АвторТема: Анализ генетического родства 20 популяций России и СНГ по полиморфизмам HLAII  (Прочитано 19246 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8

БОЛДЫРЕВА
МАРГАРИТА НИКОЛАЕВНА



HLA (КЛАСС II) И ЕСТЕСТВЕННЫЙ ОТБОР. «ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ» ГЕНОТИП, ГИПОТЕЗА ПРЕИМУЩЕСТВА «ФУНКЦИОНАЛЬНОЙ» ГЕТЕРОЗИГОТНОСТИ


1. Полиморфизм HLA II и популяционные исследования

Исследование генетического родства 20 популяций России и стран СНГ на основании полиморфизма гена HLA II DRB1 и гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1. Вычисленные частоты гена DRB1 и трехлокусных гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 были использованы для расчета генетических расстояний между популяциями. Результаты кластерного анализа представлены на рисунках 1, 2, 3, в виде денрограмм и двухмерных графиков многомерного шкалирования.
Для определения, что лучше отражает генетическое родство исследованных популяций было проведено сравнение данных, полученных на основании частот одного гена DRB1 (рис 1) и трехлокусных гаплотипов трех генов - DRB1, DQA1 и DQB1 (рис 2). Дендрограммы, представленные на рис.1 и 2, демонстрируют, что при использовании для построения матриц генетических расстояний частот гена DRB1 также, как и частот DRB1-DQA1-DQB1 гаплотипов, все исследованные популяционные группы образуют три кластера. В один кластер вошли генетически близкие друг другу популяции, живущие на территориях, относящихся к центральной и южной частям Восточной Европы: три группы белорусов из Гомельской, Брестской и Витебской областей, две группы украинцев из Львовской и Хмельницкой областей и русские из Смоленской области. Белорусы из Витебской области (север Белоруссии) отличались от генетически более близких друг другу белорусов из Брестской и Гомельской областей.

Если на дендрограмме, построенной на основе частот гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1, белорусы из Витебской области образуют с белорусами из южных районов республикик единый «белорусский» кластер, тем не менее отличаясь от двух, очень генетически близких друг другу групп белорусов из южных районов республики, то на дендрограмме, построенной на основе частот гена DRB1 белорусы с севера республики  уже примыкают к кластеру, состоящему из украинцев, белорусов из Брестской и Гомельской областей и русских из Смоленской области. Положение украинцев из Хмельницкой и Львовской областей и русских из Смоленской области не различаются на обеих дендрограммах.

На обеих дендрограммах белорусы из южных областей республики (Гомельской и Брестской областей), а также украинцы из центральной (Хмельницкая область) и западной части (Львовская область) страны оказались попарно близки между собой. Русские из Смоленской области были генетически ближе к украинскому кластеру, чем к белорусскому. В этот же кластер вошли гагаузы и армяне, генетически сильно отличающиеся от славянских популяций. Но, если на дендрограмме, построенной на основе частот гена DRB1 (рис.1) эти две популяционные группы образуют отдельный кластер, то на дендрограмме на основе частот DRB1-DQA1-DQB1 гаплотипов (рис.2) гагаузы и армяне последовательно примыкают к кластеру «славянских» популяций. Следующий кластер образовали популяции, проживающие в северном и северо-западном регионах европейской части России. Однако дендрограммы, построенные на основе частот гена DRB1 (рис.1) и DRB1-DQA1-DQB1 гаплотипов (рис.2) несколько различны. В обоих случаях русские из Костромской и Вологодской областей являются наиболее близкими друг другу популяционными группами. Однако, если на дендрограмме, построенной на основе частот гена DRB1 (рис.1) этим двум группам русских наиболее близкими яляются русские из Архангельской области, а затем уже марийцы, то на дендрограмме, построенной на основе частот гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 (рис.2) наоборот, генетически более близкими русским из Костромской и Вологодской областей являются марийцы, а затем уже русские из Архангельской области. Еще одно отличие двух дендрограмм касается удмуртов и татар, образовавших отдельный кластер. Если на дендрограмме гена DRB1 (рис 1.) этот кластер примыкает к популяциям, северо-западных областей России, то на дендрограмме гаплотипа DRB1-DQA1-DQB1 (рис 2) этот кластер уже примыкает к популяциям с азиатской генетической основой. Однако в обоих случаях кластер удмуртов и татар довольно сильно отличается от большинства популяций, входящих с ними в более крупный кластер. Это может, вероятно, свидетельствовать о том, что удмурты и татары занимают промежуточное положение между европейским и азиатским генофондом. Следует отметить также, что и различия между ними весьма существенны. Ненцы и саамы, наоборот, на дендрограмме гена DRB1(рис 1) примыкают к «азиатскому» кластеру, в то же время сильно от них отличаясь (особенно саамы), в то время как на дендрограмме гаплотипа DRB1-DQA1-DQB1 (рис 2) примыкают к европеоидным популяциям севера, северо-запада восточной Европы, тем не менее также сильно от них отличаясь, что также говорит о наличиии в их генофонде как северо-европейских, так и азиатских генов.

