Определение времени до общего Предка (TMRCA)

[Mich Glitch]

Далее, поддерживаю предложение Дениса: создайте подраздел по расчетам TMRCA и объясните убогим, в чём заключается лично Ваш теоретический и практический вклад.
В чём отличие и новизна используемых Вами методов.
И что Вы разработали сами.

Пока я, увы, в области теоретической не вижу никакой Вашей глубины и неповторимости мысли.

Если отбросить просветительство, где фигуре равной Вам нет и не было на российских просторах, то всё остальное выглядит хиленько. А в последнее время немножечко даже бредово и комично.

[aklyosov]

Уважаемый Денис, Вы для начала с M-G разберитесь, что Вам здесь надо, и что не надо. С такими друзьями Вашему сайту и врагов ни к чему. Или Вы всерьез думаете, что я буду заниматься просветительством в такой ситуации?

     

[Mich Glitch]

Уважаемый Денис, Вы для начала с M-G разберитесь, что Вам здесь надо, и что не надо. С такими друзьями Вашему сайту и врагов ни к чему. Или Вы всерьез думаете, что я буду заниматься просветительством в такой ситуации?

Агиток, Анатолий, тут точно не надо. Народ уже проникся.
Чего-нибудь посерьезнее хотелось бы. Если есть. Но это вряд ли. Вы ведь всего навсего компилятор. Начетчик.

Тогда валяйте наоборот что-нибудь повеселее. Чтобы постебаться. Чудинки какой-нибудь подкиньте.
Про африку там. Про ариев. Или, про русских заполярья. Что там у Вас еще в загашниках?

[Mich Glitch]

Многие, увлекшись историческими реконструкциями, как-то подзабыли, что скорость мутаций и поколенный интервал являются исходными данными при расчете TMRCA.
Анатолий Клесов, так тот вообще называет калибровкой выверку скоростей мутаций на основании своих невыверенных расчетов.
Но подобный аллогизм - это его конек.
Рассыпая в своих, как теперь выяснилось шутошных Десяти заповедях ДНК-генеалогии одну ерунду за другой, типа 1. Да не будет у тебя генов важнее нерекомбинантных фрагментов ДНК, или постоянно им же самим нарушаемое 5. Не делай неправильных расчетов, исходя из мутаций в гаплотипах (оказывается АК уже заранее знает, что правильно, а что нет!), помимо прочего, Анатолий выдает: 8. Не рассчитывай времена до общих предков только для пары гаплотипов, чти статистику. По поводу второй части, напоминающей по своей глубине мойте руки перед едой, - никаких возражений нет. А вот то, что абсолютно все свои расчеты он строит базируясь именно на попарных сравнениях, ему как-то в голову не идёт. Что-то лопочет про причёсывание. Про программу, которую ему написали студенты. Переходит на личности. В общем его обычное ля-ля.
То что вероятность уже учитывает случаи для любых двух гаплотипов ему тоже как-то не очень понятно. Вероятность - это не скорости реакций - с ней Клесов вообще не дружит.

Ну, да пусть его.

Напомню простые, базовые вещи:
1) Скорость мутаций - величина исходная.
2) Процесс получения скоростей мутаций на основании тестирования групп с выверенным родословием, или обработок пар отец-сын, называется калибровкой.
3) Поколенный интервал - величина исходная.
4) Размеры поколенного интервала получают на основании либо демографических данных (менее точный современный срез), либо по результатам архивных исследовний (наиболее точны те выкладки, что учитывают только уцелевшие, дошедшие до наших дней фамильные ветви).
5) В качестве допущения предполагается, что на временных интервалах охватываемых исторической реконструкцией средняя скорость мутаций и средний поколенный интервал остаются неизменными.

[Mich Glitch]

Перенес нашу вялую с АК перебранку сюда (ссылка).
Собственно не для того, чтобы его переубедить (понятно, что человека в совершенстве освоившего несколько простых последовательных арифметических операций и возомнившим себя от этого гуру, - не переделаешь).
А только лишь для того, чтобы многие смогли выйти из под чугунной клесовской тени. Иными словами, из периода стагнации мысли.

[Grigoriev]

Уважаемый Денис, Вы для начала с M-G разберитесь, что Вам здесь надо, и что не надо. С такими друзьями Вашему сайту и врагов ни к чему. Или Вы всерьез думаете, что я буду заниматься просветительством в такой ситуации?   

Анатолий, я совершенно искренне вас прошу это сделать, т.к. считаю это будет полезно многим. Тема почти персональная - кто захочет - будет участвовать, а нет - никто не заставляет. У нас есть схожие по идее темы для некоторых участников. И как раз в данной ситуации, мне кажется это уместно и своевременно.
За многих не отвечу, но лично я - с удовольствием прочту ваши последние (не разнесенные по всему форуму) изыскания. Это удобно даже в том плане, чтобы собрать во едино наколенный и переработанный, адаптированный к новым данным, материал по вопросу.
Конечно вам решать, но я предложил это искренне.

