АвторТема: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H  (Прочитано 15676 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #15 : 06 Апрель 2010, 15:29:24 »
Вадим, может и мой FGS в древе учтёте? Мой сиквенс в Генбанке HM027912. Спасибо!

Ок.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #16 : 06 Апрель 2010, 16:40:06 »
Все бы ничего, если бы дело ограничивалось двумя мутациями в высокополиморфичных гипервариабельных регионах (HVR1 -309.2C; HVR2 -16093Y). Тогда действительно можно было бы предполагать, что дистанция между Вашим митосиквенсом и митосиквенсом бабушки Леона составляет около 500-1000 лет.
Но поскольку у Вас есть и третья мутация в кодирующем регионе 5302 T>C, то из-за относительно низкой скорости мутаций в этом регионе, дистанция сразу же сдвигается к рубежу 2500 лет.
И опять в корне с Вами не согласен. Ошибочка в Ваших выкладках минимум в три раза!
Я не специально.  :-[
Говоря Вашими словами, токмо об истине пекусь я. ©
 ::)

Считаем вместе.
Доверительный интервал 50% (по мито, при совпадающем географическом факторе, другим и не пользуются).
Скорость мутаций в кодирующем регионе 2*10-6 мутации на маркер на поколение.
Имеем 15447 матчей из 15448. (Вы, надеюсь, не забыли, что кодирующий регион занимает львиную долю всего мито. Строго говоря, средние цифры по FGS для того и есть, чтобы ими пользоваться. То есть дробление на регионы в статистическо-вероятностном плане - пусть и не очень серьёзная, но явная методологическая ошибка.)
Итого 27 поколений.
Взяв полновесные 30 лет на поколенный интервал, имеем 810 лет.

Кстати, ещё в тему. Если ограничиться только двумя мутациями из HVR, то ошибочка у Вас будет в другую сторону.
Смотрим опять вместе.
Имеем 1119 матчей из 1121 маркера.
Доверительный интервал 50%.
Поколенный интервал 30 лет.
Скорость мутаций 2*10-5 мутации на маркер на поколение.
Получается 60 поколений, или 1800 лет.
Даже при медиане в 25 лет, всё равно выходит 1500 лет.

Как-то вот так.

:)

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #17 : 06 Апрель 2010, 16:43:59 »
ОК, но 2 из 3 приходятся на HVR1 и HVR2, использование митобаз которых при построении филогенетического дерева, не приветствуется. Поэтому основная мутация  5302C из контрольного региона, и именно она увеличивает существенным образом время разделения ветвей до 2 500 лет.
Это всё просто здорово.
Но зачем Вы мне приписали слова о том, что я говорил о полном совпадении?  ???

Сразу отмечу, что у Вас все таки неполное совпадение (хотя Мич утверждал обратное)

Оффлайн Polar_Wolf

  • Сообщений: 205
  • Рейтинг +10/-8
  • Y-ДНК: I1d
  • мтДНК: H6а*
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #18 : 06 Апрель 2010, 18:16:13 »
Сиквенс Митча наиболее "расcнипован", но нет сиквенсов H6 более высокого уровня, поэтому  возраст его ответвления вычислить сейчас невозможно. Надо искать такие FGS в Генбанке.
А как быть, если нас (Н6) просто очень мало, и тем более наших FGS ?
Для оценки возраста собственно самой Н6 придётся тогда довольствоваться только контрольным регионом ?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #19 : 06 Апрель 2010, 18:29:17 »
Все бы ничего, если бы дело ограничивалось двумя мутациями в высокополиморфичных гипервариабельных регионах (HVR1 -309.2C; HVR2 -16093Y). Тогда действительно можно было бы предполагать, что дистанция между Вашим митосиквенсом и митосиквенсом бабушки Леона составляет около 500-1000 лет.
Но поскольку у Вас есть и третья мутация в кодирующем регионе 5302 T>C, то из-за относительно низкой скорости мутаций в этом регионе, дистанция сразу же сдвигается к рубежу 2500 лет.
И опять в корне с Вами не согласен. Ошибочка в Ваших выкладках минимум в три раза!
Я не специально.  :-[
Говоря Вашими словами, токмо об истине пекусь я. ©
 ::)

Считаем вместе.
Доверительный интервал 50% (по мито, при совпадающем географическом факторе, другим и не пользуются).
Скорость мутаций в кодирующем регионе 2*10-6 мутации на маркер на поколение.
Имеем 15447 матчей из 15448. (Вы, надеюсь, не забыли, что кодирующий регион занимает львиную долю всего мито. Строго говоря, средние цифры по FGS для того и есть, чтобы ими пользоваться. То есть дробление на регионы в статистическо-вероятностном плане - пусть и не очень серьёзная, но явная методологическая ошибка.)
Итого 27 поколений.
Взяв полновесные 30 лет на поколенный интервал, имеем 810 лет.