На дендрограмме гена DRB1 все популяции с азиатской генетической основой или имеющие смешанное евро-азиатское происхождение. образовали кластер, в который вошли попарно более близкие друг другу казахи и калмыки, а также буряты и тувинцы. К ним  примыкают ненцы, и затем генетически более далекие от этих групп – саамы. На дендрограмме гаплотипов DRB1-DQA1-DQB1 (рис.2) в один кластер также вошли попарно генетически близие казахи и калмыки, и тувинцы и буряты. Но, в отличие от дендрограммы гена DRB1, к указанной группе примыкают не ненцы и саамы, а близкие друг гругу удмурты и татары.
Взаиморасположение исследованных популяций, на двухмерных графиках многомерного шкалирования, построенных на основании частот гена DRB1 (рис.1) и DRB1-DQA1-DQB1 принципиально не отличалось от соответствующих дендрограмм.
Таким образом, взаиморасположение изученных популяций на графиках многомерного шкалирования и дендрограммах, построенных и на основе частот гена DRB1 и DRB1-DQA1-DQB1 гаплотипов в целом соответствовует их этногенезу и географическому взаиморасположению, что подтверждает возможность использования как отдельных генов HLA класса II, в частности наиболее полиморфного гена DRB1, так и гаплотипов нескольких генов, в частности DRB1-DQA1-DQB1, для изучения генетической истории формирования различных народов. Основные генетические различия между исследованными популяциями улавливаются уже при использовании только гена DRB1, хотя  исследование DRB1-DQA1-DQB1 гаплотипов, позволяет выявить более тонкие различия между популяционными группами, то есть более предпочтительно для генетического анализа. Такой вывод совпадает с мнением Begovich AB с соавт. [2001], который считает, что гаплотипы генов HLA являются «подразделением» аллелей, что еще более увеличивает полиморфизм HLA.

В работе Болдыревой еще уйма интересного материала. Рекомендована мною для скачивания.


Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
А можно ли сравнить данные по HLA с научными выборками, такие базы есть?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
По 9-ти локусам у меня вроде гомозиготность


Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Вот вроде база данных, но как пользоваться не понял

http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/searchdet.html

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Вот вроде база данных, но как пользоваться не понял

http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/searchdet.html

Это не совсем удобная база данных. Лучше пользоваться http://www.allelefrequencies.net/default.asp (требует регистрации).
Это своего рода аналог YHRD.org, так как можно искать по аллелям и по популяциям. Туда же загруженны и все гаплотипы по популяциям России и СНГ из приведенной выше работы Болдаревой.

По аллелям:
(третья колонка частота аллеля  в популяциях в долях от единицы)
 1     DRB1*01        Belarus Brest Region        0.105      105         
 2     DRB1*03        Belarus Brest Region        0.090      105      
 3     DRB1*0401    Belarus Brest Region        0.128      105         
 4     DRB1*07        Belarus Brest Region        0.105      105         
 5     DRB1*08        Belarus Brest Region        0.029      105      
 6     DRB1*09        Belarus Brest Region        0.019      105         
 7     DRB1*10        Belarus Brest Region        0.005      105      
 8     DRB1*1101         Belarus Brest Region        0.133      105         
 9     DRB1*12        Belarus Brest Region        0.038      105         
 10     DRB1*13        Belarus Brest Region        0.119      105         
 11     DRB1*14        Belarus Brest Region        0.029      105         
 12     DRB1*15        Belarus Brest Region        0.133      105         
 13     DRB1*16        Belarus Brest Region        0.067      105