[aklyosov]

Уважаемый Денис, я прекрасно знаю, что это будет полезно многим. Мою статью по методам расчета приняли в Human Genetics через 6 дней после подачи.  Те, кто публикуется, прекрасно знают, что это означает. Но, к искреннему сожалению, в нынешней здешней обстановке мои лекции здесь просто невозможны, и Вы это понимаете. Так что подождем до лучших времен.

 

[Mich Glitch]

Уважаемый Денис, я прекрасно знаю, что это будет полезно многим. Мою статью по методам расчета приняли в Human Genetics через 6 дней после подачи.  Те, кто публикуется, прекрасно знают, что это означает. Но, к искреннему сожалению, в нынешней здешней обстановке мои лекции здесь просто невозможны, и Вы это понимаете. Так что подождем до лучших времен.

Понятно.
Трусливо ушел от разоблачения. Типа, тут Киса понял, что его будут бить. ©
Повторяю по слогам и открытым текстом: нет метода Клесова для расчета TMRCA. И никогда не было.
Все просто, от того что скажем Клесов тысячу раз использует второй закон Ньютона, тот не станет законом Клесова.
То есть, всё что у Анатолия есть дельного - придумано не им. Только шелуха и глупости - собственного засола.
Ещё раз предлагаю, перебирайтесь сюда и я все по пунктам докажу. Вдруг Вы на самом деле не тщеславный эпигон, а искренне заблуждаетесь.

Хотя вряд ли.

Хорошо. Попробую Вас завлечь другим способом. Коль скоро есть метод Клесова, то Вам, пристрастному критику, которого никто не заподозрит в симпатиях ко мне, я первому прилюдно открою Метод расчета TMRCA Темоша.

И опять-таки уверен, что АК перчатки не подымет. Не примет вызова. Кишка тонка. Уползет на родство в кругу простодушных почитателей огрызаться. Или будет про свои мнимые заслуги фантазировать.

[Mich Glitch]

Пригласил АК поучаствовать в дискуссии.
Берусь доказать очевидное: нет никакого метода Клесова для расчета TMRCA. Тот метод, что он называет своим - придумали совсем другие люди. То есть речь идёт о попытке кражи интеллектуальной собственности.
Ну, а абсурдность того, что выдумал сам академик, берусь доказать.

Подожду немного. Но размахивать кулаками в пустоту не собираюсь. На бой с тенью у меня времени нет.

Неявка Клесова на эту площадку засчитывается ему за поражение. Признание в собственной полной несостоятельности.

[Mich Glitch]

Предлагаю свой собственный метод расчета TMRCA.
Для начала исходный набор аксиом и вводных предпосылок:
1) Считаю скорость мутаций и размеры поколенного интервала величинами исходными.
2) В качестве допущения принимаю неизменность средней скорости мутации и средних размеров поколенного интервала на исследуемом временном отрезке.
3) Абстрагируюсь от оценки равномерности выборки.
4) Отдаю предпочтение расчетам по длиным гаплотипам и на генетических дистанциях, не превышающих половину гаплотипа. (Пример, для 67 маркеров наибольшая попарная генетическая дистанция в выборке не превышает 34.)
5) Не увязываю вопросы расчета TMRCA с топологией. Этот пункт самый спорный, поэтому объяснюсь сразу. Мне понятно, что два гаплотипа с небольшой генетической разницей могут принадлежать к разным предковым ветвям. (Хотя покажите мне примеры гаплотипов с генетической разницей в 2-3 одношаговых мутаций для 67 маркерных гаплотипов, показывающие разные субклады по снипам. Да хотя бы и без субкладных снипов, просто картинки по реальным многомаркерным гаплотипам, чтобы дистанция была маленькая, а предок далеко.) Но это я отношу в область составления выборки. То есть никто не мешает провести ряд последовательных предварительных построений и разделить ветви. Положим, я и работаю именно с такими ветвями. На самом же деле, мой метод просто предполагает вероятностную оценку даже для косых выборок.

Итак собственно метод.
Он прозрачен  и прост как колумбово яйцо.
1°. Для расчета используем попарные генетические дистанции.
2°. Из всего множества генетических дистанций выделяем медианную генетическую дистанцию. То есть такое значение для которого вероятность подмножества меньших дистанций и вероятность подмножества больших дистанций составляют по 50%. В случае, если выборка небольшая, или же со значительным перекосом, вместо медианной генетической дистанции можно взять округленную среднюю.
3°. Исходя из принятых скоростей мутаций и поколенного интервала, а также доверительного интервала (этот вопрос я разовью позже; пока же скажу, что на больших глубинах я склонен использовать доверительный вероятностный интервал 0.9), по методу Уолша производим расчет TMRCA. Исходная величина матчей при этом равна длине гаплотипа минус медианную генетическую дистанцию.