:)

Может быть, Вам виднее. Я считал по ро-статистике, рекомендованной эстонским попгенетиком Томасом Кивисильдом для построения больших многосубкладных деревьев. А несответствие возрастов получаемых по ро-статистике (что компенсируется введением сигма-поправок -в Вашем случае 2500+-2500, то есть диапозон возростов от 0 до 5 000 лет) и расчетами по скоростям Парсонса (которые Вы использовали) в митодеревьях -хорошо известный и упомянутый в литературе попгенетиков факт (разница может доходить до 40-70-кратной  :o ).
« Последнее редактирование: 06 Апрель 2010, 18:44:12 от Vadim Verenich »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #20 : 06 Апрель 2010, 18:29:49 »
Для оценки возраста собственно самой Н6 придётся тогда довольствоваться только контрольным регионом ?
Увы.
Polar_Wolf, у Вас есть FGS (извините за непросвещённость)?
И второй вопрос, у 23эндМи, или ФТДНА (Фэмили Файндер) планов протестироваться нет?
Почему спрашиваю?
Последнюю неделю мы провели с Вадима в горячих (порой горячечных спорах) о разных методах оценки степеней родства (временного интервала до ближайшей пары общих предков).
Так вот, для калибровки можно использовать параллельную оценку по игрек СТРам. Но это предполагает дополнительный тест.
А можно воспользоваться мито-совпаденцами. В этом случае тесты от 23эндМи являются самодостаточными.

У меня есть курица-ряба в релфайндере с моим субкладом. Подозреваю возможность совпадения наших прямых женских линий. Но на все мои приглашения поделиться своими данными по мито она уклончиво кхекает и лопочет о том, что всё это слишком сложно для понимания. Может быть позже.

А Вы только представьте. В случае совпадения берём данные по предиктору и вилку и сопоставляем их с TMRCA. Вот это и называется калибровка.

Мечты...  ::)

Оффлайн Polar_Wolf

  • Сообщений: 205
  • Рейтинг +10/-8
  • Y-ДНК: I1d
  • мтДНК: H6а*
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #21 : 06 Апрель 2010, 18:37:27 »
Polar_Wolf, у Вас есть FGS (извините за непросвещённость)?
Нет, к сожалению. Если бы был, с радостью поделился.

И второй вопрос, у 23эндМи, или ФТДНА (Фэмили Файндер) планов протестироваться нет?
Есть планы сделать super DNA и аутосомный (хоть у того же 23).

А Вы только представьте. В случае совпадения берём данные по предиктору и вилку и сопоставляем их с TMRCA. Вот это и называется калибровка.
Всего по трём-четырём персонам ?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #22 : 06 Апрель 2010, 18:40:05 »
Всего по трём-четырём персонам ?
Да от чего же по трём-четырём персонам?!

Берём всех, имеющих совпаденцев (вернее приближенцев) по мито. Гаплогруппы нас не волнуют.

Оффлайн Polar_Wolf

  • Сообщений: 205
  • Рейтинг +10/-8
  • Y-ДНК: I1d
  • мтДНК: H6а*
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #23 : 06 Апрель 2010, 18:46:00 »
Берём всех, имеющих совпаденцев (вернее приближенцев) по мито. Гаплогруппы нас не волнуют.
Ну вообще-то интересно свои группы анализировать.
Сколько Вы всего встречали (на 23 и других сайтах) наших (Н6) FGS ?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #24 : 06 Апрель 2010, 18:49:48 »
Может быть, Вам виднее. Я считал по ро-статистике, рекомендованной эстонским попгенетиком Томасом Кивисильдом для построения больших многосубкладных деревьев. А несответствие возрастов получаемых по ро-статистике (что компенсируется введением сигма-поправок -в Вашем случае 2500+-2500, то есть диапозон возростов от 0 до 5 000 лет) и расчетами по скоростям Парсонса (которые Вы использовали) в митодеревьях -хорошо известны и упомянуты в литературе попгенетиков.
Вадим, Вадим.
Эта Ваша прямо-таки хроническая потребность увиливать в сторону от прямого ответа. И мусорить, ну, совершенно не имеющими абсолютно никакого касательства к делу терминами.
О чём Вы сейчас?
К чему ссылки на авторитеты?
Я Вам про то, что не следует вырезать отдельные зоны. Этому оправдание только одно - бедность. Когда нет 67 маркеров, то приходится упражняться на 6.
Если есть полный сиквенс, то и скорости используем по полному сиквенсу.
Я бы мог Вас просто послать к Каржавину и Адамову - они наверняка сказали бы тоже самое.

