Филогенетические деревья E1b1b1

[wertner]

Готова новая версия дерева E1b1b1a2. Добавил больше 80 гаплотипов. Сейчас на дереве 336 гаплотипов, все 67-маркерные. Появление снипа V13 произошло (на мой взгляд) между 2500 г. до н.э. и 800 г. до н.э.
Провел вместе с Сергеем Лутаком перенумерацию ветвей. Постарались так, чтобы на одной ветви было не более 40-50 гаплотипов.

Есть примечательные результаты.
Самый важный: определилась германская ветвь возрастом 2250 лет (вся ветвь E1b1b1a2-G1) из 20 гаплотипов.
Еще найдены такие ветви:
русская, возраст 950 лет, 5 гаплотипов (она в составе ветви E1b1b1a2-I).
германская, 1300 лет, 7 гаплотипов (она в составе ветви E1b1b1a2-G2)
германская, 1000 лет, 7 гаплотипов (она в составе ветви E1b1b1a2-G7)
английская, 1350 лет, 7 гаплотипов (она в составе ветви E1b1b1a2-F4)
также можно увидеть ветви, отмеченные в нашем гаплогруппном проекте E-M35:
британская, 1200 лет, 10 гаплотипов (она в составе ветви E1b1b1a2-F4, включает в себя кластер E1b1b1a2*-D проекта E-M35)
британская, 900 лет, 16 гаплотипов (она в составе ветви E1b1b1a2-G8, совпадает с кластером E1b1b1a2*-F проекта E-M35)

остальные кластеры проекта E-M35 можно найти на таких ветвях:
E1b1b1a2*-А на ветви E1b1b1a2-F4 моего дерева
E1b1b1a2*-B на ветви E1b1b1a2-G3
E1b1b1a2*-C на ветви E1b1b1a2-J
E1b1b1a2*-E на ветви E1b1b1a2-F1

Корневая часть дерева:

все остальные ветви по ссылке

P.S. Если кого-то качество картинки не устроит - скидывайте свой e-mail мне в приват, вышлю картинки исходного качества.

[wertner]

Немного о способе построения дерева. На Родстве я его уже описывал.
Тут саму последовательность действий:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=677&st=60
тут математику:
http://www.rodstvo.ru/forum/index.php?showtopic=615

С тех пор еще добавил автоматический перебор вариантов переноса одного узла (таксона или промежуточного предка с его потомками) в другую ветвь дерева. Хоть это и недостаточный набор преобразований для нахождения наилучшего дерева, но все равно привело к резкому улучшению качества деревьев (по моей субъективной оценке).

[Sergey Lutak]

Готова новая версия дерева E1b1b1a2. Добавил больше 80 гаплотипов. Сейчас на дереве 336 гаплотипов, все 67-маркерные.
Появление снипа V13 произошло (на мой взгляд) между 2500 г. до н.э. и 800 г. до н.э.
Провел вместе с Сергеем Лутаком перенумерацию ветвей. Постарались так, чтобы на одной ветви было не более 40-50 гаплотипов.

Эм хотеп нефер уэрет, сен Вадим! (егип.: Превеликого мира тебе, брат Wertner!)
Йии эм хотеп, сенеу! (егип.: Мира вам, братья!)
Приветствую всех!

Хорошая новая тема, а главное как вовремя!

Вадим, если позволишь, я уточню по поводу времени появления SNP-a V13. Пусть не смущает такой большой разброс дат - 1750 лет.

Дело в том, что персоны находящиеся на Ветви А (отделилась около 1470 года до н.э.) и Ветви В (ответвилась около 1060 года до н.э.) не протестированы на SNP V13, а лишь отнесены к E1b1b1a2 на основании значений маркеров.
А Ветвь С (790 г. до н.э.) - проснипированные.

Поэтому вполне может оказаться так, что Ветви А и В - это пока ещё E1b1b1a*, т.е. Е-М78*.

[wertner]

Чтобы не потерялось. Текущее состояние некоторых ветвей:
F1
F4
G5

[Sergey Lutak]

Чтобы не потерялось. Текущее состояние некоторых ветвей:
F1
F4
G5

Меня "перенесло" с ветви F5 на G5

Вадим, а можно уточнить по поводу ближайших? Их киты или айди в Игрек-сёрч?
Siragusa и Hatfield я знаю,
а остальные кто: Geiger, Stephens, Warren, Hohnloser, Handloser и Sinnott?
Наш общий предок где-то в 6 веке?

[wertner]

Сделал 111-маркерное дерево E1b1b1a1b. 34 гаплотипа. Пока без весов.
Самое интересное на нем: то, что практически в корне дерева (видимо, на месте разделения старых моих ветвей F и G) произошла двойная мутация DYS 710 35->33.
Субклад E1b1b1a1b4-L143 лежит в части DYS 710 = 33, E1b1b1a1b3-L17 и E1b1b1a1b8-L540 в части DYS 710 = 35.
Предковое значение DYS 710 = 35.
У меня, похоже, DYS 710 = 35, а у Сергея Лутака DYS 710 = 33 или 34. Евдокимов лежит на ветви DYS 710 = 35 (хоть у него самого 34).

Немного выбивается Friess (кит 25849 немецкого проекта). Он самый крайний E1b1b1a1b.
Еще интересно, что L540+ достаточно много протестированных.