Как вы, наверно догадались, на генеалогических дистанциях метод работает прекрасно. Собственно чего ему не работать, ведь если отбросить моё абстрагирование от топологии и использование медианной генетической разницы, то по сути это метод Уолша и есть (того, что Клесов пытается потырить).
Что до гаданий на больших глубинах, то давайте мне выборки со своими расчетами. Небольшие только - считаю я вручную, а времени лишнего нет. Впрочем на написание алгоритма для скрипта - найдётся. А я вам предоставлю свои.

***Последнее. В отличии от Клесова, я совершенно не напираю на эпохальную значимость своего метода. По сути речь идет о небольшой производственной рационализации.

[shekhol]

Да, я лично склоняюсь все больше именно к такому методу определения общего предка.
К тому же сам расчет можно совершенствовать далее после проведения анализа на множестве реальных генеологических деревьях нашего региона, учитывая различные факторы.
Также в перспективе мне видится можно получить меньшую неопределенность диапазона времени до общего предка и бОльшую точность, задавая конкретные известные параметры своего ген. дерева, а не среднестатистические.

[Alexander]

давайте мне выборки со своими расчетами. Небольшие только - считаю я вручную, а времени лишнего нет. Впрочем на написание алгоритма для скрипта - найдётся.

Уважаемый М.Темош. Если Вас не слишком напряжёт, прикиньте время до предка для семёрки 17-маркерных гаплотипов однофамильцев Киреевых R1a1 (прикреплены-правильно второе). Я пытался с помощью ув. Центуриона строить дендрограмму по его методу (надеюсь, успешно)). Y-DNA Comparison Tables тут вложена. Рассчитывал время по таблице Адамова-Клёсова, получил 135-156 поколений X 25 лет = 3375-3900 лет до предка всей семёрки.

[Mich Glitch]

Уважаемый М.Темош. Если Вас не слишком напряжёт, прикиньте время до предка для семёрки 17-маркерных гаплотипов однофамильцев Киреевых R1a1 (прикреплены). Я пытался с помощью ув. Центуриона строить дендрограмму по его методу (надеюсь, успешно)). Y-DNA Comparison Tables тут вложена. Рассчитывал время по таблице Адамова-Клёсова, получил 135-156 поколений X 25 лет = 3375-3900 лет до предка всей семёрки.

Извиняюсь, что как-то вот так взял, и стал свою фамилию не очень скромно склонять.  (Это я про название метода, вынесенного в заголовок.)
Вроде как уподобился академикам, развлекающимися то с подбрасываниями монетки, то с попыткой выдать чужое за свое.
Ну, да ладно. Скромность свою для приличия показал.
Переходим к делу.

Речь, как всегда в моих инструкциях идёт о пошаговом руководстве к действию. Никаких недомолвок. Ссылок на архисложные действия, которому простому обывателю не понять. И туманных намеков на какие-то супер-пупер потаенные знания и программы. Короче говоря, без всякой клесовщины. Без ля-ля.

1. Берем набор гаплотипов и вставляем в утилиту (ссылка).
Для нашего первого расчета (возможно он будет и последний) используем оптимистичный сценарий. То есть я делаю так, считаю по оптимистичному сценарию. Далее если TMRCA кажется близкой, делаю пересчет по двум последовательно ужесточаемым сценариям. Если же дистанция велика и на первом проходе, то не утруждаю себя перерасчетом.
Отмеченные галочки показаны на рисунке.
Что использую?
а) Постоянную скорость мутаций. Не надо заморачиваться с расстановкой значений по отдельным маркерам. Да и речь идёт ведь о средней величине. Итак кликнули на Constant (в окошке Mutation Rate) и оставили неизменным значение 0.0024. Это значение близко к используемому мною на 25 маркерах 0.0023.
б) Вероятность оставили 50%. Почему? Речь идёт о выборке людей с совпадающим именным и географическим фактором. Именной фактор перестает быть определяющим на предполагаемых глубинах больше 300-500 лет (крестьяне - столбовые дворяне, в российских условиях). Но он с определенностью указуют на этнообщность. Усиливает географический фактор.
в) Убираем галочку с Создать модальный гаплотип - Create modal haplotype (в окошке General Setup). Всё что нам нужно получить, это таблицу генетических дистанций. Мы не собираемся ничего строить. Поэтому дополнительный синтетический гаплотип нам ни к чему.

Продолжение следует...

[Mich Glitch]

Галотипы введены. Жмём на кнопку выполнить Execute.
Скрипт вопит об ошибочных значениях. Жмём ОК.
Дело в том, что предполагается, что маркеры у нас расставлены в том, или ином порядке.
При одинаковой скорости мутаций по всем маркерам - это совершенно не важно. Достаточно того, чтобы совпадали порядки маркеров во всех гаплотипах.
Из всего многообразия табличек, нас интересут только таблица генетических дистанций.

Продолжение следует...

[Alexander]

Галотипы введены. Жмём на кнопку выполнить Execute

Что-то не так, у меня разность SF5955 и SX8127 всего 2 ген. ед., а у вас = 3? Это я, ошибся в прикреплении в последнем локусе SF5955 = 23, а не 13, в результате утилиты - верное значение.