АвторТема: GenBank  (Прочитано 26169 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: GenBank
« Ответ #15 : 23 Март 2010, 07:49:41 »
засабмиттил
сам, без Айана, так как я, наверное, скорее экспериментатарин чем теевретик, как говаривали на физфаке, люблю эксперименты. Вроде получилось.
Обещают спроцессить через 2 дня и прислать GenBank Accession Number.
« Последнее редактирование: 23 Март 2010, 07:56:55 от Anode »

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: GenBank
« Ответ #16 : 23 Март 2010, 07:57:22 »
Между тем, попробовал открыть свой и паровоЗа файлы, и сравнить. Но понял, что всё равно здесь сойти за умного  не получится... (смотрю на все эти делиции как баран на новые ворота) и без помощи Вадима не обойтись...

<попытался приаттачить скриншот - не даёт, говорит папка полная, с админами свяжись. Аууу, админы? Почему посылать вложений больше нельзя?>

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: GenBank
« Ответ #17 : 23 Март 2010, 09:18:14 »
паровоЗ, у нас с Вами разница в 32 буквы на FGS (из 16571), у вас ещё одна делиция с моих 16572. Я побил файлы на букву на строку, вырезал вайт-спейсы, и смотрю диффом. Лепота! Только непонятны веса.
Может aisconvert - тул экстендить для этих целей?
(и так-же процессить, как процессим упсы, гомозиготность и пр)

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1340
  • Страна: il
  • Рейтинг +331/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #18 : 23 Март 2010, 12:21:09 »
паровоЗ, у нас с Вами разница в 32 буквы на FGS (из 16571), у вас ещё одна делиция с моих 16572. Я побил файлы на букву на строку, вырезал вайт-спейсы, и смотрю диффом. Лепота! Только непонятны веса.
Может aisconvert - тул экстендить для этих целей?
(и так-же процессить, как процессим упсы, гомозиготность и пр)
За самостоятельный сабмит (как это будет по-русски? "закидон"?) - риспект.
Я не думаю, что аисконверт поможет , тут нужны филогенетические методы.

Оффлайн Овод

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 2176
  • Рейтинг +390/-3
  • Omnia mea mecum porto
  • Y-ДНК: R1a-M198
  • мтДНК: U4a
Re: GenBank
« Ответ #19 : 23 Март 2010, 12:57:49 »
Цитировать
вайт-спейсы, и смотрю диффом. Лепота! Только непонятны веса.
Может aisconvert - тул экстендить для этих целей?
Вери интересно херить, как каупэл рашен мэнов экстэндят нативную феню.  ;D
 
P.S. Зело сорри за оффтоп.
« Последнее редактирование: 23 Март 2010, 13:11:08 от Овод »

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: GenBank
« Ответ #20 : 23 Март 2010, 15:41:20 »
Цитировать
вайт-спейсы, и смотрю диффом. Лепота! Только непонятны веса.
Может aisconvert - тул экстендить для этих целей?
Вери интересно херить, как каупэл рашен мэнов экстэндят нативную феню.  ;D
 
P.S. Зело сорри за оффтоп.

извиняюсь, это не специально: так иногда получается после (вот уже скоро) 20 лет неиспользования русских вариантов (в некоторых случаях - просто никогда, и надо долго думать: "как это по-русски", без преувеличения). Вот и вырывается то что используешь.
Спасибо за замечение: буду уметь в виду.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 31229
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2334/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: GenBank
« Ответ #21 : 23 Март 2010, 16:17:21 »
Меня что-то уже второй день мурыжат письмами.  :(
Галотипом нешто не вышел?  ???

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: GenBank
« Ответ #22 : 23 Март 2010, 16:37:16 »
Я не думаю, что аисконверт поможет , тут нужны филогенетические методы.

я и не претендую на повторение "белой магии" Вадима.
Не сравнение, но представьте следующий сценарий.
Юзер копи-пастит (извините, Овод ;) чьи-то FGS с генбанка со всеми отступами, пропусками - в текстовый файл. Может, кладёт кучу таких файлов в директорию.
Программа, в свою очередь, имеет мап весов (аналогичный сентиморгановскому мапу), в котором содержится Вадимовская магия^Wзнание и тупо считает. Если методика расчёта меняется, Вадим меняет мап, сообщая где какие коэффициенты на что поменять. Сначала она, конечно, чистит файл (то чего я добивался вручную). На выходе - расстояние предполагаемого родства или скорее таблица с доверительными интервалами.
И Вадима дёргать не надо.

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: GenBank
« Ответ #23 : 23 Март 2010, 21:13:47 »
Получил GenBank-номер (уже в подписи). Ждём публикации.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 31229
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2334/-40
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: GenBank
« Ответ #24 : 23 Март 2010, 22:51:14 »
И меня пронумеровали.
И я на дерево хочу.
Номер мой, HM019517, всегда в подписи.
 :)

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: GenBank
« Ответ #25 : 06 Апрель 2010, 01:00:20 »
Михаил и Василий,

Я построил часть дерева H с использованием Ваших FGS.

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1340
  • Страна: il
  • Рейтинг +331/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #26 : 06 Апрель 2010, 01:22:04 »
Михаил и Василий,

Я построил часть дерева H с использованием Ваших FGS.
А как же бабушка паровоза? HM015668 !

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: GenBank
« Ответ #27 : 06 Апрель 2010, 01:23:36 »
Михаил и Василий,

Я построил часть дерева H с использованием Ваших FGS.
А как же бабушка паровоза? HM015668 !

Забыл  :)

« Последнее редактирование: 06 Апрель 2010, 01:43:24 от Vadim Verenich »

Оффлайн Anode

  • Группа N
  • *
  • Сообщений: 1502
  • Страна: ca
  • Рейтинг +145/-0
  • PS1 -> TT1 -> EE1 -> PS2
  • Y-ДНК: N1c1
  • мтДНК: H10a1, U5b1
Re: GenBank
« Ответ #28 : 06 Апрель 2010, 01:43:37 »
Михаил и Василий,

Я построил часть дерева H с использованием Ваших FGS.

спасибо!!

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +754/-8
Re: GenBank
« Ответ #29 : 06 Апрель 2010, 01:44:55 »
Добавил бабушку паровоза. Есть интересные соображения

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100