АвторТема: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H  (Прочитано 15426 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #30 : 07 Апрель 2010, 01:42:43 »
Много же Вас, хеленовцы  :o

На этот раз добавил 72 уникальных FGS сиквенса. Укоренение производил по HV сиквенсу (GenBank: AY713976 ), но возраст, вопреки моим ожиданиям, остался таким же (около 28 000 лет).

эх жаль - отсутствует FGS жены: у неё HV (делали только HVR1).

спасибо за дерево!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32225
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2471/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #31 : 07 Апрель 2010, 02:36:58 »
Спасибо за обновление!
:)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11056
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #32 : 07 Апрель 2010, 12:26:18 »
Кстати, Михаил. Советую Вам обратить внимание на сиквенс GU390313. Судя по данным  митосиквенса в Генбанке (Hungarian Jewish;origin_locality:Slovakia: Kosice), это венгерский ашкенази из Словакии.

Общий предок Вашего матриарха, бабушки napobo3а и этого венгерского ашкенази жил в период времени между 10 000 и 3 500 годами до нашего времени.

Оффлайн dyuser

  • Сообщений: 80
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: G2a3b1* (P303)
  • мтДНК: H1b (FGS)
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #33 : 07 Апрель 2010, 12:55:05 »
Вадим, спасибо!
Правда странно, почему-то не могу просмотреть именно последнюю версию древа (предыдущие доступны). Это только у меня или какой-то глюк... ???

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32225
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2471/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #34 : 07 Апрель 2010, 16:38:36 »
Вадим, спасибо!
Правда странно, почему-то не могу просмотреть именно последнюю версию древа (предыдущие доступны). Это только у меня или какой-то глюк... ???
Картинка слишком большая и форумным движком может не отображаться.
Кликните на имя файла внизу и сохраните его у себя.
Затем открывайте.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32225
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2471/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #35 : 07 Апрель 2010, 16:53:13 »
Кстати, Михаил. Советую Вам обратить внимание на сиквенс GU390313. Судя по данным  митосиквенса в Генбанке (Hungarian Jewish;origin_locality:Slovakia: Kosice), это венгерский ашкенази из Словакии.

Общий предок Вашего матриарха, бабушки napobo3а и этого венгерского ашкенази жил в период времени между 10 000 и 3 500 годами до нашего времени.
Эту прабабушку у меня в селе обзывали "мордвой".
Не "мордой", или "жидовкой", а именно "мордвой".
Хотя может "мордва" она по линии отцовской.
С Yulita у меня пересечение именно по еврейской линии, и определяемое релфайндером. Правда не понятно со стороны моего отца (Украина), или матери (Россия). Тесты двоюродного и троюродного брата с материнской стороны (они уже на подходе) всё скажут.

Я сейчас с нетерпением жду своих результатов по Фэмили Файндер. Вылезет, или нет у меня пересечение с отцом парово3а по мито?  ::)
Если будут общие УПСы, то это означает, что маскимально возможная детектируемая степень родства, как минимум, 14-тиюродная. (Иными словами, подтвердит Ваше предположение о том, что релфайндеровские степени родства занижены.)
Ну, а если ничего не появится, то это лишний раз подтвердит, что временные оценки 23эндМи (да и ФТДНА) - верного порядка. (То есть, подтвердит мою точку зрения.)
И ещё про парово3а, вернее не про него, а про калибровку.
У него есть 67/67 СТР совпаденец, не детектируемый релфайндером.
И 66/67 совпаденец, проскакивающий как дальний родич.

(парово3, на всякий случай подтвердите, или поправьте.)

Ещё один довод в пользу того, что потолок детектируемого родства 12-14-тиюродной степени.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 32225
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2471/-41
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #36 : 07 Апрель 2010, 17:05:25 »
И вдогонку. парово3ов папа, а именно он тестировался по мито, а не парово3ова бабушка (Леон, я не ошибаюсь?).
Так вот, парово3, отстоящий от родителя всего на одно поколение, релфайндером у меня не детектируется.
Может ФТДНА с меньшим пороговым значением выловит?

Оффлайн zastrug

  • ...
  • Сообщений: 9938
  • Страна: tt
  • Рейтинг +1398/-43
  • I2b1c (P78+)=I2a2a1b1a
  • Y-ДНК: I2b1c
  • мтДНК: T2a1a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #37 : 07 Апрель 2010, 23:18:18 »
Н2 это  в тему или нет?
"The Distribution and Most Recent Common Ancestor of the 17q21 Inversion in Humans
The polymorphic inversion on 17q21, sometimes called the microtubular associated protein tau (MAPT) inversion, is an ?900 kb inversion found primarily in Europeans and Southwest Asians. We have identified 21 SNPs that act as markers of the inverted, i.e., H2, haplotype. The inversion is found at the highest frequencies in Southwest Asia and Southern Europe (frequencies of ?30%); elsewhere in Europe, frequencies vary from < 5%, in Finns, to 28%, in Orcadians. The H2 inversion haplotype also occurs at low frequencies in Africa, Central Asia, East Asia, and the Americas, though the East Asian and Amerindian alleles may be due to recent gene flow from Europe. Molecular evolution analyses indicate that the H2 haplotype originally arose in Africa or Southwest Asia. Though the H2 inversion has many fixed differences across the ?900 kb, short tandem repeat polymorphism data indicate a very recent date for the most recent common ancestor, with dates ranging from 13,600 to 108,400 years, depending on assumptions and estimation methods. This estimate range is much more recent than the 3 million year age estimated by Stefansson et al. in 2005."
http://www.cell.com/AJHG/supplemental/S0002-9297(10)00008-X