По гаплотипам:
(здесь -третья колонка частота гаплотипа  в популяциях в процентах)
1       DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Russia Mari    22.8      202
 2     DRB1*0101-DQA1*0101-DQB1*0501        Slovenia pop 2    21.4      140
 3     DRB1*0102-DQA1*0101-DQB1*05        Israel Ashkenazi Jews    19.4      80
 4     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Russia Kostroma Region    17.5      126
 5     DRB1*0101-DQB1*0501        Germany pop 3    14.4      111
 6     DRB1*01-DQB1*05        Pakistan Brahui    13.5      104
 7     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Belarus Gomel Region    12.9      100
 8     DRB1*0102-DQA1*0101        Israel Ashkenazi Jews pop2    12.5      132
 9     DRB1*0102-DQA1*0101-DQB1*0501        Equatorial Guinea Bioko Island Bubi    12.5      100
 10     DRB1*0101-DQA1*0101-DQB1*0501        Japan pop4    12.4      525
 11     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Russia Vologda    12.4      121
 12     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Ukraine Lvov Region    12.3      102
 13     DRB1*0102-DQA1*0101/0104-DQB1*0501        Ethiopia Amhara    12.2      98
 14     DRB1*01-DQB1*05        Pakistan Burusho    11.3      92
 15     DRB1*01-DQB1*05        Pakistan Baloch    11.2      66
 16     DRB1*0102-DQB1*0501        Israel Ethiopian Jews    10.8      122
 17     DRB1*0101-DQA1*0101-DQB1*0501        England Caucasoid    10.2      177
 18     DRB1*0102-DQB1*0501        Israel Ashkenazi Jews pop2    10.0      132
 19     DRB1*0102-DQB1*0501        Tunisia Matmata Berber    10.0      81
 20     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Belarus Brest Region    10.0      105
 21     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Belarus Vitebsk Region    10.0      70
 22     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Ukraine Khmelnytskyi Region    9.8      138
 23     DRB1*01-DQA1*0101-DQB1*0501        Russia Arkhangelsk    9.3      81
 24     DRB1*0101-DQB1*0501        Sweden Southern Sami    9.2      130
 25     DRB1*0101-DQA1*0101-DQB1*0501        USA European Americans    9.1      1,899
 26     DRB1*0101-DQA1*0101/0104/0105-DQB1*0501        Russia Tuva pop3    9.0      44         

Можно  также анализировать распределение аллелей в мировом масштабе:

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Hаверное, тест буду делать здесь

http://www.elmy.ee/index.php?page=81

Сколько денег?

Самый полный тест около 100 долларов. Но надо уточнить, дают ли они выписку с HLA-I и HLA-II гаплотипами.

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Я решил проанализировать в Haploview сектор хромосомы, на который приходится снипы, связанные с генным локусом HLA-B. Для этого анализа я использовал данные по этому участку генома у 205 конвенциональных северо-западных европейцов из панели CEU ("Utah residents with ancestry from northern and western Europe") проекта HapMap. К сожалению, в HapMap из всех снипов ассоциированных с HLA-B имеются данные только по двум SNP  - rs1058026 и rs2523608.
Именно они и образуют устойчивый гаплоблок с генетической дистанцией, близкой к ... нулю. В то время как r2 -коэффициент корреляции между частотами аллелями, равен 1. Это означает, что имеется положительная корреляциям между гаметами (гаплотипами) и наиболее распространенными комбинациями аллелей в двух локусах. Это означает, что локусы сцеплены друг с другом, и следовательно имеется существенное неравновесие по сцеплению этих локусов.

Кроме того, в Haploview удалось выявить три наиболее распространенных генотипа по значениям 2 вышеупомянутых локусов у северо-западных европейцев. Это AG (40,2%)(мой генотип входит в эти 40%), AA (38,5%), CA (21,2%). Эти данные о характерности эти генотипов в северо-западной Европе косвенно подтверждаются и таблицой с dna-forums.org.

К сожалению, дать привязку к HLA-гаплотипам и серотипам невозможно. Википедия дает описание 20 главных HLA-B серотипа (вместе с географической привязкой), из которых минимум 3  -B7,B8, B27 - очень широко распространены в Европе.

