АвторТема: GenBank  (Прочитано 25780 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
GenBank
« : 21 Март 2010, 22:05:38 »
Если у Вас уже есть FGS в Генбанке, я могу построить филодерево с точным расчетом времени рассхождения.
« Последнее редактирование: 21 Март 2010, 22:24:38 от Vadim Verenich »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Сообщений: 30773
  • Страна: ca
  • Рейтинг +2261/-38
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5
Re: GenBank
« Ответ #1 : 21 Март 2010, 22:12:12 »
Если у Вас уже есть FGS в Генбанке, я могу построить филодереве с точным расчетом времени рассхождения.
Вроде я пару лет назад засылался.
Но не помню своего аккаунта.
Регистрация у них там долгая.  :(

Оффлайн Alesh

  • Сообщений: 937
  • Рейтинг +80/-1
Re: GenBank
« Ответ #2 : 21 Март 2010, 22:16:35 »
Если у Вас уже есть FGS в Генбанке, я могу построить филодереве с точным расчетом времени рассхождения.

Для чайников пожалуйста  :)
Что за генбанк?

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: GenBank
« Ответ #3 : 21 Март 2010, 22:25:32 »
Тут все написано
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #4 : 21 Март 2010, 23:45:27 »
Если у Вас уже есть FGS в Генбанке, я могу построить филодерево с точным расчетом времени рассхождения.
Заранее благодарю! http://bit.ly/GU320211

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #5 : 21 Март 2010, 23:52:01 »
Тут все написано
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/
Там все слишком сложно. Гораздо проще послать мэйл Айану и он поможет.
http://www.ianlogan.co.uk/Submission.htm


Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #6 : 22 Март 2010, 00:22:06 »
Если у Вас уже есть FGS в Генбанке, я могу построить филодереве с точным расчетом времени рассхождения.
Вроде я пару лет назад засылался.
Но не помню своего аккаунта.
Регистрация у них там долгая.  :(
Как найти свой FGS в ГенБанке:
1. найти мэйл, содержащий такой текст :
From   gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov
to   ...
date   ...
subject   GenBank XXXXXXXX
mailed-by   ncbi.nlm.nih.gov
   

Dear GenBank Submitter:

Thank you for your submission.

Based on the data submitted to us, the scheduled release date
for your submission is:

...

2. Скопировать код, находящийся на месте XXXXXXXX в поле subject:

3. Зайти в http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ и сделать поиск по этому коду:

Около Search: выбрать: Nucleotide
а в поле поиска - тот самый код

Что делать, если мэйл не найден?
Зайти туда же, а в поле поиска поместить:
Homo sapiens haplogroup YYYY mitochondrion, complete genome

где вместо YYYY - Ваша мито гаплогруппа.
Может быть выдано больше одного результата - дальше разбирайтесь сами :)

p.s. Мы отклонились от темы, давайте все, что про ГенБанк перенесем сюда:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1363.0.html
« Последнее редактирование: 22 Март 2010, 00:37:54 от napobo3 »

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #7 : 22 Март 2010, 00:36:25 »
Все о ГенБанке - в эту ветку!

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: GenBank
« Ответ #8 : 22 Март 2010, 18:51:00 »
Один FGS в субкладном ракурсе будет не очень интересно "филогенить" :).
Гораздо интереснее сравнивать FGS  c FGS предполагаемых приближенцов.
Например, в случае с Леоном - сравнить его мито-FGS с мито-FGS Mихаила. Тогда можно будет расчитать точку коалисценции и, соответственно, вычислить возраст этой "точки".