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11056
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #38 : 07 Апрель 2010, 23:27:37 »
Нет, там идет речь о гаплотипах инверсии тау-протеина (MAPT). Этот регион расположен на 17 хромосоме.
Но спасибо за ссылку+1. Как видите филогении можно строить по абсолютно любым генетическим маркерам. :)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11056
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #39 : 16 Апрель 2010, 16:14:16 »
Обновил дерево, добавив туда FGS Сергея Лутака (H1b)


Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #40 : 16 Апрель 2010, 18:47:16 »
Обновил дерево, добавив туда FGS Сергея Лутака (H1b)
Спасибо, Вадим, и позвольте несколько вопросов.

Моя общая с dyuser'ом пра...прабабушка жила 12500 лет. Мы оба вроде как H1b и это укладывается в предполагаемый возраст H1b (13000 лет).
В тоже время, время жизни общего предка с более отдалёнными митокузенами (H1-3, 4953, TA22, Tor34 и т.д.) - 11900 лет назад.
Я понимаю, что поправки (+/-2100 лет) перекрывают это несоответствие, но означает ли это также и то, что эти кузены от меня не на много дальше, чем dyuser?

И ещё. Среди эти "более отдалённых митокузенов" с общей пра...прабабкой жившей 11900 лет назад встречаются H1a и даже H2. Это не укладывается в предполагаемый возраст H1b (13000 лет) и H1 (13400 лет).
Что это означает? Быть может, это просто ошибка в предположении субклада и этот кузен не H2, а H1?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11056
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #41 : 16 Апрель 2010, 19:11:56 »
Обновил дерево, добавив туда FGS Сергея Лутака (H1b)
Спасибо, Вадим, и позвольте несколько вопросов.

Моя общая с dyuser'ом пра...прабабушка жила 12500 лет. Мы оба вроде как H1b и это укладывается в предполагаемый возраст H1b (13000 лет).
В тоже время, время жизни общего предка с более отдалёнными митокузенами (H1-3, 4953, TA22, Tor34 и т.д.) - 11900 лет назад.
Я понимаю, что поправки (+/-2100 лет) перекрывают это несоответствие, но означает ли это также и то, что эти кузены от меня не на много дальше, чем dyuser?

И ещё. Среди эти "более отдалённых митокузенов" с общей пра...прабабкой жившей 11900 лет назад встречаются H1a и даже H2. Это не укладывается в предполагаемый возраст H1b (13000 лет) и H1 (13400 лет).
Что это означает? Быть может, это просто ошибка в предположении субклада и этот кузен не H2, а H1?

Не обращайте внимание на номенклатуры этих сиквенсов. Она старая, и не обнавлялся наверное с момента уточнения субкладов по новой номенклатуры.

Что касается возраста, он считался по ро-статистике. У нее свои большие недостатки, особенно если субклады предствалены неравномерно, как в нашем случае. Тем не менее, dyuser к Вам ближе по любому, чем остальные митокузены, поскольку у Вас отдельная ветвь замыкающаяся на отдельный терминальный узел.

Оффлайн Sergey Lutak

  • Сообщений: 1024
  • Страна: 00
  • Рейтинг +60/-0
  • Carpatho-Rusyn-E1b1b1a1b1a and East.Galindian-H1b*
  • Y-ДНК: E1b1b1a1b1a10 (L142.1+, L539+, L542+, L544+, L618+, L930+, M78+, V13+, V36+, FGC11451+, CTS1489-, L17-, L99-, L143-, L241-, L250-, L540-, P65-, V12-, V22-, V27-, FGC11450-)
  • мтДНК: H1b* (16189C, 16356C, 16519C, 263G, 315.1C)
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #42 : 16 Апрель 2010, 19:17:40 »
Не обращайте внимание на номенклатуры этих сиквенсов. Она старая, и не обнавлялся наверное с момента уточнения субкладов по новой номенклатуры.
...
Понял.

...
Тем не менее, dyuser к Вам ближе по любому, чем остальные митокузены, поскольку у Вас отдельная ветвь замыкающаяся на отдельный терминальный узел.
Вадим, по вашему мнению, я и dyuser - H1b или какая-то отдельная ветвь H1*? Просто не все наши мутации характерны для H1b.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11056
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #43 : 16 Апрель 2010, 19:41:04 »
Вы принадлежите к субкладу H1b, это точно, так как у обоих есть мутации  в 16356  16362, а у dyuser еще в 3796. У Вас две отдельные мутации, так что когда эти сиквенсы возьмут в оборот при следущей смене номенклатуры, возможно у Вас будете каким-нибудь H1b1 (если появится еще один такой же митосиквенс).

Оффлайн Alesh

  • Сообщений: 937
  • Рейтинг +80/-1
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #44 : 16 Апрель 2010, 21:53:40 »
Вадим,
Пожалуйста, включите в ваше древо и мою тёщу.

grishkevich HM124476

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100