#captured 5 of 5 alleles at r^2 >= 0.8
#captured 100 percent of alleles with mean r^2 of 1.0
#using 5 Tag SNPs in 5 tests.
Allele   Best Test   r^2 w/test
rs2523612   rs2523612   1.0   
rs2596501   rs2596501   1.0   
rs1058026   rs1058026   1.0   
rs3819299   rs3819299   1.0   
rs2523608   rs2523608   1.0   

Test   Alleles Captured
rs2523612   rs2523612
rs2596501   rs2596501
rs1058026   rs1058026
rs3819299   rs3819299
rs2523608   rs2523608
« Последнее редактирование: 12 Апрель 2010, 23:50:45 от Vadim Verenich »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Вот еще интересная статья

Int J Immunogenet. 2006 Apr;33(2):93-103.
HLA class II genetic diversity in southern Tunisia and the Mediterranean area.


Abdennaji Guenounou B, Loueslati BY, Buhler S, Hmida S, Ennafaa H, Khodjet-Elkhil H, Moojat N, Dridi A, Boukef K, Ben Ammar Elgaaied A, Sanchez-Mazas A.

Regional Center of Blood Transfusion, Gabes, Tunisia.
Abstract

North Africa is populated by many Arab- and Berber-speaking populations whose genetic history is still poorly understood. In this study, we analyse the HLA-DRB1 and DQB1 molecular diversity in three populations from the south of Tunisia--Berbers from Jerba, Berbers from Matmata and Arabs from Gabes--and we compare them to a large set of populations from the whole Mediterranean region. Among the three populations studied, the Berbers from Jerba are the most peculiar, as they diverge significantly from other North Africans while being genetically highly diversified and close to populations from the Near East. Thus, Jerba may have been a crossing point, in historical times, where colonization from the eastern Mediterranean area left significant genetic traces. By contrast, the populations from Matmata and Gabes are genetically similar to other Arab and Berber-speaking populations from different areas of the Maghrib, despite some peculiar allele and haplotype frequencies. At a larger scale, northwest Africa and southwest Europe are closely related according to these polymorphisms, while the populations from the eastern Mediterranean area are much more differentiated. The close genetic relatedness found for HLA among populations of the western Mediterranean region challenges previous results based on Y chromosome analyses, where the Gibraltar Strait appeared to constitute a main genetic barrier.




Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Journal Title  - Russian Journal of Genetics
    Article Title  - Genetic position of Chuvashes in the system of Finno-Ugric and Turkic-speaking peoples
    Volume  - Volume 45
    Issue  - 9
    First Page  - 1117
    Last Page  - 1123
    Issue Cover Date  - 2009-09-01
   
    Author  - V. A. Spitsyn
    Author  - V. A. Batsevich
    Author  - G. I. El’chinova
    Author  - E. D. Kobyliansky
    DOI  - 10.1134/S1022795409090130
    Link  - http://www.springerlink.com/content/48u610412272m3v9
   


 Serological and biochemical polymorphisms in marker genes of the AB0, MN, RH, FY, HP, TF, ACP1, PGM1, ESD, and GLO1 systems were studied in the combined sample of 369 individuals of Chuvash ethnicity from Morgaushskii, Mariinsko-Posadskii and Yadrinskii districts of the Chuvash Republic. We have compared our results with the data obtained in previous studies by other authors. A linear relationship has been established between genetic and geographical distances by examining 11 ethnoterritorial groups in Northeastern Europe and Western Siberia.
Original Russian Text © V.A. Spitsyn, V.A. Batsevich, G.I. El’chinova, E.D. Kobyliansky, 2009, published in Genetika, 2009, Vol. 45, No. 9, pp. 1270–1276.


Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Цитировать
Genetic position of Chuvashes in the system of Finno-Ugric and Turkic-speaking peoples

Вадим, а можешь скинуть статью на мыло?

Оффлайн Аббат Бузони

  • ...
  • Сообщений: 19607
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1481/-56
  • Y-ДНК: I1a2a1a3a1a1a-YP1084+
  • мтДНК: H16
Интересно, а почему мари не легли ближе к чувашам, а наоборот к мордовианам Морковии.  ???

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 10999
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Цитировать
Genetic position of Chuvashes in the system of Finno-Ugric and Turkic-speaking peoples

Вадим, а можешь скинуть статью на мыло?

Так я же уже посылал тебе ее осенью в числе других статей.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100