Определение времени до общего Предка (TMRCA)

[Mich Glitch]

И в чем "умность" мысли?

В том что если у предка было больше детей, то соответственно и больше разных генотипов?

Свежо.

А то, что как это учитывается в формуле расчета общего предка? 
При одном и том же временном расстоянии до предков, у потомков одного могут быть различия всего в 2-х локусах, а у другого - многодетного, скажем, четыре.

?!
 
Нельзя ли пояснить?
Это как?
Пока я знаю более-менее сносный способ попарного исчисления TMRCA. А масштабные сеточки на филогенетических деревах рисуются исходя из него.
Мы ведь не про топологию сейчас говорим, правда?

Тема про TMRCA. Речь про TMRCA. Многодетный ли предок, или нет, на расчет времени до него у двух его потомков это никак не влияет.

Или Вы пытаетесь донести мысль о том, что если у одного предка было больше потомков, то для данного фамильного рода скорость мутаций можно откалибровать с большей точностью?

[shekhol]

Centurion,
а нельзя ли обьяснить природу мутаций, ее причину, что известно об этом?
Какие факторы влияют в большей степени и вообще какие они?

[Mich Glitch]

То есть под родом понимается фамильная линия? Нормальная. Генеалогическая. Длиной в 200-300 лет (95% населения России). Если очень повезет, то и в 400-500 (дворянские роды). Максимум 600-700 (некоторые боярские роды). Все остальное (на глубину до 800-1400 лет тому назад) уже большей частью из области мифологии и в Российских условиях просто не существует.

Да я сейчас рассматриваю исключительно фамильную линию, древнюю. Будем считать, что повезло, у меня дерево построено почти на 400 лет.

Мы не про дерево говорим.

А про фамильную линию в том смысле, что уже 400 лет тому назад человек был записан, скажем, Иван Семенов Косых. Это Косых, как фамилия, пусть в форме Косачев-Косарев, дошло до наших дней. И кто-то берет этих Косачевых-Косыревых тестирует и анализирует.

Если же кто-то был в 1620 году записан как Ивашка Никиткин сын, а сейчас его потомки Цикаловские, то мы  говорим о фамильной линии в 200 лет. То есть где-то на рубеже 18-19 веков закрепилось фамильное прозвище Секало (Цекало), а середины 19 века она стало Цикаловским.

[shekhol]

?!
 
Нельзя ли пояснить?
Это как?
Пока я знаю более-менее сносный способ попарного исчисления TMRCA. А масштабные сеточки на филогенетических деревах рисуются исходя из него.
Мы ведь не про топологию сейчас говорим, правда?

Тема про TMRCA. Речь про TMRCA. Многодетный ли предок, или нет, на расчет времени до него у двух его потомков это никак не влияет.

Или Вы пытаетесь донести мысль о том, что если у одного предка было больше потомков, то для данного фамильного рода скорость мутаций можно откалибровать с большей точностью?

Так в том-то и дело, что 2-х, а если у этого предка было много детей и взять 3-4 потомка из каждой его ветви (допустим все дожили), то среди них найдутся пары с большим отличием друг от друга, а у других с меньшим.

Про бОльшую точность вычислений отсюда конечно логически вытекает.
Правда для этого ведь желательно знать о таком факте многодетности.

[shekhol]

То есть под родом понимается фамильная линия? Нормальная. Генеалогическая. Длиной в 200-300 лет (95% населения России). Если очень повезет, то и в 400-500 (дворянские роды). Максимум 600-700 (некоторые боярские роды). Все остальное (на глубину до 800-1400 лет тому назад) уже большей частью из области мифологии и в Российских условиях просто не существует.

Да я сейчас рассматриваю исключительно фамильную линию, древнюю. Будем считать, что повезло, у меня дерево построено почти на 400 лет.

Мы не про дерево говорим.

А про фамильную линию в том смысле, что уже 400 лет тому назад человек был записан, скажем, Иван Семенов Косых. Это Косых, как фамилия, пусть в форме Косачев-Косарев, дошло до наших дней. И кто-то берет этих Косачевых-Косыревых тестирует и анализирует.

Если же кто-то был в 1620 году записан как Ивашка Никиткин сын, а сейчас его потомки Цикаловские, то мы  говорим о фамильной линии в 200 лет. То есть где-то на рубеже 18-19 веков закрепилось фамильное прозвище Секало (Цекало), а середины 19 века она стало Цикаловским.

Как раз про дерево и говорим в данном случае. В моем ген дереве так все и есть 400 лет это только известных предков, а возникновение фамилии в том виде как есть уходит в ~500 лет

[Centurion]

Как раз про дерево и говорим в данном случае. В моем ген дереве так все и есть 400 лет это только известных предков, а возникновение фамилии в том виде как есть уходит в ~500 лет

То есть 400 лет назад ваши предки уже были записаны с фамилией. Дворяне?

[Mich Glitch]

?!
 
Нельзя ли пояснить?
Это как?
Пока я знаю более-менее сносный способ попарного исчисления TMRCA. А масштабные сеточки на филогенетических деревах рисуются исходя из него.
Мы ведь не про топологию сейчас говорим, правда?

Тема про TMRCA. Речь про TMRCA. Многодетный ли предок, или нет, на расчет времени до него у двух его потомков это никак не влияет.

Или Вы пытаетесь донести мысль о том, что если у одного предка было больше потомков, то для данного фамильного рода скорость мутаций можно откалибровать с большей точностью?

Так в том-то и дело, что 2-х, а если у этого предка было много детей и взять 3-4 потомка из каждой его ветви (допустим все дожили), то среди них найдутся пары с большим отличием друг от друга, а у других с меньшим.