Но давайте сделаем попытку поразмыслить самостоятельно. А также на секунду отбросить фронду и отрицание даже наиочевиднейших вещей, если они только озвучены мной.

Итак, рассуждалка первая.

Во сколько раз кодирующий регион больше гипервариабельного?
Правильно! На порядок с копейками.

Во сколько раз скорость мутаций в кодирующем регионе меньше скорости в регионе гипервариабельном?
Точно!!! На тот же самый порядок с копейками.

Не убедил?

Хорошо, в следующем посте зайду с другого бока.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #25 : 06 Апрель 2010, 18:52:13 »
Сколько Вы всего встречали (на 23 и других сайтах) наших (Н6) FGS ?
Достаточно много. В моем контакт листе разных субкладов Н6 не меньше трёх десятков.
А данные по мито от 23эндМи с большой натяжкой можно приравнять к FGS. Во всяком случае, речь не идёт об одном только гипервариабельном регионе.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #26 : 06 Апрель 2010, 18:55:22 »
Может быть, Вам виднее. Я считал по ро-статистике, рекомендованной эстонским попгенетиком Томасом Кивисильдом для построения больших многосубкладных деревьев. А несответствие возрастов получаемых по ро-статистике (что компенсируется введением сигма-поправок -в Вашем случае 2500+-2500, то есть диапозон возростов от 0 до 5 000 лет) и расчетами по скоростям Парсонса (которые Вы использовали) в митодеревьях -хорошо известны и упомянуты в литературе попгенетиков.

Хорошо, в следующем посте зайду с другого бока.

Следущего поста с моей стороны не будет. :) Я на полном серьезе не вижу здесь предмета спора, если даже профессиональные ученые занимающиеся десятилетями филогениями (в том числе и по мито) не могут никак достигнуть консенсуса к вопросу о скоростях мутаций. Наши болтушки в курилке ровным счетом ничего не изменят по этому вопросу.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #27 : 06 Апрель 2010, 19:03:33 »
Рассуждалка вторая (для Вадима).
Показываю, к чему может привести ущербная метода выдёргивания отдельных зон.
Я с отцом имею одну мутационную разницу на 43 маркерах.
Если оценить временную дистанцию по средней скорости для всех 43 маркеров, то оценка пусть и выйдет за предел доверительной вероятности (если только не пользовать 95%), но будет вполне себе ничего.

Если же вдруг мы решим использовать вадимову методу, доведённую до логического конца, и сделаем оценку только по одному мутировавшему маркеру, то цифры будут совершенно абсурдные. (Вы ведь не забыли, что скорости мутаций для разных маркеров в 67-маркерной линейке иной раз разнятся почти на два порядка?)
Понятно, что мы затем можем просчитать времена по каждому из маркеров и, порешав не самую простую задачу с весовыми коэффициентами, получить среднюю цифирь, которая совпадёт с оценкой по средней скорости мутаций и ссылкой на все маркеры.

Резюмирую:
1) Если есть только HVR1, то расчёт ведём только по HVR1. А куда денешься?  :-\
2) В случае наличия HVR1+HVR2, соответственно и расчёт ведём по этим двум зонам.
3) Счастливых же обладателей FGS, по средней скорости для всего мито и просчитываем.

Амен!

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 33320
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2689/-44
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #28 : 06 Апрель 2010, 19:08:01 »
Я на полном серьезе не вижу здесь предмета спора, если даже профессиональные ученые занимающиеся десятилетями филогениями (в том числе и по мито) не могут никак достигнуть консенсуса к вопросу о скоростях мутаций.
И опять глубинное непонимание основ статистики.
Нам не нужны попгенетики!!!
Абстрагируйтесь!
Речь идёт о математическом обосновании, а не о конкретных величинах. Мы не рассуждаем о том, какая скорость правильная. Вопрос в том, как её использовать.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11055
  • Страна: ee
  • Рейтинг +755/-8
Re: Филогенетическое дерево митогаплогруппы H
« Ответ #29 : 07 Апрель 2010, 00:45:20 »
Много же Вас, хеленовцы  :o

На этот раз добавил 72 уникальных FGS сиквенса. Укоренение производил по HV сиквенсу (GenBank: AY713976 ), но возраст, вопреки моим ожиданиям, остался таким же (около 28 000 лет).

Из форумчан на дереве уже есть:
Mitch_Glitch
Anode
бабушка napobo3a
kindsvaters
dyuser

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100