Это первая моя попытка сделать 111-маркерное дерево. Посмотрим, будет ли оно устойчивым.
Ссылка на дерево (2,5Mb):
https://picasaweb.google.com/lh/photo/_VkIQMo_7mzwTlkaBzIDEw?feat=directlink

[Sergey Lutak]

Сделал 111-маркерное дерево E1b1b1a1b. 34 гаплотипа.
...
Это первая моя попытка сделать 111-маркерное дерево. Посмотрим, будет ли оно устойчивым.
...

Отлично!

...
У меня, похоже, DYS 710 = 35, а у Сергея Лутака DYS 710 = 33 или 34. Евдокимов лежит на ветви DYS 710 = 35 (хоть у него самого 34).
...

Значит, может оказаться, что мы с Евдокимовым окажемся на совершенно разных ветвях? 
Меня теперь так и подмывает потратить $129.00 и сделать апгрейд Y-Refine67to111 
Может, когда-нибудь решусь. 

[Mich Glitch]

Меня теперь так и подмывает потратить $129.00 и сделать апгрейд Y-Refine67to111 
Может, когда-нибудь решусь. 

Кстати, скоро будут первые результаты по 111 маркерам документированных потомков с общим предком в 1739 году.

*** Ну, и конечно веселее с Вами сидеть на одной ветке (Евдокимов - отцовская ветвь моей мамы).

[wertner]

Субклад E1b1b1a1b, E1b1b1a1b; Schepak; Russian Federation; N4025 (на расстоянии 24 от E1b1b1a1b4; E1b1b1a1b; Pursifull; Unknown Origin; N93482)
Субклад E1b1b1a1b, E1b1b1a1b; Ferguson; Unknown Origin; 14529 (на расстоянии 31 от E1b1b1; E1b1b1a1b; Joshua Stapp b.1688 d.1783 Essex County VA; England; 76395)

Schepak лег на ветвь 710=33, но выдавил оттуда Mlej-a на ветвь 710 = 35 (у него значение 34).
Ferguson лег на ветвь 710=35.
Вообще-то ветвь 710=33 не половина всех гаплотипов, а только четверть (9 из 36).
Заметил, что из 8 мутаций, определяющих E1b1b1a1b8, пять лежать в новых панелях. Неудивительно, что на 111-маркерном дереве этот субклад четко выделен.
https://picasaweb.google.com/lh/photo/isvGOfUhk96JYfU4Lpz-Dw?feat=directlink

[Sergey Lutak]

...
Меня теперь так и подмывает потратить $129.00 и сделать апгрейд Y-Refine67to111 
Может, когда-нибудь решусь. 

Решился. Потратился.
Результат обещают к 10 октября.

[Sergey Lutak]

...
Меня теперь так и подмывает потратить $129.00 и сделать апгрейд Y-Refine67to111 
Может, когда-нибудь решусь. 

Решился. Потратился.
Результат обещают к 10 октября.

Сегодня получил результаты дополнительных панелей, кроме одной: PANEL 5 (76 - 85).

[Sergey Lutak]

...
Самое интересное на нем: то, что практически в корне дерева (видимо, на месте разделения старых моих ветвей F и G) произошла двойная мутация DYS 710 35->33.
...
Предковое значение DYS 710 = 35.
У меня, похоже, DYS 710 = 35, а у Сергея Лутака DYS 710 = 33 или 34. Евдокимов лежит на ветви DYS 710 = 35 (хоть у него самого 34).
...

Вадим, уже известно моё значение DYS#710, он равен 36.
Что это значит? Я в основной части древа, где DYS710=35, вместе с Евдокимовым?

[wertner]

Видимо так. Когда будут готовы все маркеры, то размещу на дереве и увидим.
Ну и помни, что дерево пока нестабильное. Кроме других недостатков, оно еще и без весов построено.

В наличии у корня дерева мутации 717 35->33 я не сомневаюсь, но состав ветвей будет меняться.

[wertner]

Сергей, разместил тебя на дереве. Вы с Мих Глитчем ближайшие соседи. Общий предок жил где-то в средине первого тысячелетия н.э. Точнее сложно сказать - еще не откалиброваны частоты мутаций по 111 маркерам.

Оказывается на 111-маркерных деревьях у меня не работали некоторые функции при поиске оптимального дерева. Отремонтировал.
И оказалось, что мутация 710 35->33 не такая интересная. Да, она около корня дерева, но отделяет совсем немного гаплотипов. Сейчас это 4 гаплотипа из 40, но 3 из них однофамильца.
Корме того, соотнес 111-маркерное дерево с 67-маркерным. Результат удручающий: есть некоторые островки стабильности (например, старая ветвь J с паном Гвоздзем, теперь еще имеющая снип E1b1b1a1b8-L540), но в основном все перемешалось.
Посмотрим, насколько 111-маркерное дерево будет стабильным. При добавлении последних 4 гаплотипов никто с ветви на ветвь не перепрыгнул.
https://picasaweb.google.com/lh/photo/3KZQFTbxlcsIZ2fjn0H7Sg?feat=directlink

[Sergey Lutak]

Сергей, разместил тебя на дереве.
...

Спасибо, Вадим!

...
Вы с Мих Глитчем ближайшие соседи. Общий предок жил где-то в средине первого тысячелетия н.э.
...

Я + Evdokimov - forever!