АвторТема: GenBank  (Прочитано 28983 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн vnik

  • Сообщений: 243
  • Страна: de
  • Рейтинг +23/-0
  • мтДНК: H16
Re: GenBank
« Ответ #75 : 16 Июль 2011, 08:27:27 »
Можете и меня занести на дерево, GenBank JN202912. А какая научная польза от этого дерева?

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: GenBank
« Ответ #76 : 16 Июль 2011, 10:58:42 »
Можете и меня занести на дерево, GenBank JN202912

С очередным апдейтом занесу. Все там будут :)


А какая научная польза от этого дерева?

По большому счету никакой. Как и вообще от наук о "происхождении". Молекулярная антропология/генеалогия практической пользы человечеству не приносит. Специалисты по У-хромосоме и мтднк уже почти 20 лет усердно ищут хоть какую-нибудь зацепку оправдывающую трату казеных денег на предмет своего личного ("научного") интереса, но найти до сих пор не смогли. Аналогично, любители тратят свои личные средства для удовлетворения личного интереса.

Вообще техническому прогрессу знание о прошлом не способствует. Не исключаю что в будущем среднестатистический человек не будет знать даже своих предков в первом поколении - когда детей будут воспитывать не родители а специально уполномоченные для этого обществом люди  ;D Разумеется, человек будет психологически подготовлен к тому что его детей будет воспитывать государство, как и его самого, и он с детства будет знать что воспитание детей родителями - это пережиток мрачного прошлого, преодоленный современным обществом!  ;D

Оффлайн Dudki

  • Сообщений: 588
  • Страна: mn
  • Рейтинг +78/-4
  • Synstkak uli tev arsemast
  • Y-ДНК: R-FGC2555
  • мтДНК: H
Re: GenBank
« Ответ #77 : 16 Июль 2011, 16:05:16 »
Вообще техническому прогрессу знание о прошлом не способствует. Не исключаю что в будущем среднестатистический человек не будет знать даже своих предков в первом поколении - когда детей будут воспитывать не родители а специально уполномоченные для этого обществом люди  ;D Разумеется, человек будет психологически подготовлен к тому что его детей будет воспитывать государство, как и его самого, и он с детства будет знать что воспитание детей родителями - это пережиток мрачного прошлого, преодоленный современным обществом!  ;D
Прям ужастик Ефремова "Туманность Андромеды".

Оффлайн NMT

  • Сообщений: 70
  • Страна: 00
  • Рейтинг +6/-0
  • Y-ДНК: I2a1b
  • мтДНК: C5c1a
Re: GenBank
« Ответ #78 : 16 Июль 2011, 20:53:52 »
"Error:One or more sequences either lack a Sequence ID or the ID contains invalid characters. Each sequence must be uniquely identified by a valid Sequence ID. Please see nucleotide FASTA help page and provide a corrected nucleotide FASTA file."
Файл генерил там же на FTDNA, где и тестился, в файле нет разбивки на сиквенсы, GenBank ругается на такой файл...
GB просит "Example FASTA nucleotide format:
>Seq1 [organism=genus species] Definition Line for Seq1
aaccgatatagagagagga....
>Seq2 [organism=genus species] Definition Line for Seq2
atctgaatagagattattt.... "
у меня ">N98102,HVR2,CR,HVR1
GATCACAGGTCTATCACCCTA..."
может кто выложит подробную инструкцию как что заполнять при отсылке данных, все пишут кто во что горазд, у кого-то получается закинуть,у меня нет, кабута я на марсианском FTDNA файл .fasta лепил...

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 5523
  • Страна: 00
  • Рейтинг +445/-6
  • Ultimate Matriarchy
Re: GenBank
« Ответ #79 : 16 Июль 2011, 21:04:19 »
"Error:One or more sequences either lack a Sequence ID or the ID contains invalid characters. Each sequence must be uniquely identified by a valid Sequence ID. Please see nucleotide FASTA help page and provide a corrected nucleotide FASTA file."
Файл генерил там же на FTDNA, где и тестился, в файле нет разбивки на сиквенсы, GenBank ругается на такой файл...
GB просит "Example FASTA nucleotide format:
>Seq1 [organism=genus species] Definition Line for Seq1
aaccgatatagagagagga....
>Seq2 [organism=genus species] Definition Line for Seq2
atctgaatagagattattt.... "
у меня ">N98102,HVR2,CR,HVR1
GATCACAGGTCTATCACCCTA..."
может кто выложит подробную инструкцию как что заполнять при отсылке данных, все пишут кто во что горазд, у кого-то получается закинуть,у меня нет, кабута я на марсианском FTDNA файл .fasta лепил...

