
Biaka Pygmies, n=21 :       IBDhalf = 73.2, общая численность популяции ок. 30000 чел. (Центральная Африка)
Якуты, n=25 :       IBDhalf = 85.4, общая численность популяции 500000 чел. (!)
Ashkenazi, n=845 :       IBDhalf = 23.0, общая численность популяции 6 млн.чел. (США)

Для сравнения:
Mongolian, n=10 :       IBDhalf = 1.0
Russia, n=161 :       IBDhalf = 0.8
Han Chinese, n=44 :       IBDhalf = 0.3
United States of America, n=9804 :       IBDhalf = 0.1

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6010
  • Страна: ru
  • Рейтинг +947/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q1b1a
  • мтДНК: J1c2
Если мне не изменяет память, то ФТДНА для анализа степени родства ашкеназов использует какой-то отдельный алгоритм, учитывающий этот нюанс.

Оффлайн dmpir

  • Данков
  • Сообщений: 673
  • Страна: ru
  • Рейтинг +88/-3
  • R1a1(BY32008)
  • Y-ДНК: R1a1a1g (M458>CTS11962>L1029> FGC66323>YP6048>BY32008)
  • мтДНК: HV9A
Давно не писали, но вдруг будет интересно.
Протестировал своего однофамильного кузена в FF. По документальной генеалогии он десятиюродный брат моего деда.
 Сходимся к родоначальнику по мужской ветке, жившему в середине 17 века.

shared centimorgans - 58; longest block - 14.
Для сравнения, с родным дядей (брат матери) у меня: 1950/112

Не погружался пока глубоко в аутосомную тему. Считаю, что на имеющихся выборках их значение для практической генеалогии крайне низко. И пока, видимо, останусь при этом же мнении.
Кузена ftna обозначает  как 3-5 кузен. Но документально достоверно 10-12 юродный. Не исключено, конечно, что общий сегмент у нас не от родоначальника, а еще от каких-то пересечений, более поздних (жили же предки в пределах одного города), и мы можем кроме 10-12тиюродных кузенов оказаться и более близкими кузенами. Но это нереально проверить.

Если принять, что все же 58/14 это 10тиюродность, то FF явно приближает сроки, когда рассчитывает степени родства.


Оффлайн Oxon

  • Сообщений: 388
  • Страна: gb
  • Рейтинг +58/-0

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100