Имхо, всё-таки причина более банальна: поскольку праймеры 23иЯ не "заточены" под определение терминальных снипов (как у ФТДНА), то и классификация - не полная.
У меня, например, 23иЯ тоже даёт R1a1 (без звёздочки), хотя я - отчётливый R1a1a*. Понятно, что снипов Андерхилла у неё нет.
В принципе, я согласен с Мичем, что возможны (хотя и крайне маловероятны) возвратные и параллельные мутации. Да они наблюдались у пары-тройки человек. Но в обсуждаемом нми случае вероятнее - неполное типирование. Принцип Оккама.
О неправильном укоренинии (по игреку) речи вообще не должно идти - практически все снипы на рёбрах дерева из типируемых неизменно подтверждаются. Было бы укоренение неправильным - дерево обрушилось бы немедленно.