Еще частая ошибка при калибровке по МакДональдам: априори полагают, что к потомкам МакДональда относятся гаплотипы не более, чем с N мутациями. Т.е. обрубают хвост распределения и пытаются вычислить скорость мутации без учета этого. Надо или как-то при вычислении скорости помнить про обрубленный хвост, или строить дерево всей метаветви и скрупулезно, вручную, анализировать каждый гаплотип, пограничный к МакДональдам.
Но откалибровав по МакДональдам, не забудьте откалибровать и по индейцам Q1a3, найденных в пещере на Аляске.
Что же касается моего мнения конкретно по возрастам/скоростям... пока(и уже) у меня его нет.