Про бОльшую точность вычислений отсюда конечно логически вытекает.

Увы, ничего из этого не вытекает.

Есть две вещи.
Первая это калибровка скоростей мутаций. Иными словами, исчисление некоторой средней величины. Почему средней, да потому как речь идет не об исчерпывающей точной формуле, а об апроксимативном представлении описывающем статистически-вероятностное распределение.
Это как в лотерее 6/49. Говорим средняя сумма выигрыша составляет 0.75% от общей стоимости проданных билетов. Эта средняя сумма (можно представить ее в вероятностной форме) состоит из пиковых вероятностей. Например вероятность угадать все 6 номеров (пиковая вероятность) составляет 1 где-то из 14 миллионов.
Ну, впрочем, я думаю Вы слышали и о теории вероятности (вероятностное распределение) и о статистике (статистические методы).


Вторая.
Исчисление TMRCA на основе полученной в пункте первом скорости мутаций.
Исчисляется время попарно. Если есть три человека считаем попарно и берем большее.
Об этом речь в этой ветке. Тут Вы и запостили свою умную мысль.
Так вот в этом аспекте умность мысли не представляется очевидной.
Если нам достоверно известно, что два человека имели общего предка на относительно небольшом (до 1000-1500 лет интервале), то нам без разницы, был ли их предок плодовит, или нет.

Если же мы имеем с десяток потомков, то мы можем оценить время до их общего предка с большей точностью.
Но это же просто просто банальная очевидность!

[shekhol]

Так в том-то и дело, что 2-х, а если у этого предка было много детей и взять 3-4 потомка из каждой его ветви (допустим все дожили), то среди них найдутся пары с большим отличием друг от друга, а у других с меньшим.

...
и еще,
допустим дожили как раз потомки с наибольшим различием по локусам друг от друга, мы берем и вычисляем предка по ним, тогда получается промахнемся во времени, будет определен как более древний; 

а у кого-то, кто жил в одно и то же время вместе с этим первым предком, было только 2 сына, две ветви, которых мы анализируем, различия у них меньше и получаем все по тем же формулам в этом случае меньшее время до предка, ну допустим точно совпало.

Тут пределы ошибки вычислений получаются разные именно из-за многодетности, не так ли?

[shekhol]

То есть 400 лет назад ваши предки уже были записаны с фамилией. Дворяне?

Да, были. Дети боярские, служилые. Среди однофамильцев есть дворяне.

[Mich Glitch]

Так в том-то и дело, что 2-х, а если у этого предка было много детей и взять 3-4 потомка из каждой его ветви (допустим все дожили), то среди них найдутся пары с большим отличием друг от друга, а у других с меньшим.

...
и еще,
допустим дожили как раз потомки с наибольшим различием по локусам друг от друга, мы берем и вычисляем предка по ним, тогда получается промахнемся во времени, будет определен как более древний; 

а у кого-то, кто жил в одно и то же время вместе с этим первым предком, было только 2 сына, две ветви, которых мы анализируем, различия у них меньше и получаем все по тем же формулам в этом случае меньшее время до предка, ну допустим точно совпало.

Тут пределы ошибки вычислений получаются разные именно из-за многодетности, не так ли?

Что ж придется сказать открытым текстом - полная хрень то что Вы написали.
Про какие формулы Вы все время говорите?!
Речь идет о вероятностном распределении.
Если скорость откалибрована верно, то все результаты просто укладываются в это вероятностное распределение.

Вот Вам картинки. Рассмотрите.
Пиковые вероятности

Суммирующая вероятность (стремится к 100%, но никогда не бывает)

[shekhol]

С матстатистикой я знаком.  Но буду пока стараться придерживаться более простого языка.

А вообще картинки требуют пояснений, например, что по оси Х. что за выборки и т.д.

И про хрень, что именно является хренью? Аргументируйте.

[Valery]

а нельзя ли обьяснить природу мутаций, ее причину, что известно об этом?
Какие факторы влияют в большей степени и вообще какие они?

думаю, придется кому-то взяться за FAQ по молекулярной биологии. Хотя бы список линков на электронные учебники. Чтобы такие понятия как цепь, 3', полимераза, ошибка копирования, репараза, промотор, сплайсинг итп были как-то разъяснены. Нет времени даже на объяснение простейших вещей в каждом топике.

Кто желает заняться факом?

[Mich Glitch]

С матстатистикой я знаком.  Но буду пока стараться придерживаться более простого языка.

А вообще картинки требуют пояснений, например, что по оси Х. что за выборки и т.д.

И про хрень, что именно является хренью? Аргументируйте.

Да, каких же аргументов Вам надо?
Что оспаривать?
То что Вы сказали много данных хорошо, а мало плохо?
Умно.
Я Вам еще один умный вещь скажу, хорошо иметь хотя бы одного толкового потомка. Чтобы всех потомков разыскал и протестировал.

Еще умностей?

Держите.

Когда сохранность архивов хорошая, это позволяет лучше проследить фамильные линии.

Или вот. Из последнего. Если бы тесты были бесплатные, то удалось бы протестировать больше народу.



Ладно. Сбавляю обороты. А то получается как-то уж совсем  не по-товарищески.
 

[shekhol]

Не ожидал, что на таком форуме так будут обливать грязью из-за недопонимания.
Опять вы ничего поняли, о чем речь.
Попытайтесь перечитать все и понять. И прекратите постоянно цепляться за слова, и за термины.

[shekhol]

Да и потом, не для вас одного пишется, кто-нибудь поймет.
Прекратите издеваться, сколько уже постов написали про "мысль".

Пожалуй оставайтесь вы со своими мыслями наедине....