заполните заголовок в первой строчке (где >) как они просят
во всех остальных строках должны быть нуклеотидные буквы

если не пройдет то пишите в фасте так
>Homo sapiens mitochondrion
AGTC...


но разумеется все поля на форме надо заполнить. Главное - сказать что это человек, что молекула кольцевая, что это геномная днк, что это мтднк. Они уже сами оттранслируют белковые части.

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 517
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: GenBank
« Ответ #80 : 16 Июль 2011, 21:10:19 »
Им нужен не формат fasta, а sqn.

Я действовал по инструкции Логана.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1121/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: GenBank
« Ответ #81 : 16 Июль 2011, 21:55:13 »
Им нужен не формат fasta, а sqn.

Я действовал по инструкции Логана.

Может эти полезные сведения оформить в качестве отдельной статьи для МолГен-вики? Могу сам собрать из комментариев. Или кто-то более профессионально напишет?

Оффлайн NMT

  • Сообщений: 70
  • Страна: 00
  • Рейтинг +6/-0
  • Y-ДНК: I2a1b
  • мтДНК: C5c1a
Re: GenBank
« Ответ #82 : 16 Июль 2011, 22:00:04 »
имхо, было бы очень полезно, а то наверное не я один об стену "лбом часами бьемся",
и вот... вопрос соглашаться на опубликование в письме и чем это чревато?
и еще, может туплю, а по результатам У-ДНК-тестирования также в GenBank можно загрузить?
« Последнее редактирование: 16 Июль 2011, 22:29:05 от NMT »

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8732
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2093/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: GenBank
« Ответ #83 : 17 Июль 2011, 00:10:52 »
А мы с Сергеем (Sergey Lutak) как-то пытались составить инструкцию для желающих забросить в ГенБанк свои данные, правда на английском осталась.

Оффлайн kaa76

  • Сообщений: 663
  • Страна: ru
  • Рейтинг +214/-0
  • Y-ДНК: R-L1029
  • мтДНК: U5a2a2
Re: GenBank
« Ответ #84 : 18 Июль 2011, 14:37:40 »
А мы с Сергеем (Sergey Lutak) как-то пытались составить инструкцию для желающих забросить в ГенБанк свои данные, правда на английском осталась.

Разместил в МолГенВики здесь. Последний пункт убрал, так как статья только про перегон данных из FTDNA в GenBank.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 8732
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2093/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK01/VK03+)
Re: GenBank
« Ответ #85 : 18 Июль 2011, 15:55:23 »
А мы с Сергеем (Sergey Lutak) как-то пытались составить инструкцию для желающих забросить в ГенБанк свои данные, правда на английском осталась.

Разместил в МолГенВики здесь. Последний пункт убрал, так как статья только про перегон данных из FTDNA в GenBank.
Спасибо! Надеюсь пригодится.

Оффлайн mladshij

  • Сообщений: 741
  • Страна: ru
  • Рейтинг +86/-0
  • Darth Vader
  • Y-ДНК: R1a-Z92 (YP569+)
  • мтДНК: H1
Re: GenBank
« Ответ #86 : 14 Ноябрь 2011, 09:34:54 »
В общем, на GenBank наконец-то выложили мои данные по mtDNA. Номера: JN903384, JN899290. Оба из H1 (один, видимо, из H1b). Желающие могут их поместить себе в коллекцию.

Кроме того, говорят, кто-то деревья рисует по этим данным. Можно и меня туда же дорисовать?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1121/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: GenBank
« Ответ #87 : 14 Ноябрь 2011, 09:39:40 »
Догадываюсь кто рисует эти деревья:) А где их можно посмотреть? Для этого нужно занести свои данные в ГенБанк?

В общем, на GenBank наконец-то выложили мои данные по mtDNA. Номера: JN903384, JN899290. Оба из H1 (один, видимо, из H1b). Желающие могут их поместить себе в коллекцию.

Кроме того, говорят, кто-то деревья рисует по этим данным. Можно и меня туда же дорисовать?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1121/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: GenBank
« Ответ #88 : 15 Ноябрь 2011, 22:36:10 »
Разместился. JQ027716.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6247
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1121/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: GenBank
« Ответ #89 : 10 Декабрь 2011, 19:44:17 »
Добавил отца - JQ228861.

Уважаемый Валерий, а когда можно ожидать очередного апдейта дерева? Вы сообщите об этом радостном событии на форуме?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100