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #9 : 22 Март 2010, 19:06:05 »
Один FGS в субкладном ракурсе будет не очень интересно "филогенить" :).
Гораздо интереснее сравнивать FGS  c FGS предполагаемых приближенцов.
Например, в случае с Леоном - сравнить его мито-FGS с мито-FGS Mихаила. Тогда можно будет расчитать точку коалисценции и, соответственно, вычислить возраст этой "точки".
Я предлагаю зафилогенить 8 FGS-ов.
Вот здесь поищите "Nucleotide" / "Homo sapiens haplogroup N1b2 mitochondrion, complete genome" и получите все 8.
Sorry, я не знаю как получить линк на страницу с результатами поиска.
Спасибо, Вадим.
« Последнее редактирование: 22 Март 2010, 19:18:46 от napobo3 »

Оффлайн I2a1aАвтор темы

  • ...
  • Сообщений: 11074
  • Страна: ee
  • Рейтинг +753/-8
Re: GenBank
« Ответ #10 : 22 Март 2010, 19:48:06 »
Насчет возраста есть сомнения, поскольку некоторые сиквенсы отличаются друг от друга только мутациями в HVR2 регионе, а там скорость мутаций гораздо выше чем в CR.


Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #11 : 22 Март 2010, 20:35:04 »
Ко всем, прошедшим мито-ДНК FGS тест, большая просьба - закинуть свои результаты в ГенБанк.
Это очень просто - благодаря добровольческой деятельности Айана Логана.
Заходим на сайт ФТДНА и копируем результаты теста с этой страницы прямо в письмо Айану ( ianlogan22@btinternet.com )
Загружаем FASTA файл, который прикрепляем к тому же письму.

Пишем:
Subject: My FGS results for GenBank submission

Hello Ian,
attached my FASTA file and here is my FGS results.

Важно! подписываемся от имени прошедшего тест. Если тест прошел родственник, то подписываемся его именем. Посылать данные в ГенБанк может только обладатель этой мито ДНК.



Оффлайн dyuser

  • Сообщений: 80
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: G2a3b1* (P303)
  • мтДНК: H1b (FGS)
Re: GenBank
« Ответ #12 : 22 Март 2010, 22:35:22 »
Ко всем, прошедшим мито-ДНК FGS тест, большая просьба - закинуть свои результаты в ГенБанк.
Это очень просто - благодаря добровольческой деятельности Айана Логана.
Заходим на сайт ФТДНА и копируем результаты теста с этой страницы прямо в письмо Айану ( ianlogan22@btinternet.com )
Загружаем FASTA файл, который прикрепляем к тому же письму.

Пишем:
Subject: My FGS results for GenBank submission

Hello Ian,
attached my FASTA file and here is my FGS results.

Важно! подписываемся от имени прошедшего тест. Если тест прошел родственник, то подписываемся его именем. Посылать данные в ГенБанк может только обладатель этой мито ДНК.
napobo3, спасибо!
Все отправил, благодаря Вашим френдли-инструкциям.

Офф-топ: У меня месяц как пришли FGS results. По результатам: 4 FGS матча. Не ожидал. Архивных данных по материнской линии - 0, а тут...
Очень любопытно - одна из матчей - почтенная дама - журналист из США, специализирующаяся на популярных статьях по ДНК-генеалогии. И она и я очень мало что знаем о своих предках по женской линии (сироты). Что нас объединяет (предварительно) - Бессарабия: мои предки пришли в 19 веке в Бессарабию , а ее предки покинули в конце 19 века Бессарабию.
Как говорил небезызвестный Винни-пух: Это же не спроста!
Жаль, что остальные FGS-матчи (указали предков - Российская Империя и Белоруссия!) пока молчат - подождем, и позже постучим еще раз. 

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #13 : 22 Март 2010, 23:53:28 »

Оффлайн napobo3

  • Сообщений: 1338
  • Страна: il
  • Рейтинг +330/-2
  • קַח-נָא אֶת-בִּנְךָ אֶת-יְחִידְךָ אֲשֶׁר-אָהַבְתָּ, אֶת-יִצְחָק
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: GenBank
« Ответ #14 : 23 Март 2010, 00:31:50 »
Насчет возраста есть сомнения, поскольку некоторые сиквенсы отличаются друг от друга только мутациями в HVR2 регионе, а там скорость мутаций гораздо выше чем в CR.

Еще раз спасибо, Вадим. Не покидайте нас надолго, успехов во всем!

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.


Rambler's Top100